# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Apr 22 01:04:08 2020
#   Inital geometry file: a 71 line input string
#   Ligand name: L-tryptophan
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 LTR  LTR  'L-tryptophan             '  L-peptide  26  15  .  2022-07-25  2022-07-25
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_LTR
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 LTR  N    N  NH2    0  -0.798   1.0313   1.3482   2.0054
 LTR  CA   C  CH1    0  -0.195  -0.0794   0.4204   1.9115
 LTR  C    C  C      0   0.399  -0.5949   0.0208   3.3104
 LTR  O    O  O      0  -0.606   0.2023   0.1190   4.2644
 LTR  CB   C  CH2    0  -0.545   0.2523  -0.8779   1.1358
 LTR  CG   C  CR5    0   0.012   0.6884  -0.6175  -0.2656
 LTR  CD1  C  CR15   0  -0.094   1.9678  -0.5836  -0.7472
 LTR  CD2  C  CR56   0   0.029  -0.1553  -0.2711  -1.3730
 LTR  NE1  N  NR15   0  -0.687   1.9680  -0.2502  -2.0748
 LTR  CE2  C  CR56   0   0.351   0.6846  -0.0511  -2.4881
 LTR  CE3  C  CR16   0  -0.373  -1.5397  -0.1345  -1.5278
 LTR  CZ2  C  CR16   0  -0.307   0.1793   0.2986  -3.7401
 LTR  CZ3  C  CR16   0  -0.270  -2.0450   0.2098  -2.7666
 LTR  CH2  C  CR16   0  -0.285  -1.1913   0.4253  -3.8618
 LTR  OXT  O  OC    -1  -0.620  -1.7621  -0.4165   3.3590
 LTR  H    H  HNH2   0   0.331   1.5200   1.3873   1.1178
 LTR  HN2  H  HNH2   0   0.325   1.6903   0.9834   2.6823
 LTR  HA   H  HCH1   0   0.207  -0.9000   0.9146   1.3784
 LTR  HB1  H  HCH2   0   0.230   1.0398  -1.4155   1.6740
 LTR  HB2  H  HCH2   0   0.227  -0.6292  -1.5246   1.1388
 LTR  HD1  H  HCR5   0   0.279   2.8955  -0.7853  -0.2343
 LTR  HE1  H  HNR5   0   0.406   2.7902  -0.1535  -2.6460
 LTR  HE3  H  HCR6   0   0.238  -2.2074  -0.2947  -0.6896
 LTR  HZ2  H  HCR6   0   0.257   0.8356   0.4665  -4.5849
 LTR  HZ3  H  HCR6   0   0.244  -3.1138   0.3169  -2.9003
 LTR  HH2  H  HCR6   0   0.247  -1.6155   0.6976  -4.8196

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 LTR  N    CA   single    1.458  0.019  1.458
 LTR  N    H    single    0.860  0.020  0.860
 LTR  N    HN2  single    0.890  0.020  1.040
 LTR  CA   C    single    1.525  0.021  1.525
 LTR  CA   CB   single    1.530  0.020  1.530
 LTR  CA   HA   single    0.970  0.020  0.970
 LTR  C    O    deloc     1.231  0.020  1.231
 LTR  C    OXT  deloc     1.247  0.020  1.247
 LTR  CB   CG   single    1.491  0.020  1.491
 LTR  CB   HB1  single    0.970  0.020  1.090
 LTR  CB   HB2  single    0.970  0.020  1.090
 LTR  CG   CD1  aromatic  1.367  0.020  1.367
 LTR  CG   CD2  aromatic  1.435  0.020  1.435
 LTR  CD1  NE1  aromatic  1.369  0.020  1.369
 LTR  CD1  HD1  single    0.930  0.020  1.080
 LTR  CD2  CE2  aromatic  1.413  0.020  1.413
 LTR  CD2  CE3  aromatic  1.400  0.020  1.400
 LTR  NE1  CE2  aromatic  1.363  0.020  1.363
 LTR  NE1  HE1  single    0.860  0.020  1.020
 LTR  CE2  CZ2  aromatic  1.395  0.020  1.395
 LTR  CE3  CZ3  aromatic  1.382  0.020  1.382
 LTR  CE3  HE3  single    0.930  0.020  1.080
 LTR  CZ2  CH2  aromatic  1.382  0.020  1.382
 LTR  CZ2  HZ2  single    0.930  0.020  1.080
 LTR  CZ3  CH2  aromatic  1.405  0.020  1.405
 LTR  CZ3  HZ3  single    0.930  0.020  1.080
 LTR  CH2  HH2  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 LTR  HN2  N    H    106.57  3.000
 LTR  HN2  N    CA   108.13  3.000
 LTR  H    N    CA   114.00  3.000
 LTR  HA   CA   CB   109.00  3.000
 LTR  HA   CA   C    109.00  3.000
 LTR  CB   CA   C    110.10  1.900
