# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue May 12 09:03:42 2020
#   Inital geometry file: a 69 line input string
#   Ligand name: 4-(2-aminophenyl)-4-oxobutanoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Nc1ccccc1C(=O)CCC(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 KY1  KY1  '4-(2-aminophenyl)-4-oxobutanoic acid'  ligand  24  14  .  2021-08-12  2021-08-12  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_KY1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 KY1  CA    C  CH2    0  -0.584  -2.5370   0.5171  -0.0577
 KY1  CB    C  CH2    0  -0.571  -1.2192  -0.2327  -0.0159
 KY1  CG    C  CR6    0   0.337   2.5283   0.7994   0.0751
 KY1  CD1   C  CR16   0  -0.335   3.7654   0.1206   0.0618
 KY1  CE1   C  CR16   0  -0.244   3.8315  -1.2514   0.0200
 KY1  CZ    C  CR16   0  -0.280   2.6657  -2.0202  -0.0079
 KY1  CE2   C  CR16   0  -0.304   1.4498  -1.3747  -0.0012
 KY1  CD2   C  CR6    0  -0.097   1.3361   0.0254   0.0338
 KY1  C     C  C      0   0.419  -3.7865  -0.3837  -0.0605
 KY1  O     O  O      0  -0.607  -3.6289  -1.6080   0.1138
 KY1  OXT   O  OC    -1  -0.630  -4.8751   0.2055  -0.2262
 KY1  C1    C  C      0   0.406   0.0030   0.6582   0.0118
 KY1  O2    O  O      0  -0.444  -0.1262   1.8751   0.0127
 KY1  HAC1  H  HCH2   0   0.231  -2.6147   1.1916   0.8009
 KY1  HAC2  H  HCH2   0   0.225  -2.5795   1.1670  -0.9359
 KY1  HBC1  H  HCH2   0   0.257  -1.1409  -0.9023  -0.8774
 KY1  HBC2  H  HCH2   0   0.259  -1.1879  -0.8908   0.8567
 KY1  HD1   H  HCR6   0   0.260   4.6768   0.7068   0.0874
 KY1  HE1   H  HCR6   0   0.259   4.8009  -1.7341   0.0087
 KY1  HZ    H  HCR6   0   0.251   2.7152  -3.0997  -0.0380
 KY1  HE2   H  HCR6   0   0.264   0.5532  -1.9784  -0.0293
 KY1  H1N1  H  HNH2   0   0.388   3.4005   2.6327  -0.0241
 KY1  H1N2  H  HNH2   0   0.401   1.6819   2.6491  -0.0159
 KY1  N1    N  NH2    0  -0.859   2.5373   2.1500   0.1561

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 KY1  CA   CB    single    1.517  0.020  1.517
 KY1  CA   C     single    1.540  0.020  1.540
 KY1  CA   HAC1  single    0.970  0.020  1.090
 KY1  CA   HAC2  single    0.970  0.020  1.090
 KY1  CB   C1    single    1.513  0.020  1.513
 KY1  CB   HBC1  single    0.970  0.020  1.090
 KY1  CB   HBC2  single    0.970  0.020  1.090
 KY1  CG   CD1   aromatic  1.411  0.020  1.411
 KY1  CG   CD2   aromatic  1.422  0.020  1.422
 KY1  CG   N1    single    1.353  0.020  1.353
 KY1  CD1  CE1   aromatic  1.374  0.020  1.374
 KY1  CD1  HD1   single    0.930  0.020  1.080
 KY1  CE1  CZ    aromatic  1.397  0.020  1.397
 KY1  CE1  HE1   single    0.930  0.020  1.080
 KY1  CZ   CE2   aromatic  1.377  0.020  1.377
 KY1  CZ   HZ    single    0.930  0.020  1.080
 KY1  CE2  CD2   aromatic  1.405  0.020  1.405
 KY1  CE2  HE2   single    0.930  0.020  1.080
 KY1  CD2  C1    single    1.476  0.020  1.476
 KY1  C    O     deloc     1.247  0.020  1.247
 KY1  C    OXT   deloc     1.249  0.020  1.249
 KY1  C1   O2    double    1.224  0.020  1.224
 KY1  N1   H1N1  single    0.890  0.020  1.040
 KY1  N1   H1N2  single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 KY1  HAC2  CA   HAC1  105.13  3.000
 KY1  HAC2  CA   C     108.34  3.000
