# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version 1.18.1-3865-
#   - file written: Fri Jun 19 09:00:38 2020
#   Inital geometry file: a 181 line input string
#   Ligand name: (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2-{[3-O-(2,6-diamino-2,6-dideoxy-beta-L-idopyranosyl)-beta-D-ribofuranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: NC[C@@H]1O[C@H](O[C@H]2[C@@H](O)[C@@H](O[C@@H]2CO)O[C@@H]3[C@@H](O)[C@H](N)C[C@H](N)[C@H]3O[C@H]4O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]4N)[C@H](N)[C@@H](O)[C@@H]1O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 PAR  PAR  '(1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2-{[3-O-(2,6-diamino-2,6-dideoxy-beta-L-idopyranosyl)-beta-D-ribofuranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside'  ligand  87  42  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_PAR
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 PAR  C11   C  CH1   0   0.276  -1.3056   0.2688   2.7981
 PAR  O11   O  O2    0  -0.521  -0.0880   0.9315   3.0095
 PAR  C21   C  CH1   0  -0.148  -2.4029   1.3259   2.6726
 PAR  N21   N  NH2   0  -0.817  -2.0716   2.2848   1.6371
 PAR  C31   C  CH1   0   0.039  -2.6097   2.0088   4.0152
 PAR  O31   O  OH1   0  -0.675  -3.6772   2.9200   3.8853
 PAR  C41   C  CH1   0  -0.006  -2.9072   0.9628   5.0840
 PAR  O41   O  OH1   0  -0.676  -2.9954   1.6377   6.3221
 PAR  C51   C  CH1   0  -0.027  -1.8129  -0.1081   5.1084
 PAR  O51   O  O2    0  -0.505  -1.6173  -0.6449   3.8089
 PAR  C61   C  CH2   0  -0.163  -2.1875  -1.2646   6.0100
 PAR  O61   O  OH1   0  -0.666  -1.1046  -2.1592   6.0903
 PAR  C12   C  CH1   0  -0.142   3.9912  -0.2598   3.0654
 PAR  N12   N  NH2   0  -0.805   5.1843  -1.0769   3.2232
 PAR  C22   C  CH2   0  -0.466   3.2993   0.1648   4.3559
 PAR  C32   C  CH1   0  -0.102   2.0337   0.9742   4.0838
 PAR  N32   N  NH2   0  -0.793   1.4008   1.3313   5.3414
 PAR  C42   C  CH1   0   0.062   1.0752   0.1563   3.2127
 PAR  C52   C  CH1   0   0.014   1.7795  -0.1775   1.8954
 PAR  O52   O  O2    0  -0.513   0.9118  -0.8906   1.0410
 PAR  C62   C  CH1   0   0.088   3.0111  -1.0250   2.1817
 PAR  O62   O  OH1   0  -0.683   3.6228  -1.3961   0.9693
 PAR  C13   C  CH1   0   0.300   0.9003  -0.5405  -0.3010
 PAR  C23   C  CH1   0  -0.020   0.7682  -1.7910  -1.1627
 PAR  O23   O  OH1   0  -0.670   1.9697  -2.4377  -1.4438
 PAR  C33   C  CH1   0  -0.045   0.0612  -1.2700  -2.4069
 PAR  O33   O  O2    0  -0.507   1.0121  -0.7402  -3.3041
 PAR  C43   C  CH1   0  -0.006  -0.8423  -0.1758  -1.8142
 PAR  O43   O  O2    0  -0.498  -0.2361   0.2290  -0.5882
 PAR  C53   C  CH2   0  -0.157  -2.2558  -0.6640  -1.5790
 PAR  O53   O  OH1   0  -0.664  -2.9948   0.3754  -0.9789
 PAR  C14   C  CH1   0   0.326   0.6530  -0.8326  -4.6380
 PAR  C24   C  CH1   0  -0.179   1.7621  -0.2238  -5.4913
 PAR  N24   N  NH2   0  -0.821   1.9856   1.1677  -5.1096
 PAR  C34   C  CH1   0  -0.005   1.3155  -0.2433  -6.9602
 PAR  O34   O  OH1   0  -0.667   1.2981  -1.5873  -7.3781
