# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 28 08:32:51 2020
#   Inital geometry file: a 107 line input string
#   Ligand name: 4-(2-{[(2-aminoquinolin-7-yl)methyl]amino}ethyl)benzonitrile
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Nc1ccc2ccc(CNCCc3ccc(cc3)C#N)cc2n1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 P94  P94  4-(2-{[(2-aminoquinolin-7-yl)methyl]amino}ethyl)benzonitrile  ligand  41  23  .  2021-08-19  2021-08-19  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_P94
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 P94  N28  N  NS    0  -0.256  -9.0962  -0.4545  -0.5465
 P94  C27  C  CSP   0   0.054  -7.9747  -0.3950  -0.2869
 P94  C21  C  CR6   0   0.139  -3.8757  -0.1912   0.6734
 P94  C22  C  CR16  0  -0.297  -4.4560  -1.3983   0.2879
 P94  C23  C  CR16  0  -0.223  -5.8006  -1.4751  -0.0293
 P94  C24  C  CR6   0  -0.014  -6.5871  -0.3252   0.0358
 P94  C25  C  CR16  0  -0.223  -6.0223   0.8921   0.4182
 P94  C26  C  CR16  0  -0.294  -4.6769   0.9488   0.7324
 P94  C14  C  CH2   0  -0.532  -2.4081  -0.1105   0.9723
 P94  C13  C  CH2   0  -0.250  -1.6168   0.3274  -0.2595
 P94  N12  N  NH1   0  -0.589  -0.2003   0.3834   0.0389
 P94  C11  C  CH2   0  -0.334   0.5955   0.7856  -1.1097
 P94  C10  C  CR66  0   0.232   4.1595  -0.2356  -0.2390
 P94  C09  C  CR16  0  -0.351   2.8039  -0.2830  -0.6233
 P94  C08  C  CR6   0   0.091   2.0513   0.8626  -0.7369
 P94  C07  C  CR16  0  -0.312   2.6401   2.1112  -0.4515
 P94  C06  C  CR16  0  -0.305   3.9549   2.1898  -0.0664
 P94  C05  C  CR66  0   0.044   4.7356   1.0257   0.0464
 P94  C04  C  CR16  0  -0.179   6.1008   1.0376   0.4357
 P94  C03  C  CR16  0  -0.377   6.7927  -0.1258   0.5129
 P94  C02  C  CR6   0   0.436   6.1191  -1.3500   0.2001
 P94  N02  N  NH2   0  -0.835   6.8209  -2.5106   0.2329
 P94  N01  N  N     0  -0.508   4.8569  -1.3946  -0.1545
 P94  H1   H  HCR6  0   0.265  -3.8474  -2.2928   0.2393
 P94  H2   H  HCR6  0   0.280  -6.2392  -2.4187  -0.3237
 P94  H3   H  HCR6  0   0.280  -6.6345   1.7824   0.4705
 P94  H4   H  HCR6  0   0.265  -4.2436   1.8944   1.0342
 P94  H5   H  HCH2  0   0.252  -2.2346   0.6017   1.7839
 P94  H6   H  HCH2  0   0.253  -2.0385  -1.0817   1.3071
 P94  H7   H  HCH2  0   0.229  -1.7711  -0.4000  -1.0626
 P94  H8   H  HCH2  0   0.203  -2.0167   1.2862  -0.6270
 P94  H9   H  HNH1  0   0.344  -0.0484   1.0510   0.7874
 P94  H11  H  HCH2  0   0.238   0.4542   0.0400  -1.8970
 P94  H12  H  HCH2  0   0.212   0.2745   1.7502  -1.5318
 P94  H13  H  HCR6  0   0.242   2.3656  -1.2508  -0.8390
 P94  H14  H  HCR6  0   0.248   2.0457   3.0123  -0.5428
 P94  H15  H  HCR6  0   0.255   4.4045   3.1508   0.1538
 P94  H16  H  HCR6  0   0.268   6.5825   1.9798   0.6682
 P94  H17  H  HCR6  0   0.273   7.8353  -0.1424   0.8034
 P94  H18  H  HNH2  0   0.396   7.6799  -2.5428   0.7546
 P94  H19  H  HNH2  0   0.386   6.2970  -3.3697   0.2160

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 P94  N28  C27  triple    1.153  0.020  1.153
 P94  C27  C24  single    1.426  0.020  1.426
 P94  C25  C24  aromatic  1.395  0.020  1.395
 P94  C25  C26  aromatic  1.383  0.020  1.383
 P94  C24  C23  aromatic  1.395  0.020  1.395
 P94  C26  C21  aromatic  1.395  0.020  1.395
 P94  C23  C22  aromatic  1.384  0.020  1.384
 P94  C21  C22  aromatic  1.394  0.020  1.394
 P94  C21  C14  single    1.500  0.020  1.500
 P94  C14  C13  single    1.528  0.020  1.528
 P94  C13  N12  single    1.449  0.020  1.449
 P94  N12  C11  single    1.454  0.020  1.454
 P94  C11  C08  single    1.505  0.020  1.505
 P94  C09  C08  aromatic  1.375  0.020  1.375
 P94  C09  C10  aromatic  1.410  0.020  1.410
 P94  C08  C07  aromatic  1.410  0.020  1.410
 P94  N01  C10  aromatic  1.355  0.020  1.355
 P94  N01  C02  aromatic  1.312  0.020  1.312
 P94  C10  C05  aromatic  1.416  0.020  1.416
 P94  C07  C06  aromatic  1.372  0.020  1.372
 P94  N02  C02  single    1.357  0.020  1.357
 P94  C02  C03  aromatic  1.432  0.020  1.432
 P94  C05  C06  aromatic  1.406  0.020  1.406
 P94  C05  C04  aromatic  1.420  0.020  1.420
 P94  C03  C04  aromatic  1.356  0.020  1.356
 P94  C22  H1   single    0.930  0.020  1.080
