# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 28 03:18:33 2020
#   Inital geometry file: a 123 line input string
#   Ligand name: N-[6-azanyl-1-[(2-bromophenyl)methyl]-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-5-yl]-N-methyl-benzenesulfonamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CN(C1=C(N)N(Cc2ccccc2Br)C(=O)NC1=O)[S](=O)(=O)c3ccccc3
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 P3I  P3I  N-[6-azanyl-1-[(2-bromophenyl)methyl]-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-5-yl]-N-methyl-benzenesulfonamide  ligand  45  28  .  2021-08-19  2021-08-19  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_P3I
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 P3I  BR    BR  BR    0  -0.031  -4.6060  -2.1207  -0.2464
 P3I  CAY   C   CR6   0  -0.164  -4.2823  -0.2709  -0.0104
 P3I  CAZ   C   CR16  0  -0.215  -5.3384   0.5229   0.4116
 P3I  CBA   C   CR16  0  -0.263  -5.1423   1.8856   0.5791
 P3I  CAX   C   CR16  0  -0.231  -3.8988   2.4392   0.3206
 P3I  CAW   C   CR16  0  -0.294  -2.8528   1.6307  -0.0985
 P3I  CAV   C   CR6   0   0.128  -3.0179   0.2590  -0.2692
 P3I  CAU   C   CH2   0  -0.402  -1.8849  -0.6264  -0.7354
 P3I  NAQ   N   NR6   0  -0.604  -0.5966   0.0453  -0.7746
 P3I  CAR   C   CR6   0   0.679   0.1555   0.1879   0.3688
 P3I  NAS   N   NH2   0  -0.816  -0.3722  -0.2337   1.5171
 P3I  CAP   C   CR6   0   0.720  -0.1619   0.5230  -2.0049
 P3I  OAO   O   O     0  -0.468  -0.8451   0.4371  -3.0029
 P3I  NAG   N   NR16  0  -0.740   1.0726   1.0883  -2.0058
 P3I  CAH   C   CR6   0   0.583   1.9332   1.2507  -0.9229
 P3I  OAA   O   O     0  -0.461   2.9998   1.8198  -1.0813
 P3I  CAI   C   CR6   0  -0.088   1.4262   0.7341   0.3061
 P3I  NAJ   N   N     0  -0.634   2.1468   0.8964   1.5088
 P3I  CAB   C   CH3   0  -0.528   2.4752   2.2512   1.9541
 P3I  SAK   S   S     0   1.369   3.2129  -0.3309   1.8872
 P3I  OAT   O   OS    0  -0.653   3.7763  -0.0030   3.1872
 P3I  OAC   O   OS    0  -0.648   2.4892  -1.5784   1.7100
 P3I  CAL   C   CR6   0  -0.168   4.5055  -0.2763   0.6836
 P3I  CAM   C   CR16  0  -0.236   5.5656   0.6016   0.8692
 P3I  CAN   C   CR16  0  -0.245   6.5457   0.6843  -0.1070
 P3I  CAF   C   CR16  0  -0.237   6.4629  -0.1046  -1.2473
 P3I  CAE   C   CR16  0  -0.241   5.4033  -0.9861  -1.4132
 P3I  CAD   C   CR16  0  -0.231   4.4152  -1.0783  -0.4454
 P3I  HAZ   H   HCR6  0   0.284  -6.3091   0.0884   0.6094
 P3I  HBA   H   HCR6  0   0.273  -5.9650   2.5058   0.9086
 P3I  HAX   H   HCR6  0   0.270  -3.7372   3.5014   0.4435
 P3I  HAW   H   HCR6  0   0.261  -1.8926   2.0892  -0.2965
 P3I  HAU1  H   HCH2  0   0.296  -1.7895  -1.5131  -0.1068
 P3I  HAU2  H   HCH2  0   0.324  -2.0948  -0.9983  -1.7366
 P3I  HAS1  H   HNH2  0   0.427  -1.3583  -0.3879   1.6386
 P3I  HAS2  H   HNH2  0   0.419   0.1517  -0.0626   2.3599
 P3I  HAG   H   HNR6  0   0.425   1.3881   1.4514  -2.8963
 P3I  HAB1  H   HCH3  0   0.263   2.6678   2.2618   3.0230
 P3I  HAB2  H   HCH3  0   0.246   3.3285   2.6767   1.4259
