# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr 23 21:42:06 2020
#   Inital geometry file: a 89 line input string
#   Ligand name: 5-(4-methoxyphenoxy)quinazoline-2,4-diamine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1ccc(Oc2cccc3nc(N)nc(N)c23)cc1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 MQ1  MQ1  5-(4-methoxyphenoxy)quinazoline-2,4-diamine  ligand  35  21  .  2021-08-14  2021-08-14  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_MQ1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 MQ1  C1    C  CR66  0   0.264   1.2000  -0.1145  -2.8464
 MQ1  C2    C  CR66  0  -0.163   0.1076  -0.0737  -1.9426
 MQ1  C3    C  CR6   0   0.503  -1.1923   0.0486  -2.5651
 MQ1  N4    N  N     0  -0.512  -1.3108   0.1115  -3.8778
 MQ1  C5    C  CR6   0   0.516  -0.1957   0.0610  -4.6244
 MQ1  N6    N  N     0  -0.533   1.0406  -0.0443  -4.1851
 MQ1  N7    N  NH2   0  -0.827  -2.3288   0.1046  -1.8686
 MQ1  C8    C  CR16  0  -0.349   2.5112  -0.2301  -2.3378
 MQ1  C9    C  CR16  0  -0.236   2.7208  -0.3021  -0.9872
 MQ1  C12   C  CR16  0  -0.382   1.6564  -0.2604  -0.0772
 MQ1  C13   C  CR6   0   0.386   0.3689  -0.1466  -0.5525
 MQ1  N14   N  NH2   0  -0.823  -0.3888   0.0915  -5.9632
 MQ1  O20   O  O2    0  -0.550  -0.7087  -0.1018   0.2730
 MQ1  C22   C  CR6   0   0.293  -0.5236  -0.0797   1.6394
 MQ1  C23   C  CR16  0  -0.283  -0.5645  -1.2669   2.3559
 MQ1  C24   C  CR16  0  -0.342  -0.4273  -1.2393   3.7314
 MQ1  C25   C  CR6   0   0.387  -0.2461  -0.0266   4.4009
 MQ1  C26   C  CR16  0  -0.384  -0.2064   1.1591   3.6704
 MQ1  C27   C  CR16  0  -0.280  -0.3454   1.1269   2.2881
 MQ1  O32   O  O2    0  -0.470  -0.1243  -0.0975   5.7392
 MQ1  C33   C  CH3   0  -0.438   0.0731   1.1013   6.4629
 MQ1  H71   H  HNH2  0   0.397  -3.1955   0.1964  -2.3706
 MQ1  H72   H  HNH2  0   0.422  -2.3500   0.0718  -0.8667
 MQ1  H8    H  HCR6  0   0.249   3.3350  -0.2601  -3.0382
 MQ1  H9    H  HCR6  0   0.264   3.7288  -0.3938  -0.6030
 MQ1  H12   H  HCR6  0   0.279   1.8555  -0.3210   0.9831
 MQ1  H141  H  HNH2  0   0.389  -1.2811   0.4025  -6.3060
 MQ1  H142  H  HNH2  0   0.388   0.4062   0.2838  -6.5479
 MQ1  H23   H  HCR6  0   0.277  -0.7086  -2.2096   1.8434
 MQ1  H24   H  HCR6  0   0.271  -0.4608  -2.1611   4.2982
 MQ1  H26   H  HCR6  0   0.286  -0.0699   2.1168   4.1534
 MQ1  H27   H  HCR6  0   0.280  -0.3155   2.0504   1.7235
 MQ1  H331  H  HCH3  0   0.261   0.1423   0.8218   7.5110
 MQ1  H332  H  HCH3  0   0.230   0.9976   1.6064   6.1712
 MQ1  H333  H  HCH3  0   0.230  -0.7613   1.7960   6.3375

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 MQ1  C1   C2    aromatic  1.418  0.020  1.418
 MQ1  C1   N6    aromatic  1.350  0.020  1.350
 MQ1  C1   C8    aromatic  1.411  0.020  1.411
 MQ1  C2   C3    aromatic  1.446  0.020  1.446
 MQ1  C2   C13   aromatic  1.416  0.020  1.416
 MQ1  C3   N4    aromatic  1.320  0.020  1.320
 MQ1  C3   N7    single    1.334  0.020  1.334
 MQ1  N4   C5    aromatic  1.343  0.020  1.343
 MQ1  C5   N6    aromatic  1.316  0.020  1.316
 MQ1  C5   N14   single    1.353  0.020  1.353
 MQ1  N7   H71   single    0.860  0.020  1.020
 MQ1  N7   H72   single    0.860  0.020  1.020
 MQ1  C8   C9    aromatic  1.369  0.020  1.369
 MQ1  C8   H8    single    0.930  0.020  1.080
 MQ1  C9   C12   aromatic  1.401  0.020  1.401
 MQ1  C9   H9    single    0.930  0.020  1.080
 MQ1  C12  C13   aromatic  1.377  0.020  1.377
 MQ1  C12  H12   single    0.930  0.020  1.080
 MQ1  C13  O20   single    1.358  0.020  1.358
 MQ1  N14  H141  single    0.890  0.020  1.040
 MQ1  N14  H142  single    0.890  0.020  1.040
 MQ1  O20  C22   single    1.379  0.020  1.379
 MQ1  C22  C23   aromatic  1.387  0.020  1.387
 MQ1  C22  C27   aromatic  1.381  0.020  1.381
 MQ1  C23  C24   aromatic  1.383  0.020  1.383
