# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Mar 18 23:56:49 2022
#   Inital geometry file: a 70 line input string
#   Ligand name: 2-(acetylamino)-2-deoxy-beta-D-galactopyranose
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(=O)N[C@H]1[C@H](O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 NGA  NGA  2-(acetylamino)-2-deoxy-beta-D-galactopyranose  D-saccharide  30  15  .  2012-01-16  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_NGA
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 NGA  C1   C  CH1   0   0.305  -12.0544  20.8781  -1.9423
 NGA  C2   C  CH1   0  -0.146  -11.7569  19.7019  -1.0042
 NGA  C3   C  CH1   0   0.049  -10.9380  20.1949   0.1898
 NGA  C4   C  CH1   0  -0.028   -9.7015  20.9630  -0.2837
 NGA  C5   C  CH1   0  -0.010  -10.1635  22.0750  -1.2288
 NGA  C6   C  CH2   0  -0.167   -9.0195  22.9098  -1.7626
 NGA  C7   C  C     0   0.500  -13.3983  17.8615  -0.9500
 NGA  C8   C  CH3   0  -0.784  -14.7456  17.4655  -0.3937
 NGA  N2   N  NH1   0  -0.623  -12.9823  19.0862  -0.5678
 NGA  O1   O  OH1   0  -0.649  -12.6702  20.3916  -3.0742
 NGA  O3   O  OH1   0  -0.658  -10.6267  19.0878   0.9899
 NGA  O4   O  OH1   0  -0.668   -8.8234  20.0553  -0.9031
 NGA  O5   O  O2    0  -0.491  -10.8642  21.5203  -2.3211
 NGA  O6   O  OH1   0  -0.664   -9.5502  24.0230  -2.4405
 NGA  O7   O  O     0  -0.489  -12.7473  17.1301  -1.6801
 NGA  H1   H  HCH1  0   0.180  -12.6996  21.6008  -1.4084
 NGA  H2   H  HCH1  0   0.269  -11.1844  18.9545  -1.5575
 NGA  H3   H  HCH1  0   0.215  -11.5580  20.9183   0.7439
 NGA  H4   H  HCH1  0   0.235   -9.2340  21.4345   0.5935
 NGA  H5   H  HCH1  0   0.217  -10.8247  22.7437  -0.6518
 NGA  H61  H  HCH2  0   0.203   -8.3972  23.2113  -0.9092
 NGA  H62  H  HCH2  0   0.201   -8.3909  22.2969  -2.4210
 NGA  H81  H  HCH3  0   0.258  -14.9981  16.4536  -0.6989
 NGA  H82  H  HCH3  0   0.261  -14.7489  17.5155   0.6959
 NGA  H83  H  HCH3  0   0.263  -15.5225  18.1429  -0.7512
 NGA  HN2  H  HNH1  0   0.398  -13.5862  19.6273   0.0330
 NGA  HO1  H  HOH1  0   0.461  -13.1150  21.1136  -3.5308
 NGA  HO3  H  HOH1  0   0.451  -10.2393  19.4036   1.8125
 NGA  HO4  H  HOH1  0   0.456   -7.9364  20.4257  -0.9053
 NGA  HO6  H  HOH1  0   0.454   -8.8196  24.5154  -2.8252

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 NGA  C1  C2   single  1.534  0.020  1.534
 NGA  C1  O1   single  1.377  0.020  1.377
 NGA  C1  O5   single  1.404  0.020  1.404
 NGA  C1  H1   single  0.970  0.020  1.090
 NGA  C2  C3   single  1.530  0.020  1.530
 NGA  C2  N2   single  1.439  0.020  1.439
 NGA  C2  H2   single  0.970  0.020  1.090
 NGA  C3  C4   single  1.531  0.020  1.531
 NGA  C3  O3   single  1.401  0.020  1.401
 NGA  C3  H3   single  0.970  0.020  1.090
 NGA  C4  C5   single  1.531  0.020  1.531
 NGA  C4  O4   single  1.407  0.020  1.407
 NGA  C4  H4   single  0.970  0.020  1.090
 NGA  C5  C6   single  1.513  0.020  1.513
 NGA  C5  O5   single  1.411  0.020  1.411
 NGA  C5  H5   single  0.970  0.020  1.090
 NGA  C6  O6   single  1.407  0.020  1.407
