# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun May 10 19:12:59 2020
#   Inital geometry file: a 120 line input string
#   Ligand name: ~{N}-[(3~{S})-7,9-bis(fluoranyl)-2-oxidanylidene-1,3,4,5-tetrahydro-1-benzazepin-3-yl]-3-(phenylmethyl)-1~{H}-1,2,4-triazole-5-carboxamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Fc1cc(F)c2NC(=O)[C@H](CCc2c1)NC(=O)c3[nH]nc(Cc4ccccc4)n3
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 K8K  K8K  ~{N}-[(3~{S})-7,9-bis(fluoranyl)-2-oxidanylidene-1,3,4,5-tetrahydro-1-benzazepin-3-yl]-3-(phenylmethyl)-1~{H}-1,2,4-triazole-5-carboxamide  ligand  46  29  .  2022-07-25  2022-07-26
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_K8K
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 K8K  C10  C  CH1   0  -0.218  -1.3240   0.1368   0.3766
 K8K  C13  C  CR6   0   0.158  -4.0495   1.0183   0.8145
 K8K  C21  C  CR5   0   0.330   3.9070  -1.7341   0.4591
 K8K  C22  C  CH2   0  -0.622   5.1892  -1.3963   1.1402
 K8K  C24  C  CR16  0  -0.293   6.4919  -0.0212  -0.5176
 K8K  C26  C  CR16  0  -0.269   6.7030   2.3660  -0.2993
 K8K  C28  C  CR16  0  -0.306   5.4680   1.1028   1.3357
 K8K  N19  N  NR15  0  -0.450   2.5192  -2.6335  -0.7936
 K8K  N20  N  N     0  -0.243   3.7935  -2.7029  -0.4273
 K8K  C18  C  CR5   0   0.364   1.9054  -1.6509  -0.1363
 K8K  C11  C  CH2   0  -0.428  -1.6544   0.9618   1.6261
 K8K  C25  C  CR16  0  -0.241   6.9745   1.1913  -0.9900
 K8K  N07  N  NH1   0  -0.705  -2.8090   1.1287  -1.2852
 K8K  C27  C  CR16  0  -0.241   5.9490   2.3183   0.8654
 K8K  C06  C  CR6   0   0.093  -3.9359   0.7305  -0.5486
 K8K  C12  C  CH2   0  -0.553  -2.9426   1.7760   1.4859
 K8K  C04  C  CR6   0   0.548  -4.9739   0.0554  -1.1759
 K8K  C03  C  CR16  0  -0.585  -6.1106  -0.3493  -0.5079
 K8K  C14  C  CR16  0  -0.507  -5.1720   0.5963   1.5151
 K8K  C02  C  CR6   0   0.562  -6.1769  -0.0711   0.8429
 K8K  N15  N  NH1   0  -0.645   0.0226  -0.3522   0.4663
 K8K  O17  O  O     0  -0.467  -0.2024  -1.9359  -1.1435
 K8K  N29  N  N     0  -0.459   2.7579  -1.0576   0.6681
 K8K  C23  C  CR6   0   0.128   5.7361  -0.0780   0.6507
 K8K  C08  C  C     0   0.516  -1.5183   0.9391  -0.9124
 K8K  H1   H  HCH1  0   0.301  -2.0001  -0.7230   0.3436
 K8K  H2   H  HCH2  0   0.280   5.0191  -1.3525   2.2176
 K8K  H3   H  HCH2  0   0.281   5.9070  -2.1966   0.9575
 K8K  H5   H  HCR6  0   0.256   7.0793   3.3124  -0.6654
 K8K  H6   H  HCR6  0   0.249   4.8815   1.0736   2.2465
 K8K  H7   H  HNR5  0   0.436   2.1341  -3.2727  -1.4746
 K8K  H8   H  HCH2  0   0.272  -1.7311   0.2725   2.4684
 K8K  H9   H  HCH2  0   0.262  -0.8328   1.6493   1.8400
 K8K  H10  H  HCR6  0   0.255   7.5652   1.2190  -1.8968
 K8K  H11  H  HNH1  0   0.409  -2.9564   1.6203  -2.1569
 K8K  H12  H  HCR6  0   0.255   5.7364   3.2286   1.4112
 K8K  H13  H  HCH2  0   0.273  -2.7361   2.6827   0.9106
 K8K  H14  H  HCH2  0   0.282  -3.2637   2.1037   2.4739
 K8K  H15  H  HCR6  0   0.309  -6.9056  -0.8730  -1.0219
 K8K  H16  H  HCR6  0   0.284  -5.2695   0.8062   2.5725
 K8K  H17  H  HNH1  0   0.415   0.6830   0.1297   1.0588
 K8K  F01  F  F     0  -0.308  -7.2630  -0.4612   1.5212
 K8K  C16  C  C     0   0.516   0.4723  -1.3272  -0.3294
 K8K  F05  F  F     0  -0.297  -4.8645  -0.2046  -2.4819
 K8K  O09  O  O     0  -0.449  -0.5877   1.3665  -1.5646
 K8K  H4   H  HCR6  0   0.250   6.7068  -0.9343  -1.0610

