# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue May 12 11:36:02 2020
#   Inital geometry file: a 131 line input string
#   Ligand name: 5-amino-N-{5-[(4R,5R)-4-amino-5-fluoroazepan-1-yl]-1-methyl-1H-pyrazol-4-yl}-2-(2,6-difluorophenyl)-1,3-thiazole-4-carboxamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Cn1ncc(NC(=O)c2nc(sc2N)c3c(F)cccc3F)c1N4CC[C@@H](N)[C@H](F)CC4
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 KUV  KUV  5-amino-N-{5-[(4R,5R)-4-amino-5-fluoroazepan-1-yl]-1-methyl-1H-pyrazol-4-yl}-2-(2,6-difluorophenyl)-1,3-thiazole-4-carboxamide  ligand  54  32  .  2022-07-25  2022-07-26
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_KUV
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 KUV  N2   N  NR5   0  -0.292   4.5727  -2.1866   0.0261
 KUV  C10  C  CR5   0   0.090  -1.2727  -1.9477  -0.0619
 KUV  C4   C  CR5   0   0.122   2.3953  -2.3631  -0.0616
 KUV  C1   C  CH3   0  -0.526   5.9195  -1.6841   0.1476
 KUV  C11  C  CR5   0   0.050  -2.5466  -2.4859   0.0220
 KUV  C13  C  CR5   0   0.053  -2.3871  -0.0382  -0.0794
 KUV  C15  C  CR6   0  -0.376  -2.6112   1.4034  -0.1559
 KUV  C16  C  CR6   0   0.557  -1.9486   2.1919  -1.0945
 KUV  C17  C  CR16  0  -0.422  -2.0852   3.5640  -1.1479
 KUV  C18  C  CR16  0  -0.226  -2.9343   4.1825  -0.2414
 KUV  C19  C  CR16  0  -0.416  -3.6328   3.4426   0.7020
 KUV  C20  C  CR6   0   0.559  -3.4561   2.0754   0.7215
 KUV  C25  C  CH2   0  -0.327   3.5687   0.6592   1.2340
 KUV  C26  C  CH2   0  -0.448   2.3226   1.3482   1.7825
 KUV  C27  C  CH1   0  -0.143   1.3989   2.0337   0.7668
 KUV  C29  C  CH1   0   0.227   2.1572   2.6724  -0.4003
 KUV  C3   C  CR5   0   0.491   3.4327  -1.4501  -0.0134
 KUV  C31  C  CH2   0  -0.499   2.5013   1.7013  -1.5191
 KUV  C32  C  CH2   0  -0.323   3.5943   0.6859  -1.2136
 KUV  C5   C  CR15  0  -0.101   3.0111  -3.6225  -0.0404
 KUV  C8   C  C     0   0.525  -0.0308  -2.7208  -0.0644
 KUV  F21  F  F     0  -0.295  -4.1125   1.3471   1.6312
 KUV  F22  F  F     0  -0.289  -1.1647   1.5911  -1.9901
 KUV  F33  F  F     0  -0.388   1.3209   3.6440  -0.9747
 KUV  N14  N  N     0  -0.386  -1.2282  -0.5864  -0.1184
 KUV  N23  N  NH2   0  -0.818  -2.9190  -3.7683   0.1408
 KUV  N24  N  NT    0  -0.512   3.3429  -0.0717  -0.0014
 KUV  N6   N  N     0  -0.283   4.3296  -3.4864   0.0183
 KUV  N7   N  NH1   0  -0.749   1.0756  -1.9519  -0.1163
 KUV  O9   O  O     0  -0.496  -0.0075  -3.9485  -0.0182
 KUV  S12  S  S2    0   0.233  -3.6977  -1.1932   0.0312
 KUV  H1   H  HCH3  0   0.257   6.1340  -1.3725   1.1695
 KUV  H2   H  HCH3  0   0.272   6.6077  -2.4753  -0.1343
 KUV  H3   H  HCH3  0   0.258   6.0690  -0.8371  -0.5178
 KUV  H4   H  HCR6  0   0.290  -1.5491   4.1338  -1.8940
 KUV  H5   H  HCR6  0   0.288  -3.0555   5.2564  -0.2715
