# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon May 11 12:57:38 2020
#   Inital geometry file: a 96 line input string
#   Ligand name: 5-[(3-nitrobenzyl)oxy]benzene-1,3-dicarboxylic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)c1cc(OCc2cccc(c2)[N+]([O-])=O)cc(c1)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 KIU  KIU  '5-[(3-nitrobenzyl)oxy]benzene-1,3-dicarboxylic acid'  ligand  32  23  .  2021-08-12  2021-08-12  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_KIU
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 KIU  OAA  O  O      0  -0.595   3.3625  -3.5778  -0.1301
 KIU  CAP  C  C      0   0.400   4.0135  -2.5257   0.0216
 KIU  OAC  O  OC    -1  -0.593   5.2454  -2.4303   0.1834
 KIU  CAT  C  CR6    0  -0.070   3.2232  -1.2213   0.0056
 KIU  CAJ  C  CR16   0  -0.404   1.8460  -1.2433  -0.1607
 KIU  CAM  C  CR16   0  -0.376   3.8691   0.0056   0.1486
 KIU  CAU  C  CR6    0  -0.066   3.1561   1.1960   0.1242
 KIU  CAQ  C  C      0   0.400   3.8685   2.5367   0.2729
 KIU  OAD  O  O      0  -0.595   3.1576   3.5590   0.2093
 KIU  OAB  O  OC    -1  -0.593   5.1022   2.4995   0.4433
 KIU  CAK  C  CR16   0  -0.437   1.7714   1.1633  -0.0436
 KIU  CAS  C  CR6    0   0.421   1.1186  -0.0550  -0.1846
 KIU  OAO  O  O2     0  -0.477  -0.2218  -0.1850  -0.3524
 KIU  CAN  C  CH2    0  -0.260  -0.9997   0.9921  -0.4759
 KIU  CAR  C  CR6    0   0.106  -2.4099   0.5556  -0.7387
 KIU  CAL  C  CR16   0  -0.310  -3.2671   0.2937   0.3205
 KIU  CAH  C  CR16   0  -0.267  -2.8599   0.3678  -2.0419
 KIU  CAG  C  CR16   0  -0.237  -4.1524  -0.0714  -2.2906
 KIU  CAI  C  CR16   0  -0.273  -5.0148  -0.3348  -1.2399
 KIU  CAV  C  CR6    0   0.270  -4.5552  -0.1459   0.0553
 KIU  NAW  N  N      1   0.329  -5.4534  -0.4147   1.1697
 KIU  OAF  O  O     -1  -0.377  -5.0495  -0.2127   2.2901
 KIU  OAE  O  O      0  -0.377  -6.5612  -0.8270   0.9170
 KIU  H2   H  HCR6   0   0.245   1.3282  -2.1871  -0.2787
 KIU  H3   H  HCR6   0   0.228   4.9421   0.0304   0.2727
 KIU  H5   H  HCR6   0   0.267   1.2297   2.0996  -0.0582
 KIU  H6   H  HCH2   0   0.244  -0.9484   1.5925   0.4387
 KIU  H7   H  HCH2   0   0.245  -0.6362   1.6115  -1.3023
 KIU  H8   H  HCR6   0   0.296  -2.9274   0.4398   1.3369
 KIU  H9   H  HCR6   0   0.275  -2.1953   0.5718  -2.8725
 KIU  H10  H  HCR6   0   0.281  -4.4929  -0.2092  -3.3073
 KIU  H11  H  HCR6   0   0.301  -6.0210  -0.6743  -1.4366

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 KIU  OAA  CAP  deloc     1.247  0.020  1.247
 KIU  CAP  OAC  deloc     1.246  0.020  1.246
 KIU  CAP  CAT  single    1.525  0.020  1.525
 KIU  CAT  CAJ  aromatic  1.387  0.020  1.387
 KIU  CAT  CAM  aromatic  1.394  0.020  1.394
 KIU  CAJ  CAS  aromatic  1.393  0.020  1.393
 KIU  CAM  CAU  aromatic  1.388  0.020  1.388
 KIU  CAU  CAQ  single    1.525  0.020  1.525
 KIU  CAU  CAK  aromatic  1.395  0.020  1.395
 KIU  CAQ  OAD  deloc     1.247  0.020  1.247
