# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr 30 00:47:01 2020
#   Inital geometry file: a 66 line input string
#   Ligand name: [(R)-amino(cyclohexyl)methyl]phosphonic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@@H](C1CCCCC1)[P](O)(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Q03  Q03  '[(R)-amino(cyclohexyl)methyl]phosphonic acid'  ligand  26  12  .  2021-08-20  2021-08-20  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_Q03
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Q03  O2   O  OP    -1  -0.890   1.7007   1.6775   0.1076
 Q03  P    P  P      0   1.172   1.9823   0.1711   0.2330
 Q03  O    O  OP    -1  -0.911   3.2047  -0.2686  -0.5832
 Q03  O1   O  O      0  -0.914   2.0039  -0.3227   1.6922
 Q03  C    C  CH1    0  -0.324   0.5188  -0.7576  -0.5035
 Q03  N    N  NH2    0  -0.810   0.8078  -2.1770  -0.2955
 Q03  C1   C  CH1    0  -0.214  -0.8419  -0.2822   0.0586
 Q03  C6   C  CH2    0  -0.428  -1.9728  -1.3021  -0.1138
 Q03  C5   C  CH2    0  -0.423  -3.2971  -0.7983   0.4537
 Q03  C4   C  CH2    0  -0.424  -3.7063   0.5383  -0.1538
 Q03  C3   C  CH2    0  -0.425  -2.5912   1.5648   0.0034
 Q03  C2   C  CH2    0  -0.437  -1.2752   1.0461  -0.5659
 Q03  H3   H  HCH1   0   0.158   0.4969  -0.5884  -1.5907
 Q03  H4   H  HNH2   0   0.313   0.9633  -2.3199   0.6957
 Q03  H5   H  HNH2   0   0.326   0.0116  -2.7502  -0.5455
 Q03  H7   H  HCH1   0   0.171  -0.7127  -0.1266   1.1401
 Q03  H8   H  HCH2   0   0.192  -2.0990  -1.5279  -1.1814
 Q03  H9   H  HCH2   0   0.206  -1.7222  -2.2469   0.3754
 Q03  H10  H  HCH2   0   0.216  -4.0819  -1.5434   0.2963
 Q03  H11  H  HCH2   0   0.200  -3.1978  -0.6819   1.5388
 Q03  H12  H  HCH2   0   0.200  -3.9200   0.3998  -1.2198
 Q03  H13  H  HCH2   0   0.216  -4.6322   0.8973   0.3040
 Q03  H14  H  HCH2   0   0.213  -2.8702   2.5043  -0.4823
 Q03  H15  H  HCH2   0   0.197  -2.4624   1.7959   1.0672
 Q03  H16  H  HCH2   0   0.243  -0.4740   1.7716  -0.4317
 Q03  H17  H  HCH2   0   0.176  -1.3935   0.8995  -1.6482

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Q03  O1  P    deloc   1.541  0.020  1.541
 Q03  C5  C6   single  1.526  0.020  1.526
 Q03  C5  C4   single  1.524  0.020  1.524
 Q03  C6  C1   single  1.533  0.020  1.533
 Q03  C4  C3   single  1.524  0.020  1.524
 Q03  O2  P    deloc   1.538  0.020  1.538
 Q03  P   O    deloc   1.534  0.020  1.534
 Q03  P   C    single  1.883  0.020  1.883
 Q03  C1  C    single  1.547  0.020  1.547
 Q03  C1  C2   single  1.530  0.020  1.530
 Q03  C3  C2   single  1.525  0.020  1.525
 Q03  C   N    single  1.463  0.020  1.463
 Q03  C   H3   single  0.970  0.020  1.090
 Q03  N   H4   single  0.890  0.020  1.040
 Q03  N   H5   single  0.890  0.020  1.040
 Q03  C1  H7   single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C6  H8   single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C6  H9   single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C5  H10  single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C5  H11  single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C4  H12  single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C4  H13  single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C3  H14  single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C3  H15  single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C2  H16  single  0.970  0.020  1.090
 Q03  C2  H17  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Q03  C    P   O1   102.90  3.000
 Q03  C    P   O    105.65  3.000
 Q03  O1   P   O    113.63  3.000
 Q03  C    P   O2   107.99  3.000
 Q03  O    P   O2   112.54  3.000
 Q03  O1   P   O2   113.19  3.000
 Q03  H3   C   C1   107.11  3.000
 Q03  H3   C   N    107.06  3.000
 Q03  C1   C   N    114.84  3.000
 Q03  H3   C   P    109.03  3.000
 Q03  N    C   P    105.62  3.000
 Q03  C1   C   P    112.95  3.000
 Q03  H5   N   H4   106.40  3.000
 Q03  H5   N   C    111.02  3.000
 Q03  H4   N   C    107.82  3.000
 Q03  H7   C1  C2   108.16  3.000
 Q03  H7   C1  C6   106.93  3.000
 Q03  C2   C1  C6   108.83  3.000
 Q03  H7   C1  C    107.30  3.000
 Q03  C2   C1  C    111.56  3.000
 Q03  C6   C1  C    113.81  3.000
 Q03  H9   C6  H8   106.47  3.000
 Q03  H9   C6  C5   108.53  3.000
 Q03  H8   C6  C5   109.24  3.000
 Q03  H9   C6  C1   110.84  3.000
 Q03  H8   C6  C1   109.33  3.000
 Q03  C5   C6  C1   112.26  3.000
 Q03  H11  C5  H10  106.25  3.000
 Q03  H11  C5  C4   109.02  3.000
 Q03  H10  C5  C4   110.34  3.000
 Q03  H11  C5  C6   108.94  3.000
 Q03  H10  C5  C6   110.14  3.000
 Q03  C4   C5  C6   111.98  3.000
 Q03  H13  C4  H12  106.47  3.000
 Q03  H13  C4  C3   110.81  3.000
 Q03  H12  C4  C3   109.16  3.000
 Q03  H13  C4  C5   110.39  3.000
 Q03  H12  C4  C5   109.22  3.000
 Q03  C3   C4  C5   110.68  3.000
 Q03  H15  C3  H14  106.25  3.000
 Q03  H15  C3  C2   109.43  3.000
 Q03  H14  C3  C2   110.27  3.000
 Q03  H15  C3  C4   109.16  3.000
 Q03  H14  C3  C4   110.25  3.000
 Q03  C2   C3  C4   111.34  3.000
 Q03  H17  C2  H16  106.82  3.000
 Q03  H17  C2  C3   108.68  3.000
 Q03  H16  C2  C3   111.25  3.000
 Q03  H17  C2  C1   108.46  3.000
 Q03  H16  C2  C1   108.64  3.000
 Q03  C3   C2  C1   112.79  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Q03  Var_01  C4  C5  C6  C1   55.80  30.0  1
 Q03  Var_02  C4  C3  C2  C1  -56.31  30.0  1
 Q03  Var_03  C2  C3  C4  C5   54.20  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 Q03  chir_01  C   P   C1  N   positiv
 Q03  chir_02  C1  C6  C   C2  negativ