 MQ1  C23  H23   single    0.930  0.020  1.080
 MQ1  C24  C25   aromatic  1.397  0.020  1.397
 MQ1  C24  H24   single    0.930  0.020  1.080
 MQ1  C25  C26   aromatic  1.393  0.020  1.393
 MQ1  C25  O32   single    1.346  0.020  1.346
 MQ1  C26  C27   aromatic  1.390  0.020  1.390
 MQ1  C26  H26   single    0.930  0.020  1.080
 MQ1  C27  H27   single    0.930  0.020  1.080
 MQ1  O32  C33   single    1.414  0.020  1.414
 MQ1  C33  H331  single    0.970  0.020  1.090
 MQ1  C33  H332  single    0.970  0.020  1.090
 MQ1  C33  H333  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 MQ1  C8    C1   N6    118.12  3.000
 MQ1  C8    C1   C2    119.23  3.000
 MQ1  N6    C1   C2    122.65  3.000
 MQ1  C13   C2   C3    126.34  3.000
 MQ1  C13   C2   C1    118.80  3.000
 MQ1  C3    C2   C1    114.86  3.000
 MQ1  N7    C3   N4    116.16  3.000
 MQ1  N7    C3   C2    122.99  3.000
 MQ1  N4    C3   C2    120.86  3.000
 MQ1  C5    N4   C3    118.47  3.000
 MQ1  N14   C5   N6    117.78  3.000
 MQ1  N14   C5   N4    115.52  3.000
 MQ1  N6    C5   N4    126.69  3.000
 MQ1  C5    N6   C1    116.49  3.000
 MQ1  H72   N7   H71   118.92  3.000
 MQ1  H72   N7   C3    122.56  3.000
 MQ1  H71   N7   C3    118.51  3.000
 MQ1  H8    C8   C9    121.39  3.000
 MQ1  H8    C8   C1    118.46  3.000
 MQ1  C9    C8   C1    120.15  3.000
 MQ1  H9    C9   C12   118.64  3.000
 MQ1  H9    C9   C8    119.82  3.000
 MQ1  C12   C9   C8    121.53  3.000
 MQ1  H12   C12  C13   121.04  3.000
 MQ1  H12   C12  C9    119.72  3.000
 MQ1  C13   C12  C9    119.25  3.000
 MQ1  O20   C13  C12   122.32  3.000
 MQ1  O20   C13  C2    116.64  3.000
 MQ1  C12   C13  C2    121.03  3.000
 MQ1  H142  N14  H141  116.38  3.000
 MQ1  H142  N14  C5    117.84  3.000
 MQ1  H141  N14  C5    118.10  3.000
 MQ1  C22   O20  C13   119.75  3.000
 MQ1  C27   C22  C23   120.58  3.000
 MQ1  C27   C22  O20   119.77  3.000
 MQ1  C23   C22  O20   119.61  3.000
 MQ1  H23   C23  C24   120.11  3.000
 MQ1  H23   C23  C22   120.30  3.000
 MQ1  C24   C23  C22   119.59  3.000
 MQ1  H24   C24  C25   119.49  3.000
 MQ1  H24   C24  C23   120.05  3.000
 MQ1  C25   C24  C23   120.46  3.000
 MQ1  O32   C25  C26   124.31  3.000
 MQ1  O32   C25  C24   116.27  3.000
 MQ1  C26   C25  C24   119.42  3.000
 MQ1  H26   C26  C27   118.53  3.000
 MQ1  H26   C26  C25   121.54  3.000
 MQ1  C27   C26  C25   119.93  3.000
 MQ1  H27   C27  C26   119.74  3.000
 MQ1  H27   C27  C22   120.24  3.000
 MQ1  C26   C27  C22   120.01  3.000
 MQ1  C33   O32  C25   118.48  3.000
 MQ1  H333  C33  H332  108.75  3.000
 MQ1  H333  C33  H331  108.82  3.000
 MQ1  H332  C33  H331  108.80  3.000
 MQ1  H333  C33  O32   111.93  3.000
 MQ1  H332  C33  O32   111.92  3.000
 MQ1  H331  C33  O32   106.52  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 MQ1  CONST_01  N4    C3   C2   C1     0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_02  C12   C13  C2   C1     0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_03  N4    C5   N6   C1     0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_04  C12   C9   C8   C1     0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_05  C5    N6   C1   C2     0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_06  C9    C8   C1   C2     0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_07  C5    N4   C3   C2     0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_08  C9    C12  C13  C2     0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_09  N6    C1   C2   C3     0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_10  C8    C1   C2   C3   180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_11  C12   C13  C2   C3   180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_12  N6    C5   N4   C3     0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_13  