# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Apr 22 15:19:36 2020
#   Inital geometry file: a 138 line input string
#   Ligand name: 3-{5-(acetylamino)-3-[3-cyano-7-(cyclopropylamino)pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-5-yl]-1H-indol-1-yl}propanoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(=O)Nc1ccc2n(CCC(O)=O)cc(c3cc(NC4CC4)n5ncc(C#N)c5n3)c2c1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 LNH  LNH  '3-{5-(acetylamino)-3-[3-cyano-7-(cyclopropylamino)pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-5-yl]-1H-indol-1-yl}propanoic acid'  ligand  53  33  .  2022-09-22  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_LNH
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 LNH  C1    C  CH3    0  -0.782  -0.4493   6.6161   0.6060
 LNH  C2    C  C      0   0.506  -0.3932   5.1231   0.3926
 LNH  O3    O  O      0  -0.467  -1.4056   4.4469   0.3259
 LNH  N4    N  NH1    0  -0.739   0.8619   4.6255   0.2657
 LNH  C5    C  CR6    0   0.384   1.2830   3.3077   0.0339
 LNH  C6    C  CR16   0  -0.372   2.6772   3.1319  -0.0953
 LNH  C7    C  CR16   0  -0.289   3.2334   1.8918  -0.3132
 LNH  C8    C  CR56   0   0.353   2.3704   0.8048  -0.4044
 LNH  C9    C  CR56   0   0.083   0.9760   0.9529  -0.2844
 LNH  C10   C  CR16   0  -0.489   0.4249   2.2214  -0.0639
 LNH  C11   C  CR5    0  -0.051   0.4184  -0.3672  -0.4248
 LNH  C12   C  CR15   0  -0.057   1.4930  -1.2127  -0.6190
 LNH  N13   N  NR5    0  -0.525   2.6501  -0.5234  -0.6171
 LNH  C14   C  CH2    0  -0.307   3.9781  -1.1037  -0.7213
 LNH  C15   C  CH2    0  -0.597   4.6329  -1.3026   0.6369
 LNH  C16   C  C      0   0.423   6.0377  -1.9299   0.5645
 LNH  O17   O  O      0  -0.606   6.4631  -2.2474  -0.5635
 LNH  O18   O  OC    -1  -0.621   6.6287  -2.0715   1.6523
 LNH  C19   C  C      0   0.226  -0.9717  -0.7652  -0.3808
 LNH  C20   C  C1     0  -0.494  -1.3261  -2.1279  -0.4467
 LNH  C21   C  C      0   0.721  -2.6556  -2.4986  -0.3921
 LNH  N22   N  NR5    0  -0.462  -3.5494  -1.4729  -0.2925
 LNH  C23   C  CR5    0   0.674  -3.1445  -0.1655  -0.2349
 LNH  N24   N  N      0  -0.504  -1.8766   0.2065  -0.2737
 LNH  C25   C  CR5    0  -0.347  -4.3421   0.5584  -0.1370
 LNH  C26   C  CR15   0   0.033  -5.3604  -0.4151  -0.1469
 LNH  N27   N  N      0  -0.304  -4.8862  -1.6336  -0.2393
 LNH  C28   C  CSP    0  -0.012  -4.4766   1.9522  -0.0522
 LNH  N29   N  NS     0  -0.264  -4.6024   3.0979   0.0210
 LNH  N30   N  NH1    0  -0.674  -3.1475  -3.7378  -0.4140
 LNH  C31   C  CH1    0  -0.109  -2.3247  -4.8895  -0.5799
 LNH  C32   C  CH2    0  -0.505  -2.6460  -6.0892   0.2481
 LNH  C33   C  CH2    0  -0.488  -1.4155  -5.2922   0.5424
 LNH  H1    H  HCH3   0   0.267  -1.1445   6.8410   1.4135
 LNH  H1A   H  HCH3   0   0.253   0.5137   7.0656   0.8410