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 K8K  F01  C02  single    1.339  0.020  1.339
 K8K  C03  C02  aromatic  1.381  0.020  1.381
 K8K  C03  C04  aromatic  1.379  0.020  1.379
 K8K  C02  C14  aromatic  1.381  0.020  1.381
 K8K  F05  C04  single    1.336  0.020  1.336
 K8K  C04  C06  aromatic  1.388  0.020  1.388
 K8K  C14  C13  aromatic  1.389  0.020  1.389
 K8K  C06  C13  aromatic  1.398  0.020  1.398
 K8K  C06  N07  single    1.404  0.020  1.404
 K8K  C13  C12  single    1.500  0.020  1.500
 K8K  N07  C08  single    1.357  0.020  1.357
 K8K  C12  C11  single    1.530  0.020  1.530
 K8K  O17  C16  double    1.220  0.020  1.220
 K8K  C10  C08  single    1.531  0.020  1.531
 K8K  C10  C11  single    1.533  0.020  1.533
 K8K  C10  N15  single    1.435  0.020  1.435
 K8K  C08  O09  double    1.214  0.020  1.214
 K8K  C16  N15  single    1.336  0.020  1.336
 K8K  C16  C18  single    1.482  0.020  1.482
 K8K  C18  N29  aromatic  1.314  0.020  1.314
 K8K  C18  N19  aromatic  1.332  0.020  1.332
 K8K  N29  C21  aromatic  1.350  0.020  1.350
 K8K  C28  C27  aromatic  1.389  0.020  1.389
 K8K  C28  C23  aromatic  1.391  0.020  1.391
 K8K  C27  C26  aromatic  1.388  0.020  1.388
 K8K  N19  N20  aromatic  1.328  0.020  1.328
 K8K  C21  C22  single    1.491  0.020  1.491
 K8K  C21  N20  aromatic  1.318  0.020  1.318
 K8K  C22  C23  single    1.509  0.020  1.509
 K8K  C23  C24  aromatic  1.393  0.020  1.393
 K8K  C26  C25  aromatic  1.389  0.020  1.389
 K8K  C24  C25  aromatic  1.388  0.020  1.388
 K8K  C10  H1   single    0.970  0.020  1.090
 K8K  C22  H2   single    0.970  0.020  1.090
 K8K  C22  H3   single    0.970  0.020  1.090
 K8K  C24  H4   single    0.930  0.020  1.080
 K8K  C26  H5   single    0.930  0.020  1.080
 K8K  C28  H6   single    0.930  0.020  1.080
 K8K  N19  H7   single    0.860  0.020  1.020
 K8K  C11  H8   single    0.970  0.020  1.090
 K8K  C11  H9   single    0.970  0.020  1.090
 K8K  C25  H10  single    0.930  0.020  1.080
 K8K  N07  H11  single    0.860  0.020  1.020
 K8K  C27  H12  single    0.930  0.020  1.080
 K8K  C12  H13  single    0.970  0.020  1.090
 K8K  C12  H14  single    0.970  0.020  1.090
 K8K  C03  H15  single    0.930  0.020  1.080
 K8K  C14  H16  single    0.930  0.020  1.080
 K8K  N15  H17  single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 K8K  H1   C10  C08  107.94  3.000
 K8K  H1   C10  N15  108.29  3.000
 K8K  C08  C10  N15  110.50  3.000
 K8K  H1   C10  C11  108.31  3.000
 K8K  N15  C10  C11  109.54  3.000
 K8K  C08  C10  C11  112.14  3.000
 K8K  C14  C13  C12  121.61  3.000
 K8K  C12  C13  C06  118.72  3.000
 K8K  C14  C13  C06  119.67  3.000
 K8K  N29  C21  N20  113.53  3.000
 K8K  N20  C21  C22  123.23  3.000
 K8K  N29  C21  C22  123.23  3.000
 K8K  H3   C22  H2   107.30  3.000
 K8K  H3   C22  C23  110.39  3.000
 K8K  H2   C22  C23  109.98  3.000
 K8K  H3   C22  C21  108.86  3.000
 K8K  H2   C22  C21  109.02  3.000
 K8K  C23  C22  C21  111.19  3.000
 K8K  H4   C24  C23  119.59  3.000
 K8K  H4   C24  C25  119.75  3.000
 K8K  C23  C24  C25  120.66  3.000
 K8K  H5   C26  C27  120.18  3.000
 K8K  H5   C26  C25  120.21  3.000
 K8K  C27  C26  C25  119.61  3.000
 K8K  H6   C28  C23  119.69  3.000
 K8K  H6   C28  C27  119.70  3.000
 K8K  C23  C28  C27  120.61  3.000
 K8K  H7   N19  C18  128.59  3.000
 K8K  H7   N19  N20  121.25  3.000
