# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Aug  1 18:14:41 2021
#   Inital geometry file: a 120 line input string
#   Ligand name: [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-(methylamino)purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CNc1ncnc2n(cnc12)[C@@H]3O[C@H](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]3O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 N6E  N6E  '[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-(methylamino)purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate'  ligand  50  32  .  2022-11-17  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_N6E
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 N6E  C1   C  CR56  0   0.003  23.1451   -8.0323  16.2110
 N6E  C2   C  CR6   0   0.497  24.0782   -7.1893  15.5719
 N6E  C3   C  CR16  0   0.039  22.3420   -5.7261  15.1856
 N6E  C4   C  CR56  0   0.483  21.8389   -7.5760  16.2517
 N6E  C5   C  CR15  0   0.116  22.0415   -9.5251  17.2149
 N6E  C6   C  CR15  0   0.165  19.7059   -8.5006  17.1617
 N6E  C7   C  CR15  0  -0.059  18.8852   -8.8261  15.9035
 N6E  C8   C  CR15  0   0.002  18.7410  -10.3385  16.0422
 N6E  C9   C  CR15  0  -0.003  18.5402  -10.4683  17.5576
 N6E  C10  C  CH2   0  -0.197  18.9136  -11.8227  18.0973
 N6E  C11  C  CH3   0  -0.514  26.3429   -6.6680  14.8045
 N6E  N1   N  N     0  -0.487  23.6328   -6.0325  15.0697
 N6E  N2   N  N     0  -0.459  21.3780   -6.4289  15.7529
 N6E  N3   N  NH1   0  -0.642  25.3663   -7.5096  15.4510
 N6E  N4   N  N     0  -0.449  23.2514   -9.2535  16.8200
 N6E  N5   N  NR5   0  -0.532  21.1373   -8.5499  16.9003
 N6E  O1   O  OH1   0  -0.656  17.6076   -8.2627  15.9803
 N6E  O2   O  OH1   0  -0.654  17.6919  -10.8521  15.2836
 N6E  O3   O  O     0  -0.492  19.3803   -9.4660  18.1187
 N6E  O4   O  O2    0  -0.556  18.6159  -11.8691  19.5053
 N6E  O5   O  O     0  -0.710  20.4729  -13.4691  20.3260
 N6E  O6   O  OH1   0  -0.696  18.9366  -12.1028  21.9496
 N6E  O7   O  O2    0  -0.679  20.6268  -10.9004  20.6170
 N6E  O8   O  OH1   0  -0.731  22.3367  -11.4963  22.3411
 N6E  O9   O  O     0  -0.637  22.5724   -9.2836  20.9391
 N6E  O10  O  O2    0  -0.708  22.8903  -11.6057  19.8746
 N6E  O11  O  OH1   0  -0.727  24.9670  -12.6639  20.9450
 N6E  O12  O  O     0  -0.673  24.2035  -13.2859  18.5261
 N6E  O13  O  OH1   0  -0.763  22.9585  -14.0085  20.7203
 N6E  P1   P  P     0   1.515  19.7066  -12.2247  20.5841
 N6E  P2   P  P     0   1.513  22.1876  -10.6946  20.9875
 N6E  P3   P  P     0   1.464  23.8088  -12.9707  19.9060
 N6E  H1   H  HCR6  0   0.251  22.0498   -4.7739  14.7559
 N6E  H2   H  HCR5  0   0.265  21.7582  -10.4195  17.7427
 N6E  H3   H  HCR5  0   0.286  19.4839   -7.4976  17.5379
 N6E  H4   H  HCR5  0   0.272  19.4123   -8.5342  14.9885
 N6E  H5   H  HCR5  0   0.251  19.6999  -10.7962  15.7637
 N6E  H6   H  HCR5  0   0.264  17.4927  -10.2597  17.8070
