# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Mar 18 11:42:26 2022
#   Inital geometry file: a 117 line input string
#   Ligand name: N-acetyl-S-({(2R,3S,4R)-3-hydroxy-2-[(1S)-1-hydroxy-2-methylpropyl]-4-methyl-5-oxopyrrolidin-2-yl}carbonyl)cysteine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)[C@H](O)[C@]1(NC(=O)[C@H](C)[C@@H]1O)C(=O)SCC(NC(C)=O)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 LAS  LAS  N-acetyl-S-({(2R,3S,4R)-3-hydroxy-2-[(1S)-1-hydroxy-2-methylpropyl]-4-methyl-5-oxopyrrolidin-2-yl}carbonyl)cysteine  ligand  48  25  .  2022-03-22  2022-03-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_LAS
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 LAS  C18   C  C      0   0.280   0.7511  -0.7195  -0.7089
 LAS  O19   O  O      0  -0.421   0.6110  -1.6329  -1.4796
 LAS  C9    C  CT     0  -0.030   2.1355  -0.2515  -0.2575
 LAS  C10   C  CH1    0   0.078   3.0570  -1.4642   0.0537
 LAS  C11   C  CH1    0  -0.360   2.7696  -2.1799   1.3829
 LAS  C16   C  CH3    0  -0.627   1.3419  -2.6985   1.5346
 LAS  C12   C  CH3    0  -0.650   3.7469  -3.3423   1.5688
 LAS  O17   O  OH1    0  -0.671   4.4022  -1.0431   0.0124
 LAS  N8    N  NH1    0  -0.576   2.0815   0.6864   0.8351
 LAS  C6    C  C      0   0.507   2.7905   1.8265   0.6647
 LAS  O7    O  O      0  -0.477   2.8879   2.7202   1.4824
 LAS  C5    C  CH1    0  -0.396   3.4410   1.7725  -0.6996
 LAS  C20   C  CH3    0  -0.676   3.4285   3.1117  -1.4188
 LAS  C3    C  CH1    0   0.044   2.7175   0.6248  -1.4173
 LAS  O2    O  OH1    0  -0.694   1.6398   1.0857  -2.1931
 LAS  H10   H  HCH1   0   0.268   2.9368  -2.1781  -0.7664
 LAS  H11   H  HCH1   0   0.247   2.9478  -1.4577   2.1914
 LAS  H16   H  HCH3   0   0.261   1.0829  -3.3980   0.7385
 LAS  H16A  H  HCH3   0   0.231   1.2546  -3.2338   2.4808
 LAS  H16B  H  HCH3   0   0.236   0.5872  -1.9119   1.5539
 LAS  H12   H  HCH3   0   0.242   3.6284  -4.0763   0.7690
 LAS  H12A  H  HCH3   0   0.225   4.7868  -3.0206   1.5772
 LAS  H12B  H  HCH3   0   0.211   3.5522  -3.8485   2.5147
 LAS  HO17  H  HOH1   0   0.444   4.6462  -0.6850   0.8732
 LAS  HN8   H  HNH1   0   0.421   1.6756   0.4608   1.7321
 LAS  H5    H  HCH1   0   0.280   4.4796   1.4721  -0.5355
 LAS  H20   H  HCH3   0   0.266   4.0378   3.8342  -0.8783
 LAS  H20A  H  HCH3   0   0.200   3.8480   3.0193  -2.4211
 LAS  H20B  H  HCH3   0   0.248   2.4228   3.5186  -1.5040
 LAS  H3    H  HCH1   0   0.281   3.4053   0.0363  -2.0285
 LAS  HO2   H  HOH1   0   0.456   1.9772   1.3680  -3.0485
 LAS  S1    S  S2     0   0.107  -0.5890   0.2000  -0.0290
 LAS  C111  C  CH2    0  -0.600  -1.9862  -0.5957  -0.8750
 LAS  C121  C  CH1    0  -0.180  -3.2583   0.1792  -0.5643
 LAS  C13   C  C      0   0.367  -4.4621  -0.4168  -1.3567
 LAS  O5    O  O      0  -0.518  -5.5045  -0.6296  -0.7218
 LAS  O6    O  OC    -1  -0.671  -4.2505  -0.6025  -2.5698
 LAS  N2    N  NH1    0  -0.649  -3.4854   0.2173   0.8573
 LAS  C14   C  C      0   0.495  -4.0887   1.2439   1.4818
 LAS  C15   C  CH3    0  -0.764  -4.4725   0.9794   2.9166
 LAS  O71   O  O      0  -0.460  -4.3122   2.3203   0.9435
 LAS  H181  H  HCH2   0   0.294  -1.8058  -0.5895  -1.9466
 LAS  H19   H  HCH2   0   0.257  -2.0629  -1.6335  -0.5440
 LAS  H201  H  HCH1   0   0.288  -3.1274   1.2107  -0.9022
 LAS  H22   H  HNH1   0   0.362  -3.4742  -0.6680   1.3397
 LAS  H23   H  HCH3   0   0.297  -4.2881   1.8640   3.5230
 LAS  H24   H  HCH3   0   0.257  -5.5413   0.7635   2.9658
 LAS  H25   H  HCH3   0   0.272  -3.9402   0.1364   3.3544

