# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon Apr 27 22:13:00 2020
#   Inital geometry file: a 56 line input string
#   Ligand name: 3-(pyridin-3-yl)-1H-pyrazol-5-amine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Nc1[nH]nc(c1)c2cccnc2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 P3J  P3J  3-(pyridin-3-yl)-1H-pyrazol-5-amine  ligand  20  12  .  2021-08-19  2021-08-19  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_P3J
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 P3J  C0    C  CR5   0   0.554   2.7157   0.3234  -0.0383
 P3J  C1    C  CR15  0  -0.581   1.4849   0.9534  -0.0200
 P3J  N1    N  NH2   0  -0.857   3.9893   0.8249  -0.1202
 P3J  N2    N  NR15  0  -0.478   2.4554  -0.9979  -0.0422
 P3J  C3    C  CR16  0  -0.115  -1.5650   1.2145  -0.0006
 P3J  C4    C  CR6   0  -0.034  -0.9116  -0.0174   0.0077
 P3J  C5    C  CR5   0   0.290   0.5486  -0.1031  -0.0131
 P3J  N6    N  N     0  -0.399  -2.8832   1.3571   0.0160
 P3J  C7    C  CR16  0  -0.077  -3.6298   0.2600   0.0426
 P3J  C8    C  CR16  0  -0.312  -3.0892  -1.0181   0.0527
 P3J  C9    C  CR16  0  -0.179  -1.7134  -1.1581   0.0350
 P3J  N     N  N     0  -0.325   1.1476  -1.2794  -0.0230
 P3J  H1    H  HCR5  0   0.262   1.3099   2.0163  -0.0064
 P3J  H11N  H  HNH2  0   0.392   4.0584   1.7956   0.1405
 P3J  H12N  H  HNH2  0   0.389   4.6988   0.2790   0.3452
 P3J  H2    H  HNR5  0   0.416   3.1270  -1.7485  -0.0625
 P3J  H9    H  HCR6  0   0.265  -1.2626  -2.1419   0.0420
 P3J  H7    H  HCR6  0   0.264  -4.7047   0.4019   0.0562
 P3J  H8    H  HCR6  0   0.271  -3.7376  -1.8831   0.0758
 P3J  H3    H  HCR6  0   0.254  -0.9902   2.1348  -0.0238

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 P3J  C0  C1    aromatic  1.383  0.020  1.383
 P3J  C0  N1    single    1.371  0.020  1.371
 P3J  C0  N2    aromatic  1.347  0.020  1.347
 P3J  C1  C5    aromatic  1.412  0.020  1.412
 P3J  N2  N     aromatic  1.338  0.020  1.338
 P3J  C3  C4    aromatic  1.394  0.020  1.394
 P3J  C3  N6    aromatic  1.326  0.020  1.326
 P3J  C4  C5    single    1.463  0.020  1.463
 P3J  C4  C9    aromatic  1.395  0.020  1.395
 P3J  C5  N     aromatic  1.320  0.020  1.320
 P3J  N6  C7    aromatic  1.327  0.020  1.327
 P3J  C7  C8    aromatic  1.388  0.020  1.388
 P3J  C8  C9    aromatic  1.383  0.020  1.383
 P3J  C1  H1    single    0.930  0.020  1.080
 P3J  N1  H11N  single    0.890  0.020  1.040
 P3J  N1  H12N  single    0.890  0.020  1.040
 P3J  N2  H2    single    0.860  0.020  1.020
 P3J  C3  H3    single    0.930  0.020  1.080
 P3J  C9  H9    single    0.930  0.020  1.080
 P3J  C7  H7    single    0.930  0.020  1.080
 P3J  C8  H8    single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 P3J  N2    C0  N1    122.56  3.000
 P3J  N2    C0  C1    105.96  3.000
 P3J  N1    C0  C1    131.37  3.000
 P3J  H1    C1  C5    129.09  3.000
 P3J  H1    C1  C0    126.46  3.000
 P3J  C5    C1  C0    104.44  3.000