 K8K  C18  N19  N20  110.16  3.000
 K8K  N19  N20  C21  103.29  3.000
 K8K  N29  C18  C16  127.50  3.000
 K8K  N29  C18  N19  109.65  3.000
 K8K  C16  C18  N19  122.85  3.000
 K8K  H9   C11  H8   107.42  3.000
 K8K  H9   C11  C12  108.44  3.000
 K8K  H8   C11  C12  110.35  3.000
 K8K  H9   C11  C10  109.64  3.000
 K8K  H8   C11  C10  107.72  3.000
 K8K  C12  C11  C10  113.14  3.000
 K8K  H10  C25  C26  120.10  3.000
 K8K  H10  C25  C24  119.81  3.000
 K8K  C26  C25  C24  120.09  3.000
 K8K  H11  N07  C08  116.32  3.000
 K8K  H11  N07  C06  118.23  3.000
 K8K  C08  N07  C06  125.43  3.000
 K8K  H12  C27  C28  119.81  3.000
 K8K  H12  C27  C26  120.05  3.000
 K8K  C28  C27  C26  120.14  3.000
 K8K  C04  C06  N07  120.07  3.000
 K8K  N07  C06  C13  121.23  3.000
 K8K  C04  C06  C13  118.69  3.000
 K8K  H14  C12  H13  106.46  3.000
 K8K  H14  C12  C11  108.97  3.000
 K8K  H13  C12  C11  109.29  3.000
 K8K  H14  C12  C13  109.90  3.000
 K8K  H13  C12  C13  108.83  3.000
 K8K  C11  C12  C13  113.17  3.000
 K8K  C03  C04  C06  122.69  3.000
 K8K  C06  C04  F05  118.37  3.000
 K8K  C03  C04  F05  118.94  3.000
 K8K  H15  C03  C02  121.81  3.000
 K8K  H15  C03  C04  121.17  3.000
 K8K  C02  C03  C04  117.02  3.000
 K8K  H16  C14  C02  120.24  3.000
 K8K  H16  C14  C13  120.44  3.000
 K8K  C02  C14  C13  119.31  3.000
 K8K  C14  C02  C03  122.59  3.000
 K8K  C14  C02  F01  118.99  3.000
 K8K  C03  C02  F01  118.42  3.000
 K8K  H17  N15  C16  118.52  3.000
 K8K  H17  N15  C10  119.19  3.000
 K8K  C16  N15  C10  121.80  3.000
 K8K  C18  N29  C21  103.38  3.000
 K8K  C28  C23  C24  118.89  3.000
 K8K  C24  C23  C22  120.30  3.000
 K8K  C28  C23  C22  120.80  3.000
 K8K  O09  C08  N07  122.16  3.000
 K8K  O09  C08  C10  122.66  3.000
 K8K  N07  C08  C10  115.18  3.000
 K8K  O17  C16  N15  125.11  3.000
 K8K  N15  C16  C18  114.03  3.000
 K8K  O17  C16  C18  120.85  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 K8K  CONST_01  C03  C02  C14  C13    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_02  C03  C04  C06  C13    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_03  N19  C18  N29  C21    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_04  C18  N19  N20  C21    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_05  C27  C28  C23  C24    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_06  C27  C26  C25  C24    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_07  C23  C28  C27  C26    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_08  C23  C24  C25  C26    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_09  C25  C26  C27  C28    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_10  C25  C24  C23  C28    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_11  N29  C21  N20  N19    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_12  N29  C18  N19  N20    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_13  C18  N29  C21  N20    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_14  C02  C03  C04  C06    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_15  C02  C14  C13  C06    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_16  C14  C02  C03  C04    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_17  C14  C13  C06  C04    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_18  C06  N07  C08  C10    