 P94  C23  H2   single    0.930  0.020  1.080
 P94  C25  H3   single    0.930  0.020  1.080
 P94  C26  H4   single    0.930  0.020  1.080
 P94  C14  H5   single    0.970  0.020  1.090
 P94  C14  H6   single    0.970  0.020  1.090
 P94  C13  H7   single    0.970  0.020  1.090
 P94  C13  H8   single    0.970  0.020  1.090
 P94  N12  H9   single    0.890  0.020  1.040
 P94  C11  H11  single    0.970  0.020  1.090
 P94  C11  H12  single    0.970  0.020  1.090
 P94  C09  H13  single    0.930  0.020  1.080
 P94  C07  H14  single    0.930  0.020  1.080
 P94  C06  H15  single    0.930  0.020  1.080
 P94  C04  H16  single    0.930  0.020  1.080
 P94  C03  H17  single    0.930  0.020  1.080
 P94  N02  H18  single    0.890  0.020  1.040
 P94  N02  H19  single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 P94  C24  C27  N28  180.00  3.000
 P94  C14  C21  C26  120.64  3.000
 P94  C14  C21  C22  120.61  3.000
 P94  C26  C21  C22  118.71  3.000
 P94  H1   C22  C23  119.34  3.000
 P94  H1   C22  C21  119.59  3.000
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 P94  H2   C23  C24  120.23  3.000
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 P94  C24  C23  C22  119.44  3.000
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 P94  C25  C26  C21  121.05  3.000
 P94  H6   C14  H5   107.34  3.000
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 P94  H7   C13  C14  109.15  3.000
 P94  N12  C13  C14  110.56  3.000
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 P94  H9   N12  C13  108.90  3.000
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 P94  H11  C11  C08  109.78  3.000
 P94  H12  C11  N12  112.68  3.000
 P94  H11  C11  N12  108.03  3.000
 P94  C08  C11  N12  110.36  3.000
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 P94  H13  C09  C10  118.23  3.000
 P94  C08  C09  C10  121.37  3.000
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 P94  C09  C08  C11  120.48  3.000
 P94  H14  C07  C06  120.11  3.000
 P94  H14  C07  C08  119.37  3.000
 P94  C06  C07  C08  120.52  3.000
 P94  H15  C06  C05  119.18  3.000
 P94  H15  C06  C07  120.35  3.000
 P94  C05  C06  C07  120.47  3.000
 P94  C04  C05  C06  123.30  3.000
 P94  C04  C05  C10  117.01  3.000
 P94  C06  C05  C10  119.70  3.000
 P94  H16  C04  C03  120.46  3.000
 P94  H16  C04  C05  119.59  3.000
 P94  C03  C04  C05  119.95  3.000
 P94  H17  C03  C02  119.91  3.000
 P94  H17  C03  C04  121.33  3.000
 P94  C02  C03  C04  118.75  3.000
 P94  N01  C02  N02  118.37  3.000
 P94  N02  C02  C03  118.86  3.000
 P94  N01  C02  C03  122.74  3.000
 P94  H19  N02  H18  115.22  3.000
 P94  H19  N02  C02  117.42  3.000
 P94  H18  N02  C02  118.81  3.000
 P94  C02  N01  C10  118.87  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 P94  CONST_01  C24  C25  C26  C21     0.00   0.0  0
 P94  CONST_02  C24  C23  C22  C21     0.00   0.0  0
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 P94  CONST_04  C25  C26  C21  C22     0.00   0.0  0
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 P94  CONST_06  C26  C21  C22  C23     0.00   0.0  0
 P94  CONST_07  C07  C08  C09  C10     0.00   0.0  0
 P94  CONST_08  C03  C02  N01  C10     0.00   0.0  0
 P94  CONST_09  C07  C06  C05  C10     0.00   0.0  0
 P94  CONST_10  C03  C04  C05  C10     0.00   0.0  0
 P94  CONST_11  C06  C07  C08  C09     0.00   0.0  0
 P94  CONST_12  C02  N01  C10  C09   180.00   0.0  0
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 P94  CONST_14  C04  C05  C10  C09   180.00   0.0  0
 P94  CONST_15  N01  C10  C09  C08   180.00   0.0  0
 P94  CONST_16  C05  C10  C09  C08     0.00   0.0  0
 P94  CONST_17  C05  C06  C07  C08     0.00   0.0  0
 P94  CONST_18  C04  C05  C06  C07   180.00   0.0  0
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 P94  CONST_21  C02  N01  C10  C05     0.00   0.0  0
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 P94  CONST_26  C22  C23  C24  C27   180.00   0.0  0
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 P94  CONST_28  C14  C21  C26  C25   180.00   0.0  0
 P94  CONST_29  C10  C09  C08  C11   180.00   0.0  0
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