 N6E  H7   H  HCH2  0   0.283  18.3094  -12.5905  17.6136
 N6E  H8   H  HCH2  0   0.242  19.9639  -12.0568  17.9000
 N6E  H9   H  HCH3  0   0.253  27.2825   -7.2111  14.7604
 N6E  H10  H  HCH3  0   0.240  26.0414   -6.4163  13.7881
 N6E  H11  H  HCH3  0   0.237  26.5075   -5.7376  15.3502
 N6E  H12  H  HNH1  0   0.408  25.6727   -8.3772  15.8571
 N6E  H13  H  HOH1  0   0.463  17.6805   -7.3124  15.8456
 N6E  H14  H  HOH1  0   0.465  17.9267  -11.7349  14.9854
 N6E  H15  H  HOH1  0   0.521  18.5837  -12.9327  22.3028
 N6E  H16  H  HOH1  0   0.520  22.8280  -11.0450  23.0427
 N6E  H17  H  HOH1  0   0.507  25.7681  -12.2938  20.5488
 N6E  H18  H  HOH1  0   0.502  21.9708  -13.9328  20.5898

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 N6E  C11  N3   single    1.442  0.020  1.442
 N6E  N3   C2   single    1.333  0.020  1.333
 N6E  C2   N1   aromatic  1.337  0.020  1.337
 N6E  C2   C1   aromatic  1.411  0.020  1.411
 N6E  N1   C3   aromatic  1.332  0.020  1.332
 N6E  C1   N4   aromatic  1.369  0.020  1.369
 N6E  C1   C4   aromatic  1.384  0.020  1.384
 N6E  N4   C5   aromatic  1.301  0.020  1.301
 N6E  C3   N2   aromatic  1.321  0.020  1.321
 N6E  C4   N2   aromatic  1.333  0.020  1.333
 N6E  C4   N5   aromatic  1.364  0.020  1.364
 N6E  C5   N5   aromatic  1.367  0.020  1.367
 N6E  C7   O1   single    1.398  0.020  1.398
 N6E  C7   C8   single    1.526  0.020  1.526
 N6E  C7   C6   single    1.537  0.020  1.537
 N6E  N5   C6   single    1.456  0.020  1.456
 N6E  O2   C8   single    1.393  0.020  1.393
 N6E  C8   C9   single    1.534  0.020  1.534
 N6E  C6   O3   single    1.398  0.020  1.398
 N6E  C9   O3   single    1.423  0.020  1.423
 N6E  C9   C10  single    1.505  0.020  1.505
 N6E  C10  O4   single    1.440  0.020  1.440
 N6E  O4   P1   single    1.575  0.020  1.575
 N6E  O5   P1   double    1.484  0.020  1.484
 N6E  O7   P1   single    1.613  0.020  1.613
 N6E  O7   P2   single    1.617  0.020  1.617
 N6E  P1   O6   single    1.572  0.020  1.572
 N6E  O9   P2   double    1.463  0.020  1.463
 N6E  P2   O10  single    1.601  0.020  1.601
 N6E  P2   O8   single    1.580  0.020  1.580
 N6E  O10  P3   single    1.646  0.020  1.646
 N6E  O12  P3   double    1.469  0.020  1.469
 N6E  P3   O13  single    1.569  0.020  1.569
 N6E  P3   O11  single    1.586  0.020  1.586
 N6E  C3   H1   single    0.930  0.020  1.080
 N6E  C5   H2   single    0.930  0.020  1.080
 N6E  C6   H3   single    0.970  0.020  1.090
 N6E  C7   H4   single    0.970  0.020  1.090
 N6E  C8   H5   single    0.970  0.020  1.090
 N6E  C9   H6   single    0.970  0.020  1.090
 N6E  C10  H7   single    0.970  0.020  1.090
 N6E  C10  H8   single    0.970  0.020  1.090
 N6E  C11  H9   single    0.970  0.020  1.090
 N6E  C11  H10  single    0.970  0.020  1.090
 N6E  C11  H11  single    0.970  0.020  1.090
 N6E  N3   H12  single    0.860  0.020  1.020
