# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version 1.18.1-3865-
#   - file written: Sat May 30 06:14:46 2020
#   Inital geometry file: a 145 line input string
#   Ligand name: (1S,2R,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-[(6-amino-6-deoxy-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]-2-hydroxycyclohexyl 3-amino-3-deoxy-alpha-D-glucopyranoside
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: NC[C@H]1O[C@H](O[C@@H]2[C@@H](N)C[C@@H](N)[C@H](O[C@H]3O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](N)[C@H]3O)[C@H]2O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 KAN  KAN  '(1S,2R,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-[(6-amino-6-deoxy-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]-2-hydroxycyclohexyl 3-amino-3-deoxy-alpha-D-glucopyranoside'  ligand  69  33  .  2021-08-12  2021-08-12  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_KAN
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 KAN  C1    C  CH1   0   0.234  -0.2473   0.9260  -3.0335
 KAN  C2    C  CH1   0  -0.006  -1.6777   0.4671  -3.3288
 KAN  C3    C  CH1   0  -0.012  -1.6699  -0.7936  -4.1846
 KAN  C4    C  CH1   0   0.046  -0.8455  -0.5539  -5.4432
 KAN  C5    C  CH1   0   0.009   0.5494  -0.0786  -5.0466
 KAN  C6    C  CH2   0  -0.303   1.4219   0.2901  -6.2298
 KAN  C7    C  CH1   0  -0.099   2.6086  -0.2545   1.3430
 KAN  C8    C  CH1   0   0.059   1.2333   0.4078   1.4078
 KAN  C9    C  CH1   0   0.027   0.4175   0.0642   0.1702
 KAN  C10   C  CH1   0   0.041   1.1591   0.4461  -1.1139
 KAN  C11   C  CH1   0  -0.098   2.5466  -0.1775  -1.1940
 KAN  C12   C  CH2   0  -0.465   3.3279   0.1712   0.0684
 KAN  C13   C  CH1   0   0.210   0.4054   0.7876   3.6435
 KAN  C14   C  CH1   0   0.048   0.6889  -0.0264   4.9043
 KAN  C15   C  CH1   0  -0.154  -0.3691  -1.1262   5.0658
 KAN  C16   C  CH1   0   0.031  -1.7598  -0.4953   5.0361
 KAN  C17   C  CH1   0   0.005  -1.9331   0.4275   3.8176
 KAN  C18   C  CH2   0  -0.167  -3.2101   1.2337   3.9342
 KAN  N1    N  NH2   0  -0.797   2.7628   0.6264  -5.7818
 KAN  N2    N  NH2   0  -0.817   3.2647   0.3392  -2.3474
 KAN  N4    N  NH2   0  -0.788  -0.2026  -1.9157   6.2747
 KAN  O5    O  O2    0  -0.506   0.4499   1.0848  -4.2340
 KAN  O6    O  OH1   0  -0.675  -2.3812   0.2262  -2.1240
 KAN  O7    O  OH1   0  -0.676  -2.9711  -1.1553  -4.5873
 KAN  O8    O  OH1   0  -0.675  -0.7018  -1.7296  -6.2009
 KAN  O9    O  O2    0  -0.522   0.3614  -0.0055  -2.2000
 KAN  O10   O  OH1   0  -0.679  -0.8133   0.7261   0.2610
 KAN  O11   O  O2    0  -0.510   0.5429  -0.0557   2.5428
 KAN  O12   O  O2    0  -0.498  -0.8663   1.3548   3.7146
 KAN  O13   O  OH1   0  -0.720   1.9849  -0.5607   4.9245
 KAN  O14   O  OH1   0  -0.670  -2.7299  -1.5186   5.0055
 KAN  O15   O  OH1   0  -0.665  -3.4123   1.9756   2.7559
 KAN  H1    H  HCH1  0   0.249  -0.2621   1.9185  -2.5674
 KAN  H2    H  HCH1  0   0.248  -2.1629   1.2673  -3.8992
 KAN  H3    H  HCH1  0   0.220  -1.1999  -1.6103  -3.6172
 KAN  H4    H  HCH1  0   0.207  -1.3341   0.2393  -6.0330
 KAN  H5    H  HCH1  0   0.219   1.0484  -0.8877  -4.4951
 KAN  H61   H  HCH2  0   0.198   0.9268   1.0872  -6.8043
 KAN  H62   H  HCH2  0   0.236   1.4868  -0.5764  -6.8886
 KAN  H7    H  HCH1  0   0.239   2.4526  -1.3386   1.3170
 KAN  H8    H  HCH1  0   0.220   1.3651   1.5001   1.4561
 KAN  H9    H  HCH1  0   0.197   0.2799  -1.0307   0.1587
 KAN  H10   H  HCH1  0   0.221   1.2708   1.5392  -1.1562
 KAN  H11   H  HCH1  0   0.205   2.4192  -1.2723  -1.2243
 KAN  H121  H  HCH2  0   0.249   4.3107  -0.3066   0.0276
