# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Aug  1 21:37:10 2021
#   Inital geometry file: a 120 line input string
#   Ligand name: a 2 line input string
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CN1CN([C@@H]2O[C@H](CO[P@@](O)(=O)O[P](O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]2O)C3=C1C(=O)NC(=N3)N
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 M7G  M7G  '7-methylguanosine 5'-(trihydrogen diphosphate)'  ligand  48  29  .  2022-11-17  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_M7G
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 M7G  PA    P  P     0   1.446   3.7815  11.3916  13.2201
 M7G  O1A   O  O     0  -0.671   3.7500  11.4765  11.7545
 M7G  O2A   O  OH1   0  -0.692   4.1007   9.9373  13.7538
 M7G  O3A   O  O2    0  -0.642   4.9896  12.2363  13.9172
 M7G  O5'   O  O2    0  -0.549   2.4986  11.8802  14.0165
 M7G  PB    P  P     0   1.383   5.1900  13.8395  13.8214
 M7G  O1B   O  O     0  -0.645   4.0447  14.5418  13.2168
 M7G  O2B   O  OH1   0  -0.658   6.5813  13.8624  13.0646
 M7G  O3B   O  OH1   0  -0.659   5.5869  14.2502  15.3029
 M7G  C5'   C  CH2   0  -0.222   1.4423  12.6200  13.3872
 M7G  C4'   C  CH1   0   0.033   0.1975  11.7830  13.2435
 M7G  O4'   O  O2    0  -0.524   0.4713  10.6065  12.5148
 M7G  C3'   C  CH1   0   0.002  -0.4435  11.2832  14.5331
 M7G  O3'   O  OH1   0  -0.661  -1.0960  12.3273  15.1848
 M7G  C2'   C  CH1   0  -0.059  -1.3360  10.1610  13.9939
 M7G  O2'   O  OH1   0  -0.682  -2.5083  10.7417  13.4917
 M7G  C1'   C  CH1   0   0.179  -0.4608   9.5831  12.8621
 M7G  N9    N  NR5   0  -0.494   0.1986   8.3734  13.2198
 M7G  C8    C  CH2   0  -0.065   0.9311   8.1917  14.4675
 M7G  N7    N  NR5   0  -0.509   1.5123   6.8588  14.3320
 M7G  CM7   C  CH3   0  -0.529   2.7197   6.6807  15.1062
 M7G  C5    C  CR56  0   0.175   1.5699   6.6346  12.9360
 M7G  C6    C  CR6   0   0.405   2.1776   5.6064  12.1973
 M7G  O6    O  O     0  -0.593   2.8975   4.6848  12.5808
 M7G  N1    N  NR16  0  -0.760   1.8817   5.7235  10.8231
 M7G  C2    C  CR6   0   0.626   1.0689   6.6537  10.2727
 M7G  N2    N  NH2   0  -0.796   0.9037   6.6380   8.9418
 M7G  N3    N  N     0  -0.522   0.4727   7.5812  10.9899
 M7G  C4    C  CR56  0   0.533   0.7545   7.5343  12.2932
 M7G  HOA2  H  HOH1  0   0.464   4.1793   9.8225  14.7107
 M7G  HOB2  H  HOH1  0   0.513   6.9140  14.7498  12.8684
 M7G  HOB3  H  HOH1  0   0.511   4.8485  14.5467  15.8529
 M7G  H5'1  H  HCH2  0   0.190   1.2271  13.4824  14.0179
 M7G  H5'2  H  HCH2  0   0.274   1.7582  12.9930  12.4130
 M7G  H4'   H  HCH1  0   0.294  -0.5285  12.4206  12.7162
 M7G  H3'   H  HCH1  0   0.238   0.3304  10.8316  15.1695
