# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon May 11 13:38:36 2020
#   Inital geometry file: a 96 line input string
#   Ligand name: 5-[(3-nitrobenzyl)oxy]benzene-1,3-dicarboxylic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)c1cc(OCc2cccc(c2)[N+]([O-])=O)cc(c1)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 KIU  KIU  '5-[(3-nitrobenzyl)oxy]benzene-1,3-dicarboxylic acid'  ligand  34  23  .  2021-08-12  2021-08-12  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_KIU
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 KIU  OAA  O  O      0  -0.432   3.4161  -3.5414  -0.1239
 KIU  CAP  C  C      0   0.551   3.9500  -2.4728   0.0463
 KIU  OAC  O  OH1    0  -0.591   5.2430  -2.3309   0.2879
 KIU  CAT  C  CR6    0  -0.051   3.2223  -1.1754   0.0107
 KIU  CAJ  C  CR16   0  -0.350   1.8556  -1.2114  -0.2163
 KIU  CAM  C  CR16   0  -0.316   3.8742   0.0417   0.2004
 KIU  CAU  C  CR6    0  -0.040   3.1359   1.2151   0.1560
 KIU  CAQ  C  C      0   0.549   3.7687   2.5478   0.3479
 KIU  OAD  O  O      0  -0.433   3.1649   3.5898   0.2690
 KIU  OAB  O  OH1    0  -0.591   5.0622   2.4718   0.6162
 KIU  CAK  C  CR16   0  -0.392   1.7607   1.1860  -0.0728
 KIU  CAS  C  CR6    0   0.442   1.1173  -0.0306  -0.2566
 KIU  OAO  O  O2     0  -0.464  -0.2018  -0.1682  -0.4775
 KIU  CAN  C  CH2    0  -0.276  -1.0091   1.0005  -0.5284
 KIU  CAR  C  CR6    0   0.105  -2.4160   0.5459  -0.7712
 KIU  CAL  C  CR16   0  -0.310  -3.2541   0.2804   0.3017
 KIU  CAH  C  CR16   0  -0.263  -2.8823   0.3494  -2.0674
 KIU  CAG  C  CR16   0  -0.237  -4.1739  -0.1029  -2.2944
 KIU  CAI  C  CR16   0  -0.270  -5.0186  -0.3695  -1.2298
 KIU  CAV  C  CR6    0   0.271  -4.5419  -0.1718   0.0576
 KIU  NAW  N  N      1   0.329  -5.4191  -0.4453   1.1877
 KIU  OAF  O  O     -1  -0.376  -4.9927  -0.2442   2.3000
 KIU  OAE  O  O      0  -0.375  -6.5294  -0.8607   0.9557
 KIU  H1   H  HOH1   0   0.491   5.6746  -3.1982   0.3140
 KIU  H2   H  HCR6   0   0.284   1.3487  -2.1563  -0.3645
 KIU  H3   H  HCR6   0   0.277   4.9390   0.0707   0.3756
 KIU  H4   H  HOH1   0   0.491   5.4288   3.3602   0.7387
 KIU  H5   H  HCR6   0   0.302   1.2143   2.1189  -0.0996
 KIU  H6   H  HCH2   0   0.257  -0.9423   1.5552   0.4131
 KIU  H7   H  HCH2   0   0.257  -0.6765   1.6614  -1.3350
 KIU  H8   H  HCR6   0   0.297  -2.9004   0.4332   1.3120
 KIU  H9   H  HCR6   0   0.277  -2.2332   0.5572  -2.9090
 KIU  H10  H  HCR6   0   0.283  -4.5283  -0.2475  -3.3052
 KIU  H11  H  HCR6   0   0.302  -6.0246  -0.7186  -1.4102

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 KIU  OAA  CAP  double    1.207  0.020  1.207
 KIU  CAP  OAC  single    1.323  0.020  1.323
 KIU  CAP  CAT  single    1.488  0.020  1.488
 KIU  CAT  CAJ  aromatic  1.386  0.020  1.386
 KIU  CAT  CAM  aromatic  1.394  0.020  1.394
 KIU  CAJ  CAS  aromatic  1.393  0.020  1.393
 KIU  CAM  CAU  aromatic  1.387  0.020  1.387
 KIU  CAU  CAQ  single    1.488  0.020  1.488
 KIU  CAU  CAK  aromatic  1.394  0.020  1.394
 KIU  CAQ  OAD  double    1.207  0.020  1.207
 KIU  CAQ  OAB  single    1.323  0.020  1.323
 KIU  CAK  CAS  aromatic  1.388  0.020  1.388
 KIU  CAS  OAO  single    1.345  0.020  1.345
 KIU  OAO  CAN  single    1.421  0.020  1.421
