# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Apr 26 22:50:54 2020
#   Inital geometry file: a 61 line input string
#   Ligand name: (2-butyl-1H-imidazol-4-yl)methanol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCc1[nH]cc(CO)n1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 OHJ  OHJ  (2-butyl-1H-imidazol-4-yl)methanol  ligand  25  11  .  2022-07-22  2022-07-26
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_OHJ
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 OHJ  C10  C  CH2   0  -0.224   2.9815  -1.2418   0.1840
 OHJ  C01  C  CH3   0  -0.663  -4.7002  -1.1839  -0.4298
 OHJ  C02  C  CH2   0  -0.424  -3.8390  -0.0699   0.1485
 OHJ  C03  C  CH2   0  -0.410  -2.3584  -0.2589  -0.1565
 OHJ  C05  C  CR5   0   0.467  -0.0387   0.6513   0.1869
 OHJ  N06  N  NR15  0  -0.612   0.7835   1.6132  -0.2765
 OHJ  C07  C  CR15  0  -0.136   2.0487   1.0941  -0.3594
 OHJ  C08  C  CR5   0   0.089   1.9262  -0.1960   0.0678
 OHJ  N09  N  N     0  -0.480   0.6272  -0.4588   0.4044
 OHJ  O11  O  OH1   0  -0.670   4.2144  -0.6794  -0.1921
 OHJ  H1   H  HCH2  0   0.208   3.0027  -1.6203   1.2153
 OHJ  H2   H  HCH2  0   0.208   2.7138  -2.0993  -0.4494
 OHJ  H3   H  HCH3  0   0.228  -5.7549  -1.0390  -0.1934
 OHJ  H4   H  HCH3  0   0.217  -4.6073  -1.2293  -1.5167
 OHJ  H5   H  HCH3  0   0.217  -4.4035  -2.1569  -0.0343
 OHJ  H6   H  HCH2  0   0.214  -4.1722   0.8940  -0.2478
 OHJ  H7   H  HCH2  0   0.214  -3.9803  -0.0188   1.2326
 OHJ  H8   H  HCH2  0   0.222  -2.0210  -1.2183   0.2446
 OHJ  H9   H  HCH2  0   0.221  -2.2095  -0.3088  -1.2395
 OHJ  H10  H  HCH2  0   0.246  -1.7992   1.8202  -0.0022
 OHJ  H11  H  HCH2  0   0.249  -1.6780   0.9341   1.5004
 OHJ  H12  H  HNR5  0   0.411   0.5168   2.5535  -0.5205
 OHJ  H13  H  HCR5  0   0.277   2.8850   1.6738  -0.7091
 OHJ  H15  H  HOH1  0   0.460   4.8898  -1.3588  -0.1169
 OHJ  C04  C  CH2   0  -0.532  -1.4961   0.8598   0.4229

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 OHJ  O11  C10  single    1.406  0.020  1.406
 OHJ  C07  N06  aromatic  1.370  0.020  1.370
 OHJ  C07  C08  aromatic  1.365  0.020  1.365
 OHJ  N06  C05  aromatic  1.348  0.020  1.348
 OHJ  C10  C08  single    1.490  0.020  1.490
 OHJ  C08  N09  aromatic  1.367  0.020  1.367
 OHJ  C05  N09  aromatic  1.313  0.020  1.313
 OHJ  C05  C04  single    1.491  0.020  1.491
 OHJ  C04  C03  single    1.527  0.020  1.527
 OHJ  C03  C02  single    1.523  0.020  1.523
 OHJ  C02  C01  single    1.522  0.020  1.522
 OHJ  C10  H1   single    0.970  0.020  1.090
 OHJ  C10  H2   single    0.970  0.020  1.090
 OHJ  C01  H3   single    0.970  0.020  1.090
 OHJ  C01  H4   single    0.970  0.020  1.090
 OHJ  C01  H5   single    0.970  0.020  1.090
 OHJ  C02  H6   single    0.970  0.020  1.090
 OHJ  C02  H7   single    0.970  0.020  1.090
 OHJ  C03  H8   single    0.970  0.020  1.090
 OHJ  C03  H9   single    0.970  0.020  1.090
 OHJ  C04  H10  single    0.970  0.020  1.090