 KUV  H6   H  HCR6  0   0.292  -4.2959   3.9177   1.4119
 KUV  H7   H  HCH2  0   0.231   4.3536   1.4039   1.0586
 KUV  H8   H  HCH2  0   0.258   3.9632  -0.0125   1.9984
 KUV  H9   H  HCH2  0   0.237   1.7214   0.6290   2.3455
 KUV  H10  H  HCH2  0   0.234   2.6550   2.1033   2.5011
 KUV  H28  H  HCH1  0   0.227   0.7341   1.2719   0.3336
 KUV  H30  H  HCH1  0   0.203   3.0455   3.2048  -0.0414
 KUV  H11  H  HCH2  0   0.231   1.5887   1.1714  -1.8079
 KUV  H12  H  HCH2  0   0.250   2.8258   2.2785  -2.3890
 KUV  H13  H  HCH2  0   0.260   3.6634  -0.0027  -2.0560
 KUV  H14  H  HCH2  0   0.224   4.5628   1.2001  -1.1468
 KUV  H15  H  HCR5  0   0.266   2.5641  -4.6021  -0.0681
 KUV  H16  H  HNH2  0   0.413  -2.2102  -4.4668  -0.0175
 KUV  H17  H  HNH2  0   0.412  -3.8686  -4.0423  -0.0451
 KUV  H18  H  HNH2  0   0.342  -0.1546   3.3501   0.9430
 KUV  H19  H  HNH2  0   0.348   0.2713   2.6481   2.3325
 KUV  H21  H  HNH1  0   0.415   0.9398  -0.9494  -0.1404
 KUV  N34  N  NH2   0  -0.802   0.6477   3.0563   1.4854

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 KUV  N23  C11  single    1.341  0.020  1.341
 KUV  O9   C8   double    1.229  0.020  1.229
 KUV  C11  C10  aromatic  1.386  0.020  1.386
 KUV  C11  S12  aromatic  1.731  0.020  1.731
 KUV  C5   N6   aromatic  1.327  0.020  1.327
 KUV  C5   C4   aromatic  1.402  0.020  1.402
 KUV  C8   C10  single    1.463  0.020  1.463
 KUV  C8   N7   single    1.348  0.020  1.348
 KUV  N6   N2   aromatic  1.322  0.020  1.322
 KUV  C10  N14  aromatic  1.363  0.020  1.363
 KUV  S12  C13  aromatic  1.750  0.020  1.750
 KUV  C4   N7   single    1.383  0.020  1.383
 KUV  C4   C3   aromatic  1.383  0.020  1.383
 KUV  N2   C3   aromatic  1.358  0.020  1.358
 KUV  N2   C1   single    1.443  0.020  1.443
 KUV  N14  C13  aromatic  1.283  0.020  1.283
 KUV  C13  C15  single    1.461  0.020  1.461
 KUV  C3   N24  single    1.381  0.020  1.381
 KUV  F21  C20  single    1.337  0.020  1.337
 KUV  N24  C25  single    1.453  0.020  1.453
 KUV  N24  C32  single    1.451  0.020  1.451
 KUV  C15  C20  aromatic  1.391  0.020  1.391
 KUV  C15  C16  aromatic  1.393  0.020  1.393
 KUV  C20  C19  aromatic  1.379  0.020  1.379
 KUV  C25  C26  single    1.526  0.020  1.526
 KUV  F22  C16  single    1.333  0.020  1.333
 KUV  C32  C31  single    1.523  0.020  1.523
 KUV  C16  C17  aromatic  1.380  0.020  1.380
 KUV  C31  C29  single    1.521  0.020  1.521
 KUV  C19  C18  aromatic  1.388  0.020  1.388
 KUV  C26  C27  single    1.535  0.020  1.535
 KUV  C27  C29  single    1.531  0.020  1.531
 KUV  C27  N34  single    1.458  0.020  1.458
 KUV  C17  C18  aromatic  1.387  0.020  1.387
 KUV  C29  F33  single    1.405  0.020  1.405
 KUV  C1   H1   single    0.970  0.020  1.090
