# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Apr 22 22:39:35 2020
#   Inital geometry file: a 65 line input string
#   Ligand name: 2,3-dihydro-1H-indene-5-sulfonamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[S](=O)(=O)c1ccc2CCCc2c1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 MAJ  MAJ  2,3-dihydro-1H-indene-5-sulfonamide  ligand  24  13  .  2021-08-14  2021-08-14  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_MAJ
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 MAJ  C1    C  CR16  0  -0.288  -0.3221   0.8312   0.0541
 MAJ  C2    C  CR6   0  -0.215   0.5604  -0.2429  -0.0433
 MAJ  C3    C  CR16  0  -0.240   0.1164  -1.5560  -0.1067
 MAJ  C4    C  CR16  0  -0.308  -1.2491  -1.8148  -0.0669
 MAJ  C5    C  CR56  0   0.097  -1.6754   0.5597   0.0882
 MAJ  C6    C  CR56  0   0.102  -2.1371  -0.7570   0.0286
 MAJ  C7    C  CH2   0  -0.492  -3.6371  -0.7848   0.0972
 MAJ  C8    C  CH2   0  -0.466  -4.0269   0.6621  -0.2464
 MAJ  C9    C  CH2   0  -0.488  -2.8289   1.5171   0.1989
 MAJ  S1    S  S     0   1.359   2.2937   0.0951  -0.1035
 MAJ  O1    O  OS    0  -0.654   2.9868  -1.1319  -0.4766
 MAJ  O2    O  OS    0  -0.670   2.5366   1.2875  -0.9043
 MAJ  N1    N  NC2   0  -0.887   2.5801   0.5442   1.4619
 MAJ  H1    H  HCR6  0   0.275   0.0412   1.8507   0.0980
 MAJ  H3    H  HCR6  0   0.279   0.8182  -2.3742  -0.1894
 MAJ  H4    H  HCR6  0   0.261  -1.6030  -2.8367  -0.1183
 MAJ  H71   H  HCH2  0   0.257  -4.0821  -1.5208  -0.5732
 MAJ  H72   H  HCH2  0   0.256  -3.9520  -1.0484   1.1119
 MAJ  H81   H  HCH2  0   0.242  -4.1560   0.7559  -1.3264
 MAJ  H82   H  HCH2  0   0.243  -4.9607   0.9700   0.2221
 MAJ  H91   H  HCH2  0   0.254  -2.9421   1.8445   1.2370
 MAJ  H92   H  HCH2  0   0.255  -2.6985   2.4151  -0.4061
 MAJ  HN11  H  HNC2  0   0.414   2.5264  -0.2379   2.1066
 MAJ  HN12  H  HNC2  0   0.417   3.4794   1.0080   1.5515

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 MAJ  C7  C8    single    1.537  0.020  1.537
 MAJ  C7  C6    single    1.502  0.020  1.502
 MAJ  C8  C9    single    1.538  0.020  1.538
 MAJ  C6  C4    aromatic  1.384  0.020  1.384
 MAJ  C6  C5    aromatic  1.397  0.020  1.397
 MAJ  C4  C3    aromatic  1.390  0.020  1.390
 MAJ  C9  C5    single    1.503  0.020  1.503
 MAJ  C5  C1    aromatic  1.381  0.020  1.381
 MAJ  C3  C2    aromatic  1.388  0.020  1.388
 MAJ  C1  C2    aromatic  1.394  0.020  1.394
 MAJ  C2  S1    single    1.767  0.020  1.767
 MAJ  O2  S1    double    1.457  0.020  1.457
 MAJ  S1  O1    double    1.458  0.020  1.458
 MAJ  S1  N1    single    1.654  0.020  1.654
 MAJ  C1  H1    single    0.930  0.020  1.080
 MAJ  C3  H3    single    0.930  0.020  1.080
 MAJ  C4  H4    single    0.930  0.020  1.080
 MAJ  C7  H71   single    0.970  0.020  1.090
 MAJ  C7  H72   single    0.970  0.020  1.090
 MAJ  C8  H81   single    0.970  0.020  1.090
 MAJ  C8  H82   single    0.970  0.020  1.090
 MAJ  C9  H91   single    0.970  0.020  1.090
 MAJ  C9  H92   single    0.970  0.020  1.090