 M7G  HO3'  H  HOH1  0   0.460  -1.3758  12.0274  16.0550
 M7G  H2'   H  HCH1  0   0.240  -1.5603   9.3994  14.7503
 M7G  HO2'  H  HOH1  0   0.455  -3.0811  10.0385  13.1697
 M7G  H1'   H  HCH1  0   0.251  -1.0773   9.3562  11.9882
 M7G  H81   H  HCH2  0   0.208   1.7111   8.9639  14.5821
 M7G  H82   H  HCH2  0   0.146   0.2699   8.2440  15.3355
 M7G  HM71  H  HCH3  0   0.245   3.0545   5.6482  15.0494
 M7G  HM72  H  HCH3  0   0.180   3.5434   7.3270  14.7741
 M7G  HM73  H  HCH3  0   0.257   2.5116   6.9079  16.1517
 M7G  HN1   H  HNR6  0   0.396   2.3157   5.0345  10.2225
 M7G  HN21  H  HNH2  0   0.418   0.1797   7.2192   8.5552
 M7G  HN22  H  HNH2  0   0.413   1.1789   5.8396   8.3957

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 M7G  PA   O1A   double  1.468  0.020  1.468
 M7G  PA   O2A   single  1.582  0.020  1.582
 M7G  PA   O3A   single  1.631  0.020  1.631
 M7G  PA   O5'   single  1.587  0.020  1.587
 M7G  O2A  HOA2  single  0.850  0.020  0.980
 M7G  O3A  PB    single  1.618  0.020  1.618
 M7G  O5'  C5'   single  1.435  0.020  1.435
 M7G  PB   O1B   double  1.473  0.020  1.473
 M7G  PB   O2B   single  1.584  0.020  1.584
 M7G  PB   O3B   single  1.588  0.020  1.588
 M7G  O2B  HOB2  single  0.850  0.020  0.980
 M7G  O3B  HOB3  single  0.850  0.020  0.980
 M7G  C5'  C4'   single  1.507  0.020  1.507
 M7G  C5'  H5'1  single  0.970  0.020  1.090
 M7G  C5'  H5'2  single  0.970  0.020  1.090
 M7G  C4'  O4'   single  1.411  0.020  1.411
 M7G  C4'  C3'   single  1.524  0.020  1.524
 M7G  C4'  H4'   single  0.970  0.020  1.090
 M7G  O4'  C1'   single  1.427  0.020  1.427
 M7G  C3'  O3'   single  1.393  0.020  1.393
 M7G  C3'  C2'   single  1.532  0.020  1.532
 M7G  C3'  H3'   single  0.970  0.020  1.090
 M7G  O3'  HO3'  single  0.850  0.020  0.980
 M7G  C2'  O2'   single  1.401  0.020  1.401
 M7G  C2'  C1'   single  1.543  0.020  1.543
 M7G  C2'  H2'   single  0.970  0.020  1.090
 M7G  O2'  HO2'  single  0.850  0.020  0.980
 M7G  C1'  N9    single  1.423  0.020  1.423
 M7G  C1'  H1'   single  0.970  0.020  1.090
 M7G  N9   C8    single  1.458  0.020  1.458
 M7G  N9   C4    single  1.368  0.020  1.368
 M7G  C8   N7    single  1.460  0.020  1.460
 M7G  C8   H81   single  0.970  0.020  1.090
 M7G  C8   H82   single  0.970  0.020  1.090
 M7G  N7   CM7   single  1.445  0.020  1.445
 M7G  N7   C5    single  1.415  0.020  1.415
 M7G  CM7  HM71  single  0.970  0.020  1.090
 M7G  CM7  HM72  single  0.970  0.020  1.090
 M7G  CM7  HM73  single  0.970  0.020  1.090
 M7G  C5   C6    single  1.404  0.020  1.404
 M7G  C5   C4    double  1.374  0.020  1.374
 M7G  C6   O6    double  1.231  0.020  1.231
