# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 21 11:33:00 2020
#   Inital geometry file: a 96 line input string
#   Ligand name: N-[(2R,3S)-3-amino-2-hydroxy-5-methylhexyl]-L-norvaline
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCC[C@H](NC[C@@H](O)[C@@H](N)CC(C)C)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 LHE  LHE  N-[(2R,3S)-3-amino-2-hydroxy-5-methylhexyl]-L-norvaline  peptide  42  17  .  2022-03-22  2022-07-25
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_LHE
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 LHE  N4   N  NH2    0  -0.791  -2.2943   1.7284   0.1321
 LHE  C19  C  CH1    0  -0.141  -2.3355   0.2733   0.2020
 LHE  C21  C  CH2    0  -0.391  -3.5534  -0.3526  -0.4872
 LHE  C22  C  CH1    0  -0.241  -4.9133   0.1506   0.0011
 LHE  C23  C  CH3    0  -0.649  -6.0289  -0.5164  -0.7980
 LHE  C24  C  CH3    0  -0.660  -5.1112  -0.0897   1.4953
 LHE  C25  C  CH1    0   0.030  -1.0239  -0.2876  -0.3690
 LHE  O6   O  OH1    0  -0.666  -1.0272  -1.7046  -0.3884
 LHE  C20  C  CH2    0  -0.264   0.2025   0.2424   0.3627
 LHE  N5   N  NH1    0  -0.609   1.4209  -0.2636  -0.2327
 LHE  C26  C  CH1    0  -0.155   2.6173   0.0918   0.5035
 LHE  C27  C  CH2    0  -0.427   3.8298  -0.6484  -0.0699
 LHE  C28  C  CH2    0  -0.433   3.7763  -2.1691   0.0459
 LHE  C29  C  CH3    0  -0.659   5.0645  -2.8238  -0.4360
 LHE  C30  C  C      0   0.395   2.9238   1.6076   0.4647
 LHE  O7   O  O      0  -0.603   2.4720   2.2762  -0.4829
 LHE  O8   O  OC    -1  -0.624   3.6551   2.0272   1.3871
 LHE  H28  H  HNH2   0   0.336  -2.3965   2.0260  -0.8325
 LHE  H29  H  HCH1   0   0.217  -2.3631   0.0115   1.2680
 LHE  H30  H  HCH2   0   0.208  -3.4754  -0.1698  -1.5666
 LHE  H31  H  HCH2   0   0.210  -3.5264  -1.4393  -0.3617
 LHE  H32  H  HCH1   0   0.204  -4.9790   1.2294  -0.1836
 LHE  H33  H  HCH3   0   0.211  -6.0207  -1.5995  -0.6506
 LHE  H34  H  HCH3   0   0.224  -7.0107  -0.1483  -0.4951
 LHE  H35  H  HCH3   0   0.223  -5.9193  -0.3293  -1.8679
 LHE  H36  H  HCH3   0   0.226  -6.1077   0.2210   1.8134
 LHE  H37  H  HCH3   0   0.213  -5.0023  -1.1505   1.7358
 LHE  H38  H  HCH3   0   0.226  -4.3918   0.4604   2.1041
 LHE  H39  H  HCH1   0   0.208  -0.9491   0.0100  -1.4224
 LHE  H40  H  HOH1   0   0.441  -1.1016  -2.0165   0.5206
 LHE  H41  H  HCH2   0   0.227   0.1983   1.3293   0.3076
 LHE  H42  H  HCH2   0   0.166   0.1129  -0.0152   1.4359
 LHE  H43  H  HNH1   0   0.330   1.3492  -1.2731  -0.2626
 LHE  H45  H  HCH1   0   0.166   2.5292  -0.1919   1.5687
 LHE  H46  H  HCH2   0   0.208   3.9528  -0.3667  -1.1220
 LHE  H47  H  HCH2   0   0.215   4.7219  -0.2932   0.4535
 LHE  H48  H  HCH2   0   0.212   3.5887  -2.4463   1.0882
 LHE  H49  H  HCH2   0   0.211   2.9410  -2.5730  -0.5336
 LHE  H50  H  HCH3   0   0.217   5.2525  -2.5937  -1.4865
 LHE  H51  H  HCH3   0   0.216   5.9236  -2.4691   0.1369
 LHE  H52  H  HCH3   0   0.226   5.0254  -3.9092  -0.3380
 LHE  H2   H  HNH2   0   0.350  -3.0878   2.1197   0.6240

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 LHE  N4   C19  single  1.457  0.020  1.457
 LHE  C19  C25  single  1.537  0.020  1.537
 LHE  C19  C21  single  1.533  0.020  1.533
 LHE  C21  C22  single  1.530  0.020  1.530
 LHE  C22  C24  single  1.526  0.020  1.526
 LHE  C22  C23  single  1.526  0.020  1.526
 LHE  C25  C20  single  1.523  0.020  1.523
 LHE  C25  O6   single  1.417  0.020  1.417
 LHE  C20  N5   single  1.447  0.020  1.447
 LHE  N5   C26  single  1.449  0.020  1.449
 LHE  C26  C30  single  1.547  0.020  1.547
 LHE  C26  C27  single  1.532  0.020  1.532
 LHE  C27  C28  single  1.526  0.020  1.526
 LHE  C28  C29  single  1.523  0.020  1.523
 LHE  C30  O7   deloc   1.245  0.020  1.245
 LHE  C30  O8   deloc   1.250  0.020  1.250
 LHE  N4   H28  single  0.890  0.020  1.040
 LHE  C19  H29  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  C21  H30  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  C21  H31  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  C22  H32  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  C23  H33  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  C23  H34  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  C23  H35  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  C24  H36  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  C24  H37  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  C24  H38  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  C25  H39  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  O6   H40  single  0.850  0.020  0.980