 LNH  H1B   H  HCH3   0   0.272  -0.8335   7.0920  -0.2973
 LNH  HN4   H  HNH1   0   0.412   1.6099   5.2970   0.3374
 LNH  H6    H  HCR6   0   0.268   3.3305   3.9930  -0.0210
 LNH  H7    H  HCR6   0   0.269   4.3064   1.7861  -0.4069
 LNH  H10   H  HCR6   0   0.291  -0.6412   2.3344   0.0250
 LNH  H12   H  HCR5   0   0.296   1.5072  -2.2813  -0.7698
 LNH  H14   H  HCH2   0   0.260   3.8774  -2.0538  -1.2437
 LNH  H14A  H  HCH2   0   0.254   4.5818  -0.4572  -1.3583
 LNH  H15   H  HCH2   0   0.237   4.7002  -0.3481   1.1684
 LNH  H15A  H  HCH2   0   0.242   3.9941  -1.9391   1.2580
 LNH  H20   H  H      0   0.284  -0.5751  -2.8971  -0.5250
 LNH  H26   H  HCR5   0   0.295  -6.4246  -0.2454  -0.0891
 LNH  HN30  H  HNH1   0   0.418  -4.1509  -3.8420  -0.4578
 LNH  H31   H  HCH1   0   0.282  -1.9696  -5.0603  -1.5920
 LNH  H32   H  HCH2   0   0.265  -3.4746  -6.0094   0.9399
 LNH  H32A  H  HCH2   0   0.266  -2.5391  -7.0587  -0.2194
 LNH  H33   H  HCH2   0   0.266  -0.4514  -5.7047   0.2765
 LNH  H33A  H  HCH2   0   0.266  -1.4137  -4.6719   1.4297

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 LNH  C1   C2    single    1.509  0.020  1.509
 LNH  C1   H1    single    0.970  0.020  1.090
 LNH  C1   H1A   single    0.970  0.020  1.090
 LNH  C1   H1B   single    0.970  0.020  1.090
 LNH  C2   O3    double    1.219  0.020  1.219
 LNH  C2   N4    single    1.356  0.020  1.356
 LNH  N4   C5    single    1.403  0.020  1.403
 LNH  N4   HN4   single    0.860  0.020  1.020
 LNH  C10  C5    aromatic  1.388  0.020  1.388
 LNH  C5   C6    aromatic  1.411  0.020  1.411
 LNH  C6   C7    aromatic  1.376  0.020  1.376
 LNH  C6   H6    single    0.930  0.020  1.080
 LNH  C8   C7    aromatic  1.391  0.020  1.391
 LNH  C7   H7    single    0.930  0.020  1.080
 LNH  C9   C8    aromatic  1.407  0.020  1.407
 LNH  N13  C8    aromatic  1.374  0.020  1.374
 LNH  C11  C9    aromatic  1.440  0.020  1.440
 LNH  C10  C9    aromatic  1.401  0.020  1.401
 LNH  C10  H10   single    0.930  0.020  1.080
 LNH  C19  C11   single    1.447  0.020  1.447
 LNH  C11  C12   aromatic  1.381  0.020  1.381
 LNH  C12  N13   aromatic  1.347  0.020  1.347
 LNH  C12  H12   single    0.930  0.020  1.080
 LNH  N13  C14   single    1.453  0.020  1.453
 LNH  C14  C15   single    1.521  0.020  1.521
 LNH  C14  H14   single    0.970  0.020  1.090
 LNH  C14  H14A  single    0.970  0.020  1.090
 LNH  C15  C16   single    1.540  0.020  1.540
 LNH  C15  H15   single    0.970  0.020  1.090
 LNH  C15  H15A  single    0.970  0.020  1.090
 LNH  O17  C16   deloc     1.247  0.020  1.247
 LNH  C16  O18   deloc     1.246  0.020  1.246
 LNH  C20  C19   aromatic  1.410  0.020  1.410
 LNH  N24  C19   aromatic  1.332  0.020  1.332
 LNH  C21  C20   aromatic  1.381  0.020  1.381
 LNH  C20  H20   single    0.930  0.020  1.080
 LNH  N30  C21   single    1.333  0.020  1.333
