# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon May 11 21:54:29 2020
#   Inital geometry file: a 92 line input string
#   Ligand name: 1-beta-D-glucopyranosyl-4-phenyl-1H-1,2,3-triazole
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC[C@H]1O[C@H]([C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O)n2cc(nn2)c3ccccc3
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 KOT  KOT  1-beta-D-glucopyranosyl-4-phenyl-1H-1,2,3-triazole  D-saccharide  39  22  .  2023-02-15  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_KOT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 KOT  C14  C  CR16  0  -0.289   4.6666   0.0926  -1.0333
 KOT  C13  C  CR16  0  -0.238   6.0315  -0.0407  -0.8294
 KOT  C12  C  CR16  0  -0.266   6.5263  -0.3463   0.4318
 KOT  C11  C  CR16  0  -0.235   5.6425  -0.5204   1.4891
 KOT  C10  C  CR16  0  -0.335   4.2773  -0.3893   1.2875
 KOT  C9   C  CR6   0   0.062   3.7720  -0.0793   0.0242
 KOT  C8   C  CR5   0   0.154   2.3346   0.0644  -0.1920
 KOT  C7   C  CR15  0  -0.067   1.2932  -0.0059   0.7018
 KOT  N3   N  N     0  -0.311   1.8006   0.3138  -1.4134
 KOT  N2   N  N     0  -0.086   0.5246   0.3987  -1.3174
 KOT  N1   N  NR5   0  -0.313   0.2009   0.2092  -0.0492
 KOT  C1   C  CH1   0   0.228  -1.1778   0.2323   0.3725
 KOT  O5   O  O2    0  -0.482  -1.7870  -0.9095  -0.1455
 KOT  C5   C  CH1   0  -0.024  -3.1295  -1.0768   0.2813
 KOT  C6   C  CH2   0  -0.156  -3.6217  -2.3955  -0.2730
 KOT  O6   O  OH1   0  -0.669  -2.8606  -3.4346   0.2927
 KOT  C4   C  CH1   0   0.036  -3.9709   0.1055  -0.2011
 KOT  O4   O  OH1   0  -0.671  -5.2784  -0.0636   0.2828
 KOT  C3   C  CH1   0  -0.017  -3.3529   1.4040   0.3062
 KOT  O3   O  OH1   0  -0.672  -4.1031   2.4737  -0.2199
 KOT  C2   C  CH1   0  -0.019  -1.8861   1.4961  -0.1063
 KOT  O2   O  OH1   0  -0.668  -1.2442   2.5964   0.4842
 KOT  H14  H  HCR6  0   0.256   4.2931   0.3342  -2.0195
 KOT  H13  H  HCR6  0   0.259   6.7117   0.0968  -1.6599
 KOT  H12  H  HCR6  0   0.259   7.5920  -0.4479   0.5898
 KOT  H11  H  HCR6  0   0.260   6.0161  -0.7621   2.4755
 KOT  H10  H  HCR6  0   0.249   3.6044  -0.5316   2.1240
 KOT  H7   H  HCR5  0   0.317   1.2396  -0.1798   1.7629
 KOT  H1   H  HCH1  0   0.259  -1.1652   0.2151   1.4713
 KOT  H5   H  HCH1  0   0.234  -3.1686  -1.1125   1.3819
 KOT  H6   H  HCH2  0   0.217  -4.6853  -2.4916  -0.0325
 KOT  H6A  H  HCH2  0   0.200  -3.5384  -2.3751  -1.3685
 KOT  HO6  H  HOH1  0   0.458  -3.2203  -4.2702  -0.0179
 KOT  H4   H  HCH1  0   0.217  -3.9523   0.1155  -1.3030
 KOT  HO4  H  HOH1  0   0.455  -5.8020   0.6917  -0.0052
 KOT  H3   H  HCH1  0   0.225  -3.4044   1.3974   1.4058
 KOT  HO3  H  HOH1  0   0.461  -3.9928   3.2402   0.3503
 KOT  H2   H  HCH1  0   0.248  -1.8266   1.5356  -1.2011
 KOT  HO2  H  HOH1  0   0.465  -1.3127   3.3505  -0.1076

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 KOT  C14  C9   aromatic  1.396  0.020  1.396
 KOT  C14  C13  aromatic  1.386  0.020  1.386
 KOT  C14  H14  single    0.930  0.020  1.080
 KOT  C13  C12  aromatic  1.389  0.020  1.389
 KOT  C13  H13  single    0.930  0.020  1.080
 KOT  C12  C11  aromatic  1.389  0.020  1.389
