# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 24 05:01:51 2020
#   Inital geometry file: a 82 line input string
#   Ligand name: 6-benzyl-5-chloro[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7(3H)-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: ClC1=C(Cc2ccccc2)C(=O)N3N=CNC3=N1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 MW5  MW5  6-benzyl-5-chloro[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7(3H)-one  ligand  27  18  .  2021-08-14  2021-08-14  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_MW5
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 MW5  O     O   O     0  -0.442   0.4956  -2.0607   0.8917
 MW5  C5    C   CR6   0   0.591   0.8764  -0.9477   0.5906
 MW5  N2    N   N     0  -0.443   2.1112  -0.7634  -0.0453
 MW5  N3    N   N     0  -0.240   2.9672  -1.7609  -0.3806
 MW5  C1    C   CR15  0   0.152   3.9592  -1.1461  -0.9304
 MW5  C4    C   CR6   0  -0.071   0.1901   0.2994   0.8157
 MW5  C3    C   CR6   0   0.102   0.7954   1.4626   0.4093
 MW5  CL    CL  CL    0  -0.090   0.0015   2.9820   0.6612
 MW5  N4    N   N     0  -0.473   1.9832   1.5887  -0.1920
 MW5  C2    C   CR56  0   0.781   2.5848   0.4541  -0.3915
 MW5  N1    N   NR15  0  -0.661   3.7799   0.1994  -0.9635
 MW5  C6    C   CH2   0  -0.587  -1.1584   0.1974   1.4668
 MW5  C7    C   CR6   0   0.154  -2.2160  -0.3094   0.5137
 MW5  C12   C   CR16  0  -0.310  -2.8103  -1.5522   0.7063
 MW5  C11   C   CR16  0  -0.243  -3.7836  -2.0197  -0.1682
 MW5  C10   C   CR16  0  -0.272  -4.1724  -1.2483  -1.2544
 MW5  C9    C   CR16  0  -0.241  -3.5833  -0.0058  -1.4570
 MW5  C8    C   CR16  0  -0.290  -2.6128   0.4578  -0.5802
 MW5  H1    H   HCR5  0   0.335   4.8373  -1.6302  -1.3242
 MW5  HA    H   HNR5  0   0.458   4.4160   0.8882  -1.3396
 MW5  H61C  H   HCH2  0   0.275  -1.0917  -0.4792   2.3210
 MW5  H62C  H   HCH2  0   0.271  -1.4570   1.1663   1.8663
 MW5  H12   H   HCR6  0   0.245  -2.5046  -2.1620   1.5474
 MW5  H8    H   HCR6  0   0.238  -2.1654   1.4300  -0.7512
 MW5  H11   H   HCR6  0   0.253  -4.2334  -2.9902  -0.0015
 MW5  H10   H   HCR6  0   0.253  -4.9287  -1.6116  -1.9383
 MW5  H9    H   HCR6  0   0.253  -3.8838   0.6052  -2.2987

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 MW5  O    C5    double    1.214  0.020  1.214
 MW5  C5   N2    single    1.401  0.020  1.401
 MW5  C5   C4    single    1.441  0.020  1.441
 MW5  N2   N3    single    1.357  0.020  1.357
 MW5  N2   C2    single    1.351  0.020  1.351
 MW5  N3   C1    double    1.290  0.020  1.290
 MW5  C1   N1    single    1.358  0.020  1.358
 MW5  C4   C3    double    1.373  0.020  1.373
 MW5  C4   C6    single    1.501  0.020  1.501
 MW5  C3   CL    single    1.733  0.020  1.733
 MW5  C3   N4    single    1.337  0.020  1.337
 MW5  N4   C2    double    1.300  0.020  1.300
 MW5  C2   N1    single    1.349  0.020  1.349
 MW5  C6   C7    single    1.511  0.020  1.511
 MW5  C7   C12   aromatic  1.391  0.020  1.391
 MW5  C7   C8    aromatic  1.394  0.020  1.394
 MW5  C12  C11   aromatic  1.389  0.020  1.389
 MW5  C11  C10   aromatic  1.388  0.020  1.388
 MW5  C10  C9    aromatic  1.390  0.020  1.390
 MW5  C9   C8    aromatic  1.388  0.020  1.388
 MW5  C1   H1    single    0.930  0.020  1.080
 MW5  N1   HA    single    0.860  0.020  1.020
 MW5  C6   H61C  single    0.970  0.020  1.090
 MW5  C6   H62C  single    0.970  0.020  1.090
 MW5  C12  H12   single    0.930  0.020  1.080
 MW5  C8   H8    single    0.930  0.020  1.080
 MW5  C11  H11   single    0.930  0.020  1.080
 MW5  C10  H10   single    0.930  0.020  1.080
 MW5  C9   H9    single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 MW5  C4    C5   N2    112.13  3.000
 MW5  C4    C5   O     127.24  3.000
 MW5  N2    C5   O     120.63  3.000
 MW5  C2    N2   N3    112.21  3.000
 MW5  C2    N2   C5    122.93  3.000
 MW5  N3    N2   C5    124.86  3.000
 MW5  C1    N3   N2    103.89  3.000
 MW5  H1    C1   N1    122.96  3.000
