# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat May  9 15:13:14 2020
#   Inital geometry file: a 77 line input string
#   Ligand name: 2-amino-4-(thiomorpholin-4-yl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-5-carbonitrile
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Nc1nc2[nH]cc(C#N)c2c(n1)N3CCSCC3
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 JUO  JUO  2-amino-4-(thiomorpholin-4-yl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-5-carbonitrile  ligand  30  18  .  2021-08-12  2021-08-12  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_JUO
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 JUO  N1    N  N     0  -0.521  -0.9278  -1.7539   0.5948
 JUO  C2    C  CR6   0   0.535  -2.2572  -1.9339   0.6265
 JUO  N3    N  N     0  -0.500  -3.1760  -1.0736   0.2042
 JUO  C4    C  CR56  0   0.509  -2.6544   0.0784  -0.1927
 JUO  C5    C  CR56  0  -0.046  -1.2983   0.4224  -0.2387
 JUO  C6    C  CR6   0   0.488  -0.4174  -0.6186   0.1455
 JUO  NAA   N  NS    0  -0.266   0.6915   3.4699  -0.7548
 JUO  NAB   N  NH2   0  -0.824  -2.6863  -3.1025   1.1522
 JUO  CAC   C  CSP   0  -0.040  -0.1782   2.7124  -0.6934
 JUO  CAD   C  CR15  0   0.038  -2.5603   2.2097  -0.8190
 JUO  CAE   C  CH2   0  -0.571   3.0487  -0.9368   1.2905
 JUO  CAF   C  CH2   0  -0.567   2.8489   0.8096  -0.7677
 JUO  CAG   C  CH2   0  -0.281   1.7425  -1.5164   0.7778
 JUO  CAH   C  CH2   0  -0.306   1.5770   0.0508  -1.0866
 JUO  NAK   N  NR15  0  -0.659  -3.3824   1.1635  -0.5746
 JUO  SAL   S  S2    0  -0.029   4.0963  -0.2812  -0.0342
 JUO  CAN   C  CR5   0  -0.137  -1.2605   1.8134  -0.6221
 JUO  NAR   N  NT    0  -0.494   0.9440  -0.5022   0.1054
 JUO  HNAB  H  HNH2  0   0.392  -2.0207  -3.8471   1.2636
 JUO  HNAA  H  HNH2  0   0.393  -3.6426  -3.3726   0.9997
 JUO  HAD   H  HCR5  0   0.319  -2.9422   3.1760  -1.1025
 JUO  HAE   H  HCH2  0   0.269   2.8543  -0.1524   2.0247
 JUO  HAEA  H  HCH2  0   0.287   3.6219  -1.7217   1.7838
 JUO  HAF   H  HCH2  0   0.286   3.2761   1.2113  -1.6862
 JUO  HAFA  H  HCH2  0   0.272   2.6451   1.6427  -0.0946
 JUO  HAG   H  HCH2  0   0.232   1.9450  -2.3632   0.1113
 JUO  HAGA  H  HCH2  0   0.270   1.1800  -1.8979   1.6265
 JUO  HAH   H  HCH2  0   0.271   0.8829   0.7030  -1.6099
 JUO  HAHA  H  HCH2  0   0.254   1.8093  -0.7659  -1.7816
 JUO  HNAK  H  HNR5  0   0.426  -4.3893   1.1937  -0.6215

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 JUO  N1   C2    aromatic  1.342  0.020  1.342
 JUO  N1   C6    aromatic  1.323  0.020  1.323
 JUO  C2   N3    aromatic  1.328  0.020  1.328
 JUO  C2   NAB   single    1.351  0.020  1.351
 JUO  N3   C4    aromatic  1.325  0.020  1.325
 JUO  C4   C5    aromatic  1.400  0.020  1.400
 JUO  C4   NAK   aromatic  1.361  0.020  1.361
 JUO  C5   C6    aromatic  1.417  0.020  1.417