 PAR  C44   C  CH1   0  -0.024  -0.0698   0.4217  -7.1014
 PAR  O44   O  OH1   0  -0.694   0.0257   1.8104  -6.9036
 PAR  C54   C  CH1   0   0.035  -1.0563  -0.2346  -6.1344
 PAR  O54   O  O2    0  -0.489  -0.5530  -0.1484  -4.8160
 PAR  C64   C  CH2   0  -0.290  -2.4321   0.4046  -6.1567
 PAR  N64   N  NH2   0  -0.778  -3.3775  -0.3589  -5.3598
 PAR  H11   H  HCH1  0   0.245  -1.2754  -0.3287   1.8847
 PAR  H21   H  HCH1  0   0.215  -3.3241   0.7632   2.4444
 PAR  HN21  H  HNH2  0   0.352  -1.9796   1.7851   0.7597
 PAR  HN22  H  HNH2  0   0.341  -2.8560   2.9119   1.5108
 PAR  H31   H  HCH1  0   0.206  -1.6853   2.5379   4.2920
 PAR  HO31  H  HOH1  0   0.449  -3.7853   3.3698   4.7296
 PAR  H41   H  HCH1  0   0.215  -3.8658   0.4860   4.8313
 PAR  HO41  H  HOH1  0   0.459  -3.6202   1.1784   6.8891
 PAR  H51   H  HCH1  0   0.237  -0.8825   0.3392   5.4812
 PAR  H611  H  HCH2  0   0.194  -2.4472  -0.8645   6.9981
 PAR  H612  H  HCH2  0   0.195  -3.0910  -1.7500   5.6135
 PAR  HO61  H  HOH1  0   0.454  -1.3675  -2.8908   6.6559
 PAR  H121  H  HNH2  0   0.360   5.9514  -0.5170   3.5717
 PAR  H122  H  HNH2  0   0.348   5.0239  -1.8011   3.9143
 PAR  H221  H  HCH2  0   0.226   3.0398  -0.7186   4.9506
 PAR  H222  H  HCH2  0   0.247   3.9901   0.7614   4.9586
 PAR  H32   H  HCH1  0   0.204   2.3255   1.8641   3.5007
 PAR  H321  H  HNH2  0   0.348   2.0696   1.8309   5.9158
 PAR  H322  H  HNH2  0   0.350   0.6506   1.9882   5.1686
 PAR  H42   H  HCH1  0   0.227   0.8297  -0.7711   3.7463
 PAR  H52   H  HCH1  0   0.227   2.0898   0.7621   1.4153
 PAR  H62   H  HCH1  0   0.198   2.6845  -1.9236   2.7330
 PAR  HO62  H  HOH1  0   0.448   4.5235  -1.6599   1.2136
 PAR  H13   H  HCH1  0   0.207   1.8124   0.0195  -0.5571
 PAR  H23   H  HCH1  0   0.221   0.0578  -2.4583  -0.6480
 PAR  HO23  H  HOH1  0   0.450   2.5055  -2.4423  -0.6388
 PAR  H33   H  HCH1  0   0.258  -0.5258  -2.0577  -2.8943
 PAR  H43   H  HCH1  0   0.248  -0.8758   0.6852  -2.4854
 PAR  H531  H  HCH2  0   0.213  -2.6720  -0.9405  -2.5567
 PAR  H532  H  HCH2  0   0.193  -2.2414  -1.5650  -0.9509
 PAR  HO53  H  HOH1  0   0.456  -3.8335   0.0173  -0.6762
 PAR  H14   H  HCH1  0   0.199   0.5200  -1.8917  -4.9246
 PAR  H24   H  HCH1  0   0.248   2.6596  -0.8482  -5.3840
 PAR  H241  H  HNH2  0   0.369   2.1132   1.2465  -4.1087
 PAR  H242  H  HNH2  0   0.370   2.8427   1.4997  -5.5342
 PAR  H34   H  HCH1  0   0.234   2.0386   0.3403  -7.5504
 PAR  HO34  H  HOH1  0   0.456   1.0245  -1.6171  -8.3004
 PAR  H44   H  HCH1  0   0.233  -0.4319   0.2568  -8.1248
 PAR  HO44  H  HOH1  0   0.444   0.6119   1.9186  -6.1241
 PAR  H54   H  HCH1  0   0.202  -1.1632  -1.2924  -6.4271
 PAR  H641  H  HCH2  0   0.197  -2.7315   0.5168  -7.2089
 PAR  H642  H  HCH2  0   0.223  -2.3615   1.4132  -5.7463
 PAR  HN61  H  HNH2  0   0.346  -4.2373   0.1649  -5.2644
 PAR  HN62  H  HNH2  0   0.336  -3.6260  -1.2082  -5.8518
 PAR  H12   H  HCH1  0   0.239   4.2947   0.6409   2.5190

