# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 21 16:44:22 2020
#   Inital geometry file: a 98 line input string
#   Ligand name: (3Z)-12-methyltridec-3-enoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)CCCCCCC\C=C/CC(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 LNG  LNG  '(3Z)-12-methyltridec-3-enoic acid'  ligand  41  16  .  2021-08-12  2021-08-12  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_LNG
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 LNG  O11   O  OC    -1  -0.629   6.4897   1.9594  -0.5244
 LNG  O1    O  O      0  -0.602   6.7031   0.1487   0.7559
 LNG  C1    C  C      0   0.416   6.1450   0.8289  -0.1247
 LNG  C2    C  CH2    0  -0.666   4.8935   0.2291  -0.8086
 LNG  C3    C  C1     0  -0.181   4.5193  -1.1319  -0.3266
 LNG  C4    C  C1     0  -0.226   3.4064  -1.4943   0.3111
 LNG  C5    C  CH2    0  -0.484   2.2555  -0.6277   0.7185
 LNG  C6    C  CH2    0  -0.413   0.9451  -1.0364   0.0430
 LNG  C7    C  CH2    0  -0.412  -0.2540  -0.2536   0.5626
 LNG  C8    C  CH2    0  -0.412  -1.5700  -0.6450  -0.0983
 LNG  C9    C  CH2    0  -0.409  -2.7654   0.1117   0.4669
 LNG  C10   C  CH2    0  -0.420  -4.0938  -0.2743  -0.1729
 LNG  C11   C  CH2    0  -0.396  -5.2720   0.4787   0.4338
 LNG  C12   C  CH1    0  -0.230  -6.6485   0.0641  -0.0878
 LNG  C13   C  CH3    0  -0.653  -7.7466   0.7738   0.6986
 LNG  C14   C  CH3    0  -0.657  -6.8029   0.3380  -1.5813
 LNG  H2C1  H  HCH2   0   0.238   4.0668   0.9362  -0.7025
 LNG  H2C2  H  HCH2   0   0.234   5.0973   0.1866  -1.8851
 LNG  H3C1  H  H      0   0.216   5.2444  -1.9140  -0.5338
 LNG  H4C1  H  H      0   0.219   3.2992  -2.5437   0.5767
 LNG  H5C1  H  HCH2   0   0.222   2.1229  -0.7058   1.8039
 LNG  H5C2  H  HCH2   0   0.226   2.4550   0.4262   0.5112
 LNG  H6C1  H  HCH2   0   0.214   1.0386  -0.8981  -1.0389
 LNG  H6C2  H  HCH2   0   0.210   0.7767  -2.1074   0.1998
 LNG  H7C1  H  HCH2   0   0.207  -0.3364  -0.4021   1.6452
 LNG  H7C2  H  HCH2   0   0.208  -0.0825   0.8188   0.4173
 LNG  H8C1  H  HCH2   0   0.207  -1.5026  -0.4703  -1.1778
 LNG  H8C2  H  HCH2   0   0.206  -1.7295  -1.7221   0.0248
 LNG  H9C1  H  HCH2   0   0.206  -2.8228  -0.0619   1.5474
 LNG  H9C2  H  HCH2   0   0.206  -2.6065   1.1890   0.3439
 LNG  H101  H  HCH2   0   0.213  -4.0398  -0.0909  -1.2505
 LNG  H102  H  HCH2   0   0.205  -4.2513  -1.3526  -0.0549
 LNG  H111  H  HCH2   0   0.211  -5.2519   0.3374   1.5205
 LNG  H112  H  HCH2   0   0.202  -5.1408   1.5554   0.2694
 LNG  H12   H  HCH1   0   0.208  -6.7578  -1.0154   0.0740
 LNG  H131  H  HCH3   0   0.211  -7.6840   1.8567   0.5628
 LNG  H132  H  HCH3   0   0.223  -8.7395   0.4573   0.3749
 LNG  H133  H  HCH3   0   0.222  -7.6651   0.5718   1.7683
 LNG  H141  H  HCH3   0   0.210  -6.6417   1.3974  -1.7980
 LNG  H142  H  HCH3   0   0.227  -6.0944  -0.2334  -2.1818
 LNG  H143  H  HCH3   0   0.223  -7.8053   0.0798  -1.9276

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 LNG  O11  C1    deloc   1.248  0.020  1.248