 P3J  H12N  N1  H11N  110.72  3.000
 P3J  H12N  N1  C0    115.32  3.000
 P3J  H11N  N1  C0    113.61  3.000
 P3J  H2    N2  N     119.68  3.000
 P3J  H2    N2  C0    127.03  3.000
 P3J  N     N2  C0    113.29  3.000
 P3J  H3    C3  N6    115.82  3.000
 P3J  H3    C3  C4    120.07  3.000
 P3J  N6    C3  C4    124.11  3.000
 P3J  C9    C4  C5    121.75  3.000
 P3J  C9    C4  C3    116.96  3.000
 P3J  C5    C4  C3    121.29  3.000
 P3J  N     C5  C4    120.35  3.000
 P3J  N     C5  C1    111.46  3.000
 P3J  C4    C5  C1    128.19  3.000
 P3J  C7    N6  C3    118.07  3.000
 P3J  H7    C7  C8    120.44  3.000
 P3J  H7    C7  N6    116.73  3.000
 P3J  C8    C7  N6    122.84  3.000
 P3J  H8    C8  C9    121.06  3.000
 P3J  H8    C8  C7    120.22  3.000
 P3J  C9    C8  C7    118.73  3.000
 P3J  H9    C9  C8    120.42  3.000
 P3J  H9    C9  C4    120.28  3.000
 P3J  C8    C9  C4    119.30  3.000
 P3J  C5    N   N2    104.84  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 P3J  CONST_01  C4  C5  C1  C0  180.00  0.0  0
 P3J  CONST_02  N   C5  C1  C0    0.00  0.0  0
 P3J  CONST_03  C5  N   N2  C0    0.00  0.0  0
 P3J  CONST_04  N   N2  C0  C1    0.00  0.0  0
 P3J  CONST_05  C3  C4  C5  C1    0.00  0.0  0
 P3J  CONST_06  C9  C4  C5  C1  180.00  0.0  0
 P3J  CONST_07  N2  N   C5  C1    0.00  0.0  0
 P3J  CONST_08  C5  C1  C0  N2    0.00  0.0  0
 P3J  CONST_09  C4  C5  N   N2  180.00  0.0  0
 P3J  CONST_10  N   C5  C4  C3  180.00  0.0  0
 P3J  CONST_11  C8  C9  C4  C3    0.00  0.0  0
 P3J  CONST_12  C8  C7  N6  C3    0.00  0.0  0
 P3J  CONST_13  C7  N6  C3  C4    0.00  0.0  0
 P3J  CONST_14  C7  C8  C9  C4    0.00  0.0  0
 P3J  CONST_15  N6  C3  C4  C5  180.00  0.0  0
 P3J  CONST_16  C8  C9  C4  C5  180.00  0.0  0
 P3J  CONST_17  C9  C4  C3  N6    0.00  0.0  0
 P3J  CONST_18  C9  C8  C7  N6    0.00  0.0  0
 P3J  CONST_19  N   C5  C4  C9    0.00  0.0  0
 P3J  CONST_20  C5  C1  C0  N1  180.00  0.0  0
 P3J  CONST_21  N   N2  C0  N1  180.00  0.0  0
 P3J  CONST_22  H2  N2  C0  C1  180.00  0.0  0
 P3J  CONST_23  H1  C1  C0  N2  180.00  0.0  0
 P3J  CONST_24  H9  C9  C4  C3  180.00  0.0  0
 P3J  CONST_25  H7  C7  N6  C3  180.00  0.0  0
 P3J  CONST_26  H8  C8  C9  C4  180.00  0.0  0
 P3J  CONST_27  H3  C3  C4  C5    0.00  0.0  0

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 P3J  plan-1  C0    0.020
 P3J  plan-1  C1    0.020
 P3J  plan-1  N1    0.020
 P3J  plan-1  N2    0.020
 P3J  plan-1  C4    0.020
 P3J  plan-1  C5    0.020
 P3J  plan-1  N     0.020
 P3J  plan-1  H1    0.020
 P3J  plan-1  H2    0.020
 P3J  plan-2  C3    0.020
 P3J  plan-2  C4    0.020
 P3J  plan-2  C5    0.020
 P3J  plan-2  N6    0.020
 P3J  plan-2  C7    0.020
 P3J  plan-2  C8    0.020
 P3J  plan-2  C9    0.020
 P3J  plan-2  H9    0.020
 P3J  plan-2  H7    0.020
 P3J  plan-2  H8    0.020
 P3J  plan-2  H3    0.020
 P3J  plan-3  C0    0.020
 P3J  plan-3  N1    0.020
 P3J  plan-3  H11N  0.020
 P3J  plan-3  H12N  0.020

