# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue May 19 17:15:00 2020
#   Inital geometry file: a 114 line input string
#   Ligand name: 2-fluoro-3-methyl-N'-(phenylsulfonyl)-5-(pyrimidin-2-yl)benzohydrazide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Cc1cc(cc(C(=O)NN[S](=O)(=O)c2ccccc2)c1F)c3ncccn3
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 O9M  O9M  2-fluoro-3-methyl-N'-(phenylsulfonyl)-5-(pyrimidin-2-yl)benzohydrazide  ligand  42  27  .  2021-08-17  2021-08-17  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_O9M
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 O9M  C13  C  CR16  0  -0.009   4.2736   3.4056   0.4069
 O9M  C15  C  C     0   0.537  -0.2949  -2.2304   0.3511
 O9M  C22  C  CR6   0  -0.213  -3.1726   0.8223   0.0099
 O9M  C24  C  CR16  0  -0.241  -3.6520   2.4397  -1.6820
 O9M  C26  C  CR16  0  -0.235  -1.9399   2.8688  -0.0411
 O9M  C01  C  CH3   0  -0.717   4.5782  -2.9438  -0.5773
 O9M  C02  C  CR6   0  -0.071   3.4494  -2.0157  -0.2461
 O9M  C03  C  CR6   0   0.546   2.1540  -2.4905  -0.1053
 O9M  C05  C  CR6   0  -0.238   1.0753  -1.6664   0.1772
 O9M  C06  C  CR16  0  -0.299   1.3082  -0.3059   0.3364
 O9M  C07  C  CR6   0   0.005   2.5918   0.2134   0.2211
 O9M  C08  C  CR16  0  -0.311   3.6447  -0.6520  -0.0726
 O9M  C09  C  CR6   0   0.406   2.8270   1.6615   0.4040
 O9M  C11  C  CR16  0  -0.012   1.9926   3.7144   0.8727
 O9M  C12  C  CR16  0  -0.351   3.2487   4.2791   0.7281
 O9M  C23  C  CR16  0  -0.229  -3.9096   1.2071  -1.1042
 O9M  C25  C  CR16  0  -0.232  -2.6686   3.2672  -1.1529
 O9M  C27  C  CR16  0  -0.243  -2.1901   1.6408   0.5527
 O9M  N10  N  N     0  -0.422   1.7778   2.4175   0.7134
 O9M  N14  N  N     0  -0.425   4.0687   2.1065   0.2452
 O9M  N17  N  NH1   0  -0.516  -1.2358  -1.5195  -0.3311
 O9M  N18  N  NC1   0  -0.556  -2.5578  -1.8377  -0.2282
 O9M  O16  O  O     0  -0.423  -0.5407  -3.1962   1.0353
 O9M  O20  O  OS    0  -0.631  -2.8679  -0.7986   2.0353
 O9M  O21  O  OS    0  -0.643  -4.8357  -1.1718   0.4967
 O9M  S19  S  S     0   1.380  -3.4574  -0.7748   0.7120
 O9M  H1   H  HCR6  0   0.280   5.2896   3.7596   0.2755
 O9M  H2   H  HCR6  0   0.278  -4.2215   2.7552  -2.5456
 O9M  H3   H  HCR6  0   0.277  -1.1803   3.5160   0.3741
 O9M  H4   H  HCH3  0   0.258   4.4257  -3.4328  -1.5402
 O9M  H5   H  HCH3  0   0.255   5.5172  -2.3966  -0.6279
 O9M  H6   H  HCH3  0   0.257   4.6873  -3.7280   0.1723
 O9M  H7   H  HCR6  0   0.277   0.4913   0.3619   0.5750
 O9M  H8   H  HCR6  0   0.266   4.6460  -0.2534  -0.1706
 O9M  H9   H  HCR6  0   0.277   1.1338   4.3257   1.1258
 O9M  H10  H  HCR6  0   0.289   3.4182   5.3374   0.8581
 O9M  H11  H  HCR6  0   0.290  -4.6760   0.5649  -1.5173
 O9M  H12  H  HCR6  0   0.277  -2.4720   4.2286  -1.6084
 O9M  H13  H  HCR6  0   0.291  -1.6378   1.3427   1.4334
 O9M  H14  H  HNH1  0   0.429  -0.9580  -0.8251  -1.0120
 O9M  H15  H  HNC1  0   0.430  -2.9961  -2.0777  -1.1128
 O9M  F04  F  F     0  -0.288   1.9396  -3.7969  -0.2846

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 O9M  C25  C24  aromatic  1.390  0.020  1.390
