# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Jul 21 21:22:33 2021
#   Inital geometry file: a 68 line input string
#   Ligand name: 3-bromanyl-~{N}-methyl-~{N}-(2-sulfanylethyl)benzamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CN(CCS)C(=O)c1cccc(Br)c1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 O4E  O4E  3-bromanyl-~{N}-methyl-~{N}-(2-sulfanylethyl)benzamide  ligand  26  14  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_O4E
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 O4E  C11  C   CR16  0  -0.239  19.8715  19.9016   1.2519
 O4E  C12  C   CR16  0  -0.257  18.5264  19.8000   0.9303
 O4E  C14  C   CH3   0  -0.536  14.0912  19.5322   0.7566
 O4E  C02  C   CH2   0  -0.543  15.0573  18.5491   3.4646
 O4E  C03  C   CH2   0  -0.334  15.8246  18.4838   2.1503
 O4E  C05  C   C     0   0.524  16.1692  20.6840   1.0733
 O4E  C06  C   CR6   0  -0.070  17.6113  20.6899   1.4822
 O4E  C07  C   CR16  0  -0.238  18.0465  21.6895   2.3461
 O4E  C08  C   CR6   0  -0.102  19.3911  21.7611   2.6720
 O4E  C10  C   CR16  0  -0.228  20.3155  20.8784   2.1316
 O4E  N04  N   NT    0  -0.431  15.4649  19.5427   1.2251
 O4E  O13  O   O     0  -0.479  15.6898  21.6923   0.5751
 O4E  S01  S   S2    0  -0.256  15.3862  20.1408   4.2896
 O4E  BR1  BR  BR    0  -0.039  19.9771  23.0950   3.8730
 O4E  H1   H   HCR6  0   0.276  20.5843  19.2140   0.8171
 O4E  H2   H   HCR6  0   0.277  18.1938  19.0293   0.2465
 O4E  H3   H   HCH3  0   0.251  13.7479  18.5006   0.7060
 O4E  H4   H   HCH3  0   0.242  13.4250  20.0876   1.4208
 O4E  H5   H   HCH3  0   0.260  14.0206  19.9626  -0.2394
 O4E  H6   H   HCH2  0   0.278  13.9854  18.4389   3.3034
 O4E  H7   H   HCH2  0   0.286  15.3884  17.7255   4.0964
 O4E  H8   H   HCH2  0   0.279  15.6117  17.5204   1.6829
 O4E  H9   H   HCH2  0   0.281  16.8922  18.5082   2.3522
 O4E  H10  H   HCR6  0   0.282  17.3359  22.3884   2.7675
 O4E  H11  H   HCR6  0   0.285  21.3649  20.9433   2.3853
 O4E  H12  H   HSH1  0   0.232  14.4815  20.0153   5.2657

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 O4E  O13  C05  double    1.223  0.020  1.223
 O4E  C14  N04  single    1.451  0.020  1.451
 O4E  C12  C11  aromatic  1.387  0.020  1.387
 O4E  C12  C06  aromatic  1.391  0.020  1.391
 O4E  C05  N04  single    1.350  0.020  1.350
 O4E  C05  C06  single    1.499  0.020  1.499
 O4E  N04  C03  single    1.451  0.020  1.451
 O4E  C11  C10  aromatic  1.387  0.020  1.387
 O4E  C06  C07  aromatic  1.391  0.020  1.391
 O4E  C03  C02  single    1.523  0.020  1.523
 O4E  C10  C08  aromatic  1.388  0.020  1.388
 O4E  C07  C08  aromatic  1.385  0.020  1.385
 O4E  C08  BR1  single    1.888  0.020  1.888
 O4E  C02  S01  single    1.823  0.020  1.823
 O4E  C11  H1   single    0.930  0.020  1.080
 O4E  C12  H2   single    0.930  0.020  1.080
 O4E  C14  H3   single    0.970  0.020  1.090
 O4E  C14  H4   single    0.970  0.020  1.090
 O4E  C14  H5   single    0.970  0.020  1.090
 O4E  C02  H6   single    0.970  0.020  1.090
 O4E  C02  H7   single    0.970  0.020  1.090
 O4E  C03  H8   single    0.970  0.020  1.090
 O4E  C03  H9   single    0.970  0.020  1.090
 O4E  C07  H10  single    0.930  0.020  1.080
 O4E  C10  H11  single    0.930  0.020  1.080