 KUV  C1   H2   single    0.970  0.020  1.090
 KUV  C1   H3   single    0.970  0.020  1.090
 KUV  C17  H4   single    0.930  0.020  1.080
 KUV  C18  H5   single    0.930  0.020  1.080
 KUV  C19  H6   single    0.930  0.020  1.080
 KUV  C25  H7   single    0.970  0.020  1.090
 KUV  C25  H8   single    0.970  0.020  1.090
 KUV  C26  H9   single    0.970  0.020  1.090
 KUV  C26  H10  single    0.970  0.020  1.090
 KUV  C27  H28  single    0.970  0.020  1.090
 KUV  C29  H30  single    0.970  0.020  1.090
 KUV  C31  H11  single    0.970  0.020  1.090
 KUV  C31  H12  single    0.970  0.020  1.090
 KUV  C32  H13  single    0.970  0.020  1.090
 KUV  C32  H14  single    0.970  0.020  1.090
 KUV  C5   H15  single    0.930  0.020  1.080
 KUV  N23  H16  single    0.890  0.020  1.040
 KUV  N23  H17  single    0.890  0.020  1.040
 KUV  N34  H18  single    0.890  0.020  1.040
 KUV  N34  H19  single    0.890  0.020  1.040
 KUV  N7   H21  single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 KUV  N6   N2   C3   112.25  3.000
 KUV  C3   N2   C1   126.68  3.000
 KUV  N6   N2   C1   120.97  3.000
 KUV  N14  C10  C8   120.00  3.000
 KUV  N14  C10  C11  114.87  3.000
 KUV  C8   C10  C11  125.12  3.000
 KUV  N7   C4   C5   133.36  3.000
 KUV  N7   C4   C3   121.39  3.000
 KUV  C5   C4   C3   105.25  3.000
 KUV  H3   C1   H2   108.76  3.000
 KUV  H3   C1   H1   108.91  3.000
 KUV  H2   C1   H1   109.09  3.000
 KUV  H3   C1   N2   110.37  3.000
 KUV  H2   C1   N2   108.42  3.000
 KUV  H1   C1   N2   111.24  3.000
 KUV  S12  C11  N23  121.95  3.000
 KUV  S12  C11  C10  108.76  3.000
 KUV  N23  C11  C10  129.23  3.000
 KUV  S12  C13  N14  113.36  3.000
 KUV  N14  C13  C15  123.97  3.000
 KUV  S12  C13  C15  122.66  3.000
 KUV  C20  C15  C16  116.12  3.000
 KUV  C16  C15  C13  121.38  3.000
 KUV  C20  C15  C13  122.47  3.000
 KUV  F22  C16  C17  118.71  3.000
 KUV  C17  C16  C15  122.79  3.000
 KUV  F22  C16  C15  118.49  3.000
 KUV  H4   C17  C18  121.29  3.000
 KUV  H4   C17  C16  120.11  3.000
 KUV  C18  C17  C16  118.59  3.000
 KUV  H5   C18  C19  119.48  3.000
 KUV  H5   C18  C17  119.55  3.000
 KUV  C19  C18  C17  120.97  3.000
 KUV  H6   C19  C20  120.33  3.000
 KUV  H6   C19  C18  121.38  3.000
 KUV  C20  C19  C18  118.28  3.000
 KUV  F21  C20  C19  119.12  3.000
 KUV  C19  C20  C15  123.23  3.000
 KUV  F21  C20  C15  117.65  3.000
 KUV  H8   C25  H7   105.75  3.000
 KUV  H8   C25  N24  110.00  3.000
 KUV  H7   C25  N24  108.48  3.000
 KUV  H8   C25  C26  108.74  3.000
 KUV  H7   C25  C26  109.61  3.000
 KUV  N24  C25  C26  113.94  3.000
 KUV  H10  C26  H9   106.43  3.000
 KUV  H10  C26  C27  108.02  3.000
 KUV  H9   C26  C27  107.68  3.000
 KUV  H10  C26  C25  107.43  3.000
 KUV  H9   C26  C25  109.70  3.000