 OHJ  C04  H11  single    0.970  0.020  1.090
 OHJ  N06  H12  single    0.860  0.020  1.020
 OHJ  C07  H13  single    0.930  0.020  1.080
 OHJ  O11  H15  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 OHJ  H2   C10  H1   106.07  3.000
 OHJ  H2   C10  O11  111.80  3.000
 OHJ  H1   C10  O11  111.83  3.000
 OHJ  H2   C10  C08  109.28  3.000
 OHJ  H1   C10  C08  109.18  3.000
 OHJ  O11  C10  C08  108.62  3.000
 OHJ  H5   C01  H4   107.49  3.000
 OHJ  H5   C01  H3   107.62  3.000
 OHJ  H4   C01  H3   107.67  3.000
 OHJ  H5   C01  C02  111.16  3.000
 OHJ  H4   C01  C02  111.13  3.000
 OHJ  H3   C01  C02  111.56  3.000
 OHJ  H7   C02  H6   106.16  3.000
 OHJ  H7   C02  C03  109.24  3.000
 OHJ  H6   C02  C03  109.43  3.000
 OHJ  H7   C02  C01  109.72  3.000
 OHJ  H6   C02  C01  109.56  3.000
 OHJ  C03  C02  C01  112.52  3.000
 OHJ  H9   C03  H8   106.33  3.000
 OHJ  H9   C03  C04  109.39  3.000
 OHJ  H8   C03  C04  109.24  3.000
 OHJ  H9   C03  C02  109.64  3.000
 OHJ  H8   C03  C02  109.59  3.000
 OHJ  C04  C03  C02  112.47  3.000
 OHJ  N09  C05  N06  110.56  3.000
 OHJ  N09  C05  C04  126.01  3.000
 OHJ  N06  C05  C04  123.44  3.000
 OHJ  H12  N06  C07  125.70  3.000
 OHJ  H12  N06  C05  126.01  3.000
 OHJ  C07  N06  C05  108.29  3.000
 OHJ  H13  C07  C08  132.91  3.000
 OHJ  H13  C07  N06  122.23  3.000
 OHJ  C08  C07  N06  104.86  3.000
 OHJ  N09  C08  C07  110.12  3.000
 OHJ  N09  C08  C10  121.24  3.000
 OHJ  C07  C08  C10  128.64  3.000
 OHJ  C08  N09  C05  106.18  3.000
 OHJ  H15  O11  C10  108.21  3.000
 OHJ  H11  C04  H10  106.07  3.000
 OHJ  H11  C04  C05  109.12  3.000
 OHJ  H10  C04  C05  109.41  3.000
 OHJ  H11  C04  C03  109.22  3.000
 OHJ  H10  C04  C03  109.85  3.000
 OHJ  C05  C04  C03  112.93  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 OHJ  CONST_01  C08  C07  N06  C05    0.00   0.0  0
 OHJ  CONST_02  C07  C08  N09  C05    0.00   0.0  0
 OHJ  CONST_03  N09  C08  C07  N06    0.00   0.0  0
 OHJ  CONST_04  C08  N09  C05  N06    0.00   0.0  0
 OHJ  CONST_05  N09  C05  N06  C07    0.00   0.0  0
 OHJ  CONST_06  N06  C07  C08  C10  180.00   0.0  0
 OHJ  CONST_07  C05  N09  C08  C10  180.00   0.0  0
 OHJ  CONST_08  C07  N06  C05  C04  180.00   0.0  0
 OHJ  CONST_09  C08  N09  C05  C04  180.00   0.0  0
 OHJ  CONST_10  H13  C07  N06  C05  180.00   0.0  0
 OHJ  CONST_11  H12  N06  C07  C08  180.00   0.0  0
 OHJ  Var_01    N06  C05  C04  C03  132.83  30.0  2
 OHJ  Var_02    O11  C10  C08  C07    1.82  30.0  2
 OHJ  Var_03    C05  C04  C03  C02  177.24  30.0  1
 OHJ  Var_04    C04  C03  C02  C01  179.94  30.0  1
 OHJ  Var_05    H3   C01  C02  C03  179.39  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 OHJ  plan-1  C10  0.020
 OHJ  plan-1  C05  0.020
 OHJ  plan-1  N06  0.020
 OHJ  plan-1  C07  0.020
 OHJ  plan-1  C08  0.020
 OHJ  plan-1  N09  0.020
 OHJ  plan-1  H12  0.020
 OHJ  plan-1  H13  0.020
 OHJ  plan-1  C04  0.020

