# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 28 14:47:47 2020
#   Inital geometry file: a 51 line input string
#   Ligand name: 2-phenylethanol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OCCc1ccccc1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 PEL  PEL  '2-phenylethanol          '  ligand  19  9  .  2021-08-19  2021-08-19  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_PEL
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 PEL  C1'  C  CR6   0   0.111  -0.0339  -0.3726  -0.0651
 PEL  C2'  C  CR16  0  -0.301   1.1748  -0.1459  -0.7221
 PEL  C3'  C  CR16  0  -0.240   1.2031   0.1804  -2.0710
 PEL  C4'  C  CR16  0  -0.272   0.0176   0.2834  -2.7882
 PEL  C5'  C  CR16  0  -0.240  -1.1925   0.0594  -2.1456
 PEL  C6'  C  CR16  0  -0.309  -1.2152  -0.2645  -0.7947
 PEL  CA   C  CH2   0  -0.537  -0.0564  -0.6913   1.4039
 PEL  C    C  CH2   0  -0.133   0.0959   0.5694   2.2435
 PEL  OXT  O  OH1   0  -0.671   0.0806   0.2048   3.6058
 PEL  H2   H  HCR6  0   0.248   2.1053  -0.2320  -0.1722
 PEL  H3   H  HCR6  0   0.253   2.1519   0.3511  -2.5636
 PEL  H4   H  HCR6  0   0.254   0.0374   0.5314  -3.8417
 PEL  H5   H  HCR6  0   0.253  -2.1212   0.1352  -2.6967
 PEL  H6   H  HCR6  0   0.248  -2.1644  -0.4422  -0.3023
 PEL  HA1  H  HCH2  0   0.245   0.7528  -1.3848   1.6484
 PEL  HA2  H  HCH2  0   0.245  -0.9955  -1.1851   1.6647
 PEL  H11  H  HCH2  0   0.196  -0.7194   1.2642   2.0018
 PEL  H12  H  HCH2  0   0.196   1.0328   1.0726   1.9713
 PEL  HXT  H  HOH1  0   0.454   0.2038   1.0005   4.1312

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 PEL  C1'  C2'  aromatic  1.394  0.020  1.394
 PEL  C1'  C6'  aromatic  1.393  0.020  1.393
 PEL  C1'  CA   single    1.503  0.020  1.503
 PEL  C2'  C3'  aromatic  1.388  0.020  1.388
 PEL  C2'  H2   single    0.930  0.020  1.080
 PEL  C3'  C4'  aromatic  1.389  0.020  1.389
 PEL  C3'  H3   single    0.930  0.020  1.080
 PEL  C4'  C5'  aromatic  1.388  0.020  1.388
 PEL  C4'  H4   single    0.930  0.020  1.080
 PEL  C5'  C6'  aromatic  1.389  0.020  1.389
 PEL  C5'  H5   single    0.930  0.020  1.080
 PEL  C6'  H6   single    0.930  0.020  1.080
 PEL  CA   C    single    1.522  0.020  1.522
 PEL  CA   HA1  single    0.970  0.020  1.090
 PEL  CA   HA2  single    0.970  0.020  1.090
 PEL  C    OXT  single    1.410  0.020  1.410
 PEL  C    H11  single    0.970  0.020  1.090
 PEL  C    H12  single    0.970  0.020  1.090
 PEL  OXT  HXT  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 PEL  CA   C1'  C6'  121.05  3.000
 PEL  CA   C1'  C2'  120.52  3.000
 PEL  C6'  C1'  C2'  118.42  3.000
 PEL  H2   C2'  C3'  119.60  3.000
 PEL  H2   C2'  C1'  119.48  3.000
 PEL  C3'  C2'  C1'  120.92  3.000
 PEL  H3   C3'  C4'  120.08  3.000
 PEL  H3   C3'  C2'  119.82  3.000
 PEL  C4'  C3'  C2'  120.11  3.000
 PEL  H4   C4'  C5'  120.22  3.000
 PEL  H4   C4'  C3'  120.25  3.000
 PEL  C5'  C4'  C3'  119.53  3.000
 PEL  H5   C5'  C6'  119.82  3.000
 PEL  H5   C5'  C4'  120.05  3.000
 PEL  C6'  C5'  C4'  120.13  3.000
 PEL  H6   C6'  C5'  119.62  3.000
 PEL  H6   C6'  C1'  119.48  3.000
 PEL  C5'  C6'  C1'  120.90  3.000
 PEL  HA2  CA   HA1  107.22  3.000
 PEL  HA2  CA   C    109.18  3.000
 PEL  HA1  CA   C    109.14  3.000
 PEL  HA2  CA   C1'  109.99  3.000
 PEL  HA1  CA   C1'  110.00  3.000
 PEL  C    CA   C1'  111.22  3.000
 PEL  H12  C    H11  106.80  3.000
 PEL  H12  C    OXT  111.54  3.000
 PEL  H11  C    OXT  111.60  3.000
 PEL  H12  C    CA   109.16  3.000
 PEL  H11  C    CA   109.17  3.000
 PEL  OXT  C    CA   108.52  3.000
 PEL  HXT  OXT  C    108.22  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 PEL  CONST_01  C4'  C3'  C2'  C1'     0.00   0.0  0
 PEL  CONST_02  C4'  C5'  C6'  C1'     0.00   0.0  0
 PEL  CONST_03  C5'  C6'  C1'  C2'     0.00   0.0  0
 PEL  CONST_04  C5'  C4'  C3'  C2'     0.00   0.0  0
 PEL  CONST_05  C6'  C1'  C2'  C3'     0.00   0.0  0
 PEL  CONST_06  C6'  C5'  C4'  C3'     0.00   0.0  0
 PEL  CONST_07  CA   C1'  C2'  C3'   180.00   0.0  0
 PEL  CONST_08  CA   C1'  C6'  C5'   180.00   0.0  0
 PEL  CONST_09  H3   C3'  C2'  C1'   180.00   0.0  0
 PEL  CONST_10  H5   C5'  C6'  C1'   180.00   0.0  0
 PEL  CONST_11  H6   C6'  C1'  C2'   180.00   0.0  0
 PEL  CONST_12  H4   C4'  C3'  C2'   180.00   0.0  0
 PEL  CONST_13  H2   C2'  C3'  C4'   180.00   0.0  0
 PEL  Var_01    C    CA   C1'  C2'    79.58  30.0  2
 PEL  Var_02    OXT  C    CA   C1'  -179.43  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 PEL  plan-1  C1'  0.020
 PEL  plan-1  C2'  0.020
 PEL  plan-1  C3'  0.020
 PEL  plan-1  C4'  0.020
 PEL  plan-1  C5'  0.020
 PEL  plan-1  C6'  0.020
 PEL  plan-1  CA   0.020
 PEL  plan-1  H2   0.020
 PEL  plan-1  H3   0.020
 PEL  plan-1  H4   0.020
 PEL  plan-1  H5   0.020
 PEL  plan-1  H6   0.020

