# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr 30 01:44:03 2020
#   Inital geometry file: a 72 line input string
#   Ligand name: [(1R)-1-amino-2-cyclohexylethyl]phosphonic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@@H](CC1CCCCC1)[P](O)(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Q04  Q04  '[(1R)-1-amino-2-cyclohexylethyl]phosphonic acid'  ligand  29  13  .  2021-08-20  2021-08-20  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_Q04
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Q04  O    O  OP    -1  -0.912   2.5199   0.5344  -1.6559
 Q04  P    P  P      0   1.176   2.6454   0.2255  -0.1556
 Q04  O1   O  OP    -1  -0.911   3.6218  -0.9188   0.1464
 Q04  O2   O  O      0  -0.916   2.8759   1.4749   0.7139
 Q04  C    C  CH1    0  -0.361   0.9530  -0.3810   0.3638
 Q04  N    N  NH2    0  -0.807   0.9639  -0.6280   1.8065
 Q04  C1   C  CH2    0  -0.402  -0.1381   0.5945  -0.0882
 Q04  C2   C  CH1    0  -0.227  -1.5795   0.2124   0.2493
 Q04  C7   C  CH2    0  -0.406  -2.5433   1.3444  -0.1096
 Q04  C6   C  CH2    0  -0.430  -3.9919   0.9971   0.2179
 Q04  C5   C  CH2    0  -0.427  -4.4176  -0.2973  -0.4674
 Q04  C4   C  CH2    0  -0.427  -3.4686  -1.4388  -0.1178
 Q04  C3   C  CH2    0  -0.415  -2.0201  -1.0808  -0.4372
 Q04  H3   H  HCH1   0   0.172   0.7818  -1.3464  -0.1321
 Q04  H4   H  HNH2   0   0.313   1.2600   0.2282   2.2617
 Q04  H5   H  HNH2   0   0.321   0.0248  -0.8106   2.1429
 Q04  H7   H  HCH2   0   0.187   0.0830   1.5734   0.3550
 Q04  H8   H  HCH2   0   0.187  -0.0565   0.7313  -1.1712
 Q04  H9   H  HCH1   0   0.182  -1.6642   0.0593   1.3354
 Q04  H10  H  HCH2   0   0.216  -2.2454   2.2591   0.4125
 Q04  H11  H  HCH2   0   0.197  -2.4557   1.5598  -1.1819
 Q04  H12  H  HCH2   0   0.204  -4.0991   0.8810   1.3025
 Q04  H13  H  HCH2   0   0.220  -4.6542   1.8170  -0.0728
 Q04  H14  H  HCH2   0   0.221  -5.4431  -0.5558  -0.1905
 Q04  H15  H  HCH2   0   0.204  -4.4170  -0.1480  -1.5529
 Q04  H16  H  HCH2   0   0.204  -3.5576  -1.6653   0.9506
 Q04  H17  H  HCH2   0   0.220  -3.7595  -2.3483  -0.6505
 Q04  H18  H  HCH2   0   0.196  -1.9069  -0.9579  -1.5222
 Q04  H19  H  HCH2   0   0.223  -1.3619  -1.9062  -0.1529

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Q04  N   C    single  1.464  0.020  1.464
 Q04  C4  C3   single  1.526  0.020  1.526
 Q04  C4  C5   single  1.525  0.020  1.525
 Q04  O2  P    deloc   1.540  0.020  1.540
 Q04  C3  C2   single  1.529  0.020  1.529
 Q04  C   P    single  1.871  0.020  1.871
 Q04  C   C1   single  1.532  0.020  1.532
 Q04  C2  C1   single  1.529  0.020  1.529
 Q04  C2  C7   single  1.529  0.020  1.529
 Q04  C5  C6   single  1.525  0.020  1.525
 Q04  P   O    deloc   1.537  0.020  1.537
 Q04  P   O1   deloc   1.534  0.020  1.534
 Q04  C6  C7   single  1.525  0.020  1.525
 Q04  C   H3   single  0.970  0.020  1.090
 Q04  N   H4   single  0.890  0.020  1.040
