# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat May  9 20:19:56 2020
#   Inital geometry file: a 67 line input string
#   Ligand name: 4-(6-azanyl-8-bromanyl-purin-9-yl)butan-1-ol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Nc1ncnc2n(CCCCO)c(Br)nc12
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 JYW  JYW  4-(6-azanyl-8-bromanyl-purin-9-yl)butan-1-ol  ligand  28  16  .  2021-08-12  2021-08-12  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_JYW
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 JYW  C2   C   CR5   0   0.280  -0.6064  -1.0835   0.1063
 JYW  C3   C   CR56  0   0.004  -2.2324   0.2183  -0.1297
 JYW  C4   C   CR6   0   0.455  -3.4440   0.8884  -0.3807
 JYW  C5   C   CR16  0   0.042  -2.4224   2.8047   0.3831
 JYW  C7   C   CH2   0  -0.442   2.0750   0.9271  -0.1707
 JYW  C1   C   CR56  0   0.498  -1.1988   0.9844   0.3832
 JYW  C8   C   CH2   0  -0.463   3.4634   1.3253   0.3118
 JYW  C9   C   CH2   0  -0.136   4.3418   1.7766  -0.8384
 JYW  N1   N   NR5   0  -0.511  -0.1471   0.1266   0.5428
 JYW  N2   N   N     0  -0.456  -1.2386   2.2847   0.6583
 JYW  N3   N   N     0  -0.427  -1.8363  -1.0837  -0.2958
 JYW  N4   N   N     0  -0.471  -3.4988   2.1967  -0.1086
 JYW  N5   N   NH2   0  -0.815  -4.5259   0.2733  -0.8601
 JYW  O1   O   OH1   0  -0.675   5.6155   2.1208  -0.3375
 JYW  BR1  BR  BR    0   0.036   0.4705  -2.5929   0.1066
 JYW  H1   H   HCR6  0   0.254  -2.5365   3.8652   0.5800
 JYW  H2   H   HCH2  0   0.273   1.6173  -0.3337   1.5354
 JYW  H3   H   HCH2  0   0.277   1.0615   1.3183   1.6980
 JYW  H4   H   HCH2  0   0.235   2.1523   0.1115  -0.8956
 JYW  H5   H   HCH2  0   0.241   1.6053   1.7663  -0.6912
 JYW  H6   H   HCH2  0   0.231   3.3811   2.1314   1.0473
 JYW  H7   H   HCH2  0   0.230   3.9348   0.4776   0.8187
 JYW  H8   H   HCH2  0   0.191   4.4085   0.9696  -1.5807
 JYW  H9   H   HCH2  0   0.191   3.8670   2.6285  -1.3433
 JYW  H10  H   HNH2  0   0.405  -5.3413   0.8087  -1.1042
 JYW  H11  H   HNH2  0   0.412  -4.4866  -0.6863  -1.1565
 JYW  H12  H   HOH1  0   0.453   6.1614   2.4020  -1.0770
 JYW  C6   C   CH2   0  -0.315   1.1835   0.5020   0.9862

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 JYW  O1  C9   single    1.411  0.020  1.411
 JYW  N5  C4   single    1.334  0.020  1.334
 JYW  C8  C9   single    1.516  0.020  1.516
 JYW  C8  C7   single    1.523  0.020  1.523
 JYW  C4  N4   aromatic  1.337  0.020  1.337
 JYW  C4  C3   aromatic  1.407  0.020  1.407
 JYW  N4  C5   aromatic  1.330  0.020  1.330
 JYW  N3  C3   aromatic  1.371  0.020  1.371
 JYW  N3  C2   aromatic  1.294  0.020  1.294
 JYW  C3  C1   aromatic  1.385  0.020  1.385
 JYW  C5  N2   aromatic  1.322  0.020  1.322
 JYW  C2  BR1  single    1.854  0.020  1.854
 JYW  C2  N1   aromatic  1.366  0.020  1.366
 JYW  C1  N2   aromatic  1.330  0.020  1.330
 JYW  C1  N1   aromatic  1.367  0.020  1.367
 JYW  C7  C6   single    1.521  0.020  1.521
 JYW  N1  C6   single    1.452  0.020  1.452
 JYW  C5  H1   single    0.930  0.020  1.080
 JYW  C6  H2   single    0.970  0.020  1.090
 JYW  C6  H3   single    0.970  0.020  1.090
 JYW  C7  H4   single    0.970  0.020  1.090
 JYW  C7  H5   single    0.970  0.020  1.090
 JYW  C8  H6   single    0.970  0.020  1.090
 JYW  C8  H7   single    0.970  0.020  1.090
 JYW  C9  H8   single    0.970  0.020  1.090
 JYW  C9  H9   single    0.970  0.020  1.090
 JYW  N5  H10  single    0.860  0.020  1.020
 JYW  N5  H11  single    0.860  0.020  1.020
 JYW  O1  H12  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 JYW  BR1  C2  N3   123.51  3.000
 JYW  BR1  C2  N1   121.73  3.000
 JYW  N3   C2  N1   114.77  3.000
 JYW  N3   C3  C1   110.77  3.000
