# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu May 21 22:59:20 2020
#   Inital geometry file: a 100 line input string
#   Ligand name: (2R)-2-{[(S)-[(1R)-1-amino-2-phenylethyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}butanedioic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@@H](Cc1ccccc1)[P](O)(=O)C[C@H](CC(O)=O)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 P5D  P5D  '(2R)-2-{[(S)-[(1R)-1-amino-2-phenylethyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}butanedioic acid'  peptide  39  21  .  2022-03-23  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_P5D
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 P5D  C1    C  CH2   0  -0.541  -3.1073   1.3719   0.3597
 P5D  N1    N  NH2   0  -0.787  -1.2422   2.6931   1.3978
 P5D  C2    C  CH1   0  -0.337  -1.6912   1.3823   0.9647
 P5D  P3    P  P     0   1.255  -0.4131   0.6945  -0.1487
 P5D  C4    C  CH2   0  -0.719   1.1838   1.0058   0.6862
 P5D  C5    C  CH1   0  -0.397   2.3126   0.0722   0.2485
 P5D  C6    C  C     0   0.625   2.7442   0.3572  -1.1711
 P5D  C7    C  CH2   0  -0.570   3.4807   0.1349   1.2331
 P5D  C8    C  C     0   0.553   4.4217  -1.0385   1.1409
 P5D  CG    C  CR6   0   0.149  -3.6520   0.0073   0.0454
 P5D  CZ    C  CR16  0  -0.273  -4.6738  -2.5387  -0.5124
 P5D  O31   O  OH1   0  -0.776  -0.5216   1.7358  -1.3813
 P5D  O32   O  O     0  -0.709  -0.5736  -0.7468  -0.5068
 P5D  O61   O  OH1   0  -0.579   3.9668  -0.0616  -1.4329
 P5D  O62   O  O     0  -0.464   2.0493   0.8951  -2.0040
 P5D  O81   O  O     0  -0.444   4.0892  -2.1595   0.8477
 P5D  O82   O  OH1   0  -0.590   5.6599  -0.7106   1.4854
 P5D  CD1   C  CR16  0  -0.291  -3.7631  -0.4424  -1.2664
 P5D  CD2   C  CR16  0  -0.312  -4.0629  -0.8373   1.0744
 P5D  CE1   C  CR16  0  -0.246  -4.2733  -1.7027  -1.5462
 P5D  CE2   C  CR16  0  -0.242  -4.5663  -2.1015   0.8019
 P5D  H1    H  HCH2  0   0.261  -3.7559   1.8599   1.0940
 P5D  H1A   H  HCH2  0   0.254  -3.1255   2.0029  -0.5322
 P5D  HN1   H  HNH2  0   0.350  -1.3513   3.3659   0.6488
 P5D  HN1A  H  HNH2  0   0.362  -1.8277   3.0165   2.1583
 P5D  H2    H  HCH1  0   0.279  -1.6806   0.7205   1.8375
 P5D  H4    H  HCH2  0   0.292   1.4673   2.0555   0.6014
 P5D  H4A   H  HCH2  0   0.293   0.9915   0.8292   1.7473
 P5D  H5    H  HCH1  0   0.314   1.9256  -0.9537   0.2403
 P5D  H7    H  HCH2  0   0.286   4.0238   1.0774   1.1510
 P5D  H7A   H  HCH2  0   0.306   3.0735   0.1098   2.2492
 P5D  HZ    H  HCR6  0   0.251  -5.0724  -3.5212  -0.7305
 P5D  HO31  H  HOH1  0   0.487   0.2921   1.7018  -1.9127
 P5D  HO61  H  HOH1  0   0.492   4.1985   0.1134  -2.3588
 P5D  HO82  H  HOH1  0   0.481   6.2261  -1.4976   1.4780
 P5D  HD1   H  HCR6  0   0.241  -3.4490   0.2011  -2.0801
 P5D  HD2   H  HCR6  0   0.245  -3.9954  -0.4996   2.1026
 P5D  HE1   H  HCR6  0   0.250  -4.3578  -2.0330  -2.5737
 P5D  HE2   H  HCR6  0   0.250  -4.8815  -2.7428   1.6155

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 P5D  C1   CG    single    1.503  0.020  1.503
