# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Mar 18 19:20:09 2022
#   Inital geometry file: a 85 line input string
#   Ligand name: (2~{S},3~{R})-4-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R})-2,5-bis(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]oxybutane-1,2,3-triol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC[C@H](O)[C@H](O)CO[C@]1(CO)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 KTE  KTE  (2~{S},3~{R})-4-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R})-2,5-bis(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]oxybutane-1,2,3-triol  ligand  39  19  .  2022-03-22  2022-03-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_KTE
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 KTE  C01  C  CH2   0  -0.201  -11.3347  -11.0299  23.3498
 KTE  O01  O  OH1   0  -0.666  -13.7233  -11.2426  23.7157
 KTE  C02  C  CH1   0  -0.007  -12.5950  -10.4350  23.9551
 KTE  O02  O  OH1   0  -0.672  -11.0759  -12.2385  24.0392
 KTE  C03  C  CH1   0   0.004  -12.8958   -9.0042  23.5031
 KTE  O03  O  OH1   0  -0.672  -13.8699   -8.4139  24.3415
 KTE  C04  C  CH2   0  -0.166  -13.4624   -8.8387  22.0975
 KTE  O04  O  O2    0  -0.510  -12.4982   -9.2768  21.1643
 KTE  C05  C  CH2   0  -0.162  -14.3802  -12.1976  20.0706
 KTE  O05  O  O2    0  -0.505  -13.9370   -9.8945  19.4477
 KTE  C06  C  CT    0   0.450  -12.7789   -9.1882  19.7962
 KTE  C07  C  CH1   0  -0.015  -11.6509   -9.9643  19.0849
 KTE  O07  O  OH1   0  -0.655  -10.3638   -9.7944  19.5957
 KTE  C08  C  CH1   0  -0.038  -12.1235  -11.4025  19.2495
 KTE  O08  O  OH1   0  -0.659  -11.6597  -12.2954  18.2736
 KTE  C09  C  CH1   0   0.011  -13.6402  -11.2564  19.1488
 KTE  C10  C  CH2   0  -0.171  -12.9064   -7.7568  19.2827
 KTE  O09  O  OH1   0  -0.659  -14.1372   -7.1893  19.6575
 KTE  H1   H  HCH2  0   0.192  -10.5059  -10.3190  23.4639
 KTE  H2   H  HCH2  0   0.228  -11.4708  -11.2070  22.2813
 KTE  H3   H  HOH1  0   0.447  -13.4973  -12.1439  23.9694
 KTE  H4   H  HCH1  0   0.207  -12.4014  -10.3666  25.0409
 KTE  H5   H  HOH1  0   0.455  -10.4836  -12.7728  23.5033
 KTE  H6   H  HCH1  0   0.210  -11.9502   -8.4443  23.5563
 KTE  H7   H  HOH1  0   0.450  -13.5159   -8.3696  25.2350
 KTE  H8   H  HCH2  0   0.227  -13.6931   -7.7793  21.9652
 KTE  H9   H  HCH2  0   0.209  -14.3993   -9.3962  22.0005
 KTE  H10  H  HCH2  0   0.199  -14.0432  -13.2188  19.8434
 KTE  H11  H  HCH2  0   0.198  -14.0939  -11.9891  21.1095
 KTE  H12  H  HCH1  0   0.230  -11.6975   -9.7154  18.0145
 KTE  H13  H  HOH1  0   0.456  -10.0016   -8.9637  19.2720
 KTE  H14  H  HCH1  0   0.236  -11.8475  -11.7531  20.2544
 KTE  H15  H  HOH1  0   0.455  -10.7374  -12.4959  18.4611
 KTE  H16  H  HCH1  0   0.233  -13.9490  -11.4486  18.1133
 KTE  H17  H  HCH2  0   0.210  -12.0528   -7.1844  19.6679
 KTE  H18  H  HCH2  0   0.207  -12.8040   -7.7826  18.1896
 KTE  H19  H  HOH1  0   0.453  -16.2259  -12.5994  20.4999
 KTE  H20  H  HOH1  0   0.457  -14.1050   -6.2504  19.4520
 KTE  O06  O  OH1   0  -0.666  -15.7640  -12.0442  19.8656

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 KTE  O08  C08  single  1.402  0.020  1.402
 KTE  C09  C08  single  1.527  0.020  1.527
 KTE  C09  O05  single  1.426  0.020  1.426
 KTE  C09  C05  single  1.511  0.020  1.511
 KTE  C08  C07  single  1.523  0.020  1.523
 KTE  O06  C05  single  1.407  0.020  1.407
 KTE  C07  O07  single  1.395  0.020  1.395
 KTE  C07  C06  single  1.543  0.020  1.543
 KTE  O05  C06  single  1.400  0.020  1.400
 KTE  C10  C06  single  1.526  0.020  1.526
 KTE  C10  O09  single  1.406  0.020  1.406
 KTE  C06  O04  single  1.399  0.020  1.399
 KTE  O04  C04  single  1.412  0.020  1.412
 KTE  C04  C03  single  1.525  0.020  1.525
 KTE  C03  O03  single  1.414  0.020  1.414
 KTE  C03  C02  single  1.530  0.020  1.530
