# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 25 14:48:34 2020
#   Inital geometry file: a 74 line input string
#   Ligand name: methyl nonanoate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCCCCC(=O)OC
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 NON  NON  'methyl nonanoate         '  ligand  32  12  .  2021-08-15  2021-08-15  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_NON
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 NON  C1   C  C     0   0.600   1.8469  -6.8492  -5.8889
 NON  C2   C  CH2   0  -0.579   2.1063  -5.5976  -5.0946
 NON  C3   C  CH2   0  -0.416   1.1007  -4.4882  -5.3585
 NON  C4   C  CH2   0  -0.414   1.4010  -3.2378  -4.5416
 NON  C5   C  CH2   0  -0.411   0.3899  -2.1220  -4.7739
 NON  C6   C  CH2   0  -0.410   0.6851  -0.8658  -3.9641
 NON  C7   C  CH2   0  -0.406  -0.3336   0.2464  -4.1807
 NON  C8   C  CH2   0  -0.418  -0.0391   1.4996  -3.3654
 NON  C9   C  CH3   0  -0.661  -1.0657   2.6043  -3.5754
 NON  O1   O  O     0  -0.454   1.0131  -6.9656  -6.7524
 NON  O2   O  O2    0  -0.457   2.6628  -7.8340  -5.5291
 NON  CM   C  CH3   0  -0.424   2.5327  -9.0805  -6.2115
 NON  H21  H  HCH2  0   0.274   3.1209  -5.2569  -5.3284
 NON  H22  H  HCH2  0   0.270   2.1234  -5.8583  -4.0321
 NON  H31  H  HCH2  0   0.224   1.0991  -4.2351  -6.4219
 NON  H32  H  HCH2  0   0.223   0.0929  -4.8421  -5.1229
 NON  H41  H  HCH2  0   0.212   2.4058  -2.8745  -4.7847
 NON  H42  H  HCH2  0   0.211   1.4197  -3.4930  -3.4764
 NON  H51  H  HCH2  0   0.208   0.3657  -1.8704  -5.8398
 NON  H52  H  HCH2  0   0.208  -0.6131  -2.4867  -4.5256
 NON  H61  H  HCH2  0   0.206   0.7189  -1.1218  -2.8993
 NON  H62  H  HCH2  0   0.206   1.6849  -0.4962  -4.2180
 NON  H71  H  HCH2  0   0.205  -1.3337  -0.1235  -3.9277
 NON  H72  H  HCH2  0   0.205  -0.3675   0.5067  -5.2445
 NON  H81  H  HCH2  0   0.209   0.9571   1.8732  -3.6231
 NON  H82  H  HCH2  0   0.209   0.0019   1.2378  -2.3035
 NON  H91  H  HCH3  0   0.215  -2.0660   2.2742  -3.2892
 NON  H92  H  HCH3  0   0.215  -1.1081   2.9122  -4.6219
 NON  H93  H  HCH3  0   0.225  -0.8274   3.4886  -2.9828
 NON  HM1  H  HCH3  0   0.237   1.5390  -9.5075  -6.0775
 NON  HM2  H  HCH3  0   0.250   3.2704  -9.7432  -5.7683
 NON  HM3  H  HCH3  0   0.237   2.7369  -8.9765  -7.2772

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 NON  C1  C2   single  1.505  0.020  1.505
 NON  C1  O1   double  1.206  0.020  1.206
 NON  C1  O2   single  1.329  0.020  1.329
 NON  C2  C3   single  1.520  0.020  1.520
 NON  C2  H21  single  0.970  0.020  1.090
 NON  C2  H22  single  0.970  0.020  1.090
 NON  C3  C4   single  1.524  0.020  1.524
 NON  C3  H31  single  0.970  0.020  1.090
 NON  C3  H32  single  0.970  0.020  1.090
 NON  C4  C5   single  1.524  0.020  1.524
 NON  C4  H41  single  0.970  0.020  1.090
 NON  C4  H42  single  0.970  0.020  1.090
 NON  C5  C6   single  1.523  0.020  1.523
 NON  C5  H51  single  0.970  0.020  1.090
 NON  C5  H52  single  0.970  0.020  1.090
 NON  C6  C7   single  1.524  0.020  1.524
 NON  C6  H61  single  0.970  0.020  1.090
 NON  C6  H62  single  0.970  0.020  1.090
 NON  C7  C8   single  1.524  0.020  1.524