 KIU  CAQ  OAB  deloc     1.246  0.020  1.246
 KIU  CAK  CAS  aromatic  1.389  0.020  1.389
 KIU  CAS  OAO  single    1.357  0.020  1.357
 KIU  OAO  CAN  single    1.416  0.020  1.416
 KIU  CAN  CAR  single    1.499  0.020  1.499
 KIU  CAR  CAL  aromatic  1.388  0.020  1.388
 KIU  CAR  CAH  aromatic  1.392  0.020  1.392
 KIU  CAL  CAV  aromatic  1.387  0.020  1.387
 KIU  CAH  CAG  aromatic  1.388  0.020  1.388
 KIU  CAG  CAI  aromatic  1.385  0.020  1.385
 KIU  CAI  CAV  aromatic  1.387  0.020  1.387
 KIU  CAV  NAW  single    1.456  0.020  1.456
 KIU  NAW  OAF  single    1.208  0.020  1.208
 KIU  NAW  OAE  double    1.209  0.020  1.209
 KIU  CAJ  H2   single    0.930  0.020  1.080
 KIU  CAM  H3   single    0.930  0.020  1.080
 KIU  CAK  H5   single    0.930  0.020  1.080
 KIU  CAN  H6   single    0.970  0.020  1.090
 KIU  CAN  H7   single    0.970  0.020  1.090
 KIU  CAL  H8   single    0.930  0.020  1.080
 KIU  CAH  H9   single    0.930  0.020  1.080
 KIU  CAG  H10  single    0.930  0.020  1.080
 KIU  CAI  H11  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 KIU  CAT  CAP  OAC  116.63  3.000
 KIU  CAT  CAP  OAA  116.74  3.000
 KIU  OAC  CAP  OAA  126.63  3.000
 KIU  CAM  CAT  CAJ  119.09  3.000
 KIU  CAM  CAT  CAP  120.77  3.000
 KIU  CAJ  CAT  CAP  120.14  3.000
 KIU  H2   CAJ  CAS  119.45  3.000
 KIU  H2   CAJ  CAT  120.10  3.000
 KIU  CAS  CAJ  CAT  120.45  3.000
 KIU  H3   CAM  CAU  119.51  3.000
 KIU  H3   CAM  CAT  119.48  3.000
 KIU  CAU  CAM  CAT  121.01  3.000
 KIU  CAK  CAU  CAQ  119.72  3.000
 KIU  CAK  CAU  CAM  119.47  3.000
 KIU  CAQ  CAU  CAM  120.81  3.000
 KIU  OAB  CAQ  OAD  126.58  3.000
 KIU  OAB  CAQ  CAU  116.71  3.000
 KIU  OAD  CAQ  CAU  116.70  3.000
 KIU  H5   CAK  CAS  121.49  3.000
 KIU  H5   CAK  CAU  118.57  3.000
 KIU  CAS  CAK  CAU  119.93  3.000
 KIU  OAO  CAS  CAK  124.10  3.000
 KIU  OAO  CAS  CAJ  115.85  3.000
 KIU  CAK  CAS  CAJ  120.05  3.000
 KIU  CAN  OAO  CAS  118.27  3.000
 KIU  H7   CAN  H6   107.74  3.000
 KIU  H7   CAN  CAR  110.16  3.000
 KIU  H6   CAN  CAR  110.49  3.000
 KIU  H7   CAN  OAO  110.71  3.000
 KIU  H6   CAN  OAO  110.91  3.000
 KIU  CAR  CAN  OAO  106.85  3.000
 KIU  CAH  CAR  CAL  119.32  3.000
 KIU  CAH  CAR  CAN  120.50  3.000
 KIU  CAL  CAR  CAN  120.15  3.000
 KIU  H8   CAL  CAV  120.95  3.000
 KIU  H8   CAL  CAR  119.85  3.000
 KIU  CAV  CAL  CAR  119.19  3.000
 KIU  H9   CAH  CAG  119.59  3.000
 KIU  H9   CAH  CAR  119.62  3.000
 KIU  CAG  CAH  CAR  120.79  3.000
 KIU  H10  CAG  CAI  119.55  3.000
 KIU  H10  CAG  CAH  120.15  3.000
 KIU  CAI  CAG  CAH  120.29  3.000
 KIU  H11  CAI  CAV  121.44  3.000
 KIU  H11  CAI  CAG  120.13  3.000
 KIU  CAV  CAI  CAG  118.44  3.000
 KIU  NAW  CAV  CAI  119.01  3.000
 KIU  NAW  CAV  CAL  119.02  3.000
 KIU  CAI  CAV  CAL  121.97  3.000
 KIU  OAE  NAW  OAF  123.87  3.000
 KIU  OAE  NAW  CAV  117.92  3.000
