# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 25 19:41:20 2020
#   Inital geometry file: a 106 line input string
#   Ligand name: 10-benzyl-8-fluoro-5,10-dihydro-11H-dibenzo[b,e][1,4]diazepin-11-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Fc1ccc2Nc3ccccc3C(=O)N(Cc4ccccc4)c2c1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 NQ1  NQ1  10-benzyl-8-fluoro-5,10-dihydro-11H-dibenzo[b,e][1,4]diazepin-11-one  ligand  39  24  .  2021-08-15  2021-08-15  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_NQ1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 NQ1  C10  C  CR6   0  -0.112   2.0392  -1.0385   0.5013
 NQ1  C11  C  CR16  0  -0.272   3.1727  -1.5698   1.1131
 NQ1  C12  C  CR16  0  -0.242   4.3775  -1.6429   0.4376
 NQ1  C13  C  CR16  0  -0.230   4.4437  -1.2224  -0.8850
 NQ1  C14  C  CR16  0  -0.285   3.3274  -0.6894  -1.5051
 NQ1  C15  C  C     0   0.563   0.7313  -1.2087   1.1970
 NQ1  C01  C  CR16  0  -0.454  -0.4112   2.1980   1.1774
 NQ1  C02  C  CR6   0   0.538  -0.3784   3.4089   0.5223
 NQ1  C04  C  CR16  0  -0.393   0.0660   3.5241  -0.7792
 NQ1  C05  C  CR16  0  -0.281   0.5249   2.3827  -1.4123
 NQ1  C06  C  CR6   0   0.266   0.4936   1.1417  -0.7846
 NQ1  C07  C  CR6   0   0.341  -0.0062   1.0417   0.5138
 NQ1  C09  C  CR6   0   0.307   2.1239  -0.5766  -0.8132
 NQ1  C19  C  CR6   0   0.163  -2.4037  -1.0578   0.4988
 NQ1  C20  C  CR16  0  -0.294  -2.5664  -2.4298   0.3327
 NQ1  C21  C  CR16  0  -0.225  -3.3232  -2.9266  -0.7199
 NQ1  C22  C  CR16  0  -0.244  -3.9202  -2.0561  -1.6209
 NQ1  C23  C  CR16  0  -0.229  -3.7620  -0.6857  -1.4622
 NQ1  C24  C  CR16  0  -0.279  -3.0099  -0.1905  -0.4070
 NQ1  F03  F  F     0  -0.317  -0.7873   4.5078   1.1766
 NQ1  N08  N  NH1   0  -0.721   0.9949  -0.0062  -1.4182
 NQ1  N17  N  NT    0  -0.572  -0.1978  -0.2081   1.1397
 NQ1  O16  O  O     0  -0.421   0.5146  -2.2404   1.8019
 NQ1  H1   H  HCR6  0   0.256   3.0996  -1.9411   2.1265
 NQ1  H2   H  HCR6  0   0.242   5.2531  -2.0442   0.9282
 NQ1  H3   H  HCR6  0   0.245   5.3729  -1.2950  -1.4339
 NQ1  H4   H  HCR6  0   0.227   3.3946  -0.3471  -2.5305
 NQ1  H5   H  HCR6  0   0.270  -0.7592   2.1562   2.2009
 NQ1  H6   H  HCR6  0   0.265   0.0827   4.4814  -1.2811
 NQ1  H7   H  HCR6  0   0.238   0.9096   2.4625  -2.4210
 NQ1  H8   H  HCH2  0   0.257  -1.9955   0.3936   2.0177
 NQ1  H9   H  HCH2  0   0.283  -1.4802  -1.2256   2.4339
 NQ1  H10  H  HCR6  0   0.250  -2.0964  -3.1129   1.0290
 NQ1  H11  H  HCR6  0   0.238  -3.4483  -3.9951  -0.8358
 NQ1  H12  H  HCR6  0   0.236  -4.5095  -2.4440  -2.4411
 NQ1  H13  H  HCR6  0   0.233  -4.2297  -0.0022  -2.1587
 NQ1  H14  H  HCR6  0   0.233  -2.8956   0.8810  -0.2863
 NQ1  H15  H  HNH1  0   0.357   1.1113   0.1224  -2.4124
 NQ1  C18  C  CH2   0  -0.436  -1.5516  -0.5150   1.6145

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 NQ1  N08  C09  single    1.402  0.020  1.402
 NQ1  N08  C06  single    1.404  0.020  1.404
 NQ1  C14  C09  aromatic  1.393  0.020  1.393
 NQ1  C14  C13  aromatic  1.384  0.020  1.384
