# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version 1.18.1-3865-
#   - file written: Thu Jun 18 11:27:50 2020
#   Inital geometry file: a 137 line input string
#   Ligand name: (9beta,17beta)-2-methoxyestra-1,3,5(10)-triene-3,17-diyl disulfamate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1cc2[C@H]3CC[C@]4(C)[C@H](CC[C@H]4[C@@H]3CCc2cc1O[S](N)(=O)=O)O[S](N)(=O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 PO1  PO1  '(9beta,17beta)-2-methoxyestra-1,3,5(10)-triene-3,17-diyl disulfamate'  ligand  58  30  .  2021-08-19  2021-08-19  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_PO1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 PO1  C1    C  CR6   0   0.243   4.1800  -0.1583   0.7358
 PO1  C2    C  CR6   0   0.374   3.5039   1.0438   0.9555
 PO1  O2    O  OS    0  -0.639   5.9981  -1.2849  -1.4116
 PO1  S1    S  S     0   1.560   6.4033  -0.1658  -0.5945
 PO1  O1    O  OS    0  -0.630   7.7640  -0.0781  -0.1219
 PO1  N1    N  NC2   0  -0.892   5.8456   1.1800  -1.3234
 PO1  O3    O  OC2   0  -0.596   5.5642  -0.1515   0.7881
 PO1  C3    C  CR16  0  -0.476   2.1166   1.0149   0.9622
 PO1  C4    C  CR6   0   0.146   1.3989  -0.1680   0.7595
 PO1  C5    C  CR6   0   0.029   2.0957  -1.3625   0.5648
 PO1  C6    C  CR16  0  -0.337   3.4892  -1.3339   0.5524
 PO1  O4    O  O2    0  -0.466   4.2575   2.1347   1.1596
 PO1  C7    C  CH3   0  -0.441   3.6056   3.3680   1.3928
 PO1  C8    C  CH1   0  -0.269  -0.1180  -0.1517   0.8203
 PO1  C9    C  CH1   0  -0.239  -0.7255  -1.4071   0.1729
 PO1  C10   C  CH2   0  -0.430  -0.0662  -2.6489   0.7519
 PO1  C11   C  CH2   0  -0.504   1.4011  -2.6838   0.3580
 PO1  C12   C  CH2   0  -0.454  -0.7537   1.1303   0.2628
 PO1  C13   C  CH2   0  -0.408  -2.2824   1.1225   0.3726
 PO1  C14   C  CT    0  -0.115  -2.8801  -0.1326  -0.2524
 PO1  C15   C  CH1   0  -0.198  -2.2263  -1.3654   0.3899
 PO1  C16   C  CH3   0  -0.674  -2.7297  -0.0976  -1.7770
 PO1  C17   C  CH1   0   0.068  -4.3286  -0.4343   0.1261
 PO1  C18   C  CH2   0  -0.466  -4.5152  -1.9309  -0.1696
 PO1  C19   C  CH2   0  -0.452  -3.0959  -2.5375  -0.0685
 PO1  O5    O  OC2   0  -0.594  -5.2355   0.4014  -0.6248
 PO1  S2    S  S     0   1.566  -6.6302   0.8136   0.0062
 PO1  O6    O  OS    0  -0.657  -7.2690  -0.3211   0.6371
 PO1  O7    O  OS    0  -0.640  -7.2983   1.4955  -1.0792
 PO1  N2    N  NC2   0  -0.896  -6.1542   1.8149   1.2140
 PO1  HN11  H  HNC2  0   0.426   6.1926   2.0460  -0.9274
 PO1  HN12  H  HNC2  0   0.434   5.9487   1.1517  -2.3315
 PO1  H3    H  HCR6  0   0.273   1.5727   1.9313   1.1418
 PO1  H6    H  HCR6  0   0.265   4.0431  -2.2549   0.4146
 PO1  H71   H  HCH3  0   0.263   4.3901   4.1062   1.5377
 PO1  H72   H  HCH3  0   0.230   2.9891   3.6709   0.5427
 PO1  H73   H  HCH3  0   0.231   2.9823   3.3358   2.2900
 PO1  H8    H  HCH1  0   0.239  -0.3897  -0.2008   1.8860
 PO1  H9    H  HCH1  0   0.225  -0.5142  -1.3928  -0.9050
 PO1  H101  H  HCH2  0   0.220  -0.1710  -2.6457   1.8425
 PO1  H102  H  HCH2  0   0.243  -0.5595  -3.5535   0.3901
 PO1  H111  H  HCH2  0   0.249   1.9277  -3.4639   0.9129
 PO1  H112  H  HCH2  0   0.243   1.4808  -2.9636  -0.6980
 PO1  H121  H  HCH2  0   0.243  -0.3884   2.0051   0.8042
 PO1  H122  H  HCH2  0   0.229  -0.4430   1.2692  -0.7767
 PO1  H131  H  HCH2  0   0.223  -2.5626   1.1660   1.4314
 PO1  H132  H  HCH2  0   0.234  -2.6884   2.0245  -0.0939