 KOT  C12  H12  single    0.930  0.020  1.080
 KOT  C10  C11  aromatic  1.386  0.020  1.386
 KOT  C11  H11  single    0.930  0.020  1.080
 KOT  C9   C10  aromatic  1.395  0.020  1.395
 KOT  C10  H10  single    0.930  0.020  1.080
 KOT  C8   C9   single    1.461  0.020  1.461
 KOT  C7   C8   aromatic  1.374  0.020  1.374
 KOT  C8   N3   aromatic  1.356  0.020  1.356
 KOT  N1   C7   aromatic  1.343  0.020  1.343
 KOT  C7   H7   single    0.930  0.020  1.080
 KOT  N2   N3   aromatic  1.282  0.020  1.282
 KOT  N1   N2   aromatic  1.322  0.020  1.322
 KOT  C1   N1   single    1.442  0.020  1.442
 KOT  C2   C1   single    1.526  0.020  1.526
 KOT  C1   O5   single    1.394  0.020  1.394
 KOT  C1   H1   single    0.970  0.020  1.090
 KOT  C5   O5   single    1.419  0.020  1.419
 KOT  C4   C5   single    1.529  0.020  1.529
 KOT  C5   C6   single    1.513  0.020  1.513
 KOT  C5   H5   single    0.970  0.020  1.090
 KOT  O6   C6   single    1.407  0.020  1.407
 KOT  C6   H6   single    0.970  0.020  1.090
 KOT  C6   H6A  single    0.970  0.020  1.090
 KOT  O6   HO6  single    0.850  0.020  0.980
 KOT  O4   C4   single    1.404  0.020  1.404
 KOT  C3   C4   single    1.525  0.020  1.525
 KOT  C4   H4   single    0.970  0.020  1.090
 KOT  O4   HO4  single    0.850  0.020  0.980
 KOT  O3   C3   single    1.408  0.020  1.408
 KOT  C3   C2   single    1.527  0.020  1.527
 KOT  C3   H3   single    0.970  0.020  1.090
 KOT  O3   HO3  single    0.850  0.020  0.980
 KOT  O2   C2   single    1.404  0.020  1.404
 KOT  C2   H2   single    0.970  0.020  1.090
 KOT  O2   HO2  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 KOT  H14  C14  C9   119.80  3.000
 KOT  H14  C14  C13  119.69  3.000
 KOT  C9   C14  C13  120.51  3.000
 KOT  H13  C13  C12  120.05  3.000
 KOT  H13  C13  C14  119.59  3.000
 KOT  C12  C13  C14  120.36  3.000
 KOT  H12  C12  C11  120.25  3.000
 KOT  H12  C12  C13  120.28  3.000
 KOT  C11  C12  C13  119.48  3.000
 KOT  H11  C11  C10  119.59  3.000
 KOT  H11  C11  C12  120.14  3.000
 KOT  C10  C11  C12  120.27  3.000
 KOT  H10  C10  C9   120.23  3.000
 KOT  H10  C10  C11  119.15  3.000
 KOT  C9   C10  C11  120.62  3.000
 KOT  C8   C9   C10  120.81  3.000
 KOT  C8   C9   C14  120.43  3.000
 KOT  C10  C9   C14  118.76  3.000
 KOT  N3   C8   C7   107.26  3.000
 KOT  N3   C8   C9   122.61  3.000
 KOT  C7   C8   C9   130.12  3.000
 KOT  H7   C7   N1   122.45  3.000
 KOT  H7   C7   C8   133.40  3.000
 KOT  N1   C7   C8   104.15  3.000
 KOT  N2   N3   C8   109.67  3.000
 KOT  N1   N2   N3   107.81  3.000
 KOT  C1   N1   N2   120.81  3.000
 KOT  C1   N1   C7   128.07  3.000
 KOT  N2   N1   C7   111.11  3.000
 KOT  H1   C1   C2   109.39  3.000
 KOT  H1   C1   O5   111.33  3.000
 KOT  C2   C1   O5   111.03  3.000
 KOT  H1   C1   N1   106.34  3.000
 KOT  O5   C1   N1   107.22  3.000
 KOT  C2   C1   N1   111.43  3.000
 KOT  C5   O5   C1   113.48  3.000
 KOT  H5   C5   C4   108.70  3.000
 KOT  H5   C5   C6   109.04  3.000
 KOT  C4   C5   C6   112.29  3.000
 KOT  H5   C5   O5   109.75  3.000
 KOT  C6   C5   O5   107.49  3.000
 KOT  C4   C5   O5   109.55  3.000
 KOT  H6A  C6   H6   107.12  3.000