 P5D  C1   C2    single    1.540  0.020  1.540
 P5D  C1   H1    single    0.970  0.020  1.090
 P5D  C1   H1A   single    0.970  0.020  1.090
 P5D  N1   C2    single    1.452  0.020  1.452
 P5D  N1   HN1   single    0.890  0.020  1.040
 P5D  N1   HN1A  single    0.890  0.020  1.040
 P5D  C2   P3    single    1.829  0.020  1.829
 P5D  C2   H2    single    0.970  0.020  1.090
 P5D  O32  P3    double    1.494  0.020  1.494
 P5D  O31  P3    single    1.617  0.020  1.617
 P5D  P3   C4    single    1.829  0.020  1.829
 P5D  C4   C5    single    1.529  0.020  1.529
 P5D  C4   H4    single    0.970  0.020  1.090
 P5D  C4   H4A   single    0.970  0.020  1.090
 P5D  C6   C5    single    1.511  0.020  1.511
 P5D  C5   C7    single    1.529  0.020  1.529
 P5D  C5   H5    single    0.970  0.020  1.090
 P5D  O62  C6    double    1.211  0.020  1.211
 P5D  O61  C6    single    1.319  0.020  1.319
 P5D  C7   C8    single    1.507  0.020  1.507
 P5D  C7   H7    single    0.970  0.020  1.090
 P5D  C7   H7A   single    0.970  0.020  1.090
 P5D  O81  C8    double    1.205  0.020  1.205
 P5D  C8   O82   single    1.326  0.020  1.326
 P5D  CD1  CG    aromatic  1.391  0.020  1.391
 P5D  CG   CD2   aromatic  1.393  0.020  1.393
 P5D  CE1  CZ    aromatic  1.389  0.020  1.389
 P5D  CZ   CE2   aromatic  1.389  0.020  1.389
 P5D  CZ   HZ    single    0.930  0.020  1.080
 P5D  O31  HO31  single    0.850  0.020  0.980
 P5D  O61  HO61  single    0.850  0.020  0.980
 P5D  O82  HO82  single    0.850  0.020  0.980
 P5D  CD1  CE1   aromatic  1.388  0.020  1.388
 P5D  CD1  HD1   single    0.930  0.020  1.080
 P5D  CD2  CE2   aromatic  1.388  0.020  1.388
 P5D  CD2  HD2   single    0.930  0.020  1.080
 P5D  CE1  HE1   single    0.930  0.020  1.080
 P5D  CE2  HE2   single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 P5D  H1A   C1   H1   106.28  3.000
 P5D  H1A   C1   CG   110.34  3.000
 P5D  H1    C1   CG   109.30  3.000
 P5D  H1A   C1   C2   109.40  3.000
 P5D  H1    C1   C2   106.16  3.000
 P5D  CG    C1   C2   114.94  3.000
 P5D  HN1A  N1   HN1  106.32  3.000
 P5D  HN1A  N1   C2   109.48  3.000
 P5D  HN1   N1   C2   110.24  3.000
 P5D  H2    C2   P3   104.54  3.000
 P5D  H2    C2   N1   107.75  3.000
 P5D  P3    C2   N1   107.76  3.000
 P5D  H2    C2   C1   108.53  3.000
 P5D  P3    C2   C1   113.63  3.000
 P5D  N1    C2   C1   114.06  3.000
 P5D  O32   P3   O31  115.55  3.000
 P5D  O31   P3   C4   107.28  3.000
 P5D  O32   P3   C4   111.56  3.000
 P5D  C4    P3   C2   105.56  3.000
 P5D  O31   P3   C2   100.07  3.000
 P5D  O32   P3   C2   115.70  3.000
 P5D  H4A   C4   H4   106.07  3.000
 P5D  H4A   C4   C5   108.01  3.000
 P5D  H4    C4   C5   111.94  3.000
 P5D  H4A   C4   P3   105.20  3.000
 P5D  H4    C4   P3   110.81  3.000
 P5D  C5    C4   P3   114.21  3.000
 P5D  H5    C5   C7   108.23  3.000
 P5D  H5    C5   C6   105.68  3.000
 P5D  C7    C5   C6   112.27  3.000
 P5D  H5    C5   C4   108.23  3.000
 P5D  C7    C5   C4   110.77  3.000
 P5D  C6    C5   C4   111.39  3.000