 PO1  H15   H  HCH1  0   0.224  -2.3766  -1.2648   1.4759
 PO1  H161  H  HCH3  0   0.240  -1.6879  -0.0174  -2.0837
 PO1  H162  H  HCH3  0   0.238  -3.1350  -0.9853  -2.2643
 PO1  H163  H  HCH3  0   0.238  -3.2465   0.7690  -2.1910
 PO1  H17   H  HCH1  0   0.260  -4.4584  -0.2294   1.1940
 PO1  H181  H  HCH2  0   0.250  -5.2109  -2.3881   0.5328
 PO1  H182  H  HCH2  0   0.246  -4.9326  -2.0678  -1.1682
 PO1  H191  H  HCH2  0   0.242  -3.0597  -3.3700   0.6343
 PO1  H192  H  HCH2  0   0.230  -2.7635  -2.9258  -1.0338
 PO1  HN21  H  HNC2  0   0.421  -5.8611   2.7305   0.8917
 PO1  HN22  H  HNC2  0   0.427  -6.8443   1.8883   1.9530

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 PO1  C1   C2    aromatic  1.397  0.020  1.397
 PO1  C1   O3    single    1.385  0.020  1.385
 PO1  C1   C6    aromatic  1.376  0.020  1.376
 PO1  C2   C3    aromatic  1.388  0.020  1.388
 PO1  C2   O4    single    1.341  0.020  1.341
 PO1  O2   S1    deloc     1.444  0.020  1.444
 PO1  S1   O1    deloc     1.443  0.020  1.443
 PO1  S1   N1    single    1.629  0.020  1.629
 PO1  S1   O3    single    1.617  0.020  1.617
 PO1  N1   HN11  single    0.890  0.020  1.040
 PO1  N1   HN12  single    0.890  0.020  1.040
 PO1  C3   C4    aromatic  1.398  0.020  1.398
 PO1  C3   H3    single    0.930  0.020  1.080
 PO1  C4   C5    aromatic  1.397  0.020  1.397
 PO1  C4   C8    single    1.518  0.020  1.518
 PO1  C5   C6    aromatic  1.394  0.020  1.394
 PO1  C5   C11   single    1.507  0.020  1.507
 PO1  C6   H6    single    0.930  0.020  1.080
 PO1  O4   C7    single    1.414  0.020  1.414
 PO1  C7   H71   single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C7   H72   single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C7   H73   single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C8   C9    single    1.538  0.020  1.538
 PO1  C8   C12   single    1.536  0.020  1.536
 PO1  C8   H8    single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C9   C10   single    1.520  0.020  1.520
 PO1  C9   C15   single    1.517  0.020  1.517
 PO1  C9   H9    single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C10  C11   single    1.520  0.020  1.520
 PO1  C10  H101  single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C10  H102  single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C11  H111  single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C11  H112  single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C12  C13   single    1.533  0.020  1.533
 PO1  C12  H121  single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C12  H122  single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C13  C14   single    1.524  0.020  1.524
 PO1  C13  H131  single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C13  H132  single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C14  C15   single    1.536  0.020  1.536
 PO1  C14  C16   single    1.532  0.020  1.532
 PO1  C14  C17   single    1.527  0.020  1.527
 PO1  C15  C19   single    1.530  0.020  1.530
 PO1  C15  H15   single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C16  H161  single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C16  H162  single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C16  H163  single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C17  C18   single    1.537  0.020  1.537
 PO1  C17  O5    single    1.444  0.020  1.444