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 PAR  C11  O11   single  1.402  0.020  1.402
 PAR  C11  C21   single  1.529  0.020  1.529
 PAR  C11  O51   single  1.398  0.020  1.398
 PAR  C11  H11   single  0.970  0.020  1.090
 PAR  O11  C42   single  1.413  0.020  1.413
 PAR  C21  N21   single  1.450  0.020  1.450
 PAR  C21  C31   single  1.520  0.020  1.520
 PAR  C21  H21   single  0.970  0.020  1.090
 PAR  N21  HN21  single  0.890  0.020  1.040
 PAR  N21  HN22  single  0.890  0.020  1.040
 PAR  C31  O31   single  1.409  0.020  1.409
 PAR  C31  C41   single  1.525  0.020  1.525
 PAR  C31  H31   single  0.970  0.020  1.090
 PAR  O31  HO31  single  0.850  0.020  0.980
 PAR  C41  O41   single  1.413  0.020  1.413
 PAR  C41  C51   single  1.531  0.020  1.531
 PAR  C41  H41   single  0.970  0.020  1.090
 PAR  O41  HO41  single  0.850  0.020  0.980
 PAR  C51  O51   single  1.420  0.020  1.420
 PAR  C51  C61   single  1.513  0.020  1.513
 PAR  C51  H51   single  0.970  0.020  1.090
 PAR  C61  O61   single  1.407  0.020  1.407
 PAR  C61  H611  single  0.970  0.020  1.090
 PAR  C61  H612  single  0.970  0.020  1.090
 PAR  O61  HO61  single  0.850  0.020  0.980
 PAR  C12  N12   single  1.455  0.020  1.455
 PAR  C12  C22   single  1.525  0.020  1.525
 PAR  C12  C62   single  1.525  0.020  1.525
 PAR  C12  H12   single  0.970  0.020  1.090
 PAR  N12  H121  single  0.890  0.020  1.040
 PAR  N12  H122  single  0.890  0.020  1.040
 PAR  C22  C32   single  1.527  0.020  1.527
 PAR  C22  H221  single  0.970  0.020  1.090
 PAR  C22  H222  single  0.970  0.020  1.090
 PAR  C32  N32   single  1.452  0.020  1.452
 PAR  C32  C42   single  1.532  0.020  1.532
 PAR  C32  H32   single  0.970  0.020  1.090
 PAR  N32  H321  single  0.890  0.020  1.040
 PAR  N32  H322  single  0.890  0.020  1.040
 PAR  C42  C52   single  1.531  0.020  1.531
 PAR  C42  H42   single  0.970  0.020  1.090
 PAR  C52  O52   single  1.411  0.020  1.411
 PAR  C52  C62   single  1.522  0.020  1.522
 PAR  C52  H52   single  0.970  0.020  1.090
 PAR  O52  C13   single  1.387  0.020  1.387
 PAR  C62  O62   single  1.408  0.020  1.408
 PAR  C62  H62   single  0.970  0.020  1.090
 PAR  O62  HO62  single  0.850  0.020  0.980
 PAR  C13  C23   single  1.524  0.020  1.524
 PAR  C13  O43   single  1.402  0.020  1.402
 PAR  C13  H13   single  0.970  0.020  1.090
 PAR  C23  O23   single  1.393  0.020  1.393
 PAR  C23  C33   single  1.523  0.020  1.523
 PAR  C23  H23   single  0.970  0.020  1.090
 PAR  O23  HO23  single  0.850  0.020  0.980
 PAR  C33  O33   single  1.411  0.020  1.411
 PAR  C33  C43   single  1.538  0.020  1.538
 PAR  C33  H33   single  0.970  0.020  1.090
 PAR  O33  C14   single  1.385  0.020  1.385
 PAR  C43  O43   single  1.426  0.020  1.426
 PAR  C43  C53   single  1.514  0.020  1.514
 PAR  C43  H43   single  0.970  0.020  1.090
 PAR  C53  O53   single  1.409  0.020  1.409
 PAR  C53  H531  single  0.970  0.020  1.090
 PAR  C53  H532  single  0.970  0.020  1.090
 PAR  O53  HO53  single  0.850  0.020  0.980