 NON  C7  H71  single  0.970  0.020  1.090
 NON  C7  H72  single  0.970  0.020  1.090
 NON  C8  C9   single  1.523  0.020  1.523
 NON  C8  H81  single  0.970  0.020  1.090
 NON  C8  H82  single  0.970  0.020  1.090
 NON  C9  H91  single  0.970  0.020  1.090
 NON  C9  H92  single  0.970  0.020  1.090
 NON  C9  H93  single  0.970  0.020  1.090
 NON  O2  CM   single  1.427  0.020  1.427
 NON  CM  HM1  single  0.970  0.020  1.090
 NON  CM  HM2  single  0.970  0.020  1.090
 NON  CM  HM3  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 NON  O2   C1  O1   123.16  3.000
 NON  O2   C1  C2   111.57  3.000
 NON  O1   C1  C2   125.27  3.000
 NON  H22  C2  H21  105.48  3.000
 NON  H22  C2  C3   110.65  3.000
 NON  H21  C2  C3   110.40  3.000
 NON  H22  C2  C1   108.49  3.000
 NON  H21  C2  C1   107.80  3.000
 NON  C3   C2  C1   113.65  3.000
 NON  H32  C3  H31  106.45  3.000
 NON  H32  C3  C4   109.37  3.000
 NON  H31  C3  C4   109.39  3.000
 NON  H32  C3  C2   109.63  3.000
 NON  H31  C3  C2   109.80  3.000
 NON  C4   C3  C2   112.05  3.000
 NON  H42  C4  H41  106.10  3.000
 NON  H42  C4  C5   109.28  3.000
 NON  H41  C4  C5   109.39  3.000
 NON  H42  C4  C3   109.49  3.000
 NON  H41  C4  C3   109.51  3.000
 NON  C5   C4  C3   112.86  3.000
 NON  H52  C5  H51  106.06  3.000
 NON  H52  C5  C6   109.35  3.000
 NON  H51  C5  C6   109.39  3.000
 NON  H52  C5  C4   109.22  3.000
 NON  H51  C5  C4   109.35  3.000
 NON  C6   C5  C4   113.22  3.000
 NON  H62  C6  H61  106.02  3.000
 NON  H62  C6  C7   109.32  3.000
 NON  H61  C6  C7   109.23  3.000
 NON  H62  C6  C5   109.37  3.000
 NON  H61  C6  C5   109.26  3.000
 NON  C7   C6  C5   113.38  3.000
 NON  H72  C7  H71  106.03  3.000
 NON  H72  C7  C8   109.27  3.000
 NON  H71  C7  C8   109.30  3.000
 NON  H72  C7  C6   109.39  3.000
 NON  H71  C7  C6   109.32  3.000
 NON  C8   C7  C6   113.27  3.000
 NON  H82  C8  H81  106.02  3.000
 NON  H82  C8  C9   109.43  3.000
 NON  H81  C8  C9   109.48  3.000
 NON  H82  C8  C7   109.24  3.000
 NON  H81  C8  C7   109.30  3.000
 NON  C9   C8  C7   113.12  3.000
 NON  H93  C9  H92  107.50  3.000
 NON  H93  C9  H91  107.63  3.000
 NON  H92  C9  H91  107.52  3.000
 NON  H93  C9  C8   111.47  3.000
 NON  H92  C9  C8   111.28  3.000
 NON  H91  C9  C8   111.24  3.000
 NON  CM   O2  C1   117.51  3.000
 NON  HM3  CM  HM2  109.26  3.000
 NON  HM3  CM  HM1  109.18  3.000
 NON  HM2  CM  HM1  109.27  3.000
 NON  HM3  CM  O2   111.54  3.000
 NON  HM2  CM  O2   106.01  3.000
 NON  HM1  CM  O2   111.50  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 NON  Var_01  C4   C3  C2  C1  -179.73  30.0  3
 NON  Var_02  C5   C4  C3  C2  -179.01  30.0  3
 NON  Var_03  O1   C1  C2  C3     6.68  30.0  1
 NON  Var_04  C6   C5  C4  C3  -179.82  30.0  3
 NON  Var_05  C7   C6  C5  C4  -179.29  30.0  3
 NON  Var_06  C8   C7  C6  C5   179.77  30.0  3
 NON  Var_07  C9   C8  C7  C6  -179.51  30.0  3
 NON  Var_08  HM1  CM  O2  C1   -60.56  30.0  3
 NON  Var_09  H91  C9  C8  C7    60.06  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 NON  plan-1  C1  0.020
 NON  plan-1  C2  0.020
 NON  plan-1  O1  0.020
 NON  plan-1  O2  0.020