 LNG  O1   C1    deloc   1.245  0.020  1.245
 LNG  C1   C2    single  1.547  0.020  1.547
 LNG  C2   C3    single  1.492  0.020  1.492
 LNG  C2   H2C1  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C2   H2C2  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C3   C4    double  1.333  0.020  1.333
 LNG  C3   H3C1  single  0.930  0.020  1.080
 LNG  C4   C5    single  1.497  0.020  1.497
 LNG  C4   H4C1  single  0.930  0.020  1.080
 LNG  C5   C6    single  1.530  0.020  1.530
 LNG  C5   H5C1  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C5   H5C2  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C6   C7    single  1.523  0.020  1.523
 LNG  C6   H6C1  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C6   H6C2  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C7   C8    single  1.524  0.020  1.524
 LNG  C7   H7C1  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C7   H7C2  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C8   C9    single  1.524  0.020  1.524
 LNG  C8   H8C1  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C8   H8C2  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C9   C10   single  1.524  0.020  1.524
 LNG  C9   H9C1  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C9   H9C2  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C10  C11   single  1.524  0.020  1.524
 LNG  C10  H101  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C10  H102  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C11  C12   single  1.529  0.020  1.529
 LNG  C11  H111  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C11  H112  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C12  C13   single  1.526  0.020  1.526
 LNG  C12  C14   single  1.526  0.020  1.526
 LNG  C12  H12   single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C13  H131  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C13  H132  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C13  H133  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C14  H141  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C14  H142  single  0.970  0.020  1.090
 LNG  C14  H143  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 LNG  C2    C1   O1    117.62  3.000
 LNG  C2    C1   O11   115.67  3.000
 LNG  O1    C1   O11   126.72  3.000
 LNG  H2C2  C2   H2C1  105.13  3.000
 LNG  H2C2  C2   C3    109.18  3.000
 LNG  H2C1  C2   C3    111.66  3.000
 LNG  H2C2  C2   C1    107.38  3.000
 LNG  H2C1  C2   C1    108.55  3.000
 LNG  C3    C2   C1    114.44  3.000
 LNG  H3C1  C3   C4    116.92  3.000
 LNG  H3C1  C3   C2    115.33  3.000
 LNG  C4    C3   C2    127.75  3.000
 LNG  H4C1  C4   C5    114.59  3.000
 LNG  H4C1  C4   C3    117.48  3.000
 LNG  C5    C4   C3    127.93  3.000
 LNG  H5C2  C5   H5C1  106.18  3.000
 LNG  H5C2  C5   C6    109.29  3.000
 LNG  H5C1  C5   C6    108.33  3.000
 LNG  H5C2  C5   C4    111.49  3.000
 LNG  H5C1  C5   C4    108.73  3.000
 LNG  C6    C5   C4    112.56  3.000
 LNG  H6C2  C6   H6C1  106.15  3.000