 KAN  H122  H  HCH2  0   0.225   3.5049   1.2529   0.0911
 KAN  H13   H  HCH1  0   0.238   1.0987   1.6366   3.5757
 KAN  H14   H  HCH1  0   0.189   0.5743   0.6647   5.7545
 KAN  H15   H  HCH1  0   0.225  -0.2834  -1.8106   4.2136
 KAN  H16   H  HCH1  0   0.207  -1.8668   0.1169   5.9460
 KAN  H17   H  HCH1  0   0.221  -1.9830  -0.1921   2.9128
 KAN  H181  H  HCH2  0   0.195  -4.0405   0.5404   4.1134
 KAN  H182  H  HCH2  0   0.191  -3.1380   1.8829   4.8191
 KAN  HN11  H  HNH2  0   0.353   3.3636   0.7559  -6.5850
 KAN  HN12  H  HNH2  0   0.344   2.7507   1.5149  -5.2984
 KAN  HN21  H  HNH2  0   0.343   4.1798  -0.0931  -2.3848
 KAN  HN22  H  HNH2  0   0.358   2.8088   0.0788  -3.2132
 KAN  HN31  H  HNH2  0   0.372   4.1950  -0.5291   2.5900
 KAN  HN32  H  HNH2  0   0.361   3.6629   0.9992   2.5665
 KAN  HN41  H  HNH2  0   0.344   0.7191  -2.3353   6.2628
 KAN  HN42  H  HNH2  0   0.331  -0.2086  -1.3015   7.0828
 KAN  HO6   H  HOH1  0   0.473  -3.1092   0.8501  -2.0540
 KAN  HO7   H  HOH1  0   0.456  -3.4409  -1.5045  -3.8236
 KAN  HO8   H  HOH1  0   0.453  -1.5811  -2.0744  -6.3881
 KAN  HO1   H  HOH1  0   0.448  -1.3643   0.4562  -0.4904
 KAN  HO3   H  HOH1  0   0.466   2.4465  -0.3756   4.0687
 KAN  HO4   H  HOH1  0   0.454  -3.4800  -1.2561   5.5440
 KAN  HO5   H  HOH1  0   0.452  -4.2507   2.4377   2.8416
 KAN  N3    N  NH2   0  -0.816   3.3524   0.0329   2.5644

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 KAN  C1   C2    single  1.531  0.020  1.531
 KAN  C1   O5    single  1.397  0.020  1.397
 KAN  C1   O9    single  1.390  0.020  1.390
 KAN  C1   H1    single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C2   C3    single  1.524  0.020  1.524
 KAN  C2   O6    single  1.416  0.020  1.416
 KAN  C2   H2    single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C3   C4    single  1.523  0.020  1.523
 KAN  C3   O7    single  1.409  0.020  1.409
 KAN  C3   H3    single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C4   C5    single  1.526  0.020  1.526
 KAN  C4   O8    single  1.406  0.020  1.406
 KAN  C4   H4    single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C5   C6    single  1.516  0.020  1.516
 KAN  C5   O5    single  1.423  0.020  1.423
 KAN  C5   H5    single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C6   N1    single  1.453  0.020  1.453
 KAN  C6   H61   single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C6   H62   single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C7   C8    single  1.528  0.020  1.528
 KAN  C7   C12   single  1.524  0.020  1.524
 KAN  C7   N3    single  1.459  0.020  1.459
 KAN  C7   H7    single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C8   C9    single  1.522  0.020  1.522
 KAN  C8   O11   single  1.407  0.020  1.407
 KAN  C8   H8    single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C9   C10   single  1.531  0.020  1.531
 KAN  C9   O10   single  1.400  0.020  1.400
 KAN  C9   H9    single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C10  C11   single  1.523  0.020  1.523
 KAN  C10  O9    single  1.421  0.020  1.421
 KAN  C10  H10   single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C11  C12   single  1.525  0.020  1.525
 KAN  C11  N2    single  1.454  0.020  1.454
 KAN  C11  H11   single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C12  H121  single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C12  H122  single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C13  C14   single  1.527  0.020  1.527
 KAN  C13  O11   single  1.393  0.020  1.393
 KAN  C13  O12   single  1.394  0.020  1.394