 KTE  C01  O02  single  1.415  0.020  1.415
 KTE  C01  C02  single  1.519  0.020  1.519
 KTE  C02  O01  single  1.408  0.020  1.408
 KTE  C01  H1   single  0.970  0.020  1.090
 KTE  C01  H2   single  0.970  0.020  1.090
 KTE  O01  H3   single  0.850  0.020  0.980
 KTE  C02  H4   single  0.970  0.020  1.090
 KTE  O02  H5   single  0.850  0.020  0.980
 KTE  C03  H6   single  0.970  0.020  1.090
 KTE  O03  H7   single  0.850  0.020  0.980
 KTE  C04  H8   single  0.970  0.020  1.090
 KTE  C04  H9   single  0.970  0.020  1.090
 KTE  C05  H10  single  0.970  0.020  1.090
 KTE  C05  H11  single  0.970  0.020  1.090
 KTE  C07  H12  single  0.970  0.020  1.090
 KTE  O07  H13  single  0.850  0.020  0.980
 KTE  C08  H14  single  0.970  0.020  1.090
 KTE  O08  H15  single  0.850  0.020  0.980
 KTE  C09  H16  single  0.970  0.020  1.090
 KTE  C10  H17  single  0.970  0.020  1.090
 KTE  C10  H18  single  0.970  0.020  1.090
 KTE  O06  H19  single  0.850  0.020  0.980
 KTE  O09  H20  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 KTE  H2   C01  H1   107.51  3.000
 KTE  H2   C01  O02  111.16  3.000
 KTE  H1   C01  O02  111.37  3.000
 KTE  H2   C01  C02  110.49  3.000
 KTE  H1   C01  C02  109.35  3.000
 KTE  O02  C01  C02  106.98  3.000
 KTE  H3   O01  C02  107.69  3.000
 KTE  H4   C02  C03  105.47  3.000
 KTE  H4   C02  O01  110.06  3.000
 KTE  C03  C02  O01  109.18  3.000
 KTE  H4   C02  C01  105.68  3.000
 KTE  O01  C02  C01  111.86  3.000
 KTE  C03  C02  C01  114.29  3.000
 KTE  H5   O02  C01  108.42  3.000
 KTE  H6   C03  C04  107.99  3.000
 KTE  H6   C03  O03  110.54  3.000
 KTE  C04  C03  O03  104.19  3.000
 KTE  H6   C03  C02  107.02  3.000
 KTE  O03  C03  C02  110.52  3.000
 KTE  C04  C03  C02  116.54  3.000
 KTE  H7   O03  C03  108.44  3.000
 KTE  H9   C04  H8   107.61  3.000
 KTE  H9   C04  O04  111.60  3.000
 KTE  H8   C04  O04  111.42  3.000
 KTE  H9   C04  C03  110.16  3.000
 KTE  H8   C04  C03  107.18  3.000
 KTE  O04  C04  C03  108.78  3.000
 KTE  C06  O04  C04  119.32  3.000
 KTE  H11  C05  H10  106.99  3.000
 KTE  H11  C05  O06  111.94  3.000
 KTE  H10  C05  O06  111.88  3.000
 KTE  H11  C05  C09  109.35  3.000
 KTE  H10  C05  C09  107.61  3.000
 KTE  O06  C05  C09  108.95  3.000
 KTE  C09  O05  C06  111.21  3.000
 KTE  C10  C06  C07  112.20  3.000
 KTE  C10  C06  O05  108.68  3.000
 KTE  C07  C06  O05  103.66  3.000
 KTE  C10  C06  O04  113.90  3.000
 KTE  O05  C06  O04  112.16  3.000
 KTE  C07  C06  O04  105.80  3.000
 KTE  H12  C07  C08  107.80  3.000
 KTE  H12  C07  O07  111.58  3.000
 KTE  C08  C07  O07  111.20  3.000
 KTE  H12  C07  C06  107.69  3.000
 KTE  O07  C07  C06  116.39  3.000
 KTE  C08  C07  C06  101.44  3.000
 KTE  H13  O07  C07  109.21  3.000
 KTE  H14  C08  C09  109.88  3.000
 KTE  H14  C08  O08  110.50  3.000
 KTE  C09  C08  O08  110.10  3.000
 KTE  H14  C08  C07  108.79  3.000
 KTE  C09  C08  C07  102.16  3.000
 KTE  O08  C08  C07  115.07  3.000
 KTE  H15  O08  C08  108.31  3.000
 KTE  H16  C09  C08  108.96  3.000
 KTE  H16  C09  O05  107.85  3.000
 KTE  C08  C09  O05  106.52  3.000
 KTE  H16  C09  C05  109.19  3.000
 KTE  O05  C09  C05  111.42  3.000
 KTE  C08  C09  C05  112.74  3.000
 KTE  H18  C10  H17  106.80  3.000
 KTE  H18  C10  O09  110.88  3.000
 KTE  H17  C10  O09  112.13  3.000
 KTE  H18  C10  C06  107.76  3.000
 KTE  H17  C10  C06  107.82  3.000
 KTE  O09  C10  C06  111.22  3.000
 KTE  H20  O09  C10  107.93  3.000
 KTE  H19  O06  C05  108.27  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 KTE  Var_01  H8  C04  O04  C06  -60.39  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 KTE  chir_01  C02  C03  C01  O01  positiv
 KTE  chir_02  C03  O03  C02  C04  negativ
 KTE  chir_03  C06  O05  C10  C07  positiv
 KTE  chir_04  C07  O07  C06  C08  positiv
 KTE  chir_05  C08  O08  C09  C07  positiv
 KTE  chir_06  C09  O05  C08  C05  negativ

