# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Mar 18 18:09:40 2022
#   Inital geometry file: a 50 line input string
#   Ligand name: D-methionine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CSCC[C@@H](N)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 MED  MED  'D-methionine             '  D-peptide  19  9  .  2016-04-26  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND (side chain)
;

data_comp_MED
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 MED  N    N  NH2    0  -0.800  20.8434  27.5914  16.2826
 MED  CA   C  CH1    0  -0.200  19.6420  28.3703  16.0291
 MED  C    C  C      0   0.398  18.7473  28.4646  17.2902
 MED  O    O  O      0  -0.600  19.2639  28.1728  18.3871
 MED  CB   C  CH2    0  -0.428  19.9129  29.7827  15.4782
 MED  CG   C  CH2    0  -0.568  20.6814  30.6724  16.4425
 MED  SD   S  S2     0  -0.046  21.2025  32.2586  15.7309
 MED  CE   C  CH3    0  -0.767  19.6065  33.0752  15.5027
 MED  OXT  O  OC    -1  -0.611  17.5812  28.8607  17.0927
 MED  H    H  HNH2   0   0.329  21.5483  27.7908  15.5829
 MED  H2   H  HNH2   0   0.330  21.2291  27.8611  17.1783
 MED  HA   H  HCH1   0   0.212  19.0579  27.8533  15.2582
 MED  HB2  H  HCH2   0   0.219  20.4822  29.6995  14.5469
 MED  HB3  H  HCH2   0   0.224  18.9602  30.2485  15.2183
 MED  HG2  H  HCH2   0   0.261  20.1057  30.8752  17.3482
 MED  HG3  H  HCH2   0   0.259  21.6100  30.1884  16.7527
 MED  HE1  H  HCH3   0   0.258  19.0538  33.1174  16.4406
 MED  HE2  H  HCH3   0   0.271  19.8045  34.0933  15.1717
 MED  HE3  H  HCH3   0   0.259  18.9975  32.5809  14.7479

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 MED  N   CA   single  1.458  0.019  1.458
 MED  N   H    single  0.860  0.020  0.860
 MED  N   H2   single  0.890  0.020  1.040
 MED  CA  C    single  1.525  0.021  1.525
 MED  CA  CB   single  1.521  0.033  1.521
 MED  CA  HA   single  0.970  0.020  0.970
 MED  C   O    deloc   1.231  0.020  1.231
 MED  C   OXT  deloc   1.247  0.020  1.247
 MED  CB  CG   single  1.521  0.020  1.521
 MED  CB  HB2  single  0.970  0.020  1.090
 MED  CB  HB3  single  0.970  0.020  1.090
 MED  CG  SD   single  1.815  0.020  1.815
 MED  CG  HG2  single  0.970  0.020  1.090
 MED  CG  HG3  single  0.970  0.020  1.090
 MED  SD  CE   single  1.807  0.020  1.807
 MED  CE  HE1  single  0.970  0.020  1.090
 MED  CE  HE2  single  0.970  0.020  1.090
 MED  CE  HE3  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 MED  H2   N   H    107.08  3.000
 MED  H2   N   CA   109.06  3.000
 MED  H    N   CA   114.00  3.000
 MED  HA   CA  CB   109.00  3.000
 MED  HA   CA  C    110.00  3.000
 MED  CB   CA  C    110.50  1.500
 MED  HA   CA  N    110.00  3.000
 MED  CB   CA  N    110.40  1.500
 MED  C    CA  N    111.00  2.800
 MED  OXT  C   O    126.93  3.000
 MED  OXT  C   CA   120.80  1.700
 MED  O    C   CA   120.80  1.700
 MED  HB3  CB  HB2  106.47  3.000
 MED  HB3  CB  CG   110.02  3.000
 MED  HB2  CB  CG   108.73  3.000
 MED  HB3  CB  CA   108.84  3.000
 MED  HB2  CB  CA   109.03  3.000
 MED  CG   CB  CA   113.50  3.000
 MED  HG3  CG  HG2  107.15  3.000
 MED  HG3  CG  SD   104.75  3.000
 MED  HG2  CG  SD   108.31  3.000
 MED  HG3  CG  CB   110.52  3.000
 MED  HG2  CG  CB   111.60  3.000
 MED  SD   CG  CB   114.07  3.000
 MED  CE   SD  CG   101.00  3.000
 MED  HE3  CE  HE2  108.39  3.000
 MED  HE3  CE  HE1  109.32  3.000
 MED  HE2  CE  HE1  108.53  3.000
 MED  HE3  CE  SD   112.11  3.000
 MED  HE2  CE  SD   107.47  3.000
 MED  HE1  CE  SD   110.90  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 MED  Var_01  SD   CG  CB  CA  172.25  30.0  3
 MED  Var_02  HE1  CE  SD  CG   55.65  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 MED  chir_01  CA  N  C  CB  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 MED  plan-1  CA   0.020
 MED  plan-1  C    0.020
 MED  plan-1  O    0.020
 MED  plan-1  OXT  0.020