 P3I  HAB3  H   HCH3  0   0.264   1.6037   2.8736   1.7647
 P3I  HAM   H   HCR6  0   0.280   5.6363   1.2110   1.7603
 P3I  HAD   H   HCR6  0   0.281   3.5936  -1.7690  -0.5744
 P3I  HAN   H   HCR6  0   0.270   7.3777   1.3627   0.0265
 P3I  HAF   H   HCR6  0   0.270   7.2311  -0.0362  -2.0061
 P3I  HAE   H   HCR6  0   0.270   5.3464  -1.6076  -2.2967

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 P3I  BR   CAY   single    1.893  0.020  1.893
 P3I  CAY  CAZ   aromatic  1.387  0.020  1.387
 P3I  CAY  CAV   aromatic  1.395  0.020  1.395
 P3I  CAZ  CBA   aromatic  1.387  0.020  1.387
 P3I  CBA  CAX   aromatic  1.385  0.020  1.385
 P3I  CAX  CAW   aromatic  1.387  0.020  1.387
 P3I  CAW  CAV   aromatic  1.392  0.020  1.392
 P3I  CAV  CAU   single    1.512  0.020  1.512
 P3I  CAU  NAQ   single    1.453  0.020  1.453
 P3I  NAQ  CAR   single    1.376  0.020  1.376
 P3I  NAQ  CAP   single    1.390  0.020  1.390
 P3I  CAR  NAS   single    1.332  0.020  1.332
 P3I  CAR  CAI   double    1.385  0.020  1.385
 P3I  CAP  OAO   double    1.212  0.020  1.212
 P3I  CAP  NAG   single    1.358  0.020  1.358
 P3I  NAG  CAH   single    1.393  0.020  1.393
 P3I  CAH  OAA   double    1.219  0.020  1.219
 P3I  CAH  CAI   single    1.426  0.020  1.426
 P3I  CAI  NAJ   single    1.411  0.020  1.411
 P3I  NAJ  CAB   single    1.463  0.020  1.463
 P3I  NAJ  SAK   single    1.669  0.020  1.669
 P3I  SAK  OAT   double    1.454  0.020  1.454
 P3I  SAK  OAC   double    1.453  0.020  1.453
 P3I  SAK  CAL   single    1.767  0.020  1.767
 P3I  CAL  CAM   aromatic  1.389  0.020  1.389
 P3I  CAL  CAD   aromatic  1.388  0.020  1.388
 P3I  CAM  CAN   aromatic  1.386  0.020  1.386
 P3I  CAN  CAF   aromatic  1.389  0.020  1.389
 P3I  CAF  CAE   aromatic  1.388  0.020  1.388
 P3I  CAE  CAD   aromatic  1.386  0.020  1.386
 P3I  CAZ  HAZ   single    0.930  0.020  1.080
 P3I  CBA  HBA   single    0.930  0.020  1.080
 P3I  CAX  HAX   single    0.930  0.020  1.080
 P3I  CAW  HAW   single    0.930  0.020  1.080
 P3I  CAU  HAU1  single    0.970  0.020  1.090
 P3I  CAU  HAU2  single    0.970  0.020  1.090
 P3I  NAS  HAS1  single    0.890  0.020  1.040
 P3I  NAS  HAS2  single    0.890  0.020  1.040
 P3I  NAG  HAG   single    0.860  0.020  1.020
 P3I  CAB  HAB1  single    0.970  0.020  1.090
 P3I  CAB  HAB2  single    0.970  0.020  1.090
 P3I  CAB  HAB3  single    0.970  0.020  1.090
 P3I  CAM  HAM   single    0.930  0.020  1.080
 P3I  CAD  HAD   single    0.930  0.020  1.080
 P3I  CAN  HAN   single    0.930  0.020  1.080
 P3I  CAF  HAF   single    0.930  0.020  1.080
 P3I  CAE  HAE   single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 P3I  CAV   CAY  CAZ   121.95  3.000
 P3I  CAV   CAY  BR    120.20  3.000
 P3I  CAZ   CAY  BR    117.84  3.000
 P3I  HAZ   CAZ  CBA   119.96  3.000
 P3I  HAZ   CAZ  CAY   120.60  3.000
 P3I  CBA   CAZ  CAY   119.44  3.000
 P3I  HBA   CBA  CAX   120.69  3.000
 P3I  HBA   CBA  CAZ   119.52  3.000
 P3I  CAX   CBA  CAZ   119.80  3.000
 P3I  HAX   CAX  CAW   119.61  3.000