 O9M  C25  C26  aromatic  1.388  0.020  1.388
 O9M  C24  C23  aromatic  1.386  0.020  1.386
 O9M  C26  C27  aromatic  1.387  0.020  1.387
 O9M  C23  C22  aromatic  1.390  0.020  1.390
 O9M  C27  C22  aromatic  1.389  0.020  1.389
 O9M  C01  C02  single    1.498  0.020  1.498
 O9M  C22  S19  single    1.768  0.020  1.768
 O9M  F04  C03  single    1.336  0.020  1.336
 O9M  C02  C03  aromatic  1.387  0.020  1.387
 O9M  C02  C08  aromatic  1.388  0.020  1.388
 O9M  O21  S19  double    1.450  0.020  1.450
 O9M  C03  C05  aromatic  1.387  0.020  1.387
 O9M  S19  O20  double    1.449  0.020  1.449
 O9M  S19  N18  single    1.680  0.020  1.680
 O9M  C08  C07  aromatic  1.394  0.020  1.394
 O9M  N17  N18  single    1.364  0.020  1.364
 O9M  N17  C15  single    1.362  0.020  1.362
 O9M  C05  C15  single    1.492  0.020  1.492
 O9M  C05  C06  aromatic  1.389  0.020  1.389
 O9M  C15  O16  double    1.209  0.020  1.209
 O9M  C07  C06  aromatic  1.389  0.020  1.389
 O9M  C07  C09  single    1.478  0.020  1.478
 O9M  N14  C09  aromatic  1.329  0.020  1.329
 O9M  N14  C13  aromatic  1.325  0.020  1.325
 O9M  C09  N10  aromatic  1.330  0.020  1.330
 O9M  C13  C12  aromatic  1.384  0.020  1.384
 O9M  N10  C11  aromatic  1.324  0.020  1.324
 O9M  C12  C11  aromatic  1.385  0.020  1.385
 O9M  C13  H1   single    0.930  0.020  1.080
 O9M  C24  H2   single    0.930  0.020  1.080
 O9M  C26  H3   single    0.930  0.020  1.080
 O9M  C01  H4   single    0.970  0.020  1.090
 O9M  C01  H5   single    0.970  0.020  1.090
 O9M  C01  H6   single    0.970  0.020  1.090
 O9M  C06  H7   single    0.930  0.020  1.080
 O9M  C08  H8   single    0.930  0.020  1.080
 O9M  C11  H9   single    0.930  0.020  1.080
 O9M  C12  H10  single    0.930  0.020  1.080
 O9M  C23  H11  single    0.930  0.020  1.080
 O9M  C25  H12  single    0.930  0.020  1.080
 O9M  C27  H13  single    0.930  0.020  1.080
 O9M  N17  H14  single    0.860  0.020  1.020
 O9M  N18  H15  single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 O9M  H1   C13  N14  116.77  3.000
 O9M  H1   C13  C12  121.06  3.000
 O9M  N14  C13  C12  122.17  3.000
 O9M  O16  C15  N17  124.05  3.000
 O9M  O16  C15  C05  123.69  3.000
 O9M  N17  C15  C05  112.25  3.000
 O9M  S19  C22  C27  119.41  3.000
 O9M  S19  C22  C23  118.88  3.000
 O9M  C27  C22  C23  121.67  3.000
 O9M  H2   C24  C25  120.19  3.000
 O9M  H2   C24  C23  119.65  3.000
 O9M  C25  C24  C23  120.16  3.000
 O9M  H3   C26  C27  119.51  3.000
 O9M  H3   C26  C25  120.32  3.000
 O9M  C27  C26  C25  120.17  3.000
 O9M  H6   C01  H5   107.90  3.000
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 O9M  H5   C01  H4   107.77  3.000
 O9M  H6   C01  C02  111.65  3.000
 O9M  H5   C01  C02  110.43  3.000
 O9M  H4   C01  C02  111.56  3.000
 O9M  C08  C02  C03  117.06  3.000
 O9M  C08  C02  C01  122.01  3.000
 O9M  C03  C02  C01  120.93  3.000
 O9M  F04  C03  C05  118.93  3.000
 O9M  C05  C03  C02  122.95  3.000
 O9M  F04  C03  C02  118.10  3.000
 O9M  C06  C05  C03  118.35  3.000
 O9M  C06  C05  C15  120.72  3.000