 LNH  N22  C21   aromatic  1.364  0.020  1.364
 LNH  N27  N22   aromatic  1.348  0.020  1.348
 LNH  N22  C23   aromatic  1.370  0.020  1.370
 LNH  C25  C23   aromatic  1.403  0.020  1.403
 LNH  C23  N24   aromatic  1.322  0.020  1.322
 LNH  C26  C25   aromatic  1.409  0.020  1.409
 LNH  C25  C28   single    1.403  0.020  1.403
 LNH  C26  N27   aromatic  1.311  0.020  1.311
 LNH  C26  H26   single    0.930  0.020  1.080
 LNH  C28  N29   triple    1.155  0.020  1.155
 LNH  N30  C31   single    1.425  0.020  1.425
 LNH  N30  HN30  single    0.860  0.020  1.020
 LNH  C32  C31   single    1.493  0.020  1.493
 LNH  C33  C31   single    1.499  0.020  1.499
 LNH  C31  H31   single    0.970  0.020  1.090
 LNH  C32  C33   single    1.495  0.020  1.495
 LNH  C32  H32   single    0.970  0.020  1.090
 LNH  C32  H32A  single    0.970  0.020  1.090
 LNH  C33  H33   single    0.970  0.020  1.090
 LNH  C33  H33A  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 LNH  H1B   C1   H1A  108.07  3.000
 LNH  H1B   C1   H1   107.41  3.000
 LNH  H1A   C1   H1   108.63  3.000
 LNH  H1B   C1   C2   109.12  3.000
 LNH  H1A   C1   C2   113.96  3.000
 LNH  H1    C1   C2   109.45  3.000
 LNH  N4    C2   O3   124.05  3.000
 LNH  N4    C2   C1   114.25  3.000
 LNH  O3    C2   C1   121.70  3.000
 LNH  HN4   N4   C5   114.52  3.000
 LNH  HN4   N4   C2   115.84  3.000
 LNH  C5    N4   C2   129.64  3.000
 LNH  C10   C5   C6   120.46  3.000
 LNH  C6    C5   N4   115.39  3.000
 LNH  C10   C5   N4   124.15  3.000
 LNH  H6    C6   C7   118.90  3.000
 LNH  H6    C6   C5   119.37  3.000
 LNH  C7    C6   C5   121.73  3.000
 LNH  H7    C7   C8   122.22  3.000
 LNH  H7    C7   C6   120.15  3.000
 LNH  C8    C7   C6   117.63  3.000
 LNH  N13   C8   C9   108.45  3.000
 LNH  N13   C8   C7   129.75  3.000
 LNH  C9    C8   C7   121.80  3.000
 LNH  C11   C9   C10  133.90  3.000
 LNH  C10   C9   C8   119.91  3.000
 LNH  C11   C9   C8   106.20  3.000
 LNH  H10   C10  C9   119.88  3.000
 LNH  H10   C10  C5   121.65  3.000
 LNH  C9    C10  C5   118.47  3.000
 LNH  C19   C11  C12  125.70  3.000
 LNH  C12   C11  C9   105.88  3.000
 LNH  C19   C11  C9   128.42  3.000
 LNH  H12   C12  N13  119.71  3.000
 LNH  H12   C12  C11  129.50  3.000
 LNH  N13   C12  C11  110.79  3.000
 LNH  C14   N13  C12  125.50  3.000
 LNH  C14   N13  C8   125.68  3.000
 LNH  C12   N13  C8   108.67  3.000
 LNH  H14A  C14  H14  106.76  3.000
 LNH  H14A  C14  C15  111.16  3.000
 LNH  H14   C14  C15  110.74  3.000
 LNH  H14A  C14  N13  108.13  3.000
 LNH  H14   C14  N13  107.36  3.000
 LNH  C15   C14  N13  112.43  3.000
 LNH  H15A  C15  H15  105.51  3.000
 LNH  H15A  C15  C16  108.79  3.000
 LNH  H15   C15  C16  108.77  3.000
 LNH  H15A  C15  C14  109.35  3.000
 LNH  H15   C15  C14  110.25  3.000
 LNH  C16   C15  C14  113.82  3.000