 KAN  C13  H13   single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C14  C15   single  1.535  0.020  1.535
 KAN  C14  O13   single  1.402  0.020  1.402
 KAN  C14  H14   single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C15  C16   single  1.527  0.020  1.527
 KAN  C15  N4    single  1.453  0.020  1.453
 KAN  C15  H15   single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C16  C17   single  1.538  0.020  1.538
 KAN  C16  O14   single  1.410  0.020  1.410
 KAN  C16  H16   single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C17  C18   single  1.515  0.020  1.515
 KAN  C17  O12   single  1.417  0.020  1.417
 KAN  C17  H17   single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C18  O15   single  1.407  0.020  1.407
 KAN  C18  H181  single  0.970  0.020  1.090
 KAN  C18  H182  single  0.970  0.020  1.090
 KAN  N1   HN11  single  0.890  0.020  1.040
 KAN  N1   HN12  single  0.890  0.020  1.040
 KAN  N2   HN21  single  0.890  0.020  1.040
 KAN  N2   HN22  single  0.890  0.020  1.040
 KAN  N3   HN31  single  0.890  0.020  1.040
 KAN  N3   HN32  single  0.890  0.020  1.040
 KAN  N4   HN41  single  0.890  0.020  1.040
 KAN  N4   HN42  single  0.890  0.020  1.040
 KAN  O6   HO6   single  0.850  0.020  0.980
 KAN  O7   HO7   single  0.850  0.020  0.980
 KAN  O8   HO8   single  0.850  0.020  0.980
 KAN  O10  HO1   single  0.850  0.020  0.980
 KAN  O13  HO3   single  0.850  0.020  0.980
 KAN  O14  HO4   single  0.850  0.020  0.980
 KAN  O15  HO5   single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 KAN  H1    C1   O9    110.95  3.000
 KAN  H1    C1   O5    105.61  3.000
 KAN  O9    C1   O5    111.88  3.000
 KAN  H1    C1   C2    109.92  3.000
 KAN  O9    C1   C2    108.90  3.000
 KAN  O5    C1   C2    109.54  3.000
 KAN  H2    C2   O6    110.31  3.000
 KAN  H2    C2   C3    108.30  3.000
 KAN  O6    C2   C3    109.86  3.000
 KAN  H2    C2   C1    107.17  3.000
 KAN  O6    C2   C1    110.55  3.000
 KAN  C3    C2   C1    110.59  3.000
 KAN  H3    C3   O7    110.57  3.000
 KAN  H3    C3   C4    108.16  3.000
 KAN  O7    C3   C4    107.69  3.000
 KAN  H3    C3   C2    109.07  3.000
 KAN  O7    C3   C2    111.60  3.000
 KAN  C4    C3   C2    109.67  3.000
 KAN  H4    C4   O8    111.01  3.000
 KAN  H4    C4   C5    108.67  3.000
 KAN  O8    C4   C5    107.88  3.000
 KAN  H4    C4   C3    108.38  3.000
 KAN  O8    C4   C3    111.65  3.000
 KAN  C5    C4   C3    109.20  3.000
 KAN  H5    C5   O5    110.32  3.000
 KAN  H5    C5   C6    108.03  3.000
 KAN  O5    C5   C6    106.69  3.000
 KAN  H5    C5   C4    108.43  3.000
 KAN  O5    C5   C4    109.83  3.000
 KAN  C6    C5   C4    113.52  3.000
 KAN  H62   C6   H61   106.67  3.000
 KAN  H62   C6   N1    108.37  3.000
 KAN  H61   C6   N1    114.11  3.000
 KAN  H62   C6   C5    108.22  3.000
 KAN  H61   C6   C5    108.96  3.000
 KAN  N1    C6   C5    110.29  3.000
 KAN  H7    C7   N3    106.71  3.000
 KAN  H7    C7   C12   108.89  3.000
 KAN  N3    C7   C12   113.86  3.000
 KAN  H7    C7   C8    107.57  3.000
 KAN  N3    C7   C8    109.76  3.000
 KAN  C12   C7   C8    109.83  3.000
 KAN  H8    C8   O11   110.49  3.000
 KAN  H8    C8   C9    108.90  3.000
 KAN  O11   C8   C9    108.58  3.000
 KAN  H8    C8   C7    108.91  3.000
 KAN  O11   C8   C7    109.45  3.000
 KAN  C9    C8   C7    110.50  3.000
 KAN  H9    C9   O10   111.10  3.000
 KAN  H9    C9   C10   107.40  3.000
 KAN  O10   C9   C10   111.23  3.000
 KAN  H9    C9   C8    107.42  3.000
 KAN  O10   C9   C8    108.16  3.000
 KAN  C10   C9   C8    111.48  3.000
 KAN  H10   C10  O9    110.09  3.000
