# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon Apr 27 13:34:35 2020
#   Inital geometry file: a 64 line input string
#   Ligand name: [(2~{S},3~{S})-2-azanyl-3-methyl-pentyl]carbamic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC[C@H](C)[C@H](N)CNC(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 OUI  OUI  '[(2~{S},3~{S})-2-azanyl-3-methyl-pentyl]carbamic acid'  ligand  26  11  .  2021-08-17  2021-08-17  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_OUI
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 OUI  N     N  NH2    0  -0.786  -0.4200   1.5340  -0.4462
 OUI  CA    C  CH1    0  -0.086  -0.6243   0.3176   0.3309
 OUI  C     C  C      0   0.494   2.6372   0.5759  -0.4671
 OUI  O     O  O      0  -0.651   2.3997   0.2585  -1.6541
 OUI  CB    C  CH1    0  -0.203  -1.9294  -0.3677  -0.1119
 OUI  CG1   C  CH2    0  -0.408  -3.1328   0.5463   0.1378
 OUI  CG2   C  CH3    0  -0.682  -2.1293  -1.7222   0.5664
 OUI  CD1   C  CH3    0  -0.669  -4.4199   0.0967  -0.5428
 OUI  CM    C  CH2    0  -0.272   0.5822  -0.6426   0.2783
 OUI  N2    N  NH1    0  -0.657   1.8518  -0.0164   0.5338
 OUI  H1    H  HNH2   0   0.342   0.3100   2.0856  -0.0130
 OUI  H     H  HNH2   0   0.329  -0.0525   1.2804  -1.3566
 OUI  HA    H  HCH1   0   0.197  -0.7548   0.6285   1.3770
 OUI  HB    H  HCH1   0   0.197  -1.8514  -0.5386  -1.1955
 OUI  HG13  H  HCH2   0   0.199  -3.2983   0.6211   1.2190
 OUI  HG12  H  HCH2   0   0.225  -2.8808   1.5514  -0.2027
 OUI  HG21  H  HCH3   0   0.213  -2.0713  -1.6246   1.6539
 OUI  HG22  H  HCH3   0   0.232  -3.1058  -2.1445   0.3280
 OUI  HG23  H  HCH3   0   0.231  -1.3850  -2.4560   0.2585
 OUI  HD12  H  HCH3   0   0.213  -4.2882   0.0207  -1.6243
 OUI  HD13  H  HCH3   0   0.216  -4.7649  -0.8742  -0.1850
 OUI  HD11  H  HCH3   0   0.225  -5.2253   0.8101  -0.3621
 OUI  HM2   H  HCH2   0   0.214   0.4354  -1.4476   1.0038
 OUI  HM3   H  HCH2   0   0.210   0.6287  -1.1124  -0.7063
 OUI  HN2   H  HNH1   0   0.341   1.9537   0.3955   1.4480
 OUI  O1    O  OC    -1  -0.663   3.5386   1.3460  -0.0662

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 OUI  CD1  CG1   single  1.524  0.020  1.524
 OUI  CG1  CB    single  1.532  0.020  1.532
 OUI  CG2  CB    single  1.528  0.020  1.528
 OUI  CB   CA    single  1.539  0.020  1.539
 OUI  N    CA    single  1.458  0.020  1.458
 OUI  CA   CM    single  1.543  0.020  1.543
 OUI  CM   N2    single  1.438  0.020  1.438
 OUI  N2   C     single  1.403  0.020  1.403
 OUI  C    O     deloc   1.251  0.020  1.251
 OUI  N    H1    single  0.890  0.020  1.040
 OUI  N    H     single  0.860  0.020  1.020
 OUI  CA   HA    single  0.970  0.020  1.090
 OUI  CB   HB    single  0.970  0.020  1.090
 OUI  CG1  HG13  single  0.970  0.020  1.090
 OUI  CG1  HG12  single  0.970  0.020  1.090
 OUI  CG2  HG21  single  0.970  0.020  1.090
 OUI  CG2  HG22  single  0.970  0.020  1.090
 OUI  CG2  HG23  single  0.970  0.020  1.090
 OUI  CD1  HD12  single  0.970  0.020  1.090
 OUI  CD1  HD13  single  0.970  0.020  1.090
 OUI  CD1  HD11  single  0.970  0.020  1.090
 OUI  CM   HM2   single  0.970  0.020  1.090
 OUI  CM   HM3   single  0.970  0.020  1.090
 OUI  N2   HN2   single  0.890  0.020  1.040
 OUI  C    O1    deloc   1.252  0.020  1.252

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 OUI  H     N    H1    105.02  3.000
 OUI  H     N    CA    108.71  3.000
 OUI  H1    N    CA    109.12  3.000
 OUI  HA    CA   CM    107.53  3.000
 OUI  HA    CA   CB    107.40  3.000
 OUI  CM    CA   CB    112.10  3.000
 OUI  HA    CA   N     106.74  3.000
 OUI  CM    CA   N     113.05  3.000
 OUI  CB    CA   N     109.69  3.000
 OUI  O1    C    N2    115.75  3.000
 OUI  O1    C    O     126.62  3.000
 OUI  N2    C    O     117.59  3.000
 OUI  HB    CB   CG2   108.00  3.000
 OUI  HB    CB   CG1   108.00  3.000
 OUI  CG2   CB   CG1   110.72  3.000
 OUI  HB    CB   CA    107.01  3.000
 OUI  CG2   CB   CA    112.21  3.000
 OUI  CG1   CB   CA    110.71  3.000
 OUI  HG12  CG1  HG13  106.25  3.000
 OUI  HG12  CG1  CD1   109.12  3.000
 OUI  HG13  CG1  CD1   109.46  3.000
 OUI  HG12  CG1  CB    108.51  3.000
 OUI  HG13  CG1  CB    108.67  3.000
 OUI  CD1   CG1  CB    114.50  3.000
 OUI  HG23  CG2  HG22  106.81  3.000
 OUI  HG23  CG2  HG21  107.75  3.000
 OUI  HG22  CG2  HG21  107.42  3.000
 OUI  HG23  CG2  CB    112.47  3.000
 OUI  HG22  CG2  CB    111.31  3.000
 OUI  HG21  CG2  CB    110.82  3.000
 OUI  HD11  CD1  HD13  107.11  3.000
 OUI  HD11  CD1  HD12  107.37  3.000
 OUI  HD13  CD1  HD12  107.52  3.000
 OUI  HD11  CD1  CG1   110.89  3.000
 OUI  HD13  CD1  CG1   112.53  3.000
 OUI  HD12  CD1  CG1   111.16  3.000
 OUI  HM3   CM   HM2   106.69  3.000
 OUI  HM3   CM   N2    108.05  3.000
 OUI  HM2   CM   N2    108.73  3.000
 OUI  HM3   CM   CA    109.37  3.000
 OUI  HM2   CM   CA    109.31  3.000
 OUI  N2    CM   CA    114.41  3.000
 OUI  HN2   N2   CM    115.35  3.000
 OUI  HN2   N2   C     114.70  3.000
 OUI  CM    N2   C     123.44  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 OUI  Var_01  C     N2   CM   CA  -87.85  30.0  3
 OUI  Var_02  CM    N2   C    O   -18.44  30.0  2
 OUI  Var_03  HD12  CD1  CG1  CB  -58.17  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 OUI  chir_01  CA  CB  N    CM   positiv
 OUI  chir_02  CB  CA  CG2  CG1  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 OUI  plan-1  C   0.020
 OUI  plan-1  O   0.020
 OUI  plan-1  N2  0.020
 OUI  plan-1  O1  0.020