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 LAS  C18   O19   double  1.203  0.020  1.203
 LAS  C18   C9    single  1.529  0.020  1.529
 LAS  C9    C10   single  1.555  0.020  1.555
 LAS  C9    N8    single  1.441  0.020  1.441
 LAS  C9    C3    single  1.566  0.020  1.566
 LAS  C10   C11   single  1.537  0.020  1.537
 LAS  C10   O17   single  1.410  0.020  1.410
 LAS  C10   H10   single  0.970  0.020  1.090
 LAS  C11   C16   single  1.527  0.020  1.527
 LAS  C11   C12   single  1.530  0.020  1.530
 LAS  C11   H11   single  0.970  0.020  1.090
 LAS  C16   H16   single  0.970  0.020  1.090
 LAS  C16   H16A  single  0.970  0.020  1.090
 LAS  C16   H16B  single  0.970  0.020  1.090
 LAS  C12   H12   single  0.970  0.020  1.090
 LAS  C12   H12A  single  0.970  0.020  1.090
 LAS  C12   H12B  single  0.970  0.020  1.090
 LAS  O17   HO17  single  0.850  0.020  0.980
 LAS  N8    C6    single  1.353  0.020  1.353
 LAS  N8    HN8   single  0.860  0.020  1.020
 LAS  C6    O7    double  1.215  0.020  1.215
 LAS  C6    C5    single  1.512  0.020  1.512
 LAS  C5    C20   single  1.520  0.020  1.520
 LAS  C5    C3    single  1.535  0.020  1.535
 LAS  C5    H5    single  0.970  0.020  1.090
 LAS  C20   H20   single  0.970  0.020  1.090
 LAS  C20   H20A  single  0.970  0.020  1.090
 LAS  C20   H20B  single  0.970  0.020  1.090
 LAS  C3    O2    single  1.406  0.020  1.406
 LAS  C3    H3    single  0.970  0.020  1.090
 LAS  O2    HO2   single  0.850  0.020  0.980
 LAS  C18   S1    single  1.762  0.020  1.762
 LAS  S1    C111  single  1.817  0.020  1.817
 LAS  C111  C121  single  1.522  0.020  1.522
 LAS  C121  C13   single  1.560  0.020  1.560
 LAS  C13   O5    deloc   1.239  0.020  1.239
 LAS  C13   O6    deloc   1.245  0.020  1.245
 LAS  C121  N2    single  1.440  0.020  1.440
 LAS  N2    C14   single  1.345  0.020  1.345
 LAS  C14   C15   single  1.509  0.020  1.509
 LAS  C14   O71   double  1.224  0.020  1.224
 LAS  C111  H181  single  0.970  0.020  1.090
 LAS  C111  H19   single  0.970  0.020  1.090
 LAS  C121  H201  single  0.970  0.020  1.090
 LAS  N2    H22   single  0.890  0.020  1.040
 LAS  C15   H23   single  0.970  0.020  1.090
 LAS  C15   H24   single  0.970  0.020  1.090
 LAS  C15   H25   single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 LAS  S1    C18   C9    114.51  3.000
 LAS  S1    C18   O19   123.70  3.000
 LAS  C9    C18   O19   121.78  3.000
 LAS  C3    C9    N8    102.20  3.000
 LAS  C3    C9    C10   111.38  3.000
 LAS  N8    C9    C10   112.22  3.000
 LAS  C3    C9    C18   106.80  3.000
 LAS  N8    C9    C18   112.90  3.000
 LAS  C10   C9    C18   110.91  3.000
 LAS  H10   C10   O17   106.12  3.000
 LAS  H10   C10   C11   108.90  3.000
 LAS  O17   C10   C11   110.04  3.000
 LAS  H10   C10   C9    107.09  3.000
 LAS  O17   C10   C9    109.07  3.000
 LAS  C11   C10   C9    115.19  3.000
 LAS  H11   C11   C12   107.85  3.000
 LAS  H11   C11   C16   107.57  3.000
 LAS  C12   C11   C16   109.10  3.000
 LAS  H11   C11   C10   107.46  3.000
 LAS  C12   C11   C10   109.85  3.000
 LAS  C16   C11   C10   114.77  3.000
 LAS  H16B  C16   H16A  106.46  3.000
 LAS  H16B  C16   H16   108.13  3.000
 LAS  H16A  C16   H16   107.42  3.000
 LAS  H16B  C16   C11   113.84  3.000
 LAS  H16A  C16   C11   109.13  3.000
 LAS  H16   C16   C11   111.55  3.000
 LAS  H12B  C12   H12A  107.52  3.000
 LAS  H12B  C12   H12   107.70  3.000
 LAS  H12A  C12   H12   107.93  3.000
 LAS  H12B  C12   C11   110.13  3.000
 LAS  H12A  C12   C11   112.74  3.000