 O4E  S01  H12  single    1.200  0.020  1.300

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 O4E  H1   C11  C10  119.44  3.000
 O4E  H1   C11  C12  119.96  3.000
 O4E  C10  C11  C12  120.60  3.000
 O4E  H2   C12  C06  120.27  3.000
 O4E  H2   C12  C11  119.78  3.000
 O4E  C06  C12  C11  119.95  3.000
 O4E  H5   C14  H4   108.43  3.000
 O4E  H5   C14  H3   108.19  3.000
 O4E  H4   C14  H3   108.53  3.000
 O4E  H5   C14  N04  110.75  3.000
 O4E  H4   C14  N04  112.16  3.000
 O4E  H3   C14  N04  108.69  3.000
 O4E  H7   C02  H6   107.96  3.000
 O4E  H7   C02  S01  110.05  3.000
 O4E  H6   C02  S01  109.44  3.000
 O4E  H7   C02  C03  108.35  3.000
 O4E  H6   C02  C03  111.32  3.000
 O4E  S01  C02  C03  109.69  3.000
 O4E  H9   C03  H8   106.91  3.000
 O4E  H9   C03  N04  110.22  3.000
 O4E  H8   C03  N04  108.82  3.000
 O4E  H9   C03  C02  109.48  3.000
 O4E  H8   C03  C02  107.99  3.000
 O4E  N04  C03  C02  113.20  3.000
 O4E  O13  C05  N04  122.58  3.000
 O4E  N04  C05  C06  118.34  3.000
 O4E  O13  C05  C06  119.02  3.000
 O4E  C07  C06  C05  118.25  3.000
 O4E  C07  C06  C12  120.03  3.000
 O4E  C05  C06  C12  121.48  3.000
 O4E  H10  C07  C08  120.82  3.000
 O4E  H10  C07  C06  120.04  3.000
 O4E  C08  C07  C06  119.14  3.000
 O4E  BR1  C08  C10  119.36  3.000
 O4E  BR1  C08  C07  119.17  3.000
 O4E  C10  C08  C07  121.47  3.000
 O4E  H11  C10  C08  121.12  3.000
 O4E  H11  C10  C11  120.09  3.000
 O4E  C08  C10  C11  118.79  3.000
 O4E  C05  N04  C03  124.00  3.000
 O4E  C03  N04  C14  115.79  3.000
 O4E  C05  N04  C14  117.63  3.000
 O4E  H12  S01  C02   97.26  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 O4E  CONST_01  C07  C06  C12  C11     0.00   0.0  0
 O4E  CONST_02  C07  C08  C10  C11     0.00   0.0  0
 O4E  CONST_03  C08  C10  C11  C12     0.00   0.0  0
 O4E  CONST_04  C08  C07  C06  C12     0.00   0.0  0
 O4E  CONST_05  C10  C11  C12  C06     0.00   0.0  0
 O4E  CONST_06  C10  C08  C07  C06     0.00   0.0  0
 O4E  CONST_07  C05  C06  C12  C11   180.00   0.0  0
 O4E  CONST_08  BR1  C08  C10  C11   180.00   0.0  0
 O4E  CONST_09  C08  C07  C06  C05   180.00   0.0  0
 O4E  CONST_10  BR1  C08  C07  C06   180.00   0.0  0
 O4E  CONST_11  H11  C10  C11  C12   180.00   0.0  0
 O4E  CONST_12  H10  C07  C06  C12   180.00   0.0  0
 O4E  CONST_13  H1   C11  C12  C06   180.00   0.0  0
 O4E  CONST_14  H2   C12  C06  C07   180.00   0.0  0
 O4E  CONST_15  C06  C05  N04  C14   180.00   0.0  0
 O4E  CONST_17  O13  C05  N04  C14     0.00   0.0  0
 O4E  Var_01    O13  C05  C06  C12  -119.81  30.0  2
 O4E  Var_02    C02  C03  N04  C14   -63.50  30.0  3
 O4E  Var_03    S01  C02  C03  N04   -59.70  30.0  3
 O4E  Var_04    H3   C14  N04  C03   -32.03  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 O4E  plan-1  C11  0.020
 O4E  plan-1  C12  0.020
 O4E  plan-1  C05  0.020
 O4E  plan-1  C06  0.020
 O4E  plan-1  C07  0.020
 O4E  plan-1  C08  0.020
 O4E  plan-1  C10  0.020
 O4E  plan-1  BR1  0.020
 O4E  plan-1  H1   0.020
 O4E  plan-1  H2   0.020
 O4E  plan-1  H10  0.020
 O4E  plan-1  H11  0.020
 O4E  plan-2  C14  0.020
 O4E  plan-2  C03  0.020
 O4E  plan-2  C05  0.020
 O4E  plan-2  C06  0.020
 O4E  plan-2  N04  0.020
 O4E  plan-2  O13  0.020

