# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun May 24 07:27:28 2020
#   Inital geometry file: a 66 line input string
#   Ligand name: [(R)-amino(cyclohexyl)methyl]phosphonic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@@H](C1CCCCC1)[P](O)(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Q03  Q03  '[(R)-amino(cyclohexyl)methyl]phosphonic acid'  ligand  28  12  .  2021-08-20  2021-08-20  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_Q03
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Q03  O2   O  OH1   0  -0.749   2.0778   1.4893  -1.1527
 Q03  P    P  P     0   1.368   1.9293   0.3454  -0.0283
 Q03  O    O  OH1   0  -0.762   3.1491  -0.6308  -0.3824
 Q03  O1   O  O     0  -0.720   1.9003   0.8766   1.3602
 Q03  C    C  CH1   0  -0.360   0.5076  -0.7176  -0.5203
 Q03  N    N  NH2   0  -0.829   0.9510  -2.0828  -0.2368
 Q03  C1   C  CH1   0  -0.248  -0.8280  -0.3056   0.1070
 Q03  C6   C  CH2   0  -0.417  -1.9364  -1.2693  -0.3245
 Q03  C5   C  CH2   0  -0.432  -3.2928  -0.8750   0.2500
 Q03  C4   C  CH2   0  -0.430  -3.6616   0.5549  -0.1246
 Q03  C3   C  CH2   0  -0.428  -2.5712   1.5240   0.3137
 Q03  C2   C  CH2   0  -0.436  -1.2092   1.1327  -0.2530
 Q03  H1   H  HOH1  0   0.489   2.0417   2.3844  -0.7925
 Q03  H2   H  HOH1  0   0.483   2.7455  -1.5349  -0.4072
 Q03  H3   H  HCH1  0   0.286   0.4289  -0.6276  -1.6091
 Q03  H4   H  HNH2  0   0.373   0.7303  -2.3510   0.7152
 Q03  H5   H  HNH2  0   0.384   0.4962  -2.7473  -0.8478
 Q03  H7   H  HCH1  0   0.226  -0.7236  -0.3692   1.1986
 Q03  H8   H  HCH2  0   0.213  -1.9940  -1.2761  -1.4198
 Q03  H9   H  HCH2  0   0.227  -1.6953  -2.2898  -0.0191
 Q03  H10  H  HCH2  0   0.229  -4.0583  -1.5720  -0.0997
 Q03  H11  H  HCH2  0   0.211  -3.2623  -0.9671   1.3413
 Q03  H12  H  HCH2  0   0.209  -3.7959   0.6245  -1.2096
 Q03  H13  H  HCH2  0   0.228  -4.6176   0.8327   0.3258
 Q03  H14  H  HCH2  0   0.230  -2.8173   2.5425   0.0051
 Q03  H15  H  HCH2  0   0.212  -2.5170   1.5358   1.4076
 Q03  H16  H  HCH2  0   0.228  -0.4601   1.8357   0.1188
 Q03  H17  H  HCH2  0   0.216  -1.2277   1.2361  -1.3440

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Q03  O1  P    double  1.487  0.020  1.487
 Q03  C5  C6   single  1.525  0.020  1.525
 Q03  C5  C4   single  1.523  0.020  1.523
 Q03  C6  C1   single  1.531  0.020  1.531
 Q03  C4  C3   single  1.523  0.020  1.523
 Q03  O2  P    single  1.611  0.020  1.611
 Q03  P   O    single  1.602  0.020  1.602
 Q03  P   C    single  1.842  0.020  1.842
 Q03  C1  C    single  1.532  0.020  1.532
 Q03  C1  C2   single  1.531  0.020  1.531
 Q03  C3  C2   single  1.526  0.020  1.526
 Q03  C   N    single  1.463  0.020  1.463
 Q03  O2  H1   single  0.850  0.020  0.980
 Q03  O   H2   single  0.850  0.020  0.980
 Q03  C   H3   single  0.970  0.020  1.090
 Q03  N   H4   single  0.890  0.020  1.040
 Q03  N   H5   single  0.890  0.020  1.040
 Q03  C1  H7   single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C6  H8   single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C6  H9   single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C5  H10  single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C5  H11  single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C4  H12  single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C4  H13  single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C3  H14  single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C3  H15  single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C2  H16  single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C2  H17  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Q03  H1   O2  P    113.23  3.000
 Q03  C    P   O1   116.14  3.000
 Q03  C    P   O    100.20  3.000
 Q03  O1   P   O    116.04  3.000
 Q03  C    P   O2   107.12  3.000
 Q03  O    P   O2   102.02  3.000
 Q03  O1   P   O2   113.57  3.000
 Q03  H2   O   P    104.57  3.000
 Q03  H3   C   C1   108.81  3.000
 Q03  H3   C   N    106.92  3.000
 Q03  C1   C   N    115.83  3.000
 Q03  H3   C   P    105.88  3.000
 Q03  N    C   P    104.64  3.000
 Q03  C1   C   P    114.10  3.000
 Q03  H5   N   H4   107.21  3.000
 Q03  H5   N   C    111.09  3.000
 Q03  H4   N   C    111.29  3.000
 Q03  H7   C1  C2   108.17  3.000
 Q03  H7   C1  C6   108.21  3.000
 Q03  C2   C1  C6   110.17  3.000
 Q03  H7   C1  C    107.97  3.000
 Q03  C2   C1  C    111.93  3.000
 Q03  C6   C1  C    110.27  3.000
 Q03  H9   C6  H8   106.56  3.000
 Q03  H9   C6  C5   109.43  3.000
 Q03  H8   C6  C5   109.34  3.000
 Q03  H9   C6  C1   110.46  3.000
 Q03  H8   C6  C1   108.87  3.000
 Q03  C5   C6  C1   112.03  3.000
 Q03  H11  C5  H10  106.54  3.000
 Q03  H11  C5  C4   109.31  3.000
 Q03  H10  C5  C4   110.52  3.000
 Q03  H11  C5  C6   109.19  3.000
 Q03  H10  C5  C6   109.73  3.000
 Q03  C4   C5  C6   111.43  3.000
 Q03  H13  C4  H12  106.54  3.000
 Q03  H13  C4  C3   110.24  3.000
 Q03  H12  C4  C3   109.41  3.000
 Q03  H13  C4  C5   110.43  3.000
 Q03  H12  C4  C5   109.44  3.000
 Q03  C3   C4  C5   110.68  3.000
 Q03  H15  C3  H14  106.45  3.000
 Q03  H15  C3  C2   109.24  3.000
 Q03  H14  C3  C2   109.59  3.000
 Q03  H15  C3  C4   109.24  3.000
 Q03  H14  C3  C4   110.52  3.000
 Q03  C2   C3  C4   111.65  3.000
 Q03  H17  C2  H16  106.83  3.000
 Q03  H17  C2  C3   109.28  3.000
 Q03  H16  C2  C3   108.70  3.000
 Q03  H17  C2  C1   109.08  3.000
 Q03  H16  C2  C1   110.72  3.000
 Q03  C3   C2  C1   112.07  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Q03  Var_01  C4  C5  C6  C1   55.94  30.0  1
 Q03  Var_02  C4  C3  C2  C1  -55.29  30.0  1
 Q03  Var_03  C2  C3  C4  C5   55.25  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 Q03  chir_01  C   P   C1  N   positiv
 Q03  chir_02  C1  C6  C   C2  negativ