 KOT  H6A  C6   O6   111.94  3.000
 KOT  H6   C6   O6   111.87  3.000
 KOT  H6A  C6   C5   108.93  3.000
 KOT  H6   C6   C5   108.19  3.000
 KOT  O6   C6   C5   108.69  3.000
 KOT  HO6  O6   C6   108.03  3.000
 KOT  H4   C4   C3   108.55  3.000
 KOT  H4   C4   O4   111.18  3.000
 KOT  C3   C4   O4   111.42  3.000
 KOT  H4   C4   C5   108.25  3.000
 KOT  C3   C4   C5   109.29  3.000
 KOT  O4   C4   C5   108.08  3.000
 KOT  HO4  O4   C4   107.97  3.000
 KOT  H3   C3   C2   108.37  3.000
 KOT  H3   C3   O3   110.65  3.000
 KOT  C2   C3   O3   111.41  3.000
 KOT  H3   C3   C4   107.96  3.000
 KOT  C2   C3   C4   110.54  3.000
 KOT  O3   C3   C4   107.86  3.000
 KOT  HO3  O3   C3   108.84  3.000
 KOT  H2   C2   O2   111.51  3.000
 KOT  H2   C2   C3   108.90  3.000
 KOT  O2   C2   C3   111.90  3.000
 KOT  H2   C2   C1   108.53  3.000
 KOT  O2   C2   C1   107.75  3.000
 KOT  C3   C2   C1   108.14  3.000
 KOT  HO2  O2   C2   108.87  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 KOT  CONST_01  C11  C10  C9   C14    0.00  0.0  0
 KOT  CONST_02  C7   C8   C9   C14  180.00  0.0  0
 KOT  CONST_03  N3   C8   C9   C14    0.00  0.0  0
 KOT  CONST_04  C11  C12  C13  C14    0.00  0.0  0
 KOT  CONST_05  C10  C9   C14  C13    0.00  0.0  0
 KOT  CONST_06  C8   C9   C14  C13  180.00  0.0  0
 KOT  CONST_07  C10  C11  C12  C13    0.00  0.0  0
 KOT  CONST_08  C9   C14  C13  C12    0.00  0.0  0
 KOT  CONST_09  C9   C10  C11  C12    0.00  0.0  0
 KOT  CONST_10  C8   C9   C10  C11  180.00  0.0  0
 KOT  CONST_11  C7   C8   C9   C10    0.00  0.0  0
 KOT  CONST_12  N3   C8   C9   C10  180.00  0.0  0
 KOT  CONST_13  N1   C7   C8   C9   180.00  0.0  0
 KOT  CONST_14  N2   N3   C8   C9   180.00  0.0  0
 KOT  CONST_15  N2   N1   C7   C8     0.00  0.0  0
 KOT  CONST_16  N1   N2   N3   C8     0.00  0.0  0
 KOT  CONST_17  N2   N3   C8   C7     0.00  0.0  0
 KOT  CONST_18  N3   N2   N1   C7     0.00  0.0  0
 KOT  CONST_19  N1   C7   C8   N3     0.00  0.0  0
 KOT  CONST_20  C1   N1   C7   C8   180.00  0.0  0
 KOT  CONST_21  C1   N1   N2   N3   180.00  0.0  0
 KOT  CONST_22  H10  C10  C9   C14  180.00  0.0  0
 KOT  CONST_23  H12  C12  C13  C14  180.00  0.0  0
 KOT  CONST_24  H11  C11  C12  C13  180.00  0.0  0
 KOT  CONST_25  H14  C14  C13  C12  180.00  0.0  0
 KOT  CONST_26  H13  C13  C12  C11  180.00  0.0  0
 KOT  CONST_27  H7   C7   C8   C9     0.00  0.0  0

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 KOT  chir_01  C1  N1  C2  O5  negativ
 KOT  chir_02  C5  O5  C6  C4  positiv
 KOT  chir_03  C4  O4  C5  C3  positiv
 KOT  chir_04  C3  O3  C2  C4  positiv
 KOT  chir_05  C2  O2  C3  C1  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 KOT  plan-1  C9   0.020
 KOT  plan-1  C8   0.020
 KOT  plan-1  C7   0.020
 KOT  plan-1  N3   0.020
 KOT  plan-1  N2   0.020
 KOT  plan-1  N1   0.020
 KOT  plan-1  C1   0.020
 KOT  plan-1  H7   0.020
 KOT  plan-2  C14  0.020
 KOT  plan-2  C13  0.020
 KOT  plan-2  C12  0.020
 KOT  plan-2  C11  0.020
 KOT  plan-2  C10  0.020
 KOT  plan-2  C9   0.020
 KOT  plan-2  C8   0.020
 KOT  plan-2  H14  0.020
 KOT  plan-2  H13  0.020
 KOT  plan-2  H12  0.020
 KOT  plan-2  H11  0.020
 KOT  plan-2  H10  0.020