 JUO  C5   CAN   aromatic  1.443  0.020  1.443
 JUO  C6   NAR   single    1.367  0.020  1.367
 JUO  NAA  CAC   triple    1.155  0.020  1.155
 JUO  CAC  CAN   single    1.409  0.020  1.409
 JUO  CAD  NAK   aromatic  1.353  0.020  1.353
 JUO  CAD  CAN   aromatic  1.373  0.020  1.373
 JUO  CAE  CAG   single    1.518  0.020  1.518
 JUO  CAE  SAL   single    1.812  0.020  1.812
 JUO  CAF  CAH   single    1.515  0.020  1.515
 JUO  CAF  SAL   single    1.812  0.020  1.812
 JUO  CAG  NAR   single    1.455  0.020  1.455
 JUO  CAH  NAR   single    1.459  0.020  1.459
 JUO  NAB  HNAB  single    0.890  0.020  1.040
 JUO  NAB  HNAA  single    0.890  0.020  1.040
 JUO  CAD  HAD   single    0.930  0.020  1.080
 JUO  CAE  HAE   single    0.970  0.020  1.090
 JUO  CAE  HAEA  single    0.970  0.020  1.090
 JUO  CAF  HAF   single    0.970  0.020  1.090
 JUO  CAF  HAFA  single    0.970  0.020  1.090
 JUO  CAG  HAG   single    0.970  0.020  1.090
 JUO  CAG  HAGA  single    0.970  0.020  1.090
 JUO  CAH  HAH   single    0.970  0.020  1.090
 JUO  CAH  HAHA  single    0.970  0.020  1.090
 JUO  NAK  HNAK  single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 JUO  C6    N1   C2    120.35  3.000
 JUO  NAB   C2   N3    117.67  3.000
 JUO  NAB   C2   N1    116.09  3.000
 JUO  N3    C2   N1    126.24  3.000
 JUO  C4    N3   C2    112.72  3.000
 JUO  NAK   C4   C5    108.24  3.000
 JUO  NAK   C4   N3    124.50  3.000
 JUO  C5    C4   N3    127.20  3.000
 JUO  CAN   C5   C6    139.81  3.000
 JUO  CAN   C5   C4    105.72  3.000
 JUO  C6    C5   C4    114.39  3.000
 JUO  NAR   C6   C5    123.28  3.000
 JUO  NAR   C6   N1    117.85  3.000
 JUO  C5    C6   N1    118.85  3.000
 JUO  HNAA  NAB  HNAB  116.60  3.000
 JUO  HNAA  NAB  C2    118.38  3.000
 JUO  HNAB  NAB  C2    118.27  3.000
 JUO  CAN   CAC  NAA   180.00  3.000
 JUO  HAD   CAD  CAN   129.23  3.000
 JUO  HAD   CAD  NAK   121.73  3.000
 JUO  CAN   CAD  NAK   109.04  3.000
 JUO  HAEA  CAE  HAE   107.85  3.000
 JUO  HAEA  CAE  SAL   106.71  3.000
 JUO  HAE   CAE  SAL   109.56  3.000
 JUO  HAEA  CAE  CAG   109.29  3.000
 JUO  HAE   CAE  CAG   110.38  3.000
 JUO  SAL   CAE  CAG   112.87  3.000
 JUO  HAFA  CAF  HAF   108.18  3.000
 JUO  HAFA  CAF  SAL   109.80  3.000
 JUO  HAF   CAF  SAL   107.05  3.000
 JUO  HAFA  CAF  CAH   110.84  3.000
 JUO  HAF   CAF  CAH   109.65  3.000
 JUO  SAL   CAF  CAH   111.20  3.000
 JUO  HAGA  CAG  HAG   107.40  3.000
 JUO  HAGA  CAG  NAR   108.74  3.000
 JUO  HAG   CAG  NAR   111.02  3.000
 JUO  HAGA  CAG  CAE   108.39  3.000
 JUO  HAG   CAG  CAE   109.96  3.000
 JUO  NAR   CAG  CAE   111.22  3.000
 JUO  HAHA  CAH  HAH   106.08  3.000
 JUO  HAHA  CAH  NAR   109.11  3.000
 JUO  HAH   CAH  NAR   110.12  3.000
 JUO  HAHA  CAH  CAF   109.17  3.000
 JUO  HAH   CAH  CAF   109.69  3.000
 JUO  NAR   CAH  CAF   112.47  3.000
 JUO  HNAK  NAK  CAD   125.12  3.000
