# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Jul 22 02:41:37 2021
#   Inital geometry file: a 60 line input string
#   Ligand name: 2-sulfanylidene-3~{H}-1,3-benzoxazole-5-sulfonamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[S](=O)(=O)c1ccc2OC(=S)Nc2c1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 P9E  P9E  2-sulfanylidene-3~{H}-1,3-benzoxazole-5-sulfonamide  ligand  20  14  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_P9E
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 P9E  C1  C  CR6   0  -0.222  -5.5415   2.4753  16.1930
 P9E  C2  C  CR16  0  -0.259  -4.1993   2.7469  15.9386
 P9E  C3  C  CR56  0   0.349  -3.9493   3.9292  15.2794
 P9E  C4  C  CR56  0   0.334  -4.9775   4.7818  14.9007
 P9E  C5  C  CR16  0  -0.327  -6.3022   4.5185  15.1505
 P9E  C6  C  CR16  0  -0.239  -6.5747   3.3282  15.8182
 P9E  C7  C  CR5   0   0.383  -3.0910   5.7178  14.2530
 P9E  N1  N  NR15  0  -0.669  -2.7973   4.5533  14.8561
 P9E  S1  S  S1    0  -0.305  -2.0857   6.8222  13.5807
 P9E  O1  O  O     0  -0.413  -4.4357   5.8604  14.2793
 P9E  S2  S  S     0   1.364  -5.9311   0.9706  17.0447
 P9E  O2  O  OS    0  -0.645  -7.2915   1.0832  17.5505
 P9E  O3  O  OS    0  -0.662  -4.8655   0.6613  17.9860
 P9E  N2  N  NC2   0  -0.886  -5.7871  -0.1270  15.8207
 P9E  H1  H  HCR6  0   0.311  -3.4026   2.0799  16.2377
 P9E  H2  H  HCR6  0   0.302  -7.0921   5.1936  14.8538
 P9E  H3  H  HCR6  0   0.297  -7.6011   3.0763  16.0428
 P9E  H4  H  HNR5  0   0.448  -1.8544   4.2119  14.9701
 P9E  H5  H  HNC2  0   0.422  -5.6909  -1.0725  16.1805
 P9E  H6  H  HNC2  0   0.418  -6.5576  -0.0802  15.1616

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 P9E  S1  C7  double    1.638  0.020  1.638
 P9E  C7  O1  single    1.353  0.020  1.353
 P9E  C7  N1  single    1.344  0.020  1.344
 P9E  O1  C4  single    1.358  0.020  1.358
 P9E  N1  C3  single    1.377  0.020  1.377
 P9E  C4  C3  aromatic  1.388  0.020  1.388
 P9E  C4  C5  aromatic  1.374  0.020  1.374
 P9E  C3  C2  aromatic  1.377  0.020  1.377
 P9E  C5  C6  aromatic  1.392  0.020  1.392
 P9E  C2  C1  aromatic  1.393  0.020  1.393
 P9E  C6  C1  aromatic  1.391  0.020  1.391
 P9E  N2  S2  single    1.650  0.020  1.650
 P9E  C1  S2  single    1.772  0.020  1.772
 P9E  O2  S2  double    1.456  0.020  1.456
 P9E  S2  O3  double    1.455  0.020  1.455
 P9E  C2  H1  single    0.930  0.020  1.080
 P9E  C5  H2  single    0.930  0.020  1.080
 P9E  C6  H3  single    0.930  0.020  1.080
 P9E  N1  H4  single    0.860  0.020  1.020
 P9E  N2  H5  single    0.890  0.020  1.040
 P9E  N2  H6  single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 P9E  S2  C1  C6  119.12  3.000
 P9E  S2  C1  C2  117.72  3.000
 P9E  C6  C1  C2  123.16  3.000
 P9E  H1  C2  C3  121.90  3.000
 P9E  H1  C2  C1  122.64  3.000
 P9E  C3  C2  C1  115.46  3.000
 P9E  N1  C3  C4  104.92  3.000
 P9E  C4  C3  C2  121.57  3.000
 P9E  N1  C3  C2  133.51  3.000
 P9E  O1  C4  C5  128.35  3.000
 P9E  C5  C4  C3  123.15  3.000
 P9E  O1  C4  C3  108.50  3.000
 P9E  H2  C5  C6  121.53  3.000
 P9E  H2  C5  C4  122.36  3.000
 P9E  C6  C5  C4  116.11  3.000
 P9E  H3  C6  C5  119.02  3.000
 P9E  H3  C6  C1  120.44  3.000
 P9E  C5  C6  C1  120.54  3.000
 P9E  O1  C7  S1  123.17  3.000
 P9E  O1  C7  N1  107.45  3.000
 P9E  S1  C7  N1  129.37  3.000
 P9E  H4  N1  C7  123.22  3.000
 P9E  H4  N1  C3  126.42  3.000
 P9E  C7  N1  C3  110.36  3.000
 P9E  C7  O1  C4  108.78  3.000
 P9E  N2  S2  O3  105.93  3.000
 P9E  O3  S2  O2  118.43  3.000
 P9E  N2  S2  O2  113.00  3.000
 P9E  O3  S2  C1  109.29  3.000
 P9E  O2  S2  C1  107.86  3.000
 P9E  N2  S2  C1  100.90  3.000
 P9E  H6  N2  H5  110.15  3.000
 P9E  H6  N2  S2  112.62  3.000
 P9E  H5  N2  S2  111.38  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 P9E  CONST_01  C4  C3  C2  C1    0.00   0.0  0
 P9E  CONST_02  C4  C5  C6  C1    0.00   0.0  0
 P9E  CONST_03  C5  C4  C3  C2    0.00   0.0  0
 P9E  CONST_04  C5  C6  C1  C2    0.00   0.0  0
 P9E  CONST_05  C6  C5  C4  C3    0.00   0.0  0
 P9E  CONST_06  C6  C1  C2  C3    0.00   0.0  0
 P9E  CONST_07  S2  C1  C2  C3  180.00   0.0  0
 P9E  CONST_08  S2  C1  C6  C5  180.00   0.0  0
 P9E  CONST_09  H2  C5  C6  C1  180.00   0.0  0
 P9E  CONST_10  H3  C6  C1  C2  180.00   0.0  0
 P9E  CONST_11  H1  C2  C3  C4  180.00   0.0  0
 P9E  Var_01    N2  S2  C1  C2  -78.19  30.0  2
 P9E  Var_02    H5  N2  S2  C1  162.14  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 P9E  plan-1  C1  0.020
 P9E  plan-1  C2  0.020
 P9E  plan-1  C3  0.020
 P9E  plan-1  C4  0.020
 P9E  plan-1  C5  0.020
 P9E  plan-1  C6  0.020
 P9E  plan-1  C7  0.020
 P9E  plan-1  N1  0.020
 P9E  plan-1  S1  0.020
 P9E  plan-1  O1  0.020
 P9E  plan-1  S2  0.020
 P9E  plan-1  H1  0.020
 P9E  plan-1  H2  0.020
 P9E  plan-1  H3  0.020
 P9E  plan-1  H4  0.020

