# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-1137 (Mon Aug 22 05:16:00 2012)
#   - file written: Tue Aug 28 15:14:23 2012
#
#   Inital geometry file: a 82 line input string
#   Ligand name: {[(5S)-5-amino-5-carboxypentyl]amino}propanedioic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: AM1
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@@H](CCCCNC(C(O)=O)C(O)=O)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
LLY        LLY '{[(5S)-5-amino-5-carboxypentyl]amino}propanedioic acid' L-peptide 33 17 .
2012-08-28 2012-08-28
;
CIF prepared directly in eLBOW
;
#
data_comp_LLY
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
LLY         N      N   NH2   .          1.5659   -1.9967   -2.9537
LLY         CA     C   CH1   .          0.5825   -0.9566   -2.7707
LLY         CB     C   CH2   .          1.0274    0.1436   -1.7940
LLY         CG     C   CH2   .          1.1887   -0.3959   -0.3896
LLY         CD     C   CH2   .          1.5272    0.7222    0.5750
LLY         CE     C   CH2   .          1.7034    0.1539    1.9824
LLY         NZ     N   NH1   .          1.9799    1.1834    2.9686
LLY         CH     C   CH1   .          2.2691    0.6713    4.2865
LLY         C1     C   C     .          2.1883    1.8086    5.3008
LLY         O1     O   O     .          2.8062    2.8721    5.3161
LLY         O2     O   OH1   .          1.3015    1.5623    6.2979
LLY         C2     C   C     .          3.6130   -0.0213    4.5087
LLY         O3     O   O     .          3.9023   -0.8120    5.4082
LLY         O4     O   OH1   .          4.5867    0.2787    3.6078
LLY         C      C   C     .          0.1629   -0.2803   -4.0739
LLY         O      O   O     .          0.8091   -0.1613   -5.1197
LLY         OXT    O   OH1   .         -1.0883    0.2524   -4.0559
LLY        H       H   HNH2  .          1.2996   -2.6089   -3.7008
LLY        H2      H   HNH2  .          2.4687   -1.6113   -3.1497
LLY        HA      H   HCH1  .         -0.3521   -1.4458   -2.3548
LLY        HB2     H   HCH2  .          1.9906    0.6002   -2.1408
LLY        HB3     H   HCH2  .          0.2443    0.9484   -1.8052
LLY        HG2     H   HCH2  .          1.9979   -1.1727   -0.3679
LLY        HG3     H   HCH2  .          0.2382   -0.8978   -0.0679
LLY        HD2     H   HCH2  .          0.7091    1.4901    0.5703
LLY        HD3     H   HCH2  .          2.4703    1.2329    0.2454
LLY        HE2     H   HCH2  .          0.7513   -0.3640    2.2912
LLY        HE3     H   HCH2  .          2.5238   -0.6242    1.9558
LLY        HZ      H   HNH1  .          2.7058    1.8054    2.6584
LLY        HH      H   HCH1  .          1.4791   -0.1004    4.5530
LLY        HO2     H   HOH1  .          1.2869    2.3137    6.9158
LLY        HO4     H   HOH1  .          5.4000   -0.2068    3.8304
LLY        HXT     H   HOH1  .         -1.2824    0.6628   -4.9154
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
LLY   N       CA    single        1.443 0.020
LLY   N      H      single        1.002 0.020
LLY   N      H2     single        1.001 0.020
LLY   CA      CB    single        1.537 0.020
LLY   CA      C     single        1.527 0.020
LLY   CA     HA     single        1.134 0.020
LLY   CB      CG    single        1.513 0.020
LLY   CB     HB2    single        1.121 0.020
LLY   CB     HB3    single        1.123 0.020
LLY   CG      CD    single        1.515 0.020
LLY   CG     HG2    single        1.122 0.020
LLY   CG     HG3    single        1.122 0.020
LLY   CD      CE    single        1.528 0.020
LLY   CD     HD2    single        1.122 0.020
LLY   CD     HD3    single        1.122 0.020
LLY   CE      NZ    single        1.452 0.020
LLY   CE     HE2    single        1.127 0.020
LLY   CE     HE3    single        1.131 0.020
LLY   NZ      CH    single        1.443 0.020
LLY   NZ     HZ     single        1.005 0.020
LLY   CH      C1    single        1.526 0.020
LLY   CH      C2    single        1.528 0.020
LLY   CH     HH     single        1.136 0.020
LLY   C1      O1    double        1.230 0.020
LLY   C1      O2    single        1.357 0.020
LLY   O2     HO2    single        0.973 0.020