 LNH  O18   C16  O17  126.80  3.000
 LNH  O18   C16  C15  115.97  3.000
 LNH  O17   C16  C15  117.23  3.000
 LNH  N24   C19  C20  122.56  3.000
 LNH  N24   C19  C11  117.03  3.000
 LNH  C20   C19  C11  120.41  3.000
 LNH  H20   C20  C21  118.81  3.000
 LNH  H20   C20  C19  121.21  3.000
 LNH  C21   C20  C19  119.98  3.000
 LNH  N30   C21  N22  117.28  3.000
 LNH  N22   C21  C20  115.57  3.000
 LNH  N30   C21  C20  127.15  3.000
 LNH  N27   N22  C23  113.91  3.000
 LNH  C23   N22  C21  121.81  3.000
 LNH  N27   N22  C21  124.28  3.000
 LNH  C25   C23  N24  132.51  3.000
 LNH  N24   C23  N22  123.42  3.000
 LNH  C25   C23  N22  104.07  3.000
 LNH  C23   N24  C19  116.66  3.000
 LNH  C28   C25  C26  128.15  3.000
 LNH  C28   C25  C23  126.78  3.000
 LNH  C26   C25  C23  105.07  3.000
 LNH  H26   C26  N27  120.45  3.000
 LNH  H26   C26  C25  127.13  3.000
 LNH  N27   C26  C25  112.42  3.000
 LNH  C26   N27  N22  104.53  3.000
 LNH  N29   C28  C25  180.00  3.000
 LNH  HN30  N30  C31  119.03  3.000
 LNH  HN30  N30  C21  117.59  3.000
 LNH  C31   N30  C21  122.68  3.000
 LNH  H31   C31  C33  117.19  3.000
 LNH  H31   C31  C32  117.44  3.000
 LNH  C33   C31  C32   59.97  3.000
 LNH  H31   C31  N30  115.11  3.000
 LNH  C33   C31  N30  118.68  3.000
 LNH  C32   C31  N30  117.43  3.000
 LNH  H32A  C32  H32  114.71  3.000
 LNH  H32A  C32  C33  118.78  3.000
 LNH  H32   C32  C33  117.70  3.000
 LNH  H32A  C32  C31  117.35  3.000
 LNH  H32   C32  C31  117.39  3.000
 LNH  C33   C32  C31   60.24  3.000
 LNH  H33A  C33  H33  114.74  3.000
 LNH  H33A  C33  C32  117.91  3.000
 LNH  H33   C33  C32  118.80  3.000
 LNH  H33A  C33  C31  117.42  3.000
 LNH  H33   C33  C31  117.31  3.000
 LNH  C32   C33  C31   59.79  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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 LNH  CONST_02  C11   C9   C10  C5    180.00   0.0  0
 LNH  CONST_03  C8    C7   C6   C5      0.00   0.0  0
 LNH  CONST_04  C9    C10  C5   C6      0.00   0.0  0
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 LNH  CONST_06  N13   C8   C7   C6    180.00   0.0  0
 LNH  CONST_07  C10   C5   C6   C7      0.00   0.0  0
 LNH  CONST_08  C11   C9   C8   C7    180.00   0.0  0
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 LNH  Var_06    O17   C16  C15  C14    -2.52  30.0  3
 LNH  Var_07    H1    C1   C2   O3     46.73  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 LNH  chir_01  C31  N30  C32  C33  both

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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 LNH  plan-1  H12   0.020
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 LNH  plan-2  C21   0.020
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 LNH  plan-5  C16   0.020
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 LNH  plan-5  O18   0.020