 LNG  H6C2  C6   C7    109.43  3.000
 LNG  H6C1  C6   C7    109.84  3.000
 LNG  H6C2  C6   C5    109.24  3.000
 LNG  H6C1  C6   C5    109.23  3.000
 LNG  C7    C6   C5    112.73  3.000
 LNG  H7C2  C7   H7C1  105.99  3.000
 LNG  H7C2  C7   C8    109.21  3.000
 LNG  H7C1  C7   C8    109.19  3.000
 LNG  H7C2  C7   C6    109.54  3.000
 LNG  H7C1  C7   C6    109.05  3.000
 LNG  C8    C7   C6    113.57  3.000
 LNG  H8C2  C8   H8C1  106.05  3.000
 LNG  H8C2  C8   C9    109.41  3.000
 LNG  H8C1  C8   C9    109.55  3.000
 LNG  H8C2  C8   C7    109.23  3.000
 LNG  H8C1  C8   C7    109.46  3.000
 LNG  C9    C8   C7    112.90  3.000
 LNG  H9C2  C9   H9C1  105.91  3.000
 LNG  H9C2  C9   C10   109.16  3.000
 LNG  H9C1  C9   C10   109.15  3.000
 LNG  H9C2  C9   C8    109.44  3.000
 LNG  H9C1  C9   C8    109.16  3.000
 LNG  C10   C9   C8    113.72  3.000
 LNG  H102  C10  H101  106.14  3.000
 LNG  H102  C10  C11   109.40  3.000
 LNG  H101  C10  C11   110.32  3.000
 LNG  H102  C10  C9    109.22  3.000
 LNG  H101  C10  C9    109.14  3.000
 LNG  C11   C10  C9    112.43  3.000
 LNG  H112  C11  H111  105.84  3.000
 LNG  H112  C11  C12   108.82  3.000
 LNG  H111  C11  C12   108.65  3.000
 LNG  H112  C11  C10   109.44  3.000
 LNG  H111  C11  C10   108.47  3.000
 LNG  C12   C11  C10   115.22  3.000
 LNG  H12   C12  C14   108.11  3.000
 LNG  H12   C12  C13   108.06  3.000
 LNG  C14   C12  C13   110.37  3.000
 LNG  H12   C12  C11   107.82  3.000
 LNG  C14   C12  C11   112.09  3.000
 LNG  C13   C12  C11   110.24  3.000
 LNG  H133  C13  H132  107.75  3.000
 LNG  H133  C13  H131  107.50  3.000
 LNG  H132  C13  H131  107.60  3.000
 LNG  H133  C13  C12   111.42  3.000
 LNG  H132  C13  C12   111.54  3.000
 LNG  H131  C13  C12   110.83  3.000
 LNG  H143  C14  H142  107.33  3.000
 LNG  H143  C14  H141  107.56  3.000
 LNG  H142  C14  H141  107.63  3.000
 LNG  H143  C14  C12   111.16  3.000
 LNG  H142  C14  C12   112.28  3.000
 LNG  H141  C14  C12   110.67  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 LNG  Var_01  C5    C4   C3   C2     -0.68   0.0  2
 LNG  Var_02  C3    C2   C1   O11   179.02  30.0  3
 LNG  Var_03  C4    C3   C2   C1    116.04  30.0  3
 LNG  Var_04  C6    C5   C4   C3    117.89  30.0  3
 LNG  Var_05  C7    C6   C5   C4    174.01  30.0  3
 LNG  Var_06  C8    C7   C6   C5    179.96  30.0  3
 LNG  Var_07  C9    C8   C7   C6    177.97  30.0  3
 LNG  Var_08  C10   C9   C8   C7   -179.50  30.0  3
 LNG  Var_09  C11   C10  C9   C8    178.82  30.0  3
 LNG  Var_10  C12   C11  C10  C9   -175.59  30.0  3
 LNG  Var_11  C13   C12  C11  C10   173.81  30.0  3
 LNG  Var_12  H131  C13  C12  C11    62.81  30.0  3
 LNG  Var_13  H141  C14  C12  C11   -57.91  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 LNG  plan-1  O11   0.020
 LNG  plan-1  O1    0.020
 LNG  plan-1  C1    0.020
 LNG  plan-1  C2    0.020
 LNG  plan-2  C2    0.020
 LNG  plan-2  C3    0.020
 LNG  plan-2  C4    0.020
 LNG  plan-2  C5    0.020
 LNG  plan-2  H3C1  0.020
 LNG  plan-2  H4C1  0.020