C13   C2   C3   N4   180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_14  C8    C1   N6   C5   180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_15  C13   C2   C1   N6   180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_16  C9    C8   C1   N6   180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_17  C13   C2   C1   C8     0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_18  C13   C12  C9   C8     0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_19  C25   C24  C23  C22    0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_20  C25   C26  C27  C22    0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_21  C26   C27  C22  C23    0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_22  C26   C25  C24  C23    0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_23  C27   C22  C23  C24    0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_24  C27   C26  C25  C24    0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_25  N7    C3   C2   C1   180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_26  O20   C13  C2   C1   180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_27  N14   C5   N6   C1   180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_28  O20   C13  C2   C3     0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_29  N14   C5   N4   C3   180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_30  N7    C3   N4   C5   180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_31  C13   C2   C3   N7     0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_32  O20   C13  C12  C9   180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_33  C24   C23  C22  O20  180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_34  C26   C27  C22  O20  180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_35  O32   C25  C24  C23  180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_36  O32   C25  C26  C27  180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_37  H9    C9   C8   C1   180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_38  H8    C8   C1   C2   180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_39  H12   C12  C13  C2   180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_40  H24   C24  C23  C22  180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_41  H26   C26  C27  C22  180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_42  H27   C27  C22  C23  180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_43  H23   C23  C24  C25  180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_44  H71   N7   C3   C2   180.00   0.0  0
 MQ1  CONST_45  H72   N7   C3   C2     0.00   0.0  0
 MQ1  CONST_47  H142  N14  C5   N4   180.00   0.0  0
 MQ1  Var_01    C23   C22  O20  C13  -94.86  30.0  2
 MQ1  Var_02    H331  C33  O32  C25  179.87  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 MQ1  plan-1  O20   0.020
 MQ1  plan-1  C22   0.020
 MQ1  plan-1  C23   0.020
 MQ1  plan-1  C24   0.020
 MQ1  plan-1  C25   0.020
 MQ1  plan-1  C26   0.020
 MQ1  plan-1  C27   0.020
 MQ1  plan-1  O32   0.020
 MQ1  plan-1  H23   0.020
 MQ1  plan-1  H24   0.020
 MQ1  plan-1  H26   0.020
 MQ1  plan-1  H27   0.020
 MQ1  plan-2  C1    0.020
 MQ1  plan-2  C2    0.020
 MQ1  plan-2  C3    0.020
 MQ1  plan-2  N4    0.020
 MQ1  plan-2  C5    0.020
 MQ1  plan-2  N6    0.020
 MQ1  plan-2  N7    0.020
 MQ1  plan-2  C8    0.020
 MQ1  plan-2  C9    0.020
 MQ1  plan-2  C12   0.020
 MQ1  plan-2  C13   0.020
 MQ1  plan-2  N14   0.020
 MQ1  plan-2  O20   0.020
 MQ1  plan-2  H8    0.020
 MQ1  plan-2  H9    0.020
 MQ1  plan-2  H12   0.020
 MQ1  plan-3  C3    0.020
 MQ1  plan-3  N7    0.020
 MQ1  plan-3  H71   0.020
 MQ1  plan-3  H72   0.020
 MQ1  plan-4  C5    0.020
 MQ1  plan-4  N14   0.020
 MQ1  plan-4  H141  0.020
 MQ1  plan-4  H142  0.020