 O9M  C03  C05  C15  120.90  3.000
 O9M  H7   C06  C07  119.03  3.000
 O9M  H7   C06  C05  120.21  3.000
 O9M  C07  C06  C05  120.75  3.000
 O9M  C09  C07  C08  120.93  3.000
 O9M  C09  C07  C06  120.18  3.000
 O9M  C08  C07  C06  118.89  3.000
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 O9M  H8   C08  C02  118.72  3.000
 O9M  C07  C08  C02  121.99  3.000
 O9M  N14  C09  N10  125.09  3.000
 O9M  N10  C09  C07  117.40  3.000
 O9M  N14  C09  C07  117.51  3.000
 O9M  H9   C11  N10  116.86  3.000
 O9M  H9   C11  C12  120.87  3.000
 O9M  N10  C11  C12  122.28  3.000
 O9M  H10  C12  C11  121.98  3.000
 O9M  H10  C12  C13  122.02  3.000
 O9M  C11  C12  C13  116.01  3.000
 O9M  H11  C23  C24  120.03  3.000
 O9M  H11  C23  C22  121.16  3.000
 O9M  C24  C23  C22  118.81  3.000
 O9M  H12  C25  C26  119.80  3.000
 O9M  H12  C25  C24  119.83  3.000
 O9M  C26  C25  C24  120.37  3.000
 O9M  H13  C27  C26  120.04  3.000
 O9M  H13  C27  C22  121.13  3.000
 O9M  C26  C27  C22  118.82  3.000
 O9M  C11  N10  C09  117.18  3.000
 O9M  C09  N14  C13  117.28  3.000
 O9M  H14  N17  N18  118.51  3.000
 O9M  H14  N17  C15  120.37  3.000
 O9M  N18  N17  C15  120.67  3.000
 O9M  H15  N18  S19  113.93  3.000
 O9M  H15  N18  N17  114.06  3.000
 O9M  S19  N18  N17  114.43  3.000
 O9M  O21  S19  O20  121.18  3.000
 O9M  O20  S19  N18  106.43  3.000
 O9M  O21  S19  N18  104.63  3.000
 O9M  N18  S19  C22  105.25  3.000
 O9M  O20  S19  C22  108.18  3.000
 O9M  O21  S19  C22  109.96  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 O9M  CONST_01  C07  C09  N14  C13   180.00   0.0  0
 O9M  CONST_02  N10  C09  N14  C13     0.00   0.0  0
 O9M  CONST_03  N10  C11  C12  C13     0.00   0.0  0
 O9M  CONST_04  C25  C24  C23  C22     0.00   0.0  0
 O9M  CONST_05  C25  C26  C27  C22     0.00   0.0  0
 O9M  CONST_06  C27  C26  C25  C24     0.00   0.0  0
 O9M  CONST_07  C27  C22  C23  C24     0.00   0.0  0
 O9M  CONST_08  C23  C24  C25  C26     0.00   0.0  0
 O9M  CONST_09  C23  C22  C27  C26     0.00   0.0  0
 O9M  CONST_10  C06  C05  C03  C02     0.00   0.0  0
 O9M  CONST_11  C06  C07  C08  C02     0.00   0.0  0
 O9M  CONST_12  C09  C07  C08  C02   180.00   0.0  0
 O9M  CONST_13  C07  C08  C02  C03     0.00   0.0  0
 O9M  CONST_14  C07  C06  C05  C03     0.00   0.0  0
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 O9M  CONST_16  C08  C07  C06  C05     0.00   0.0  0
 O9M  CONST_17  C09  C07  C06  C05   180.00   0.0  0
 O9M  CONST_18  N14  C09  C07  C06   180.00   0.0  0
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 O9M  CONST_22  N10  C09  C07  C08   180.00   0.0  0
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 O9M  CONST_27  C02  C03  C05  C15   180.00   0.0  0
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 O9M  CONST_29  S19  C22  C23  C24   180.00   0.0  0
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loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
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_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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