 PAR  C14  C24   single  1.526  0.020  1.526
 PAR  C14  O54   single  1.398  0.020  1.398
 PAR  C14  H14   single  0.970  0.020  1.090
 PAR  C24  N24   single  1.460  0.020  1.460
 PAR  C24  C34   single  1.535  0.020  1.535
 PAR  C24  H24   single  0.970  0.020  1.090
 PAR  N24  H241  single  0.890  0.020  1.040
 PAR  N24  H242  single  0.890  0.020  1.040
 PAR  C34  O34   single  1.408  0.020  1.408
 PAR  C34  C44   single  1.543  0.020  1.543
 PAR  C34  H34   single  0.970  0.020  1.090
 PAR  O34  HO34  single  0.850  0.020  0.980
 PAR  C44  O44   single  1.406  0.020  1.406
 PAR  C44  C54   single  1.529  0.020  1.529
 PAR  C44  H44   single  0.970  0.020  1.090
 PAR  O44  HO44  single  0.850  0.020  0.980
 PAR  C54  O54   single  1.414  0.020  1.414
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 PAR  H24   C24  N24   113.02  3.000
 PAR  C34   C24  N24   107.86  3.000
 PAR  H24   C24  C14   108.21  3.000
 PAR  C34   C24  C14   108.57  3.000
 PAR  N24   C24  C14   110.20  3.000
 PAR  H242  N24  H241  106.41  3.000
 PAR  H242  N24  C24   109.42  3.000
 PAR  H241  N24  C24   110.61  3.000
 PAR  H34   C34  C44   108.19  3.000
 PAR  H34   C34  O34   110.80  3.000
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 PAR  H34   C34  C24   108.37  3.000
 PAR  C44   C34  C24   110.07  3.000
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 PAR  C54   C44  O44   112.25  3.000
 PAR  H44   C44  C34   108.46  3.000
 PAR  C54   C44  C34   109.65  3.000
 PAR  O44   C44  C34   110.60  3.000
 PAR  HO44  O44  C44   105.15  3.000
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 PAR  C64   C54  O54   108.11  3.000
 PAR  H54   C54  C44   107.84  3.000
 PAR  C64   C54  C44   113.26  3.000
 PAR  O54   C54  C44   109.50  3.000
 PAR  C54   O54  C14   113.33  3.000
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 PAR  H642  C64  C54   108.98  3.000
 PAR  H641  C64  C54   107.70  3.000
 PAR  N64   C64  C54   111.13  3.000
 PAR  HN62  N64  HN61  105.76  3.000
 PAR  HN62  N64  C64   109.51  3.000
 PAR  HN61  N64  C64   109.44  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 PAR  Var_01  HN61  N64  C64  C54  170.61  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 PAR  chir_01  C11  O11  C21  O51  positiv
 PAR  chir_02  C21  N21  C31  C11  positiv
 PAR  chir_03  C31  O31  C21  C41  positiv
 PAR  chir_04  C41  O41  C31  C51  negativ
 PAR  chir_05  C51  O51  C41  C61  negativ
 PAR  chir_06  C12  N12  C22  C62  positiv
 PAR  chir_07  C32  N32  C42  C22  positiv
 PAR  chir_08  C42  O11  C52  C32  negativ
 PAR  chir_09  C52  O52  C62  C42  positiv
 PAR  chir_10  C62  O62  C52  C12  positiv
 PAR  chir_11  C13  O52  O43  C23  positiv
 PAR  chir_12  C23  O23  C13  C33  negativ
 PAR  chir_13  C33  O33  C43  C23  positiv
 PAR  chir_14  C43  O43  C33  C53  negativ
 PAR  chir_15  C14  O54  O33  C24  positiv
 PAR  chir_16  C24  N24  C34  C14  positiv
 PAR  chir_17  C34  O34  C24  C44  positiv
 PAR  chir_18  C44  O44  C34  C54  negativ
 PAR  chir_19  C54  O54  C44  C64  positiv