 N6E  O1   H13  single    0.850  0.020  0.980
 N6E  O2   H14  single    0.850  0.020  0.980
 N6E  O6   H15  single    0.850  0.020  0.980
 N6E  O8   H16  single    0.850  0.020  0.980
 N6E  O11  H17  single    0.850  0.020  0.980
 N6E  O13  H18  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 N6E  N4   C1   C4   110.75  3.000
 N6E  C4   C1   C2   116.14  3.000
 N6E  N4   C1   C2   133.11  3.000
 N6E  N3   C2   N1   119.71  3.000
 N6E  N1   C2   C1   117.82  3.000
 N6E  N3   C2   C1   122.46  3.000
 N6E  H1   C3   N2   116.14  3.000
 N6E  H1   C3   N1   115.38  3.000
 N6E  N2   C3   N1   128.48  3.000
 N6E  N5   C4   N2   127.90  3.000
 N6E  N5   C4   C1   105.31  3.000
 N6E  N2   C4   C1   126.79  3.000
 N6E  H2   C5   N5   122.12  3.000
 N6E  H2   C5   N4   124.53  3.000
 N6E  N5   C5   N4   113.35  3.000
 N6E  H3   C6   O3   110.52  3.000
 N6E  H3   C6   N5   106.99  3.000
 N6E  O3   C6   N5   109.18  3.000
 N6E  H3   C6   C7   111.55  3.000
 N6E  O3   C6   C7   106.85  3.000
 N6E  N5   C6   C7   111.76  3.000
 N6E  H4   C7   O1   112.21  3.000
 N6E  H4   C7   C8   112.68  3.000
 N6E  O1   C7   C8   107.94  3.000
 N6E  H4   C7   C6   111.74  3.000
 N6E  C8   C7   C6   100.72  3.000
 N6E  O1   C7   C6   110.95  3.000
 N6E  H5   C8   O2   111.46  3.000
 N6E  H5   C8   C9   109.23  3.000
 N6E  O2   C8   C9   114.09  3.000
 N6E  H5   C8   C7   107.91  3.000
 N6E  C9   C8   C7   100.72  3.000
 N6E  O2   C8   C7   112.79  3.000
 N6E  H6   C9   O3   109.89  3.000
 N6E  H6   C9   C10  109.06  3.000
 N6E  O3   C9   C10  110.24  3.000
 N6E  H6   C9   C8   109.48  3.000
 N6E  C10  C9   C8   113.45  3.000
 N6E  O3   C9   C8   104.63  3.000
 N6E  H8   C10  H7   107.54  3.000
 N6E  H8   C10  O4   111.59  3.000
 N6E  H7   C10  O4   107.25  3.000
 N6E  H8   C10  C9   111.47  3.000
 N6E  H7   C10  C9   109.71  3.000
 N6E  O4   C10  C9   109.17  3.000
 N6E  H11  C11  H10  108.13  3.000
 N6E  H11  C11  H9   108.43  3.000
 N6E  H10  C11  H9   108.48  3.000
 N6E  H11  C11  N3   112.06  3.000
 N6E  H10  C11  N3   111.44  3.000
 N6E  H9   C11  N3   108.20  3.000
 N6E  C3   N1   C2   119.28  3.000
 N6E  C4   N2   C3   111.48  3.000
 N6E  H12  N3   C11  118.56  3.000
 N6E  H12  N3   C2   117.72  3.000
 N6E  C11  N3   C2   123.70  3.000
 N6E  C5   N4   C1   104.42  3.000
 N6E  C6   N5   C5   129.29  3.000
 N6E  C6   N5   C4   124.53  3.000
 N6E  C5   N5   C4   106.18  3.000
 N6E  H13  O1   C7   108.72  3.000
 N6E  H14  O2   C8   108.90  3.000
 N6E  C9   O3   C6   110.73  3.000
 N6E  P1   O4   C10  122.28  3.000
 N6E  H15  O6   P1   115.39  3.000
 N6E  P2   O7   P1   131.28  3.000
 N6E  H16  O8   P2   115.60  3.000
 N6E  P3   O10  P2   134.74  3.000
 N6E  H17  O11  P3   114.23  3.000
 N6E  H18  O13  P3   114.69  3.000
 N6E  O7   P1   O6   101.42  3.000
 N6E  O6   P1   O5   117.96  3.000
 N6E  O7   P1   O5   113.42  3.000
 N6E  O6   P1   O4   103.78  3.000
 N6E  O7   P1   O4   102.93  3.000