 M7G  C6   N1    single  1.411  0.020  1.411
 M7G  N1   C2    single  1.352  0.020  1.352
 M7G  N1   HN1   single  0.860  0.020  1.020
 M7G  C2   N2    single  1.341  0.020  1.341
 M7G  C2   N3    double  1.315  0.020  1.315
 M7G  N2   HN21  single  0.890  0.020  1.040
 M7G  N2   HN22  single  0.890  0.020  1.040
 M7G  N3   C4    single  1.334  0.020  1.334

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 M7G  O5'   PA   O3A   103.00  3.000
 M7G  O5'   PA   O2A   106.08  3.000
 M7G  O3A   PA   O2A   100.52  3.000
 M7G  O5'   PA   O1A   117.75  3.000
 M7G  O3A   PA   O1A   114.37  3.000
 M7G  O2A   PA   O1A   113.22  3.000
 M7G  HOA2  O2A  PA    117.35  3.000
 M7G  PB    O3A  PA    125.42  3.000
 M7G  C5'   O5'  PA    122.26  3.000
 M7G  O3B   PB   O2B   102.85  3.000
 M7G  O3B   PB   O1B   117.00  3.000
 M7G  O2B   PB   O1B   118.68  3.000
 M7G  O3B   PB   O3A   103.41  3.000
 M7G  O2B   PB   O3A    98.71  3.000
 M7G  O1B   PB   O3A   113.59  3.000
 M7G  HOB2  O2B  PB    114.34  3.000
 M7G  HOB3  O3B  PB    114.77  3.000
 M7G  H5'2  C5'  H5'1  107.68  3.000
 M7G  H5'2  C5'  C4'   110.13  3.000
 M7G  H5'1  C5'  C4'   109.37  3.000
 M7G  H5'2  C5'  O5'   110.80  3.000
 M7G  H5'1  C5'  O5'   107.43  3.000
 M7G  C4'   C5'  O5'   111.32  3.000
 M7G  H4'   C4'  C3'   108.53  3.000
 M7G  H4'   C4'  O4'   111.32  3.000
 M7G  C3'   C4'  O4'   104.19  3.000
 M7G  H4'   C4'  C5'   105.59  3.000
 M7G  C3'   C4'  C5'   116.67  3.000
 M7G  O4'   C4'  C5'   110.62  3.000
 M7G  C1'   O4'  C4'   110.22  3.000
 M7G  H3'   C3'  C2'   108.25  3.000
 M7G  H3'   C3'  O3'   111.52  3.000
 M7G  C2'   C3'  O3'   116.16  3.000
 M7G  H3'   C3'  C4'   109.18  3.000
 M7G  C2'   C3'  C4'   100.80  3.000
 M7G  O3'   C3'  C4'   110.30  3.000
 M7G  HO3'  O3'  C3'   109.00  3.000
 M7G  H2'   C2'  C1'   111.21  3.000
 M7G  H2'   C2'  O2'   111.34  3.000
 M7G  C1'   C2'  O2'   111.52  3.000
 M7G  H2'   C2'  C3'   112.66  3.000
 M7G  C1'   C2'  C3'   101.66  3.000
 M7G  O2'   C2'  C3'   108.06  3.000
 M7G  HO2'  O2'  C2'   108.36  3.000
 M7G  H1'   C1'  N9    106.60  3.000
 M7G  H1'   C1'  C2'   110.13  3.000
 M7G  N9    C1'  C2'   113.37  3.000
 M7G  H1'   C1'  O4'   108.82  3.000
 M7G  N9    C1'  O4'   111.59  3.000
 M7G  C2'   C1'  O4'   106.28  3.000
 M7G  C4    N9   C8    107.39  3.000
 M7G  C4    N9   C1'   122.64  3.000
 M7G  C8    N9   C1'   123.62  3.000
 M7G  H82   C8   H81   108.16  3.000
 M7G  H82   C8   N7    111.00  3.000
 M7G  H81   C8   N7    111.53  3.000
 M7G  H82   C8   N9    111.71  3.000
 M7G  H81   C8   N9    110.90  3.000
 M7G  N7    C8   N9    103.55  3.000
 M7G  C5    N7   CM7   118.35  3.000
 M7G  C5    N7   C8    104.62  3.000
 M7G  CM7   N7   C8    113.28  3.000