 KAN  H10   C10  C11   108.20  3.000
 KAN  O9    C10  C11   109.94  3.000
 KAN  H10   C10  C9    109.23  3.000
 KAN  O9    C10  C9    106.85  3.000
 KAN  C11   C10  C9    112.53  3.000
 KAN  H11   C11  N2    112.85  3.000
 KAN  H11   C11  C12   107.99  3.000
 KAN  N2    C11  C12   108.81  3.000
 KAN  H11   C11  C10   107.62  3.000
 KAN  N2    C11  C10   110.25  3.000
 KAN  C12   C11  C10   109.24  3.000
 KAN  H122  C12  H121  106.66  3.000
 KAN  H122  C12  C11   108.99  3.000
 KAN  H121  C12  C11   109.24  3.000
 KAN  H122  C12  C7    109.54  3.000
 KAN  H121  C12  C7    109.47  3.000
 KAN  C11   C12  C7    112.74  3.000
 KAN  H13   C13  O12   105.34  3.000
 KAN  H13   C13  O11   110.90  3.000
 KAN  O12   C13  O11   112.12  3.000
 KAN  H13   C13  C14   110.23  3.000
 KAN  O12   C13  C14   110.13  3.000
 KAN  O11   C13  C14   108.13  3.000
 KAN  H14   C14  O13   108.91  3.000
 KAN  H14   C14  C15   107.26  3.000
 KAN  O13   C14  C15   111.27  3.000
 KAN  H14   C14  C13   106.46  3.000
 KAN  O13   C14  C13   112.75  3.000
 KAN  C15   C14  C13   109.93  3.000
 KAN  H15   C15  N4    107.37  3.000
 KAN  H15   C15  C16   108.29  3.000
 KAN  N4    C15  C16   110.17  3.000
 KAN  H15   C15  C14   108.16  3.000
 KAN  N4    C15  C14   113.45  3.000
 KAN  C16   C15  C14   109.25  3.000
 KAN  H16   C16  O14   110.75  3.000
 KAN  H16   C16  C17   108.06  3.000
 KAN  O14   C16  C17   109.91  3.000
 KAN  H16   C16  C15   107.57  3.000
 KAN  O14   C16  C15   109.09  3.000
 KAN  C17   C16  C15   111.45  3.000
 KAN  H17   C17  O12   110.10  3.000
 KAN  H17   C17  C18   109.00  3.000
 KAN  O12   C17  C18   106.97  3.000
 KAN  H17   C17  C16   108.63  3.000
 KAN  O12   C17  C16   111.43  3.000
 KAN  C18   C17  C16   110.69  3.000
 KAN  H182  C18  H181  106.94  3.000
 KAN  H182  C18  O15   111.84  3.000
 KAN  H181  C18  O15   111.19  3.000
 KAN  H182  C18  C17   108.71  3.000
 KAN  H181  C18  C17   108.33  3.000
 KAN  O15   C18  C17   109.72  3.000
 KAN  HN12  N1   HN11  105.92  3.000
 KAN  HN12  N1   C6    109.85  3.000
 KAN  HN11  N1   C6    109.45  3.000
 KAN  HN22  N2   HN21  105.40  3.000
 KAN  HN22  N2   C11   111.38  3.000
 KAN  HN21  N2   C11   108.90  3.000
 KAN  HN42  N4   HN41  105.39  3.000
 KAN  HN42  N4   C15   109.44  3.000
 KAN  HN41  N4   C15   108.63  3.000
 KAN  C5    O5   C1    115.64  3.000
 KAN  HO6   O6   C2    109.14  3.000
 KAN  HO7   O7   C3    108.49  3.000
 KAN  HO8   O8   C4    108.11  3.000
 KAN  C10   O9   C1    119.40  3.000
 KAN  HO1   O10  C9    108.51  3.000
 KAN  C13   O11  C8    119.10  3.000
 KAN  C17   O12  C13   115.09  3.000
 KAN  HO3   O13  C14   110.32  3.000
 KAN  HO4   O14  C16   109.08  3.000
 KAN  HO5   O15  C18   107.71  3.000
 KAN  HN32  N3   HN31  105.88  3.000
 KAN  HN32  N3   C7    110.20  3.000
 KAN  HN31  N3   C7    109.63  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 KAN  Var_01  HN11  N1  C6  C5  172.89  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 KAN  chir_01  C1   C2   O5   O9   positiv
 KAN  chir_02  C2   O6   C1   C3   negativ
 KAN  chir_03  C3   O7   C2   C4   positiv
 KAN  chir_04  C4   O8   C5   C3   positiv
 KAN  chir_05  C5   O5   C4   C6   negativ
 KAN  chir_06  C7   C8   C12  N3   negativ
 KAN  chir_07  C8   O11  C9   C7   positiv
 KAN  chir_08  C9   O10  C8   C10  positiv
 KAN  chir_09  C10  O9   C11  C9   positiv
 KAN  chir_10  C11  N2   C12  C10  negativ
 KAN  chir_11  C13  O12  O11  C14  positiv
 KAN  chir_12  C14  O13  C13  C15  negativ
 KAN  chir_13  C15  N4   C16  C14  negativ
 KAN  chir_14  C16  O14  C17  C15  positiv
 KAN  chir_15  C17  O12  C16  C18  negativ