 P3I  HAX   CAX  CBA   120.36  3.000
 P3I  CAW   CAX  CBA   120.03  3.000
 P3I  HAW   CAW  CAV   120.01  3.000
 P3I  HAW   CAW  CAX   118.52  3.000
 P3I  CAV   CAW  CAX   121.47  3.000
 P3I  CAU   CAV  CAW   121.74  3.000
 P3I  CAU   CAV  CAY   120.93  3.000
 P3I  CAW   CAV  CAY   117.32  3.000
 P3I  HAU2  CAU  HAU1  105.61  3.000
 P3I  HAU2  CAU  NAQ   107.70  3.000
 P3I  HAU1  CAU  NAQ   108.28  3.000
 P3I  HAU2  CAU  CAV   109.83  3.000
 P3I  HAU1  CAU  CAV   111.34  3.000
 P3I  NAQ   CAU  CAV   113.71  3.000
 P3I  CAP   NAQ  CAR   121.95  3.000
 P3I  CAP   NAQ  CAU   117.39  3.000
 P3I  CAR   NAQ  CAU   120.66  3.000
 P3I  CAI   CAR  NAS   121.83  3.000
 P3I  CAI   CAR  NAQ   120.33  3.000
 P3I  NAS   CAR  NAQ   117.84  3.000
 P3I  HAS2  NAS  HAS1  115.79  3.000
 P3I  HAS2  NAS  CAR   117.49  3.000
 P3I  HAS1  NAS  CAR   122.77  3.000
 P3I  NAG   CAP  OAO   122.77  3.000
 P3I  NAG   CAP  NAQ   115.35  3.000
 P3I  OAO   CAP  NAQ   121.88  3.000
 P3I  HAG   NAG  CAH   116.72  3.000
 P3I  HAG   NAG  CAP   115.68  3.000
 P3I  CAH   NAG  CAP   127.58  3.000
 P3I  CAI   CAH  OAA   126.29  3.000
 P3I  CAI   CAH  NAG   114.09  3.000
 P3I  OAA   CAH  NAG   119.60  3.000
 P3I  NAJ   CAI  CAH   120.74  3.000
 P3I  NAJ   CAI  CAR   118.38  3.000
 P3I  CAH   CAI  CAR   120.54  3.000
 P3I  SAK   NAJ  CAB   117.93  3.000
 P3I  SAK   NAJ  CAI   115.77  3.000
 P3I  CAB   NAJ  CAI   118.71  3.000
 P3I  HAB3  CAB  HAB2  108.64  3.000
 P3I  HAB3  CAB  HAB1  107.93  3.000
 P3I  HAB2  CAB  HAB1  109.53  3.000
 P3I  HAB3  CAB  NAJ   107.27  3.000
 P3I  HAB2  CAB  NAJ   112.93  3.000
 P3I  HAB1  CAB  NAJ   110.39  3.000
 P3I  CAL   SAK  OAC   107.92  3.000
 P3I  CAL   SAK  OAT   108.57  3.000
 P3I  OAC   SAK  OAT   119.70  3.000
 P3I  CAL   SAK  NAJ   106.86  3.000
 P3I  OAC   SAK  NAJ   106.59  3.000
 P3I  OAT   SAK  NAJ   106.52  3.000
 P3I  CAD   CAL  CAM   121.58  3.000
 P3I  CAD   CAL  SAK   119.25  3.000
 P3I  CAM   CAL  SAK   119.14  3.000
 P3I  HAM   CAM  CAN   120.03  3.000
 P3I  HAM   CAM  CAL   121.06  3.000
 P3I  CAN   CAM  CAL   118.91  3.000
 P3I  HAN   CAN  CAF   120.23  3.000
 P3I  HAN   CAN  CAM   119.63  3.000
 P3I  CAF   CAN  CAM   120.14  3.000
 P3I  HAF   CAF  CAE   119.88  3.000
 P3I  HAF   CAF  CAN   119.83  3.000
 P3I  CAE   CAF  CAN   120.28  3.000
 P3I  HAE   CAE  CAD   119.65  3.000
 P3I  HAE   CAE  CAF   120.17  3.000
 P3I  CAD   CAE  CAF   120.18  3.000
 P3I  HAD   CAD  CAE   120.05  3.000
 P3I  HAD   CAD  CAL   121.05  3.000
 P3I  CAE   CAD  CAL   118.90  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 P3I  CONST_01  CAX   CBA  CAZ  CAY     0.00   0.0  0
 P3I  CONST_02  CAX   CAW  CAV  CAY     0.00   0.0  0
 P3I  CONST_03  CAW   CAV  CAY  CAZ     0.00   0.0  0
 P3I  CONST_04  CAW   CAX  CBA  CAZ     0.00   0.0  0
 P3I  CONST_05  CAV   CAY  CAZ  CBA     0.00   0.0  0
 P3I  CONST_06  CAV   CAW  CAX  CBA     0.00   0.0  0
 P3I  CONST_07  CAF   CAN  CAM  CAL     0.00   0.0  0
 P3I  CONST_08  CAF   CAE  CAD  CAL     0.00   0.0  0
 P3I  CONST_09  CAE   CAD  CAL  CAM     0.00   0.0  0