 M7G  HM73  CM7  HM72  108.09  3.000
 M7G  HM73  CM7  HM71  107.87  3.000
 M7G  HM72  CM7  HM71  108.19  3.000
 M7G  HM73  CM7  N7    109.19  3.000
 M7G  HM72  CM7  N7    113.08  3.000
 M7G  HM71  CM7  N7    110.27  3.000
 M7G  C4    C5   C6    119.35  3.000
 M7G  C4    C5   N7    109.49  3.000
 M7G  C6    C5   N7    130.74  3.000
 M7G  N1    C6   O6    119.24  3.000
 M7G  N1    C6   C5    111.15  3.000
 M7G  O6    C6   C5    129.60  3.000
 M7G  HN1   N1   C2    118.99  3.000
 M7G  HN1   N1   C6    115.58  3.000
 M7G  C2    N1   C6    125.43  3.000
 M7G  N3    C2   N2    119.57  3.000
 M7G  N3    C2   N1    122.38  3.000
 M7G  N2    C2   N1    118.02  3.000
 M7G  HN22  N2   HN21  116.55  3.000
 M7G  HN22  N2   C2    120.96  3.000
 M7G  HN21  N2   C2    117.60  3.000
 M7G  C4    N3   C2    114.34  3.000
 M7G  N3    C4   C5    127.26  3.000
 M7G  N3    C4   N9    123.65  3.000
 M7G  C5    C4   N9    109.02  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 M7G  CONST_01  C5    C4   N9   C1'  180.00   0.0  0
 M7G  CONST_03  C2    N3   C4   N9   180.00   0.0  0
 M7G  CONST_04  C5    C4   N9   C8     0.00   0.0  0
 M7G  CONST_05  N3    C4   N9   C8   180.00   0.0  0
 M7G  CONST_06  C2    N1   C6   C5     0.00   0.0  0
 M7G  CONST_07  C2    N3   C4   C5     0.00   0.0  0
 M7G  CONST_08  N3    C2   N1   C6     0.00   0.0  0
 M7G  CONST_09  C4    N3   C2   N1     0.00   0.0  0
 M7G  CONST_10  N2    C2   N1   C6   180.00   0.0  0
 M7G  CONST_11  C2    N1   C6   O6   180.00   0.0  0
 M7G  CONST_12  C4    N3   C2   N2   180.00   0.0  0
 M7G  CONST_13  HN1   N1   C6   C5   180.00   0.0  0
 M7G  CONST_14  HN21  N2   C2   N1   180.00   0.0  0
 M7G  CONST_15  HN22  N2   C2   N1     0.00   0.0  0
 M7G  Var_01    H81   C8   N9   C1'  -55.68  30.0  1
 M7G  Var_02    HM71  CM7  N7   C8   174.35  30.0  3
 M7G  Var_03    C4'   C5'  O5'  PA   108.87  30.0  3
 M7G  Var_04    O1B   PB   O3A  PA     9.58  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 M7G  chir_02  C4'  C5'  O4'  C3'  negativ
 M7G  chir_03  C3'  O3'  C4'  C2'  positiv
 M7G  chir_04  C2'  O2'  C3'  C1'  positiv
 M7G  chir_05  C1'  O4'  N9   C2'  negativ
 M7G  chir_06  PA   O2A  O3A  O5'  both

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 M7G  plan-1  C1'   0.020
 M7G  plan-1  N9    0.020
 M7G  plan-1  C8    0.020
 M7G  plan-1  N7    0.020
 M7G  plan-1  CM7   0.020
 M7G  plan-1  C5    0.020
 M7G  plan-1  C6    0.020
 M7G  plan-1  O6    0.020
 M7G  plan-1  N1    0.020
 M7G  plan-1  C2    0.020
 M7G  plan-1  N2    0.020
 M7G  plan-1  N3    0.020
 M7G  plan-1  C4    0.020
 M7G  plan-1  HN1   0.020
 M7G  plan-1  HN21  0.020
 M7G  plan-1  HN22  0.020