 MW5  H1    C1   N3    124.64  3.000
 MW5  N1    C1   N3    112.40  3.000
 MW5  C6    C4   C3    125.60  3.000
 MW5  C6    C4   C5    115.90  3.000
 MW5  C3    C4   C5    118.49  3.000
 MW5  N4    C3   CL    112.93  3.000
 MW5  N4    C3   C4    127.20  3.000
 MW5  CL    C3   C4    119.86  3.000
 MW5  C2    N4   C3    113.44  3.000
 MW5  N1    C2   N4    129.79  3.000
 MW5  N1    C2   N2    104.42  3.000
 MW5  N4    C2   N2    125.80  3.000
 MW5  HA    N1   C2    125.94  3.000
 MW5  HA    N1   C1    126.98  3.000
 MW5  C2    N1   C1    107.08  3.000
 MW5  H62C  C6   H61C  106.32  3.000
 MW5  H62C  C6   C7    109.73  3.000
 MW5  H61C  C6   C7    109.17  3.000
 MW5  H62C  C6   C4    110.17  3.000
 MW5  H61C  C6   C4    109.06  3.000
 MW5  C7    C6   C4    112.21  3.000
 MW5  C8    C7   C12   118.61  3.000
 MW5  C8    C7   C6    120.64  3.000
 MW5  C12   C7   C6    120.75  3.000
 MW5  H12   C12  C11   119.81  3.000
 MW5  H12   C12  C7    119.35  3.000
 MW5  C11   C12  C7    120.84  3.000
 MW5  H11   C11  C10   120.16  3.000
 MW5  H11   C11  C12   119.72  3.000
 MW5  C10   C11  C12   120.12  3.000
 MW5  H10   C10  C9    120.27  3.000
 MW5  H10   C10  C11   120.24  3.000
 MW5  C9    C10  C11   119.49  3.000
 MW5  H9    C9   C8    119.79  3.000
 MW5  H9    C9   C10   120.01  3.000
 MW5  C8    C9   C10   120.20  3.000
 MW5  H8    C8   C9    119.26  3.000
 MW5  H8    C8   C7    120.01  3.000
 MW5  C9    C8   C7    120.73  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 MW5  CONST_01  C10  C11  C12  C7     0.00   0.0  0
 MW5  CONST_02  C10  C9   C8   C7     0.00   0.0  0
 MW5  CONST_03  C9   C8   C7   C12    0.00   0.0  0
 MW5  CONST_04  C9   C10  C11  C12    0.00   0.0  0
 MW5  CONST_05  C8   C7   C12  C11    0.00   0.0  0
 MW5  CONST_06  C8   C9   C10  C11    0.00   0.0  0
 MW5  CONST_07  C1   N3   N2   C5   180.00   0.0  0
 MW5  CONST_08  N4   C2   N2   C5     0.00   0.0  0
 MW5  CONST_09  N1   C2   N2   C5   180.00   0.0  0
 MW5  CONST_10  N1   C1   N3   N2     0.00   0.0  0
 MW5  CONST_11  C3   N4   C2   N2     0.00   0.0  0
 MW5  CONST_12  C1   N1   C2   N2     0.00   0.0  0
 MW5  CONST_13  C4   C5   N2   N3   180.00   0.0  0
 MW5  CONST_14  N4   C2   N2   N3   180.00   0.0  0
 MW5  CONST_15  N1   C2   N2   N3     0.00   0.0  0
 MW5  CONST_16  C2   N1   C1   N3     0.00   0.0  0
 MW5  CONST_17  C2   N2   N3   C1     0.00   0.0  0
 MW5  CONST_18  N4   C2   N1   C1   180.00   0.0  0
 MW5  CONST_19  C2   N2   C5   C4     0.00   0.0  0
 MW5  CONST_20  N1   C2   N4   C3   180.00   0.0  0
 MW5  CONST_21  C11  C12  C7   C6   180.00   0.0  0
 MW5  CONST_22  C9   C8   C7   C6   180.00   0.0  0
 MW5  CONST_23  N3   N2   C5   O      0.00   0.0  0
 MW5  CONST_24  C2   N2   C5   O    180.00   0.0  0
 MW5  CONST_25  H11  C11  C12  C7   180.00   0.0  0
 MW5  CONST_26  H9   C9   C8   C7   180.00   0.0  0
 MW5  CONST_27  H8   C8   C7   C12  180.00   0.0  0
 MW5  CONST_28  H10  C10  C11  C12  180.00   0.0  0
 MW5  CONST_29  H12  C12  C11  C10  180.00   0.0  0
 MW5  CONST_30  H1   C1   N3   N2   180.00   0.0  0
 MW5  CONST_31  HA   N1   C2   N2   180.00   0.0  0
 MW5  Var_01    C7   C6   C4   C5   -74.64  30.0  3
 MW5  Var_02    C12  C7   C6   C4   113.03  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 MW5  plan-1  C6   0.020
 MW5  plan-1  C7   0.020
 MW5  plan-1  C12  0.020
 MW5  plan-1  C11  0.020
 MW5  plan-1  C10  0.020
 MW5  plan-1  C9   0.020
 MW5  plan-1  C8   0.020
 MW5  plan-1  H12  0.020
 MW5  plan-1  H8   0.020
 MW5  plan-1  H11  0.020
 MW5  plan-1  H10  0.020
 MW5  plan-1  H9   0.020
 MW5  plan-2  O    0.020
 MW5  plan-2  C5   0.020
 MW5  plan-2  N2   0.020
 MW5  plan-2  N3   0.020
 MW5  plan-2  C1   0.020
 MW5  plan-2  C4   0.020
 MW5  plan-2  C3   0.020
 MW5  plan-2  CL   0.020
 MW5  plan-2  N4   0.020
 MW5  plan-2  C2   0.020
 MW5  plan-2  N1   0.020
 MW5  plan-2  C6   0.020
 MW5  plan-2  H1   0.020
 MW5  plan-2  HA   0.020