LLY   C2      O3    double        1.232 0.020
LLY   C2      O4    single        1.360 0.020
LLY   O4     HO4    single        0.973 0.020
LLY   C       O     double        1.235 0.020
LLY   C       OXT   single        1.360 0.020
LLY   OXT    HXT    single        0.972 0.020
#
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
LLY  H2       N      H            109.21 3.000
LLY  H2       N       CA          111.22 3.000
LLY  H        N       CA          110.72 3.000
LLY  HA       CA      C           106.12 3.000
LLY  HA       CA      CB          108.31 3.000
LLY   C       CA      CB          107.75 3.000
LLY  HA       CA      N           107.29 3.000
LLY   C       CA      N           113.47 3.000
LLY   CB      CA      N           113.53 3.000
LLY  HB3      CB     HB2          107.71 3.000
LLY  HB3      CB      CG          109.83 3.000
LLY  HB2      CB      CG          109.93 3.000
LLY  HB3      CB      CA          107.75 3.000
LLY  HB2      CB      CA          110.10 3.000
LLY   CG      CB      CA          111.44 3.000
LLY  HG3      CG     HG2          107.20 3.000
LLY  HG3      CG      CD          109.69 3.000
LLY  HG2      CG      CD          109.72 3.000
LLY  HG3      CG      CB          109.60 3.000
LLY  HG2      CG      CB          109.98 3.000
LLY   CD      CG      CB          110.59 3.000
LLY  HD3      CD     HD2          107.47 3.000
LLY  HD3      CD      CE          110.05 3.000
LLY  HD2      CD      CE          110.03 3.000
LLY  HD3      CD      CG          109.68 3.000
LLY  HD2      CD      CG          109.84 3.000
LLY   CE      CD      CG          109.74 3.000
LLY  HE3      CE     HE2          107.64 3.000
LLY  HE3      CE      NZ          111.44 3.000
LLY  HE2      CE      NZ          107.49 3.000
LLY  HE3      CE      CD          108.53 3.000
LLY  HE2      CE      CD          109.02 3.000
LLY   NZ      CE      CD          112.57 3.000
LLY  HZ       NZ      CH          110.90 3.000
LLY  HZ       NZ      CE          111.51 3.000
LLY   CH      NZ      CE          114.00 3.000
LLY  HH       CH      C2          105.64 3.000
LLY  HH       CH      C1          108.28 3.000
LLY   C2      CH      C1          106.72 3.000
LLY  HH       CH      NZ          108.41 3.000
LLY   C2      CH      NZ          118.02 3.000
LLY   C1      CH      NZ          109.38 3.000
LLY   O2      C1      O1          118.43 3.000
LLY   O2      C1      CH          112.81 3.000
LLY   O1      C1      CH          128.76 3.000
LLY  HO2      O2      C1          109.65 3.000
LLY   O4      C2      O3          117.20 3.000
LLY   O4      C2      CH          115.68 3.000
LLY   O3      C2      CH          127.12 3.000
LLY  HO4      O4      C2          109.68 3.000
LLY   OXT     C       O           117.05 3.000
LLY   OXT     C       CA          114.52 3.000
LLY   O       C       CA          128.43 3.000
LLY  HXT      OXT     C           109.72 3.000
#
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
LLY CONST_01       HXT     OXT     C       CA         -180.00   0.0 0
LLY CONST_02       HO2     O2      C1      CH         -180.00   0.0 0
LLY CONST_03       HO4     O4      C2      CH          179.99   0.0 0
LLY Var_01         CD      CG      CB      CA         -175.82  30.0 3
LLY Var_02         CE      CD      CG      CB         -179.27  30.0 3
LLY Var_03         NZ      CE      CD      CG         -177.79  30.0 3
LLY Var_04         CH      NZ      CE      CD         -174.80  30.0 3
LLY Var_05         C1      CH      NZ      CE         -165.59  30.0 3
LLY Var_06         O1      C1      CH      NZ          -56.82  30.0 3
LLY Var_07         O3      C2      CH      NZ         -159.18  30.0 3
#
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
LLY chir_01   CA      N       CB      C     negativ
#
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
LLY plan-1     CH 0.020
LLY plan-1     C1 0.020
LLY plan-1     O1 0.020
LLY plan-1     O2 0.020
LLY plan-1    HO2 0.020
LLY plan-2     CH 0.020
LLY plan-2     C2 0.020
LLY plan-2     O3 0.020
LLY plan-2     O4 0.020
LLY plan-2    HO4 0.020
LLY plan-3     CA 0.020
LLY plan-3      C 0.020
LLY plan-3      O 0.020
LLY plan-3    OXT 0.020
LLY plan-3    HXT 0.020