 Q04  N   H5   single  0.890  0.020  1.040
 Q04  C1  H7   single  0.970  0.020  1.090
 Q04  C1  H8   single  0.970  0.020  1.090
 Q04  C2  H9   single  0.970  0.020  1.090
 Q04  C7  H10  single  0.970  0.020  1.090
 Q04  C7  H11  single  0.970  0.020  1.090
 Q04  C6  H12  single  0.970  0.020  1.090
 Q04  C6  H13  single  0.970  0.020  1.090
 Q04  C5  H14  single  0.970  0.020  1.090
 Q04  C5  H15  single  0.970  0.020  1.090
 Q04  C4  H16  single  0.970  0.020  1.090
 Q04  C4  H17  single  0.970  0.020  1.090
 Q04  C3  H18  single  0.970  0.020  1.090
 Q04  C3  H19  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Q04  C    P   O2   103.98  3.000
 Q04  C    P   O1   106.21  3.000
 Q04  O2   P   O1   113.50  3.000
 Q04  O1   P   O    113.20  3.000
 Q04  C    P   O    105.21  3.000
 Q04  O2   P   O    113.61  3.000
 Q04  H3   C   C1   108.38  3.000
 Q04  H3   C   N    107.32  3.000
 Q04  C1   C   N    113.80  3.000
 Q04  H3   C   P    107.48  3.000
 Q04  C1   C   P    110.85  3.000
 Q04  N    C   P    108.76  3.000
 Q04  H5   N   H4   105.88  3.000
 Q04  H5   N   C    110.52  3.000
 Q04  H4   N   C    107.59  3.000
 Q04  H8   C1  H7   105.85  3.000
 Q04  H8   C1  C2   108.66  3.000
 Q04  H7   C1  C2   108.89  3.000
 Q04  H8   C1  C    108.57  3.000
 Q04  H7   C1  C    107.78  3.000
 Q04  C2   C1  C    116.57  3.000
 Q04  H9   C2  C3   107.66  3.000
 Q04  H9   C2  C7   106.63  3.000
 Q04  C3   C2  C7   109.82  3.000
 Q04  H9   C2  C1   108.99  3.000
 Q04  C7   C2  C1   110.93  3.000
 Q04  C3   C2  C1   112.58  3.000
 Q04  H11  C7  H10  106.29  3.000
 Q04  H11  C7  C6   109.29  3.000
 Q04  H10  C7  C6   110.26  3.000
 Q04  H11  C7  C2   108.92  3.000
 Q04  H10  C7  C2   109.58  3.000
 Q04  C6   C7  C2   112.31  3.000
 Q04  H13  C6  H12  106.46  3.000
 Q04  H13  C6  C5   110.36  3.000
 Q04  H12  C6  C5   109.11  3.000
 Q04  H13  C6  C7   110.33  3.000
 Q04  H12  C6  C7   109.24  3.000
 Q04  C5   C6  C7   111.21  3.000
 Q04  H15  C5  H14  106.48  3.000
 Q04  H15  C5  C4   109.19  3.000
 Q04  H14  C5  C4   110.40  3.000
 Q04  H15  C5  C6   109.23  3.000
 Q04  H14  C5  C6   110.41  3.000
 Q04  C4   C5  C6   111.01  3.000
 Q04  H17  C4  H16  106.35  3.000
 Q04  H17  C4  C3   110.23  3.000
 Q04  H16  C4  C3   109.25  3.000
 Q04  H17  C4  C5   110.20  3.000
 Q04  H16  C4  C5   109.13  3.000
 Q04  C3   C4  C5   111.54  3.000
 Q04  H19  C3  H18  106.23  3.000
 Q04  H19  C3  C4   109.87  3.000
 Q04  H18  C3  C4   109.33  3.000
 Q04  H19  C3  C2   110.38  3.000
 Q04  H18  C3  C2   108.62  3.000
 Q04  C4   C3  C2   112.21  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Q04  Var_01  C5  C4  C3  C2   55.35  30.0  1
 Q04  Var_02  C5  C6  C7  C2  -55.85  30.0  1
 Q04  Var_03  C4  C5  C6  C7   54.85  30.0  1
 Q04  Var_04  C3  C4  C5  C6  -54.71  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 Q04  chir_01  C   N   P   C1  positiv
 Q04  chir_02  C2  C7  C1  C3  positiv