 KUV  C27  C26  C25  117.08  3.000
 KUV  H28  C27  N34  111.62  3.000
 KUV  H28  C27  C29  106.74  3.000
 KUV  N34  C27  C29  109.76  3.000
 KUV  H28  C27  C26  108.37  3.000
 KUV  N34  C27  C26  107.29  3.000
 KUV  C29  C27  C26  113.12  3.000
 KUV  H30  C29  F33  106.28  3.000
 KUV  H30  C29  C31  111.57  3.000
 KUV  F33  C29  C31  105.99  3.000
 KUV  H30  C29  C27  110.76  3.000
 KUV  F33  C29  C27  107.78  3.000
 KUV  C31  C29  C27  113.98  3.000
 KUV  N24  C3   C4   127.61  3.000
 KUV  N24  C3   N2   126.55  3.000
 KUV  C4   C3   N2   105.83  3.000
 KUV  H12  C31  H11  107.06  3.000
 KUV  H12  C31  C32  107.37  3.000
 KUV  H11  C31  C32  109.19  3.000
 KUV  H12  C31  C29  108.38  3.000
 KUV  H11  C31  C29  108.34  3.000
 KUV  C32  C31  C29  116.13  3.000
 KUV  H14  C32  H13  106.66  3.000
 KUV  H14  C32  N24  110.26  3.000
 KUV  H13  C32  N24  109.06  3.000
 KUV  H14  C32  C31  109.45  3.000
 KUV  H13  C32  C31  108.15  3.000
 KUV  N24  C32  C31  113.03  3.000
 KUV  H15  C5   N6   120.45  3.000
 KUV  H15  C5   C4   129.37  3.000
 KUV  N6   C5   C4   110.19  3.000
 KUV  O9   C8   N7   123.75  3.000
 KUV  N7   C8   C10  113.28  3.000
 KUV  O9   C8   C10  122.96  3.000
 KUV  C13  N14  C10  113.33  3.000
 KUV  H17  N23  H16  116.51  3.000
 KUV  H17  N23  C11  120.43  3.000
 KUV  H16  N23  C11  116.99  3.000
 KUV  C32  N24  C3   120.16  3.000
 KUV  C32  N24  C25  114.87  3.000
 KUV  C3   N24  C25  119.95  3.000
 KUV  C5   N6   N2   106.48  3.000
 KUV  H21  N7   C8   117.12  3.000
 KUV  H21  N7   C4   115.05  3.000
 KUV  C8   N7   C4   127.72  3.000
 KUV  C13  S12  C11   89.69  3.000
 KUV  H19  N34  H18  105.71  3.000
 KUV  H19  N34  C27  108.72  3.000
 KUV  H18  N34  C27  110.35  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 KUV  CONST_01  C4   C5   N6   N2     0.00   0.0  0
 KUV  CONST_02  C5   C4   C3   N2     0.00   0.0  0
 KUV  CONST_03  C13  S12  C11  C10    0.00   0.0  0
 KUV  CONST_04  S12  C13  N14  C10    0.00   0.0  0
 KUV  CONST_05  C15  C13  N14  C10  180.00   0.0  0
 KUV  CONST_06  N6   N2   C3   C4     0.00   0.0  0
 KUV  CONST_07  C13  N14  C10  C11    0.00   0.0  0
 KUV  CONST_08  N14  C13  S12  C11    0.00   0.0  0
 KUV  CONST_09  C15  C13  S12  C11  180.00   0.0  0
 KUV  CONST_10  C19  C20  C15  C13  180.00   0.0  0
 KUV  CONST_11  C17  C16  C15  C13  180.00   0.0  0
 KUV  CONST_12  C18  C19  C20  C15    0.00   0.0  0
 KUV  CONST_13  C18  C17  C16  C15    0.00   0.0  0
 KUV  CONST_16  C19  C20  C15  C16    0.00   0.0  0
 KUV  CONST_17  C19  C18  C17  C16    0.00   0.0  0
 KUV  CONST_18  C20  C15  C16  C17    0.00   0.0  0
 KUV  CONST_19  C20  C19  C18  C17    0.00   0.0  0
 KUV  CONST_22  N6   C5   C4   C3     0.00   0.0  0
 KUV  CONST_23  C5   N6   N2   C3     0.00   0.0  0