 JYW  C1   C3  C4   116.44  3.000
 JYW  N3   C3  C4   132.80  3.000
 JYW  N5   C4  N4   119.42  3.000
 JYW  N4   C4  C3   117.70  3.000
 JYW  N5   C4  C3   122.88  3.000
 JYW  H1   C5  N4   115.39  3.000
 JYW  H1   C5  N2   116.17  3.000
 JYW  N4   C5  N2   128.44  3.000
 JYW  H5   C7  H4   106.69  3.000
 JYW  H5   C7  C8   109.98  3.000
 JYW  H4   C7  C8   109.90  3.000
 JYW  H5   C7  C6   108.95  3.000
 JYW  H4   C7  C6   109.70  3.000
 JYW  C8   C7  C6   111.49  3.000
 JYW  N2   C1  N1   127.78  3.000
 JYW  N1   C1  C3   105.69  3.000
 JYW  N2   C1  C3   126.53  3.000
 JYW  H7   C8  H6   106.95  3.000
 JYW  H7   C8  C9   109.41  3.000
 JYW  H6   C8  C9   109.53  3.000
 JYW  H7   C8  C7   109.69  3.000
 JYW  H6   C8  C7   109.69  3.000
 JYW  C9   C8  C7   111.45  3.000
 JYW  H9   C9  H8   106.59  3.000
 JYW  H9   C9  O1   111.36  3.000
 JYW  H8   C9  O1   111.36  3.000
 JYW  H9   C9  C8   109.22  3.000
 JYW  H8   C9  C8   109.22  3.000
 JYW  O1   C9  C8   109.04  3.000
 JYW  C1   N1  C6   125.36  3.000
 JYW  C6   N1  C2   129.40  3.000
 JYW  C1   N1  C2   105.07  3.000
 JYW  C1   N2  C5   111.62  3.000
 JYW  C3   N3  C2   103.70  3.000
 JYW  C5   N4  C4   119.28  3.000
 JYW  H11  N5  H10  117.93  3.000
 JYW  H11  N5  C4   120.98  3.000
 JYW  H10  N5  C4   119.96  3.000
 JYW  H12  O1  C9   108.11  3.000
 JYW  H3   C6  H2   106.84  3.000
 JYW  H3   C6  N1   106.89  3.000
 JYW  H2   C6  N1   108.69  3.000
 JYW  H3   C6  C7   110.67  3.000
 JYW  H2   C6  C7   111.36  3.000
 JYW  N1   C6  C7   112.15  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 JYW  CONST_01  C4   C3  N3  C2   180.00   0.0  0
 JYW  CONST_02  C1   C3  N3  C2     0.00   0.0  0
 JYW  CONST_03  C3   C1  N1  C2     0.00   0.0  0
 JYW  CONST_04  N2   C1  N1  C2   180.00   0.0  0
 JYW  CONST_05  C5   N4  C4  C3     0.00   0.0  0
 JYW  CONST_06  N1   C2  N3  C3     0.00   0.0  0
 JYW  CONST_07  C5   N2  C1  C3     0.00   0.0  0
 JYW  CONST_08  N2   C5  N4  C4     0.00   0.0  0
 JYW  CONST_09  N2   C1  C3  C4     0.00   0.0  0
 JYW  CONST_10  N1   C1  C3  C4   180.00   0.0  0
 JYW  CONST_11  N1   C1  N2  C5   180.00   0.0  0
 JYW  CONST_12  N4   C4  C3  C1     0.00   0.0  0
 JYW  CONST_13  N4   C5  N2  C1     0.00   0.0  0
 JYW  CONST_14  N3   C2  N1  C1     0.00   0.0  0
 JYW  CONST_15  N3   C3  C1  N1     0.00   0.0  0
 JYW  CONST_16  N3   C3  C1  N2   180.00   0.0  0
 JYW  CONST_17  N4   C4  C3  N3   180.00   0.0  0
 JYW  CONST_18  BR1  C2  N3  C3   180.00   0.0  0
 JYW  CONST_19  C6   N1  C1  C3   180.00   0.0  0
 JYW  CONST_20  N5   C4  N4  C5   180.00   0.0  0
 JYW  CONST_21  N3   C2  N1  C6   180.00   0.0  0
 JYW  CONST_22  N2   C1  N1  C6     0.00   0.0  0
 JYW  CONST_23  N5   C4  C3  C1   180.00   0.0  0
 JYW  CONST_24  BR1  C2  N1  C1   180.00   0.0  0
 JYW  CONST_25  N5   C4  C3  N3     0.00   0.0  0
 JYW  CONST_26  H1   C5  N4  C4   180.00   0.0  0
 JYW  CONST_27  H10  N5  C4  C3   180.00   0.0  0
 JYW  CONST_28  H11  N5  C4  C3     0.00   0.0  0
 JYW  Var_01    C7   C6  N1  C2    86.97  30.0  2
 JYW  Var_02    N1   C6  C7  C8   179.66  30.0  3
 JYW  Var_03    C9   C8  C7  C6  -178.80  30.0  1
 JYW  Var_04    O1   C9  C8  C7  -179.47  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 JYW  plan-1  C2   0.020
 JYW  plan-1  C3   0.020
 JYW  plan-1  C4   0.020
 JYW  plan-1  C5   0.020
 JYW  plan-1  C1   0.020
 JYW  plan-1  N1   0.020
 JYW  plan-1  N2   0.020
 JYW  plan-1  N3   0.020
 JYW  plan-1  N4   0.020
 JYW  plan-1  N5   0.020
 JYW  plan-1  BR1  0.020
 JYW  plan-1  H1   0.020
 JYW  plan-1  C6   0.020
 JYW  plan-2  C4   0.020
 JYW  plan-2  N5   0.020
 JYW  plan-2  H10  0.020
 JYW  plan-2  H11  0.020

