# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Jul 21 23:15:40 2021
#   Inital geometry file: a 55 line input string
#   Ligand name: (2~{S})-1-(2-methoxyethoxy)propan-2-amine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COCCOC[C@H](C)N
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 ONT  ONT  (2~{S})-1-(2-methoxyethoxy)propan-2-amine  ligand  24  9  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_ONT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 ONT  C01   C  CH3   0  -0.664  -8.4934  19.7119  -40.0298
 ONT  C02   C  CH1   0  -0.127  -7.5248  18.6567  -39.5171
 ONT  C03   C  CH2   0  -0.158  -6.2034  19.2577  -39.0319
 ONT  C05   C  CH2   0  -0.179  -5.5503  21.3650  -39.9115
 ONT  C06   C  CH2   0  -0.167  -4.8350  21.9580  -41.1092
 ONT  C08   C  CH3   0  -0.394  -4.2699  24.0092  -42.0754
 ONT  N09   N  NH2   0  -0.787  -8.1665  17.8761  -38.4663
 ONT  O04   O  O2    0  -0.502  -5.5095  19.9639  -40.0389
 ONT  O07   O  O2    0  -0.489  -4.8920  23.3567  -40.9987
 ONT  H011  H  HCH3  0   0.229  -8.0858  20.2511  -40.8852
 ONT  H013  H  HCH3  0   0.235  -9.4270  19.2457  -40.3462
 ONT  H012  H  HCH3  0   0.214  -8.7294  20.4433  -39.2523
 ONT  H021  H  HCH1  0   0.223  -7.3044  17.9682  -40.3401
 ONT  H032  H  HCH2  0   0.199  -6.4022  19.9004  -38.1629
 ONT  H031  H  HCH2  0   0.222  -5.5559  18.4448  -38.6836
 ONT  H052  H  HCH2  0   0.211  -5.0601  21.6904  -38.9836
 ONT  H051  H  HCH2  0   0.206  -6.5817  21.7373  -39.8807
 ONT  H061  H  HCH2  0   0.202  -5.3166  21.6155  -42.0367
 ONT  H062  H  HCH2  0   0.203  -3.7938  21.6057  -41.1384
 ONT  H082  H  HCH3  0   0.234  -4.3801  25.0830  -41.9286
 ONT  H083  H  HCH3  0   0.204  -3.2002  23.7756  -42.1358
 ONT  H081  H  HCH3  0   0.204  -4.7268  23.7424  -43.0361
 ONT  H1    H  HNH2  0   0.345  -7.5476  17.1357  -38.1575
 ONT  H091  H  HNH2  0   0.336  -8.3186  18.4640  -37.6539

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 ONT  C08  O07   single  1.404  0.020  1.404
 ONT  O07  C06   single  1.404  0.020  1.404
 ONT  C06  C05   single  1.516  0.020  1.516
 ONT  C01  C02   single  1.521  0.020  1.521
 ONT  C02  N09   single  1.458  0.020  1.458
 ONT  C02  C03   single  1.531  0.020  1.531
 ONT  C05  O04   single  1.407  0.020  1.407
 ONT  O04  C03   single  1.412  0.020  1.412
 ONT  C01  H011  single  0.970  0.020  1.090
 ONT  C01  H013  single  0.970  0.020  1.090
 ONT  C01  H012  single  0.970  0.020  1.090
 ONT  C02  H021  single  0.970  0.020  1.090
 ONT  C03  H032  single  0.970  0.020  1.090
 ONT  C03  H031  single  0.970  0.020  1.090
 ONT  C05  H052  single  0.970  0.020  1.090
 ONT  C05  H051  single  0.970  0.020  1.090
 ONT  C06  H061  single  0.970  0.020  1.090
 ONT  C06  H062  single  0.970  0.020  1.090
 ONT  C08  H082  single  0.970  0.020  1.090
 ONT  C08  H083  single  0.970  0.020  1.090
 ONT  C08  H081  single  0.970  0.020  1.090
 ONT  N09  H1    single  0.890  0.020  1.040
 ONT  N09  H091  single  0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 ONT  H012  C01  H013  107.91  3.000
 ONT  H012  C01  H011  107.93  3.000
 ONT  H013  C01  H011  107.69  3.000
 ONT  H012  C01  C02   111.21  3.000
 ONT  H013  C01  C02   110.27  3.000
 ONT  H011  C01  C02   111.68  3.000
 ONT  H021  C02  N09   107.07  3.000
 ONT  H021  C02  C03   108.13  3.000
 ONT  N09   C02  C03   111.21  3.000
 ONT  H021  C02  C01   108.11  3.000
 ONT  C03   C02  C01   112.59  3.000
 ONT  N09   C02  C01   109.51  3.000
 ONT  H031  C03  H032  106.82  3.000
 ONT  H031  C03  O04   107.89  3.000
 ONT  H032  C03  O04   111.11  3.000
 ONT  H031  C03  C02   108.63  3.000
 ONT  H032  C03  C02   108.91  3.000
 ONT  O04   C03  C02   113.24  3.000
 ONT  H051  C05  H052  107.17  3.000
 ONT  H051  C05  O04   111.57  3.000
 ONT  H052  C05  O04   111.00  3.000
 ONT  H051  C05  C06   109.45  3.000
 ONT  H052  C05  C06   109.93  3.000
 ONT  O04   C05  C06   107.71  3.000
 ONT  H062  C06  H061  107.01  3.000
 ONT  H062  C06  O07   111.08  3.000
 ONT  H061  C06  O07   111.03  3.000
 ONT  H062  C06  C05   110.03  3.000
 ONT  H061  C06  C05   109.75  3.000
 ONT  O07   C06  C05   107.96  3.000
 ONT  H081  C08  H083  107.84  3.000
 ONT  H081  C08  H082  108.41  3.000
 ONT  H083  C08  H082  108.43  3.000
 ONT  H081  C08  O07   111.96  3.000
 ONT  H083  C08  O07   112.05  3.000
 ONT  H082  C08  O07   108.05  3.000
 ONT  H091  N09  H1    105.73  3.000
 ONT  H091  N09  C02   109.45  3.000
 ONT  H1    N09  C02   110.00  3.000
 ONT  C05   O04  C03   114.78  3.000
 ONT  C08   O07  C06   112.61  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 ONT  Var_01  C06   C05  O04  C03  -176.62  30.0  1
 ONT  Var_02  O07   C06  C05  O04   179.04  30.0  1
 ONT  Var_03  H032  C03  O04  C05   -17.00  30.0  3
 ONT  Var_04  H082  C08  O07  C06   178.52  30.0  3
 ONT  Var_05  H061  C06  O07  C08   -58.83  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 ONT  chir_01  C02  C01  N09  C03  positiv