 NGA  C6  H61  single  0.970  0.020  1.090
 NGA  C6  H62  single  0.970  0.020  1.090
 NGA  C7  C8   single  1.510  0.020  1.510
 NGA  C7  N2   single  1.349  0.020  1.349
 NGA  C7  O7   double  1.221  0.020  1.221
 NGA  C8  H81  single  0.970  0.020  1.090
 NGA  C8  H82  single  0.970  0.020  1.090
 NGA  C8  H83  single  0.970  0.020  1.090
 NGA  N2  HN2  single  0.860  0.020  1.020
 NGA  O1  HO1  single  0.850  0.020  0.980
 NGA  O3  HO3  single  0.850  0.020  0.980
 NGA  O4  HO4  single  0.850  0.020  0.980
 NGA  O6  HO6  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 NGA  H1   C1  O5   109.02  3.000
 NGA  H1   C1  O1   111.51  3.000
 NGA  O5   C1  O1   108.59  3.000
 NGA  H1   C1  C2   108.60  3.000
 NGA  O5   C1  C2   110.57  3.000
 NGA  O1   C1  C2   108.57  3.000
 NGA  H2   C2  N2   107.89  3.000
 NGA  H2   C2  C3   109.60  3.000
 NGA  N2   C2  C3   110.92  3.000
 NGA  H2   C2  C1   108.46  3.000
 NGA  N2   C2  C1   110.39  3.000
 NGA  C3   C2  C1   109.52  3.000
 NGA  H3   C3  O3   110.89  3.000
 NGA  H3   C3  C4   106.29  3.000
 NGA  O3   C3  C4   113.19  3.000
 NGA  H3   C3  C2   107.62  3.000
 NGA  O3   C3  C2   108.06  3.000
 NGA  C4   C3  C2   110.66  3.000
 NGA  H4   C4  O4   111.25  3.000
 NGA  H4   C4  C5   108.01  3.000
 NGA  O4   C4  C5   112.66  3.000
 NGA  H4   C4  C3   108.16  3.000
 NGA  O4   C4  C3   108.46  3.000
 NGA  C5   C4  C3   108.16  3.000
 NGA  H5   C5  O5   110.21  3.000
 NGA  H5   C5  C6   107.64  3.000
 NGA  O5   C5  C6   108.61  3.000
 NGA  H5   C5  C4   107.35  3.000
 NGA  O5   C5  C4   110.01  3.000
 NGA  C6   C5  C4   112.97  3.000
 NGA  H62  C6  H61  107.15  3.000
 NGA  H62  C6  O6   111.64  3.000
 NGA  H61  C6  O6   111.76  3.000
 NGA  H62  C6  C5   109.66  3.000
 NGA  H61  C6  C5   107.80  3.000
 NGA  O6   C6  C5   108.74  3.000
 NGA  O7   C7  N2   123.28  3.000
 NGA  O7   C7  C8   122.59  3.000
 NGA  N2   C7  C8   114.13  3.000
 NGA  H83  C8  H82  107.26  3.000
 NGA  H83  C8  H81  108.70  3.000
 NGA  H82  C8  H81  108.82  3.000
 NGA  H83  C8  C7   110.59  3.000
 NGA  H82  C8  C7   111.01  3.000
 NGA  H81  C8  C7   110.36  3.000
 NGA  HN2  N2  C7   118.10  3.000
 NGA  HN2  N2  C2   117.43  3.000
 NGA  C7   N2  C2   124.41  3.000
 NGA  HO1  O1  C1   109.34  3.000
 NGA  HO3  O3  C3   108.55  3.000
 NGA  HO4  O4  C4   109.17  3.000
 NGA  C5   O5  C1   113.06  3.000
 NGA  HO6  O6  C6   108.14  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 NGA  CONST_01  C8   C7  N2  C2   180.00   0.0  0
 NGA  CONST_02  O7   C7  N2  C2     0.00   0.0  0
 NGA  CONST_03  HN2  N2  C7  C8     0.00   0.0  0
 NGA  Var_01    H81  C8  C7  N2  -177.23  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 NGA  chir_01  C1  C2  O1  O5  positiv
 NGA  chir_02  C2  N2  C3  C1  positiv
 NGA  chir_03  C3  O3  C2  C4  positiv
 NGA  chir_04  C4  O4  C3  C5  positiv
 NGA  chir_05  C5  O5  C4  C6  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 NGA  plan-1  C2   0.020
 NGA  plan-1  C7   0.020
 NGA  plan-1  C8   0.020
 NGA  plan-1  N2   0.020
 NGA  plan-1  O7   0.020
 NGA  plan-1  HN2  0.020