 LHE  C20  H41  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  C20  H42  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  N5   H43  single  0.890  0.020  1.040
 LHE  C26  H45  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  C27  H46  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  C27  H47  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  C28  H48  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  C28  H49  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  C29  H50  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  C29  H51  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  C29  H52  single  0.970  0.020  1.090
 LHE  N4   H2   single  0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 LHE  H2   N4   H28  105.64  3.000
 LHE  H2   N4   C19  109.91  3.000
 LHE  H28  N4   C19  109.60  3.000
 LHE  H29  C19  C25  107.17  3.000
 LHE  H29  C19  C21  108.61  3.000
 LHE  C25  C19  C21  111.23  3.000
 LHE  H29  C19  N4   106.57  3.000
 LHE  C21  C19  N4   114.12  3.000
 LHE  C25  C19  N4   108.81  3.000
 LHE  H31  C21  H30  106.05  3.000
 LHE  H31  C21  C22  108.18  3.000
 LHE  H30  C21  C22  108.80  3.000
 LHE  H31  C21  C19  109.53  3.000
 LHE  H30  C21  C19  108.52  3.000
 LHE  C22  C21  C19  115.36  3.000
 LHE  H32  C22  C24  108.18  3.000
 LHE  H32  C22  C23  107.34  3.000
 LHE  C24  C22  C23  110.43  3.000
 LHE  H32  C22  C21  108.85  3.000
 LHE  C23  C22  C21  109.81  3.000
 LHE  C24  C22  C21  112.08  3.000
 LHE  H35  C23  H34  107.73  3.000
 LHE  H35  C23  H33  107.53  3.000
 LHE  H34  C23  H33  107.67  3.000
 LHE  H35  C23  C22  111.40  3.000
 LHE  H34  C23  C22  111.40  3.000
 LHE  H33  C23  C22  110.92  3.000
 LHE  H38  C24  H37  107.51  3.000
 LHE  H38  C24  H36  107.20  3.000
 LHE  H37  C24  H36  107.64  3.000
 LHE  H38  C24  C22  112.42  3.000
 LHE  H37  C24  C22  110.81  3.000
 LHE  H36  C24  C22  111.04  3.000
 LHE  H39  C25  C20  108.18  3.000
 LHE  H39  C25  O6   104.96  3.000
 LHE  C20  C25  O6   110.88  3.000
 LHE  H39  C25  C19  108.42  3.000
 LHE  O6   C25  C19  111.60  3.000
 LHE  C20  C25  C19  112.44  3.000
 LHE  H40  O6   C25  108.11  3.000
 LHE  H42  C20  H41  106.33  3.000
 LHE  H42  C20  N5   112.67  3.000
 LHE  H41  C20  N5   109.36  3.000
 LHE  H42  C20  C25  108.63  3.000
 LHE  H41  C20  C25  108.66  3.000
 LHE  N5   C20  C25  111.00  3.000
 LHE  H43  N5   C26  108.54  3.000
 LHE  H43  N5   C20  107.53  3.000
 LHE  C26  N5   C20  113.59  3.000
 LHE  H45  C26  C30  106.93  3.000
 LHE  H45  C26  C27  107.44  3.000
 LHE  C30  C26  C27  107.89  3.000
 LHE  H45  C26  N5   111.14  3.000
 LHE  C27  C26  N5   110.17  3.000
 LHE  C30  C26  N5   113.03  3.000
 LHE  H47  C27  H46  106.52  3.000
 LHE  H47  C27  C28  108.42  3.000
 LHE  H46  C27  C28  109.44  3.000
 LHE  H47  C27  C26  108.04  3.000
 LHE  H46  C27  C26  108.90  3.000
 LHE  C28  C27  C26  115.17  3.000
 LHE  H49  C28  H48  106.26  3.000
 LHE  H49  C28  C29  108.63  3.000
 LHE  H48  C28  C29  109.71  3.000
 LHE  H49  C28  C27  110.76  3.000
 LHE  H48  C28  C27  109.30  3.000
 LHE  C29  C28  C27  112.00  3.000
 LHE  H52  C29  H51  107.72  3.000
 LHE  H52  C29  H50  107.60  3.000
 LHE  H51  C29  H50  107.51  3.000
 LHE  H52  C29  C28  111.66  3.000
 LHE  H51  C29  C28  111.09  3.000
 LHE  H50  C29  C28  111.07  3.000
 LHE  O8   C30  O7   126.44  3.000
 LHE  O8   C30  C26  115.25  3.000
 LHE  O7   C30  C26  118.26  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 LHE  Var_01  C24  C22  C21  C19   -58.79  30.0  3
 LHE  Var_02  C26  N5   C20  C25  -173.90  30.0  3
 LHE  Var_03  C29  C28  C27  C26  -175.12  30.0  3
 LHE  Var_04  H36  C24  C22  C21  -176.64  30.0  3
 LHE  Var_05  H33  C23  C22  C21    62.15  30.0  3
 LHE  Var_06  H50  C29  C28  C27   -60.68  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 LHE  chir_01  C19  N4  C25  C21  positiv
 LHE  chir_02  C25  O6  C19  C20  negativ
 LHE  chir_03  C26  N5  C27  C30  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 LHE  plan-1  C26  0.020
 LHE  plan-1  C30  0.020
 LHE  plan-1  O7   0.020
 LHE  plan-1  O8   0.020