 KIU  CAN  CAR  single    1.498  0.020  1.498
 KIU  CAR  CAL  aromatic  1.387  0.020  1.387
 KIU  CAR  CAH  aromatic  1.391  0.020  1.391
 KIU  CAL  CAV  aromatic  1.387  0.020  1.387
 KIU  CAH  CAG  aromatic  1.387  0.020  1.387
 KIU  CAG  CAI  aromatic  1.385  0.020  1.385
 KIU  CAI  CAV  aromatic  1.387  0.020  1.387
 KIU  CAV  NAW  single    1.456  0.020  1.456
 KIU  NAW  OAF  single    1.208  0.020  1.208
 KIU  NAW  OAE  double    1.208  0.020  1.208
 KIU  OAC  H1   single    0.850  0.020  0.980
 KIU  CAJ  H2   single    0.930  0.020  1.080
 KIU  CAM  H3   single    0.930  0.020  1.080
 KIU  OAB  H4   single    0.850  0.020  0.980
 KIU  CAK  H5   single    0.930  0.020  1.080
 KIU  CAN  H6   single    0.970  0.020  1.090
 KIU  CAN  H7   single    0.970  0.020  1.090
 KIU  CAL  H8   single    0.930  0.020  1.080
 KIU  CAH  H9   single    0.930  0.020  1.080
 KIU  CAG  H10  single    0.930  0.020  1.080
 KIU  CAI  H11  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 KIU  CAT  CAP  OAC  112.88  3.000
 KIU  CAT  CAP  OAA  123.53  3.000
 KIU  OAC  CAP  OAA  123.59  3.000
 KIU  H1   OAC  CAP  110.13  3.000
 KIU  CAM  CAT  CAJ  120.42  3.000
 KIU  CAM  CAT  CAP  121.97  3.000
 KIU  CAJ  CAT  CAP  117.62  3.000
 KIU  H2   CAJ  CAS  119.19  3.000
 KIU  H2   CAJ  CAT  120.46  3.000
 KIU  CAS  CAJ  CAT  120.35  3.000
 KIU  H3   CAM  CAU  120.49  3.000
 KIU  H3   CAM  CAT  120.47  3.000
 KIU  CAU  CAM  CAT  119.04  3.000
 KIU  CAK  CAU  CAQ  117.34  3.000
 KIU  CAK  CAU  CAM  120.83  3.000
 KIU  CAQ  CAU  CAM  121.82  3.000
 KIU  OAB  CAQ  OAD  123.50  3.000
 KIU  OAB  CAQ  CAU  112.98  3.000
 KIU  OAD  CAQ  CAU  123.52  3.000
 KIU  H4   OAB  CAQ  110.05  3.000
 KIU  H5   CAK  CAS  121.23  3.000
 KIU  H5   CAK  CAU  118.97  3.000
 KIU  CAS  CAK  CAU  119.80  3.000
 KIU  OAO  CAS  CAK  124.47  3.000
 KIU  OAO  CAS  CAJ  115.97  3.000
 KIU  CAK  CAS  CAJ  119.56  3.000
 KIU  CAN  OAO  CAS  118.62  3.000
 KIU  H7   CAN  H6   108.02  3.000
 KIU  H7   CAN  CAR  110.44  3.000
 KIU  H6   CAN  CAR  110.51  3.000
 KIU  H7   CAN  OAO  110.50  3.000
 KIU  H6   CAN  OAO  110.56  3.000
 KIU  CAR  CAN  OAO  106.84  3.000
 KIU  CAH  CAR  CAL  119.40  3.000
 KIU  CAH  CAR  CAN  120.57  3.000
 KIU  CAL  CAR  CAN  120.00  3.000
 KIU  H8   CAL  CAV  120.96  3.000
 KIU  H8   CAL  CAR  119.87  3.000
 KIU  CAV  CAL  CAR  119.17  3.000
 KIU  H9   CAH  CAG  119.57  3.000
 KIU  H9   CAH  CAR  119.73  3.000
 KIU  CAG  CAH  CAR  120.70  3.000
 KIU  H10  CAG  CAI  119.55  3.000
 KIU  H10  CAG  CAH  120.13  3.000
 KIU  CAI  CAG  CAH  120.32  3.000
 KIU  H11  CAI  CAV  121.42  3.000
 KIU  H11  CAI  CAG  120.13  3.000
 KIU  CAV  CAI  CAG  118.46  3.000
 KIU  NAW  CAV  CAI  119.11  3.000
 KIU  NAW  CAV  CAL  118.95  3.000
 KIU  CAI  CAV  CAL  121.94  3.000
 KIU  OAE  NAW  OAF  123.95  3.000
 KIU  OAE  NAW  CAV  117.98  3.000
 KIU  OAF  NAW  CAV  118.07  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 KIU  CONST_01  CAK  CAS  CAJ  CAT     0.00   0.0  0
 KIU  CONST_02  CAK  CAU  CAM  CAT     0.00   0.0  0
 KIU  CONST_03  CAU  CAM  CAT  CAJ     0.00   0.0  0
 KIU  CONST_04  CAU  CAK  CAS  CAJ     0.00   0.0  0
 KIU  CONST_05  CAS  CAJ  CAT  CAM     0.00   0.0  0
 KIU  CONST_06  CAS  CAK  CAU  CAM     0.00   0.0  0