 PO1  C17  H17   single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C18  C19   single    1.547  0.020  1.547
 PO1  C18  H181  single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C18  H182  single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C19  H191  single    0.970  0.020  1.090
 PO1  C19  H192  single    0.970  0.020  1.090
 PO1  O5   S2    single    1.585  0.020  1.585
 PO1  S2   O6    deloc     1.447  0.020  1.447
 PO1  S2   O7    deloc     1.445  0.020  1.445
 PO1  S2   N2    single    1.639  0.020  1.639
 PO1  N2   HN21  single    0.890  0.020  1.040
 PO1  N2   HN22  single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 PO1  C6    C1   O3    120.73  3.000
 PO1  C6    C1   C2    120.89  3.000
 PO1  O3    C1   C2    118.27  3.000
 PO1  O4    C2   C3    125.30  3.000
 PO1  O4    C2   C1    116.87  3.000
 PO1  C3    C2   C1    117.83  3.000
 PO1  O3    S1   N1    101.40  3.000
 PO1  O3    S1   O1    102.05  3.000
 PO1  N1    S1   O1    114.78  3.000
 PO1  O3    S1   O2    110.19  3.000
 PO1  N1    S1   O2    106.92  3.000
 PO1  O1    S1   O2    119.81  3.000
 PO1  HN12  N1   HN11  112.19  3.000
 PO1  HN12  N1   S1    112.77  3.000
 PO1  HN11  N1   S1    114.45  3.000
 PO1  S1    O3   C1    119.09  3.000
 PO1  H3    C3   C4    118.89  3.000
 PO1  H3    C3   C2    119.10  3.000
 PO1  C4    C3   C2    122.01  3.000
 PO1  C8    C4   C5    120.88  3.000
 PO1  C8    C4   C3    119.86  3.000
 PO1  C5    C4   C3    119.18  3.000
 PO1  C11   C5   C6    118.52  3.000
 PO1  C11   C5   C4    122.62  3.000
 PO1  C6    C5   C4    118.86  3.000
 PO1  H6    C6   C5    119.66  3.000
 PO1  H6    C6   C1    119.12  3.000
 PO1  C5    C6   C1    121.21  3.000
 PO1  C7    O4   C2    118.38  3.000
 PO1  H73   C7   H72   108.96  3.000
 PO1  H73   C7   H71   108.79  3.000
 PO1  H72   C7   H71   108.82  3.000
 PO1  H73   C7   O4    111.88  3.000
 PO1  H72   C7   O4    111.92  3.000
 PO1  H71   C7   O4    106.36  3.000
 PO1  H8    C8   C12   106.65  3.000
 PO1  H8    C8   C9    105.88  3.000
 PO1  C12   C8   C9    111.42  3.000
 PO1  H8    C8   C4    106.55  3.000
 PO1  C12   C8   C4    114.08  3.000
 PO1  C9    C8   C4    111.66  3.000
 PO1  H9    C9   C15   109.29  3.000
 PO1  H9    C9   C10   107.51  3.000
 PO1  C15   C9   C10   113.39  3.000
 PO1  H9    C9   C8    109.06  3.000
 PO1  C15   C9   C8    107.95  3.000
 PO1  C10   C9   C8    109.58  3.000
 PO1  H102  C10  H101  106.80  3.000
 PO1  H102  C10  C11   109.34  3.000
 PO1  H101  C10  C11   110.51  3.000
 PO1  H102  C10  C9    110.77  3.000
 PO1  H101  C10  C9    109.58  3.000
 PO1  C11   C10  C9    109.80  3.000
 PO1  H112  C11  H111  105.80  3.000
 PO1  H112  C11  C10   109.03  3.000
 PO1  H111  C11  C10   110.50  3.000
 PO1  H112  C11  C5    108.82  3.000
 PO1  H111  C11  C5    109.52  3.000
 PO1  C10   C11  C5    112.91  3.000
 PO1  H122  C12  H121  105.93  3.000
 PO1  H122  C12  C13   110.61  3.000
 PO1  H121  C12  C13   107.60  3.000
 PO1  H122  C12  C8    109.47  3.000
 PO1  H121  C12  C8    110.51  3.000
 PO1  C13   C12  C8    112.49  3.000
 PO1  H132  C13  H131  106.52  3.000
 PO1  H132  C13  C14   111.02  3.000
 PO1  H131  C13  C14   109.19  3.000
 PO1  H132  C13  C12   109.60  3.000
 PO1  H131  C13  C12   108.90  3.000
 PO1  C14   C13  C12   111.47  3.000
 PO1  C17   C14  C16   110.13  3.000
 PO1  C17   C14  C15    98.14  3.000
 PO1  C16   C14  C15   113.12  3.000
 PO1  C17   C14  C13   115.65  3.000