 P5D  O62   C6   O61  122.46  3.000
 P5D  O61   C6   C5   113.05  3.000
 P5D  O62   C6   C5   124.48  3.000
 P5D  H7A   C7   H7   105.95  3.000
 P5D  H7A   C7   C8   105.74  3.000
 P5D  H7    C7   C8   110.93  3.000
 P5D  H7A   C7   C5   108.21  3.000
 P5D  H7    C7   C5   111.55  3.000
 P5D  C8    C7   C5   113.93  3.000
 P5D  O82   C8   O81  123.41  3.000
 P5D  O82   C8   C7   112.00  3.000
 P5D  O81   C8   C7   124.52  3.000
 P5D  CD2   CG   CD1  118.49  3.000
 P5D  CD2   CG   C1   120.20  3.000
 P5D  CD1   CG   C1   121.32  3.000
 P5D  HZ    CZ   CE2  120.31  3.000
 P5D  HZ    CZ   CE1  120.18  3.000
 P5D  CE2   CZ   CE1  119.51  3.000
 P5D  HO31  O31  P3   109.74  3.000
 P5D  HO61  O61  C6   110.70  3.000
 P5D  HO82  O82  C8   110.04  3.000
 P5D  HD1   CD1  CE1  119.62  3.000
 P5D  HD1   CD1  CG   119.53  3.000
 P5D  CE1   CD1  CG   120.85  3.000
 P5D  HD2   CD2  CE2  119.50  3.000
 P5D  HD2   CD2  CG   119.55  3.000
 P5D  CE2   CD2  CG   120.95  3.000
 P5D  HE1   CE1  CD1  119.80  3.000
 P5D  HE1   CE1  CZ   120.02  3.000
 P5D  CD1   CE1  CZ   120.17  3.000
 P5D  HE2   CE2  CD2  119.84  3.000
 P5D  HE2   CE2  CZ   120.13  3.000
 P5D  CD2   CE2  CZ   120.03  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 P5D  CONST_01  CZ    CE1  CD1  CG      0.00   0.0  0
 P5D  CONST_02  CZ    CE2  CD2  CG      0.00   0.0  0
 P5D  CONST_03  CE2   CD2  CG   CD1     0.00   0.0  0
 P5D  CONST_04  CE2   CZ   CE1  CD1     0.00   0.0  0
 P5D  CONST_05  CE1   CD1  CG   CD2     0.00   0.0  0
 P5D  CONST_06  CE1   CZ   CE2  CD2     0.00   0.0  0
 P5D  CONST_07  CE1   CD1  CG   C1    180.00   0.0  0
 P5D  CONST_08  CE2   CD2  CG   C1    180.00   0.0  0
 P5D  CONST_09  HE1   CE1  CD1  CG    180.00   0.0  0
 P5D  CONST_10  HE2   CE2  CD2  CG    180.00   0.0  0
 P5D  CONST_11  HD1   CD1  CE1  CZ    180.00   0.0  0
 P5D  CONST_12  HD2   CD2  CE2  CZ    180.00   0.0  0
 P5D  CONST_13  HZ    CZ   CE1  CD1   180.00   0.0  0
 P5D  CONST_14  HO61  O61  C6   C5    180.00   0.0  0
 P5D  CONST_15  HO82  O82  C8   C7    180.00   0.0  0
 P5D  Var_01    CD1   CG   C1   C2   -107.03  30.0  2
 P5D  Var_02    C5    C4   P3   C2    157.16  30.0  3
 P5D  Var_03    O81   C8   C7   C5    -32.45  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 P5D  chir_01  C2  C1   N1   P3  positiv
 P5D  chir_03  C5  C4   C6   C7  negativ
 P5D  chir_04  P3  O32  O31  C4  both

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 P5D  plan-1  C1    0.020
 P5D  plan-1  CG    0.020
 P5D  plan-1  CZ    0.020
 P5D  plan-1  CD1   0.020
 P5D  plan-1  CD2   0.020
 P5D  plan-1  CE1   0.020
 P5D  plan-1  CE2   0.020
 P5D  plan-1  HZ    0.020
 P5D  plan-1  HD1   0.020
 P5D  plan-1  HD2   0.020
 P5D  plan-1  HE1   0.020
 P5D  plan-1  HE2   0.020
 P5D  plan-2  C5    0.020
 P5D  plan-2  C6    0.020
 P5D  plan-2  O61   0.020
 P5D  plan-2  O62   0.020
 P5D  plan-2  HO61  0.020
 P5D  plan-3  C7    0.020
 P5D  plan-3  C8    0.020
 P5D  plan-3  O81   0.020
 P5D  plan-3  O82   0.020
 P5D  plan-3  HO82  0.020