 LAS  H12   C12   C11   110.63  3.000
 LAS  HO17  O17   C10   109.05  3.000
 LAS  HN8   N8    C6    120.70  3.000
 LAS  HN8   N8    C9    122.89  3.000
 LAS  C6    N8    C9    115.67  3.000
 LAS  C5    C6    O7    126.78  3.000
 LAS  C5    C6    N8    107.99  3.000
 LAS  O7    C6    N8    125.23  3.000
 LAS  H5    C5    C3    108.20  3.000
 LAS  H5    C5    C20   108.72  3.000
 LAS  C3    C5    C20   115.70  3.000
 LAS  H5    C5    C6    106.43  3.000
 LAS  C3    C5    C6    104.23  3.000
 LAS  C20   C5    C6    113.07  3.000
 LAS  H20B  C20   H20A  108.38  3.000
 LAS  H20B  C20   H20   107.93  3.000
 LAS  H20A  C20   H20   107.30  3.000
 LAS  H20B  C20   C5    111.96  3.000
 LAS  H20A  C20   C5    110.92  3.000
 LAS  H20   C20   C5    110.19  3.000
 LAS  H3    C3    O2    110.53  3.000
 LAS  H3    C3    C5    111.57  3.000
 LAS  O2    C3    C5    111.98  3.000
 LAS  H3    C3    C9    110.30  3.000
 LAS  O2    C3    C9    107.90  3.000
 LAS  C5    C3    C9    104.32  3.000
 LAS  HO2   O2    C3    108.55  3.000
 LAS  C111  S1    C18   100.18  3.000
 LAS  H19   C111  H181  108.43  3.000
 LAS  H19   C111  C121  111.31  3.000
 LAS  H181  C111  C121  109.71  3.000
 LAS  H19   C111  S1    109.21  3.000
 LAS  H181  C111  S1    109.21  3.000
 LAS  C121  C111  S1    108.95  3.000
 LAS  H201  C121  N2    107.40  3.000
 LAS  H201  C121  C13   107.22  3.000
 LAS  N2    C121  C13   112.95  3.000
 LAS  H201  C121  C111  108.50  3.000
 LAS  N2    C121  C111  110.30  3.000
 LAS  C13   C121  C111  110.30  3.000
 LAS  O6    C13   O5    128.06  3.000
 LAS  O6    C13   C121  114.88  3.000
 LAS  O5    C13   C121  117.05  3.000
 LAS  H22   N2    C14   116.95  3.000
 LAS  H22   N2    C121  116.57  3.000
 LAS  C14   N2    C121  123.33  3.000
 LAS  O71   C14   C15   121.73  3.000
 LAS  O71   C14   N2    123.30  3.000
 LAS  C15   C14   N2    114.96  3.000
 LAS  H25   C15   H24   107.90  3.000
 LAS  H25   C15   H23   108.81  3.000
 LAS  H24   C15   H23   107.55  3.000
 LAS  H25   C15   C14   113.19  3.000
 LAS  H24   C15   C14   109.07  3.000
 LAS  H23   C15   C14   110.14  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 LAS  CONST_01  C5    C6    N8   C9       0.00   0.0  0
 LAS  CONST_02  O7    C6    N8   C9     180.00   0.0  0
 LAS  CONST_03  HN8   N8    C6   C5     180.00   0.0  0
 LAS  CONST_04  C15   C14   N2   C121   180.00   0.0  0
 LAS  CONST_05  O71   C14   N2   C121     0.00   0.0  0
 LAS  CONST_06  H22   N2    C14  C15      0.00   0.0  0
 LAS  Var_01    C121  C111  S1   C18   -172.61  30.0  3
 LAS  Var_02    H16   C16   C11  C10     58.44  30.0  3
 LAS  Var_03    H12   C12   C11  C10    -61.52  30.0  3
 LAS  Var_04    H23   C15   C14  N2     140.64  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 LAS  chir_01  C9    C10  N8    C3   negativ
 LAS  chir_02  C10   O17  C9    C11  positiv
 LAS  chir_03  C5    C3   C20   C6   negativ
 LAS  chir_04  C3    O2   C5    C9   negativ
 LAS  chir_05  C121  N2   C111  C13  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 LAS  plan-1  C121  0.020
 LAS  plan-1  N2    0.020
 LAS  plan-1  C14   0.020
 LAS  plan-1  C15   0.020
 LAS  plan-1  O71   0.020
 LAS  plan-1  H22   0.020
 LAS  plan-2  C9    0.020
 LAS  plan-2  N8    0.020
 LAS  plan-2  C6    0.020
 LAS  plan-2  O7    0.020
 LAS  plan-2  C5    0.020
 LAS  plan-2  HN8   0.020
 LAS  plan-3  C121  0.020
 LAS  plan-3  C13   0.020
 LAS  plan-3  O5    0.020
 LAS  plan-3  O6    0.020
 LAS  plan-4  C18   0.020
 LAS  plan-4  O19   0.020
 LAS  plan-4  C9    0.020
 LAS  plan-4  S1    0.020