 NQ1  C09  C10  aromatic  1.396  0.020  1.396
 NQ1  C13  C12  aromatic  1.389  0.020  1.389
 NQ1  O16  C15  double    1.215  0.020  1.215
 NQ1  C10  C15  single    1.491  0.020  1.491
 NQ1  C10  C11  aromatic  1.393  0.020  1.393
 NQ1  C06  C05  aromatic  1.391  0.020  1.391
 NQ1  C06  C07  aromatic  1.395  0.020  1.395
 NQ1  C15  N17  single    1.367  0.020  1.367
 NQ1  C12  C11  aromatic  1.383  0.020  1.383
 NQ1  C05  C04  aromatic  1.384  0.020  1.384
 NQ1  N17  C18  single    1.467  0.020  1.467
 NQ1  N17  C07  single    1.411  0.020  1.411
 NQ1  C18  C19  single    1.505  0.020  1.505
 NQ1  C07  C01  aromatic  1.393  0.020  1.393
 NQ1  C04  C02  aromatic  1.380  0.020  1.380
 NQ1  C24  C19  aromatic  1.393  0.020  1.393
 NQ1  C24  C23  aromatic  1.387  0.020  1.387
 NQ1  C01  C02  aromatic  1.377  0.020  1.377
 NQ1  C19  C20  aromatic  1.392  0.020  1.392
 NQ1  C02  F03  single    1.343  0.020  1.343
 NQ1  C23  C22  aromatic  1.389  0.020  1.389
 NQ1  C20  C21  aromatic  1.388  0.020  1.388
 NQ1  C22  C21  aromatic  1.388  0.020  1.388
 NQ1  C11  H1   single    0.930  0.020  1.080
 NQ1  C12  H2   single    0.930  0.020  1.080
 NQ1  C13  H3   single    0.930  0.020  1.080
 NQ1  C14  H4   single    0.930  0.020  1.080
 NQ1  C01  H5   single    0.930  0.020  1.080
 NQ1  C04  H6   single    0.930  0.020  1.080
 NQ1  C05  H7   single    0.930  0.020  1.080
 NQ1  C18  H8   single    0.970  0.020  1.090
 NQ1  C18  H9   single    0.970  0.020  1.090
 NQ1  C20  H10  single    0.930  0.020  1.080
 NQ1  C21  H11  single    0.930  0.020  1.080
 NQ1  C22  H12  single    0.930  0.020  1.080
 NQ1  C23  H13  single    0.930  0.020  1.080
 NQ1  C24  H14  single    0.930  0.020  1.080
 NQ1  N08  H15  single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 NQ1  C09  C10  C15  122.03  3.000
 NQ1  C15  C10  C11  117.72  3.000
 NQ1  C09  C10  C11  119.36  3.000
 NQ1  H1   C11  C12  119.88  3.000
 NQ1  H1   C11  C10  119.16  3.000
 NQ1  C12  C11  C10  120.95  3.000
 NQ1  H2   C12  C13  120.38  3.000
 NQ1  H2   C12  C11  120.24  3.000
 NQ1  C13  C12  C11  119.37  3.000
 NQ1  H3   C13  C14  119.43  3.000
 NQ1  H3   C13  C12  120.25  3.000
 NQ1  C14  C13  C12  120.31  3.000
 NQ1  H4   C14  C09  119.89  3.000
 NQ1  H4   C14  C13  119.73  3.000
 NQ1  C09  C14  C13  120.37  3.000
 NQ1  O16  C15  N17  121.41  3.000
 NQ1  N17  C15  C10  119.55  3.000
 NQ1  O16  C15  C10  119.04  3.000
 NQ1  H5   C01  C07  120.80  3.000
 NQ1  H5   C01  C02  119.45  3.000
 NQ1  C07  C01  C02  119.75  3.000
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 NQ1  H7   C05  C04  118.91  3.000
 NQ1  C06  C05  C04  121.47  3.000
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 NQ1  C07  C06  C05  119.47  3.000
 NQ1  N08  C06  C05  121.19  3.000
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 NQ1  N17  C07  C01  118.98  3.000
 NQ1  C06  C07  C01  119.21  3.000
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 NQ1  N08  C09  C10  119.48  3.000
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 NQ1  H10  C20  C19  119.64  3.000
