# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Apr 22 22:37:50 2020
#   Inital geometry file: a 61 line input string
#   Ligand name: methyl alpha-D-mannopyranoside
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CO[C@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 MAM  MAM  'methyl alpha-D-mannopyranoside'  ligand  27  13  .  2021-08-14  2021-08-14  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_MAM
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 MAM  C1   C  CH1   0   0.244   1.5177  -0.2828   0.0667
 MAM  C2   C  CH1   0  -0.030   1.0617  -0.2897  -1.3959
 MAM  C3   C  CH1   0   0.002  -0.2199   0.5285  -1.5269
 MAM  C4   C  CH1   0   0.032  -1.2794   0.0296  -0.5502
 MAM  C5   C  CH1   0  -0.010  -0.7041   0.0372   0.8669
 MAM  C6   C  CH2   0  -0.159  -1.6584  -0.5764   1.8692
 MAM  O1   O  O2    0  -0.499   1.9649   0.9998   0.3670
 MAM  O2   O  OH1   0  -0.669   0.7914  -1.6037  -1.8136
 MAM  O3   O  OH1   0  -0.674  -0.7694   0.4676  -2.8221
 MAM  O4   O  OH1   0  -0.677  -2.4099   0.8692  -0.5582
 MAM  O5   O  O2    0  -0.498   0.4962  -0.7153   0.9164
 MAM  O6   O  OH1   0  -0.669  -1.1091  -0.4438   3.1591
 MAM  H1   H  HCH1  0   0.231   2.3290  -1.0127   0.2114
 MAM  H2   H  HCH1  0   0.232   1.8508   0.1689  -2.0082
 MAM  H3   H  HCH1  0   0.228   0.0154   1.5662  -1.2544
 MAM  H4   H  HCH1  0   0.212  -1.5568  -1.0021  -0.8137
 MAM  H5   H  HCH1  0   0.223  -0.5187   1.0822   1.1568
 MAM  H61  H  HCH2  0   0.211  -2.6229  -0.0646   1.7867
 MAM  H62  H  HCH2  0   0.193  -1.8274  -1.6297   1.6033
 MAM  H71  H  HCH3  0   0.237   2.9871   2.1193   1.7090
 MAM  H72  H  HCH3  0   0.219   1.8026   1.0307   2.4505
 MAM  H73  H  HCH3  0   0.211   3.3271   0.3826   1.8143
 MAM  HO2  H  HOH1  0   0.455   1.6241  -2.0806  -1.8836
 MAM  HO3  H  HOH1  0   0.457  -0.2924   1.0805  -3.3895
 MAM  HO4  H  HOH1  0   0.452  -2.7389   0.9113  -1.4623
 MAM  HO6  H  HOH1  0   0.455  -1.7690  -0.7393   3.7924
 MAM  C7   C  CH3   0  -0.409   2.5411   1.1280   1.6507

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 MAM  C1  C2   single  1.532  0.020  1.532
 MAM  C1  O1   single  1.391  0.020  1.391
 MAM  C1  O5   single  1.397  0.020  1.397
 MAM  C1  H1   single  0.970  0.020  1.090
 MAM  C2  C3   single  1.526  0.020  1.526
 MAM  C2  O2   single  1.405  0.020  1.405
 MAM  C2  H2   single  0.970  0.020  1.090
 MAM  C3  C4   single  1.525  0.020  1.525
 MAM  C3  O3   single  1.408  0.020  1.408
 MAM  C3  H3   single  0.970  0.020  1.090
 MAM  C4  C5   single  1.529  0.020  1.529
 MAM  C4  O4   single  1.408  0.020  1.408
 MAM  C4  H4   single  0.970  0.020  1.090
 MAM  C5  C6   single  1.514  0.020  1.514
 MAM  C5  O5   single  1.418  0.020  1.418
 MAM  C5  H5   single  0.970  0.020  1.090
 MAM  C6  O6   single  1.408  0.020  1.408
 MAM  C6  H61  single  0.970  0.020  1.090
 MAM  C6  H62  single  0.970  0.020  1.090
 MAM  C7  O1   single  1.413  0.020  1.413
 MAM  C7  H71  single  0.970  0.020  1.090
 MAM  C7  H72  single  0.970  0.020  1.090
 MAM  C7  H73  single  0.970  0.020  1.090
 MAM  O2  HO2  single  0.850  0.020  0.980
 MAM  O3  HO3  single  0.850  0.020  0.980
 MAM  O4  HO4  single  0.850  0.020  0.980
 MAM  O6  HO6  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 MAM  H1   C1  O5   104.69  3.000
 MAM  H1   C1  O1   110.24  3.000
 MAM  O5   C1  O1   112.90  3.000
 MAM  H1   C1  C2   109.99  3.000
 MAM  O5   C1  C2   111.19  3.000
 MAM  O1   C1  C2   107.81  3.000
 MAM  H2   C2  O2   111.26  3.000
 MAM  H2   C2  C3   109.35  3.000
 MAM  O2   C2  C3   108.32  3.000
 MAM  H2   C2  C1   108.45  3.000
 MAM  O2   C2  C1   110.20  3.000
 MAM  C3   C2  C1   109.24  3.000
 MAM  H3   C3  O3   110.64  3.000
 MAM  H3   C3  C4   107.40  3.000
 MAM  O3   C3  C4   107.69  3.000
 MAM  H3   C3  C2   107.77  3.000
 MAM  O3   C3  C2   112.55  3.000
 MAM  C4   C3  C2   110.68  3.000
 MAM  H4   C4  O4   110.81  3.000
 MAM  H4   C4  C5   108.75  3.000
 MAM  O4   C4  C5   107.72  3.000
 MAM  H4   C4  C3   109.18  3.000
 MAM  O4   C4  C3   111.04  3.000
 MAM  C5   C4  C3   109.30  3.000
 MAM  H5   C5  O5   110.63  3.000
 MAM  H5   C5  C6   108.47  3.000
 MAM  O5   C5  C6   107.18  3.000
 MAM  H5   C5  C4   108.20  3.000
 MAM  O5   C5  C4   110.38  3.000
 MAM  C6   C5  C4   111.98  3.000
 MAM  H62  C6  H61  107.11  3.000
 MAM  H62  C6  O6   111.82  3.000
 MAM  H61  C6  O6   111.62  3.000
 MAM  H62  C6  C5   108.97  3.000
 MAM  H61  C6  C5   108.41  3.000
 MAM  O6   C6  C5   108.81  3.000
 MAM  C7   O1  C1   114.26  3.000
 MAM  HO2  O2  C2   108.58  3.000
 MAM  HO3  O3  C3   108.76  3.000
 MAM  HO4  O4  C4   107.80  3.000
 MAM  C5   O5  C1   115.69  3.000
 MAM  HO6  O6  C6   107.86  3.000
 MAM  H73  C7  H72  108.36  3.000
 MAM  H73  C7  H71  108.53  3.000
 MAM  H72  C7  H71  108.59  3.000
 MAM  H73  C7  O1   111.50  3.000
 MAM  H72  C7  O1   112.40  3.000
 MAM  H71  C7  O1   107.36  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 MAM  Var_01  H71  C7  O1  C1  171.35  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 MAM  chir_01  C1  C2  O1  O5  negativ
 MAM  chir_02  C2  O2  C1  C3  positiv
 MAM  chir_03  C3  O3  C2  C4  positiv
 MAM  chir_04  C4  O4  C5  C3  positiv
 MAM  chir_05  C5  O5  C4  C6  negativ