 LTR  HA   CA   N    110.00  3.000
 LTR  CB   CA   N    110.50  1.700
 LTR  C    CA   N    111.00  2.800
 LTR  OXT  C    O    126.58  3.000
 LTR  OXT  C    CA   116.01  3.000
 LTR  O    C    CA   120.80  1.700
 LTR  HB2  CB   HB1  106.74  3.000
 LTR  HB2  CB   CG   109.99  3.000
 LTR  HB1  CB   CG   109.73  3.000
 LTR  HB2  CB   CA   108.78  3.000
 LTR  HB1  CB   CA   108.63  3.000
 LTR  CG   CB   CA   112.78  3.000
 LTR  CD2  CG   CD1  105.81  3.000
 LTR  CD2  CG   CB   126.57  3.000
 LTR  CD1  CG   CB   127.53  3.000
 LTR  HD1  CD1  NE1  120.43  3.000
 LTR  HD1  CD1  CG   129.22  3.000
 LTR  NE1  CD1  CG   110.35  3.000
 LTR  CE3  CD2  CE2  119.03  3.000
 LTR  CE3  CD2  CG   133.68  3.000
 LTR  CE2  CD2  CG   107.29  3.000
 LTR  HE1  NE1  CE2  125.70  3.000
 LTR  HE1  NE1  CD1  125.05  3.000
 LTR  CE2  NE1  CD1  109.24  3.000
 LTR  CZ2  CE2  NE1  130.54  3.000
 LTR  CZ2  CE2  CD2  122.15  3.000
 LTR  NE1  CE2  CD2  107.31  3.000
 LTR  HE3  CE3  CZ3  120.34  3.000
 LTR  HE3  CE3  CD2  120.63  3.000
 LTR  CZ3  CE3  CD2  119.03  3.000
 LTR  HZ2  CZ2  CH2  121.21  3.000
 LTR  HZ2  CZ2  CE2  121.31  3.000
 LTR  CH2  CZ2  CE2  117.48  3.000
 LTR  HZ3  CZ3  CH2  119.24  3.000
 LTR  HZ3  CZ3  CE3  119.77  3.000
 LTR  CH2  CZ3  CE3  120.99  3.000
 LTR  HH2  CH2  CZ3  119.35  3.000
 LTR  HH2  CH2  CZ2  119.33  3.000
 LTR  CZ3  CH2  CZ2  121.32  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 LTR  CONST_01  CE2  NE1  CD1  CG     0.00   0.0  0
 LTR  CONST_02  NE1  CE2  CD2  CG     0.00   0.0  0
 LTR  CONST_03  CZ2  CE2  CD2  CG   180.00   0.0  0
 LTR  CONST_04  CZ3  CE3  CD2  CG   180.00   0.0  0
 LTR  CONST_05  CE2  CD2  CG   CD1    0.00   0.0  0
 LTR  CONST_06  CE3  CD2  CG   CD1  180.00   0.0  0
 LTR  CONST_07  CD2  CE2  NE1  CD1    0.00   0.0  0
 LTR  CONST_08  CZ2  CE2  NE1  CD1  180.00   0.0  0
 LTR  CONST_09  NE1  CD1  CG   CD2    0.00   0.0  0
 LTR  CONST_10  CH2  CZ2  CE2  CD2    0.00   0.0  0
 LTR  CONST_11  CH2  CZ3  CE3  CD2    0.00   0.0  0
 LTR  CONST_12  CE3  CD2  CE2  NE1  180.00   0.0  0
 LTR  CONST_13  CH2  CZ2  CE2  NE1  180.00   0.0  0
 LTR  CONST_14  CZ3  CE3  CD2  CE2    0.00   0.0  0
 LTR  CONST_15  CZ3  CH2  CZ2  CE2    0.00   0.0  0
 LTR  CONST_16  CZ2  CE2  CD2  CE3    0.00   0.0  0
 LTR  CONST_17  CZ2  CH2  CZ3  CE3    0.00   0.0  0
 LTR  CONST_18  NE1  CD1  CG   CB   180.00   0.0  0
 LTR  CONST_19  CE2  CD2  CG   CB   180.00   0.0  0
 LTR  CONST_20  CE3  CD2  CG   CB     0.00   0.0  0
 LTR  CONST_21  HE1  NE1  CD1  CG   180.00   0.0  0
 LTR  CONST_22  HE3  CE3  CD2  CG     0.00   0.0  0
 LTR  CONST_23  HD1  CD1  CG   CD2  180.00   0.0  0
 LTR  CONST_24  HZ2  CZ2  CE2  CD2  180.00   0.0  0
 LTR  CONST_25  HZ3  CZ3  CE3  CD2  180.00   0.0  0
 LTR  CONST_26  HH2  CH2  CZ2  CE2  180.00   0.0  0
 LTR  Var_01    CD1  CG   CB   CA    99.47  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 LTR  chir_01  CA  N  C  CB  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 LTR  plan-1  CB   0.020
 LTR  plan-1  CG   0.020
 LTR  plan-1  CD1  0.020
 LTR  plan-1  CD2  0.020
 LTR  plan-1  NE1  0.020
 LTR  plan-1  CE2  0.020
 LTR  plan-1  CE3  0.020
 LTR  plan-1  CZ2  0.020
 LTR  plan-1  CZ3  0.020
 LTR  plan-1  CH2  0.020
 LTR  plan-1  HD1  0.020
 LTR  plan-1  HE1  0.020
 LTR  plan-1  HE3  0.020
 LTR  plan-1  HZ2  0.020
 LTR  plan-1  HZ3  0.020
 LTR  plan-1  HH2  0.020
 LTR  plan-2  CA   0.020
 LTR  plan-2  C    0.020
 LTR  plan-2  O    0.020
 LTR  plan-2  OXT  0.020