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_19  F01  C02  C14  C13  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_20  F05  C04  C06  C13  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_21  C16  C18  N29  C21  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_22  C18  N29  C21  C22  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_23  N19  N20  C21  C22  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_24  C27  C28  C23  C22  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_25  C25  C24  C23  C22  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_26  C16  C18  N19  N20  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_27  C04  C03  C02  F01  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_28  C02  C03  C04  F05  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_29  N07  C06  C04  F05    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_30  O09  C08  N07  C06  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_31  H7   N19  N20  C21  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_32  H6   C28  C23  C24  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_33  H5   C26  C25  C24  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_34  H4   C24  C25  C26  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_35  H12  C27  C26  C25  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_36  H10  C25  C26  C27  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_37  H15  C03  C04  C06  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_38  H16  C14  C13  C06  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_39  H11  N07  C08  C10  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_40  C18  C16  N15  C10  180.00   0.0  0
 K8K  CONST_41  O17  C16  N15  C10    0.00   0.0  0
 K8K  CONST_42  H17  N15  C16  C18    0.00   0.0  0
 K8K  Var_01    C13  C12  C11  C10   41.61  30.0  1
 K8K  Var_02    C08  N07  C06  C13   48.41  30.0  1
 K8K  Var_03    C14  C13  C12  C11  109.88  30.0  1
 K8K  Var_04    C28  C23  C22  C21   94.76  30.0  2
 K8K  Var_05    C23  C22  C21  N20  109.25  30.0  2
 K8K  Var_06    O17  C16  C18  N19   -2.24  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 K8K  chir_01  C10  C08  C11  N15  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 K8K  plan-1  C21  0.020
 K8K  plan-1  C22  0.020
 K8K  plan-1  N19  0.020
 K8K  plan-1  N20  0.020
 K8K  plan-1  C18  0.020
 K8K  plan-1  N29  0.020
 K8K  plan-1  H7   0.020
 K8K  plan-1  C16  0.020
 K8K  plan-2  C22  0.020
 K8K  plan-2  C24  0.020
 K8K  plan-2  C26  0.020
 K8K  plan-2  C28  0.020
 K8K  plan-2  C25  0.020
 K8K  plan-2  C27  0.020
 K8K  plan-2  C23  0.020
 K8K  plan-2  H5   0.020
 K8K  plan-2  H6   0.020
 K8K  plan-2  H10  0.020
 K8K  plan-2  H12  0.020
 K8K  plan-2  H4   0.020
 K8K  plan-3  C13  0.020
 K8K  plan-3  N07  0.020
 K8K  plan-3  C06  0.020
 K8K  plan-3  C12  0.020
 K8K  plan-3  C04  0.020
 K8K  plan-3  C03  0.020
 K8K  plan-3  C14  0.020
 K8K  plan-3  C02  0.020
 K8K  plan-3  H15  0.020
 K8K  plan-3  H16  0.020
 K8K  plan-3  F01  0.020
 K8K  plan-3  F05  0.020
 K8K  plan-4  C10  0.020
 K8K  plan-4  N07  0.020
 K8K  plan-4  C06  0.020
 K8K  plan-4  C08  0.020
 K8K  plan-4  H11  0.020
 K8K  plan-4  O09  0.020
 K8K  plan-5  C10  0.020
 K8K  plan-5  C18  0.020
 K8K  plan-5  N15  0.020
 K8K  plan-5  O17  0.020
 K8K  plan-5  H17  0.020
 K8K  plan-5  C16  0.020