 KUV  CONST_24  S12  C11  C10  N14    0.00   0.0  0
 KUV  CONST_25  N24  C3   C4   C5   180.00   0.0  0
 KUV  CONST_26  N6   N2   C3   N24  180.00   0.0  0
 KUV  CONST_27  N7   C4   C3   N2   180.00   0.0  0
 KUV  CONST_28  C1   N2   C3   C4   180.00   0.0  0
 KUV  CONST_29  C5   N6   N2   C1   180.00   0.0  0
 KUV  CONST_30  N24  C3   N2   C1     0.00   0.0  0
 KUV  CONST_31  N23  C11  S12  C13  180.00   0.0  0
 KUV  CONST_32  C8   C10  N14  C13  180.00   0.0  0
 KUV  CONST_33  F21  C20  C15  C13    0.00   0.0  0
 KUV  CONST_34  F22  C16  C15  C13    0.00   0.0  0
 KUV  CONST_35  F21  C20  C15  C16  180.00   0.0  0
 KUV  CONST_36  F21  C20  C19  C18  180.00   0.0  0
 KUV  CONST_37  F22  C16  C17  C18  180.00   0.0  0
 KUV  CONST_38  F22  C16  C15  C20  180.00   0.0  0
 KUV  CONST_39  S12  C11  C10  C8   180.00   0.0  0
 KUV  CONST_40  N23  C11  C10  N14  180.00   0.0  0
 KUV  CONST_41  N7   C4   C3   N24    0.00   0.0  0
 KUV  CONST_42  N7   C4   C5   N6   180.00   0.0  0
 KUV  CONST_43  H15  C5   N6   N2   180.00   0.0  0
 KUV  CONST_44  H6   C19  C20  C15  180.00   0.0  0
 KUV  CONST_45  H4   C17  C16  C15  180.00   0.0  0
 KUV  CONST_46  H5   C18  C17  C16  180.00   0.0  0
 KUV  CONST_47  C4   N7   C8   C10  180.00   0.0  0
 KUV  CONST_48  C8   N7   C4   C3   180.00   0.0  0
 KUV  CONST_49  C8   N7   C4   C5     0.00   0.0  0
 KUV  CONST_50  H16  N23  C11  C10    0.00   0.0  0
 KUV  CONST_52  H21  N7   C4   C3     0.00   0.0  0
 KUV  CONST_53  O9   C8   N7   C4     0.00   0.0  0
 KUV  Var_01    O9   C8   C10  C11    1.54  30.0  1
 KUV  Var_02    H1   C1   N2   C3    76.15  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 KUV  chir_01  C27  C26  C29  N34  positiv
 KUV  chir_02  C29  F33  C31  C27  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 KUV  plan-1  C10  0.020
 KUV  plan-1  C11  0.020
 KUV  plan-1  C13  0.020
 KUV  plan-1  C15  0.020
 KUV  plan-1  C8   0.020
 KUV  plan-1  N14  0.020
 KUV  plan-1  N23  0.020
 KUV  plan-1  S12  0.020
 KUV  plan-2  N2   0.020
 KUV  plan-2  C4   0.020
 KUV  plan-2  C1   0.020
 KUV  plan-2  C3   0.020
 KUV  plan-2  C5   0.020
 KUV  plan-2  N24  0.020
 KUV  plan-2  N6   0.020
 KUV  plan-2  N7   0.020
 KUV  plan-2  H15  0.020
 KUV  plan-3  C13  0.020
 KUV  plan-3  C15  0.020
 KUV  plan-3  C16  0.020
 KUV  plan-3  C17  0.020
 KUV  plan-3  C18  0.020
 KUV  plan-3  C19  0.020
 KUV  plan-3  C20  0.020
 KUV  plan-3  F21  0.020
 KUV  plan-3  F22  0.020
 KUV  plan-3  H4   0.020
 KUV  plan-3  H5   0.020
 KUV  plan-3  H6   0.020
 KUV  plan-4  C10  0.020
 KUV  plan-4  C4   0.020
 KUV  plan-4  C8   0.020
 KUV  plan-4  N7   0.020
 KUV  plan-4  O9   0.020
 KUV  plan-4  H21  0.020
 KUV  plan-5  C11  0.020
 KUV  plan-5  N23  0.020
 KUV  plan-5  H16  0.020
 KUV  plan-5  H17  0.020