 NQ1  C21  C20  C19  120.47  3.000
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 NQ1  H11  C21  C20  119.85  3.000
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 NQ1  H12  C22  C23  120.17  3.000
 NQ1  H12  C22  C21  120.11  3.000
 NQ1  C23  C22  C21  119.72  3.000
 NQ1  H13  C23  C24  119.90  3.000
 NQ1  H13  C23  C22  120.03  3.000
 NQ1  C24  C23  C22  120.07  3.000
 NQ1  H14  C24  C23  119.64  3.000
 NQ1  H14  C24  C19  119.81  3.000
 NQ1  C23  C24  C19  120.55  3.000
 NQ1  H15  N08  C09  112.59  3.000
 NQ1  H15  N08  C06  112.43  3.000
 NQ1  C09  N08  C06  115.18  3.000
 NQ1  C18  N17  C07  117.01  3.000
 NQ1  C07  N17  C15  125.09  3.000
 NQ1  C18  N17  C15  117.43  3.000
 NQ1  H9   C18  H8   107.06  3.000
 NQ1  H9   C18  N17  108.67  3.000
 NQ1  H8   C18  N17  108.76  3.000
 NQ1  H9   C18  C19  111.11  3.000
 NQ1  H8   C18  C19  110.16  3.000
 NQ1  N17  C18  C19  110.97  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 NQ1  CONST_01  C13  C12  C11  C10    0.00   0.0  0
 NQ1  CONST_02  C14  C13  C12  C11    0.00   0.0  0
 NQ1  CONST_03  C09  C14  C13  C12    0.00   0.0  0
 NQ1  CONST_04  C05  C04  C02  C01    0.00   0.0  0
 NQ1  CONST_05  C06  C05  C04  C02    0.00   0.0  0
 NQ1  CONST_06  C07  C01  C02  C04    0.00   0.0  0
 NQ1  CONST_07  C22  C23  C24  C19    0.00   0.0  0
 NQ1  CONST_08  C22  C21  C20  C19    0.00   0.0  0
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 NQ1  CONST_10  C23  C22  C21  C20    0.00   0.0  0
 NQ1  CONST_11  C24  C19  C20  C21    0.00   0.0  0
 NQ1  CONST_12  C24  C23  C22  C21    0.00   0.0  0
 NQ1  CONST_13  F03  C02  C04  C05  180.00   0.0  0
 NQ1  CONST_14  F03  C02  C01  C07  180.00   0.0  0
 NQ1  CONST_15  C23  C24  C19  C18  180.00   0.0  0
 NQ1  CONST_16  C21  C20  C19  C18  180.00   0.0  0
 NQ1  CONST_17  H2   C12  C11  C10  180.00   0.0  0
 NQ1  CONST_18  H3   C13  C12  C11  180.00   0.0  0
 NQ1  CONST_19  H4   C14  C13  C12  180.00   0.0  0
 NQ1  CONST_20  H1   C11  C12  C13  180.00   0.0  0
 NQ1  CONST_21  H6   C04  C02  C01  180.00   0.0  0
 NQ1  CONST_22  H7   C05  C04  C02  180.00   0.0  0
 NQ1  CONST_23  H5   C01  C02  C04  180.00   0.0  0
 NQ1  CONST_24  H13  C23  C24  C19  180.00   0.0  0
 NQ1  CONST_25  H11  C21  C20  C19  180.00   0.0  0
 NQ1  CONST_26  H14  C24  C19  C20  180.00   0.0  0
 NQ1  CONST_27  H12  C22  C21  C20  180.00   0.0  0
 NQ1  CONST_28  H10  C20  C21  C22  180.00   0.0  0
 NQ1  Var_01    N17  C18  C19  C20   96.64  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 NQ1  plan-1  C19  0.020
 NQ1  plan-1  C20  0.020
 NQ1  plan-1  C21  0.020
 NQ1  plan-1  C22  0.020
 NQ1  plan-1  C23  0.020
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 NQ1  plan-1  H10  0.020
 NQ1  plan-1  H11  0.020
 NQ1  plan-1  H12  0.020
 NQ1  plan-1  H13  0.020
 NQ1  plan-1  H14  0.020
 NQ1  plan-1  C18  0.020
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 NQ1  plan-4  N17  0.020
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 NQ1  plan-4  C18  0.020