 P3I  CONST_10  CAE   CAF  CAN  CAM     0.00   0.0  0
 P3I  CONST_11  CAD   CAL  CAM  CAN     0.00   0.0  0
 P3I  CONST_12  CAD   CAE  CAF  CAN     0.00   0.0  0
 P3I  CONST_13  CAH   NAG  CAP  NAQ     0.00   0.0  0
 P3I  CONST_14  NAG   CAP  NAQ  CAR     0.00   0.0  0
 P3I  CONST_15  CAI   CAR  NAQ  CAP     0.00   0.0  0
 P3I  CONST_16  CAI   CAH  NAG  CAP     0.00   0.0  0
 P3I  CONST_17  CBA   CAZ  CAY  BR    180.00   0.0  0
 P3I  CONST_18  CAW   CAV  CAY  BR    180.00   0.0  0
 P3I  CONST_19  CAU   CAV  CAY  CAZ   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_20  CAU   CAV  CAW  CAX   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_21  CAN   CAM  CAL  SAK   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_22  CAE   CAD  CAL  SAK   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_23  CAI   CAR  NAQ  CAU   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_24  NAG   CAP  NAQ  CAU   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_25  OAO   CAP  NAQ  CAR   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_26  CAP   NAQ  CAR  NAS   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_27  OAA   CAH  NAG  CAP   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_28  CAH   NAG  CAP  OAO   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_29  HBA   CBA  CAZ  CAY   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_30  HAW   CAW  CAV  CAY   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_31  HAX   CAX  CBA  CAZ   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_32  HAZ   CAZ  CBA  CAX   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_33  HAN   CAN  CAM  CAL   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_34  HAE   CAE  CAD  CAL   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_35  HAD   CAD  CAL  CAM   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_36  HAF   CAF  CAN  CAM   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_37  HAM   CAM  CAN  CAF   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_38  HAG   NAG  CAP  NAQ   180.00   0.0  0
 P3I  CONST_39  NAS   CAR  NAQ  CAU     0.00   0.0  0
 P3I  CONST_40  OAO   CAP  NAQ  CAU     0.00   0.0  0
 P3I  CONST_42  HAS2  NAS  CAR  NAQ   180.00   0.0  0
 P3I  Var_01    NAQ   CAU  CAV  CAY  -171.71  30.0  2
 P3I  Var_02    CAR   NAQ  CAU  CAV    81.80  30.0  3
 P3I  Var_03    CAB   NAJ  CAI  CAR  -115.24  30.0  2
 P3I  Var_04    CAL   SAK  NAJ  CAI    67.52  30.0  3
 P3I  Var_05    CAM   CAL  SAK  NAJ    83.94  30.0  2
 P3I  Var_06    HAB1  CAB  NAJ  CAI   158.12  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 P3I  plan-1  BR    0.020
 P3I  plan-1  CAY   0.020
 P3I  plan-1  CAZ   0.020
 P3I  plan-1  CBA   0.020
 P3I  plan-1  CAX   0.020
 P3I  plan-1  CAW   0.020
 P3I  plan-1  CAV   0.020
 P3I  plan-1  CAU   0.020
 P3I  plan-1  HAZ   0.020
 P3I  plan-1  HBA   0.020
 P3I  plan-1  HAX   0.020
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 P3I  plan-3  HAN   0.020
 P3I  plan-3  HAF   0.020
 P3I  plan-3  HAE   0.020