 KY1  HAC1  CA   C     107.71  3.000
 KY1  HAC2  CA   CB    110.47  3.000
 KY1  HAC1  CA   CB    110.16  3.000
 KY1  C     CA   CB    114.57  3.000
 KY1  HBC2  CB   HBC1  104.96  3.000
 KY1  HBC2  CB   C1    108.46  3.000
 KY1  HBC1  CB   C1    108.49  3.000
 KY1  HBC2  CB   CA    110.14  3.000
 KY1  HBC1  CB   CA    110.07  3.000
 KY1  C1    CB   CA    114.29  3.000
 KY1  N1    CG   CD2   123.41  3.000
 KY1  N1    CG   CD1   118.35  3.000
 KY1  CD2   CG   CD1   118.22  3.000
 KY1  HD1   CD1  CE1   120.01  3.000
 KY1  HD1   CD1  CG    118.47  3.000
 KY1  CE1   CD1  CG    121.51  3.000
 KY1  HE1   CE1  CZ    120.10  3.000
 KY1  HE1   CE1  CD1   119.24  3.000
 KY1  CZ    CE1  CD1   120.66  3.000
 KY1  HZ    CZ   CE2   120.59  3.000
 KY1  HZ    CZ   CE1   120.79  3.000
 KY1  CE2   CZ   CE1   118.62  3.000
 KY1  HE2   CE2  CD2   119.33  3.000
 KY1  HE2   CE2  CZ    118.06  3.000
 KY1  CD2   CE2  CZ    122.60  3.000
 KY1  C1    CD2  CE2   120.00  3.000
 KY1  C1    CD2  CG    121.62  3.000
 KY1  CE2   CD2  CG    118.38  3.000
 KY1  OXT   C    O     126.31  3.000
 KY1  OXT   C    CA    115.55  3.000
 KY1  O     C    CA    118.13  3.000
 KY1  O2    C1   CD2   121.45  3.000
 KY1  O2    C1   CB    120.02  3.000
 KY1  CD2   C1   CB    118.52  3.000
 KY1  H1N2  N1   H1N1  117.49  3.000
 KY1  H1N2  N1   CG    118.67  3.000
 KY1  H1N1  N1   CG    118.31  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 KY1  CONST_01  CZ    CE1  CD1  CG      0.00   0.0  0
 KY1  CONST_02  CZ    CE2  CD2  CG      0.00   0.0  0
 KY1  CONST_03  CE2   CD2  CG   CD1     0.00   0.0  0
 KY1  CONST_04  CE2   CZ   CE1  CD1     0.00   0.0  0
 KY1  CONST_05  CD2   CG   CD1  CE1     0.00   0.0  0
 KY1  CONST_06  CD2   CE2  CZ   CE1     0.00   0.0  0
 KY1  CONST_07  C1    CD2  CG   CD1   180.00   0.0  0
 KY1  CONST_08  N1    CG   CD1  CE1   180.00   0.0  0
 KY1  CONST_09  C1    CD2  CE2  CZ    180.00   0.0  0
 KY1  CONST_10  N1    CG   CD2  CE2   180.00   0.0  0
 KY1  CONST_11  HE1   CE1  CD1  CG    180.00   0.0  0
 KY1  CONST_12  HE2   CE2  CD2  CG    180.00   0.0  0
 KY1  CONST_13  HZ    CZ   CE1  CD1   180.00   0.0  0
 KY1  CONST_14  HD1   CD1  CE1  CZ    180.00   0.0  0
 KY1  CONST_15  H1N1  N1   CG   CD1     0.00   0.0  0
 KY1  CONST_16  H1N2  N1   CG   CD1   180.00   0.0  0
 KY1  Var_01    CG    CD2  C1   CB   -179.31  30.0  2
 KY1  Var_02    CD2   C1   CB   CA   -179.15  30.0  3
 KY1  Var_03    O     C    CA   CB      7.50  30.0  3
 KY1  Var_04    C1    CB   CA   C    -178.95  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 KY1  plan-1  CG    0.020
 KY1  plan-1  CD1   0.020
 KY1  plan-1  CE1   0.020
 KY1  plan-1  CZ    0.020
 KY1  plan-1  CE2   0.020
 KY1  plan-1  CD2   0.020
 KY1  plan-1  C1    0.020
 KY1  plan-1  HD1   0.020
 KY1  plan-1  HE1   0.020
 KY1  plan-1  HZ    0.020
 KY1  plan-1  HE2   0.020
 KY1  plan-1  N1    0.020
 KY1  plan-2  CG    0.020
 KY1  plan-2  H1N1  0.020
 KY1  plan-2  H1N2  0.020
 KY1  plan-2  N1    0.020
 KY1  plan-3  CB    0.020
 KY1  plan-3  CD2   0.020
 KY1  plan-3  C1    0.020
 KY1  plan-3  O2    0.020
 KY1  plan-4  CA    0.020
 KY1  plan-4  C     0.020
 KY1  plan-4  O     0.020
 KY1  plan-4  OXT   0.020