 N6E  O5   P1   O4   115.33  3.000
 N6E  O10  P2   O9   114.23  3.000
 N6E  O10  P2   O8   105.39  3.000
 N6E  O9   P2   O8   119.52  3.000
 N6E  O8   P2   O7   102.87  3.000
 N6E  O10  P2   O7   101.07  3.000
 N6E  O9   P2   O7   111.64  3.000
 N6E  O13  P3   O12  119.40  3.000
 N6E  O13  P3   O11  100.58  3.000
 N6E  O12  P3   O11  117.42  3.000
 N6E  O11  P3   O10  105.05  3.000
 N6E  O13  P3   O10  104.83  3.000
 N6E  O12  P3   O10  108.06  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 N6E  CONST_01  C3   N1   C2  C1      0.00   0.0  0
 N6E  CONST_02  N5   C5   N4  C1      0.00   0.0  0
 N6E  CONST_03  C3   N2   C4  C1      0.00   0.0  0
 N6E  CONST_04  C5   N5   C4  C1      0.00   0.0  0
 N6E  CONST_05  N2   C3   N1  C2      0.00   0.0  0
 N6E  CONST_06  C5   N4   C1  C2    180.00   0.0  0
 N6E  CONST_07  N2   C4   C1  C2      0.00   0.0  0
 N6E  CONST_08  N5   C4   C1  C2    180.00   0.0  0
 N6E  CONST_09  N5   C4   N2  C3    180.00   0.0  0
 N6E  CONST_10  N1   C2   C1  C4      0.00   0.0  0
 N6E  CONST_11  C5   N4   C1  C4      0.00   0.0  0
 N6E  CONST_12  N1   C3   N2  C4      0.00   0.0  0
 N6E  CONST_13  N4   C5   N5  C4      0.00   0.0  0
 N6E  CONST_14  N2   C4   N5  C5    180.00   0.0  0
 N6E  CONST_15  N4   C1   C2  N1    180.00   0.0  0
 N6E  CONST_16  N4   C1   C4  N2    180.00   0.0  0
 N6E  CONST_17  N5   C4   C1  N4      0.00   0.0  0
 N6E  CONST_18  C6   N5   C4  C1    180.00   0.0  0
 N6E  CONST_19  N2   C4   N5  C6      0.00   0.0  0
 N6E  CONST_20  N4   C5   N5  C6    180.00   0.0  0
 N6E  CONST_21  N3   C2   N1  C3    180.00   0.0  0
 N6E  CONST_22  N3   C2   C1  C4    180.00   0.0  0
 N6E  CONST_23  N4   C1   C2  N3      0.00   0.0  0
 N6E  CONST_24  H2   C5   N4  C1    180.00   0.0  0
 N6E  CONST_25  H1   C3   N1  C2    180.00   0.0  0
 N6E  CONST_26  C11  N3   C2  C1    180.00   0.0  0
 N6E  CONST_27  N1   C2   N3  C11     0.00   0.0  0
 N6E  CONST_28  H12  N3   C2  C1      0.00   0.0  0
 N6E  Var_01    H9   C11  N3  C2   -174.45  30.0  3
 N6E  Var_02    O5   P1   O4  C10   -51.26  30.0  3
 N6E  Var_03    H7   C10  O4  P1    117.30  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 N6E  chir_01  C6  C7  N5   O3   positiv
 N6E  chir_02  C7  O1  C8   C6   positiv
 N6E  chir_03  C8  O2  C9   C7   positiv
 N6E  chir_04  C9  O3  C8   C10  negativ
 N6E  chir_05  P1  O5  O7   O6   both
 N6E  chir_06  P2  O9  O10  O8   both

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 N6E  plan-1  C1   0.020
 N6E  plan-1  C2   0.020
 N6E  plan-1  C3   0.020
 N6E  plan-1  C4   0.020
 N6E  plan-1  C5   0.020
 N6E  plan-1  C6   0.020
 N6E  plan-1  N1   0.020
 N6E  plan-1  N2   0.020
 N6E  plan-1  N3   0.020
 N6E  plan-1  N4   0.020
 N6E  plan-1  N5   0.020
 N6E  plan-1  H1   0.020
 N6E  plan-1  H2   0.020
 N6E  plan-2  C2   0.020
 N6E  plan-2  C11  0.020
 N6E  plan-2  N3   0.020
 N6E  plan-2  H12  0.020