 KIU  CONST_07  CAI  CAV  CAL  CAR     0.00   0.0  0
 KIU  CONST_08  CAI  CAG  CAH  CAR     0.00   0.0  0
 KIU  CONST_09  CAG  CAH  CAR  CAL     0.00   0.0  0
 KIU  CONST_10  CAG  CAI  CAV  CAL     0.00   0.0  0
 KIU  CONST_11  CAV  CAL  CAR  CAH     0.00   0.0  0
 KIU  CONST_12  CAV  CAI  CAG  CAH     0.00   0.0  0
 KIU  CONST_13  CAS  CAJ  CAT  CAP   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_14  CAU  CAM  CAT  CAP   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_15  OAO  CAS  CAJ  CAT   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_16  CAQ  CAU  CAM  CAT   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_17  OAO  CAS  CAK  CAU   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_18  CAS  CAK  CAU  CAQ   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_19  CAV  CAL  CAR  CAN   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_20  CAG  CAH  CAR  CAN   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_21  NAW  CAV  CAL  CAR   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_22  NAW  CAV  CAI  CAG   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_23  H3   CAM  CAT  CAJ   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_24  H5   CAK  CAS  CAJ   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_25  H2   CAJ  CAT  CAM   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_26  H10  CAG  CAH  CAR   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_27  H9   CAH  CAR  CAL   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_28  H11  CAI  CAV  CAL   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_29  H8   CAL  CAR  CAH   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_30  OAF  NAW  CAV  CAL     0.00   0.0  0
 KIU  CONST_31  OAE  NAW  CAV  CAL   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_32  OAF  NAW  CAV  CAI   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_33  OAE  NAW  CAV  CAI     0.00   0.0  0
 KIU  CONST_34  H1   OAC  CAP  CAT   180.00   0.0  0
 KIU  CONST_35  H4   OAB  CAQ  CAU   180.00   0.0  0
 KIU  Var_01    CAJ  CAT  CAP  OAA     0.74  30.0  2
 KIU  Var_02    OAD  CAQ  CAU  CAM   177.31  30.0  2
 KIU  Var_03    CAR  CAN  OAO  CAS  -179.47  30.0  3
 KIU  Var_04    CAL  CAR  CAN  OAO    90.92  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 KIU  plan-1  CAP  0.020
 KIU  plan-1  CAT  0.020
 KIU  plan-1  CAJ  0.020
 KIU  plan-1  CAM  0.020
 KIU  plan-1  CAU  0.020
 KIU  plan-1  CAQ  0.020
 KIU  plan-1  CAK  0.020
 KIU  plan-1  CAS  0.020
 KIU  plan-1  OAO  0.020
 KIU  plan-1  H2   0.020
 KIU  plan-1  H3   0.020
 KIU  plan-1  H5   0.020
 KIU  plan-2  CAN  0.020
 KIU  plan-2  CAR  0.020
 KIU  plan-2  CAL  0.020
 KIU  plan-2  CAH  0.020
 KIU  plan-2  CAG  0.020
 KIU  plan-2  CAI  0.020
 KIU  plan-2  CAV  0.020
 KIU  plan-2  NAW  0.020
 KIU  plan-2  H8   0.020
 KIU  plan-2  H9   0.020
 KIU  plan-2  H10  0.020
 KIU  plan-2  H11  0.020
 KIU  plan-3  CAV  0.020
 KIU  plan-3  NAW  0.020
 KIU  plan-3  OAF  0.020
 KIU  plan-3  OAE  0.020
 KIU  plan-4  OAA  0.020
 KIU  plan-4  CAP  0.020
 KIU  plan-4  OAC  0.020
 KIU  plan-4  CAT  0.020
 KIU  plan-4  H1   0.020
 KIU  plan-5  CAU  0.020
 KIU  plan-5  CAQ  0.020
 KIU  plan-5  OAD  0.020
 KIU  plan-5  OAB  0.020
 KIU  plan-5  H4   0.020