 JUO  HNAK  NAK  C4    124.81  3.000
 JUO  CAD   NAK  C4    110.00  3.000
 JUO  CAF   SAL  CAE    96.65  3.000
 JUO  CAD   CAN  CAC   122.40  3.000
 JUO  CAD   CAN  C5    106.95  3.000
 JUO  CAC   CAN  C5    130.43  3.000
 JUO  CAH   NAR  CAG   113.81  3.000
 JUO  CAH   NAR  C6    119.23  3.000
 JUO  CAG   NAR  C6    118.27  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 JUO  CONST_01  C4    N3   C2   N1      0.00   0.0  0
 JUO  CONST_02  C4    C5   C6   N1      0.00   0.0  0
 JUO  CONST_03  CAN   C5   C6   N1    180.00   0.0  0
 JUO  CONST_04  C5    C6   N1   C2      0.00   0.0  0
 JUO  CONST_05  C5    C4   N3   C2      0.00   0.0  0
 JUO  CONST_06  NAK   C4   N3   C2    180.00   0.0  0
 JUO  CONST_07  C6    N1   C2   N3      0.00   0.0  0
 JUO  CONST_08  C6    C5   C4   N3      0.00   0.0  0
 JUO  CONST_09  CAN   C5   C4   N3    180.00   0.0  0
 JUO  CONST_10  CAD   NAK  C4   N3    180.00   0.0  0
 JUO  CONST_11  CAD   CAN  C5   C4      0.00   0.0  0
 JUO  CONST_12  CAN   CAD  NAK  C4      0.00   0.0  0
 JUO  CONST_13  CAD   NAK  C4   C5      0.00   0.0  0
 JUO  CONST_14  NAK   CAD  CAN  C5      0.00   0.0  0
 JUO  CONST_15  NAK   C4   C5   C6    180.00   0.0  0
 JUO  CONST_16  CAD   CAN  C5   C6    180.00   0.0  0
 JUO  CONST_17  CAN   C5   C4   NAK     0.00   0.0  0
 JUO  CONST_18  NAR   C6   N1   C2    180.00   0.0  0
 JUO  CONST_19  NAR   C6   C5   C4    180.00   0.0  0
 JUO  CONST_20  NAR   C6   C5   CAN     0.00   0.0  0
 JUO  CONST_21  NAB   C2   N3   C4    180.00   0.0  0
 JUO  CONST_22  CAC   CAN  C5   C4    180.00   0.0  0
 JUO  CONST_23  NAB   C2   N1   C6    180.00   0.0  0
 JUO  CONST_24  CAC   CAN  C5   C6      0.00   0.0  0
 JUO  CONST_25  NAK   CAD  CAN  CAC   180.00   0.0  0
 JUO  CONST_26  HNAK  NAK  C4   N3      0.00   0.0  0
 JUO  CONST_27  HAD   CAD  NAK  C4    180.00   0.0  0
 JUO  CONST_29  HNAA  NAB  C2   N1    180.00   0.0  0
 JUO  Var_01    CAG   NAR  C6   N1    -11.08  30.0  2
 JUO  Var_02    CAE   CAG  NAR  C6   -149.59  30.0  1
 JUO  Var_03    CAF   CAH  NAR  C6    148.29  30.0  1
 JUO  Var_04    CAH   CAF  SAL  CAE   -53.21  30.0  1
 JUO  Var_05    CAG   CAE  SAL  CAF    53.52  30.0  1
 JUO  Var_06    NAR   CAG  CAE  SAL   -61.23  30.0  1
 JUO  Var_07    NAR   CAH  CAF  SAL    62.45  30.0  1

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 JUO  plan-1  N1    0.020
 JUO  plan-1  C2    0.020
 JUO  plan-1  N3    0.020
 JUO  plan-1  C4    0.020
 JUO  plan-1  C5    0.020
 JUO  plan-1  C6    0.020
 JUO  plan-1  NAA   0.020
 JUO  plan-1  NAB   0.020
 JUO  plan-1  CAC   0.020
 JUO  plan-1  CAD   0.020
 JUO  plan-1  NAK   0.020
 JUO  plan-1  CAN   0.020
 JUO  plan-1  NAR   0.020
 JUO  plan-1  HAD   0.020
 JUO  plan-1  HNAK  0.020
 JUO  plan-2  C2    0.020
 JUO  plan-2  NAB   0.020
 JUO  plan-2  HNAB  0.020
 JUO  plan-2  HNAA  0.020