 MAJ  N1  HN11  single    0.890  0.020  1.040
 MAJ  N1  HN12  single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 MAJ  H1    C1  C5    120.86  3.000
 MAJ  H1    C1  C2    121.06  3.000
 MAJ  C5    C1  C2    118.09  3.000
 MAJ  S1    C2  C3    119.56  3.000
 MAJ  S1    C2  C1    118.43  3.000
 MAJ  C3    C2  C1    122.00  3.000
 MAJ  H3    C3  C4    119.93  3.000
 MAJ  H3    C3  C2    120.80  3.000
 MAJ  C4    C3  C2    119.28  3.000
 MAJ  H4    C4  C6    120.98  3.000
 MAJ  H4    C4  C3    119.69  3.000
 MAJ  C6    C4  C3    119.32  3.000
 MAJ  C9    C5  C6    110.49  3.000
 MAJ  C9    C5  C1    128.95  3.000
 MAJ  C6    C5  C1    120.56  3.000
 MAJ  C7    C6  C5    110.22  3.000
 MAJ  C5    C6  C4    120.75  3.000
 MAJ  C7    C6  C4    129.03  3.000
 MAJ  H72   C7  H71   106.86  3.000
 MAJ  H72   C7  C8    111.16  3.000
 MAJ  H71   C7  C8    113.22  3.000
 MAJ  H72   C7  C6    109.52  3.000
 MAJ  H71   C7  C6    113.08  3.000
 MAJ  C8    C7  C6    103.04  3.000
 MAJ  H82   C8  H81   107.45  3.000
 MAJ  H82   C8  C9    112.72  3.000
 MAJ  H81   C8  C9    109.32  3.000
 MAJ  H82   C8  C7    112.79  3.000
 MAJ  H81   C8  C7    109.39  3.000
 MAJ  C9    C8  C7    105.13  3.000
 MAJ  H92   C9  H91   106.99  3.000
 MAJ  H92   C9  C8    112.98  3.000
 MAJ  H91   C9  C8    111.12  3.000
 MAJ  H92   C9  C5    113.08  3.000
 MAJ  H91   C9  C5    109.86  3.000
 MAJ  C8    C9  C5    102.85  3.000
 MAJ  N1    S1  O2    105.62  3.000
 MAJ  N1    S1  O1    112.86  3.000
 MAJ  O2    S1  O1    117.97  3.000
 MAJ  N1    S1  C2    100.93  3.000
 MAJ  O1    S1  C2    108.30  3.000
 MAJ  O2    S1  C2    109.81  3.000
 MAJ  HN12  N1  HN11  110.04  3.000
 MAJ  HN12  N1  S1    111.16  3.000
 MAJ  HN11  N1  S1    112.52  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 MAJ  CONST_01  C4    C6  C5  C1     0.00   0.0  0
 MAJ  CONST_02  C4    C3  C2  C1     0.00   0.0  0
 MAJ  CONST_03  C6    C4  C3  C2     0.00   0.0  0
 MAJ  CONST_04  C6    C5  C1  C2     0.00   0.0  0
 MAJ  CONST_05  C5    C6  C4  C3     0.00   0.0  0
 MAJ  CONST_06  C5    C1  C2  C3     0.00   0.0  0
 MAJ  CONST_07  S1    C2  C3  C4   180.00   0.0  0
 MAJ  CONST_08  S1    C2  C1  C5   180.00   0.0  0
 MAJ  CONST_09  H3    C3  C2  C1   180.00   0.0  0
 MAJ  CONST_10  H4    C4  C3  C2   180.00   0.0  0
 MAJ  CONST_11  H1    C1  C2  C3   180.00   0.0  0
 MAJ  Var_01    C8    C9  C5  C1   163.25  30.0  1
 MAJ  Var_02    C8    C7  C6  C4  -163.12  30.0  1
 MAJ  Var_03    C7    C8  C9  C5    27.39  30.0  1
 MAJ  Var_04    C9    C8  C7  C6   -27.51  30.0  1
 MAJ  Var_05    O2    S1  C2  C1   -38.41  30.0  2
 MAJ  Var_06    HN11  N1  S1  C2    71.12  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 MAJ  plan-1  C1  0.020
 MAJ  plan-1  C2  0.020
 MAJ  plan-1  C3  0.020
 MAJ  plan-1  C4  0.020
 MAJ  plan-1  C5  0.020
 MAJ  plan-1  C6  0.020
 MAJ  plan-1  C7  0.020
 MAJ  plan-1  C9  0.020
 MAJ  plan-1  S1  0.020
 MAJ  plan-1  H1  0.020
 MAJ  plan-1  H3  0.020
 MAJ  plan-1  H4  0.020