 KIU  OAF  NAW  CAV  118.21  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 KIU  CONST_01  CAK  CAS  CAJ  CAT    0.00   0.0  0
 KIU  CONST_02  CAK  CAU  CAM  CAT    0.00   0.0  0
 KIU  CONST_03  CAU  CAM  CAT  CAJ    0.00   0.0  0
 KIU  CONST_04  CAU  CAK  CAS  CAJ    0.00   0.0  0
 KIU  CONST_05  CAS  CAJ  CAT  CAM    0.00   0.0  0
 KIU  CONST_06  CAS  CAK  CAU  CAM    0.00   0.0  0
 KIU  CONST_07  CAI  CAV  CAL  CAR    0.00   0.0  0
 KIU  CONST_08  CAI  CAG  CAH  CAR    0.00   0.0  0
 KIU  CONST_09  CAG  CAH  CAR  CAL    0.00   0.0  0
 KIU  CONST_10  CAG  CAI  CAV  CAL    0.00   0.0  0
 KIU  CONST_11  CAV  CAL  CAR  CAH    0.00   0.0  0
 KIU  CONST_12  CAV  CAI  CAG  CAH    0.00   0.0  0
 KIU  CONST_13  CAS  CAJ  CAT  CAP  180.00   0.0  0
 KIU  CONST_14  CAU  CAM  CAT  CAP  180.00   0.0  0
 KIU  CONST_15  OAO  CAS  CAJ  CAT  180.00   0.0  0
 KIU  CONST_16  CAQ  CAU  CAM  CAT  180.00   0.0  0
 KIU  CONST_17  OAO  CAS  CAK  CAU  180.00   0.0  0
 KIU  CONST_18  CAS  CAK  CAU  CAQ  180.00   0.0  0
 KIU  CONST_19  CAV  CAL  CAR  CAN  180.00   0.0  0
 KIU  CONST_20  CAG  CAH  CAR  CAN  180.00   0.0  0
 KIU  CONST_21  NAW  CAV  CAL  CAR  180.00   0.0  0
 KIU  CONST_22  NAW  CAV  CAI  CAG  180.00   0.0  0
 KIU  CONST_23  H3   CAM  CAT  CAJ  180.00   0.0  0
 KIU  CONST_24  H5   CAK  CAS  CAJ  180.00   0.0  0
 KIU  CONST_25  H2   CAJ  CAT  CAM  180.00   0.0  0
 KIU  CONST_26  H10  CAG  CAH  CAR  180.00   0.0  0
 KIU  CONST_27  H9   CAH  CAR  CAL  180.00   0.0  0
 KIU  CONST_28  H11  CAI  CAV  CAL  180.00   0.0  0
 KIU  CONST_29  H8   CAL  CAR  CAH  180.00   0.0  0
 KIU  CONST_30  OAF  NAW  CAV  CAL    0.00   0.0  0
 KIU  CONST_31  OAE  NAW  CAV  CAL  180.00   0.0  0
 KIU  CONST_32  OAF  NAW  CAV  CAI  180.00   0.0  0
 KIU  CONST_33  OAE  NAW  CAV  CAI    0.00   0.0  0
 KIU  Var_01    CAJ  CAT  CAP  OAA    0.52  30.0  2
 KIU  Var_02    OAD  CAQ  CAU  CAM  178.40  30.0  2
 KIU  Var_03    CAR  CAN  OAO  CAS  176.33  30.0  3
 KIU  Var_04    CAL  CAR  CAN  OAO   87.94  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 KIU  plan-1  CAP  0.020
 KIU  plan-1  CAT  0.020
 KIU  plan-1  CAJ  0.020
 KIU  plan-1  CAM  0.020
 KIU  plan-1  CAU  0.020
 KIU  plan-1  CAQ  0.020
 KIU  plan-1  CAK  0.020
 KIU  plan-1  CAS  0.020
 KIU  plan-1  OAO  0.020
 KIU  plan-1  H2   0.020
 KIU  plan-1  H3   0.020
 KIU  plan-1  H5   0.020
 KIU  plan-2  CAN  0.020
 KIU  plan-2  CAR  0.020
 KIU  plan-2  CAL  0.020
 KIU  plan-2  CAH  0.020
 KIU  plan-2  CAG  0.020
 KIU  plan-2  CAI  0.020
 KIU  plan-2  CAV  0.020
 KIU  plan-2  NAW  0.020
 KIU  plan-2  H8   0.020
 KIU  plan-2  H9   0.020
 KIU  plan-2  H10  0.020
 KIU  plan-2  H11  0.020
 KIU  plan-3  CAV  0.020
 KIU  plan-3  NAW  0.020
 KIU  plan-3  OAF  0.020
 KIU  plan-3  OAE  0.020
 KIU  plan-4  OAA  0.020
 KIU  plan-4  CAP  0.020
 KIU  plan-4  OAC  0.020
 KIU  plan-4  CAT  0.020
 KIU  plan-5  CAU  0.020
 KIU  plan-5  CAQ  0.020
 KIU  plan-5  OAD  0.020
 KIU  plan-5  OAB  0.020