 PO1  C16   C14  C13   110.53  3.000
 PO1  C15   C14  C13   108.81  3.000
 PO1  H15   C15  C19   106.73  3.000
 PO1  H15   C15  C14   106.32  3.000
 PO1  C19   C15  C14   104.34  3.000
 PO1  H15   C15  C9    106.18  3.000
 PO1  C19   C15  C9    119.90  3.000
 PO1  C14   C15  C9    112.54  3.000
 PO1  H163  C16  H162  107.52  3.000
 PO1  H163  C16  H161  106.73  3.000
 PO1  H162  C16  H161  106.83  3.000
 PO1  H163  C16  C14   110.45  3.000
 PO1  H162  C16  C14   112.92  3.000
 PO1  H161  C16  C14   112.07  3.000
 PO1  H17   C17  O5    108.93  3.000
 PO1  H17   C17  C18   110.82  3.000
 PO1  O5    C17  C18   112.79  3.000
 PO1  H17   C17  C14   108.49  3.000
 PO1  O5    C17  C14   110.64  3.000
 PO1  C18   C17  C14   105.06  3.000
 PO1  H182  C18  H181  107.05  3.000
 PO1  H182  C18  C19   111.21  3.000
 PO1  H181  C18  C19   112.29  3.000
 PO1  H182  C18  C17   110.17  3.000
 PO1  H181  C18  C17   111.24  3.000
 PO1  C19   C18  C17   104.95  3.000
 PO1  H192  C19  H191  106.74  3.000
 PO1  H192  C19  C18   111.16  3.000
 PO1  H191  C19  C18   111.85  3.000
 PO1  H192  C19  C15   111.36  3.000
 PO1  H191  C19  C15   111.91  3.000
 PO1  C18   C19  C15   103.93  3.000
 PO1  S2    O5   C17   119.74  3.000
 PO1  N2    S2   O7    113.53  3.000
 PO1  N2    S2   O6    106.61  3.000
 PO1  O7    S2   O6    119.56  3.000
 PO1  N2    S2   O5    101.34  3.000
 PO1  O7    S2   O5    103.32  3.000
 PO1  O6    S2   O5    110.98  3.000
 PO1  HN22  N2   HN21  111.29  3.000
 PO1  HN22  N2   S2    112.56  3.000
 PO1  HN21  N2   S2    113.66  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 PO1  CONST_01  C4    C3   C2   C1      0.00   0.0  0
 PO1  CONST_02  C4    C5   C6   C1      0.00   0.0  0
 PO1  CONST_03  C5    C6   C1   C2      0.00   0.0  0
 PO1  CONST_04  C5    C4   C3   C2      0.00   0.0  0
 PO1  CONST_05  C6    C1   C2   C3      0.00   0.0  0
 PO1  CONST_06  C6    C5   C4   C3      0.00   0.0  0
 PO1  CONST_07  C3    C2   C1   O3    180.00   0.0  0
 PO1  CONST_08  C5    C6   C1   O3    180.00   0.0  0
 PO1  CONST_09  O4    C2   C3   C4    180.00   0.0  0
 PO1  CONST_10  O4    C2   C1   C6    180.00   0.0  0
 PO1  CONST_11  H3    C3   C2   C1    180.00   0.0  0
 PO1  CONST_12  H6    C6   C1   C2    180.00   0.0  0
 PO1  Var_01    C10   C11  C5   C4    -15.53  30.0  1
 PO1  Var_02    C9    C10  C11  C5     46.56  30.0  1
 PO1  Var_03    C14   C13  C12  C8    -53.10  30.0  1
 PO1  Var_04    C17   C18  C19  C15     4.51  30.0  1
 PO1  Var_05    C6    C1   O3   S1     81.62  30.0  2
 PO1  Var_06    O2    S1   O3   C1    -54.74  30.0  2
 PO1  Var_07    O6    S2   O5   C17   -44.22  30.0  3
 PO1  Var_08    H71   C7   O4   C2    179.61  30.0  3
 PO1  Var_09    HN11  N1   S1   O2   -170.56  30.0  3
 PO1  Var_10    HN21  N2   S2   O5     75.49  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 PO1  chir_01  C8   C4   C9   C12  positiv
 PO1  chir_02  C9   C8   C10  C15  negativ
 PO1  chir_03  C14  C15  C13  C17  positiv
 PO1  chir_04  C15  C9   C14  C19  negativ
 PO1  chir_05  C17  O5   C18  C14  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 PO1  plan-1  C1   0.020
 PO1  plan-1  C2   0.020
 PO1  plan-1  O3   0.020
 PO1  plan-1  C3   0.020
 PO1  plan-1  C4   0.020
 PO1  plan-1  C5   0.020
 PO1  plan-1  C6   0.020
 PO1  plan-1  O4   0.020
 PO1  plan-1  C8   0.020
 PO1  plan-1  C11  0.020
 PO1  plan-1  H3   0.020
 PO1  plan-1  H6   0.020

