# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat May  9 14:58:35 2020
#   Inital geometry file: a 123 line input string
#   Ligand name: 6-cyclohexylhexyl beta-D-glucopyranoside
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC[C@H]1O[C@@H](OCCCCCCC2CCCCC2)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 JU7  JU7  '6-cyclohexylhexyl beta-D-glucopyranoside'  ligand  58  24  .  2021-08-12  2021-08-12  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_JU7
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 JU7  C02  C  CH1   0  -0.026  -4.3219   1.4685  -0.2202
 JU7  C03  C  CH1   0   0.299  -3.3178   0.3745   0.1323
 JU7  C05  C  CH2   0  -0.140  -0.9763   0.0440   0.1238
 JU7  C06  C  CH2   0  -0.464   0.2778   0.6583  -0.4606
 JU7  C07  C  CH2   0  -0.426   1.5441   0.0502   0.1301
 JU7  C08  C  CH2   0  -0.410   2.8099   0.6842  -0.4318
 JU7  C09  C  CH2   0  -0.422   4.0920   0.1121   0.1594
 JU7  C10  C  CH2   0  -0.402   5.3400   0.8099  -0.3689
 JU7  C11  C  CH1   0  -0.219   6.6563   0.3161   0.2290
 JU7  C12  C  CH2   0  -0.414   7.8084   1.2447  -0.1571
 JU7  C13  C  CH2   0  -0.431   9.1437   0.7822   0.4160
 JU7  C14  C  CH2   0  -0.428   9.4568  -0.6524   0.0049
 JU7  C15  C  CH2   0  -0.428   8.3201  -1.5923   0.3907
 JU7  C16  C  CH2   0  -0.421   6.9850  -1.1209  -0.1789
 JU7  C18  C  CH1   0  -0.015  -4.9633  -1.3078   0.1858
 JU7  C19  C  CH2   0  -0.156  -5.2589  -2.6842  -0.3718
 JU7  C21  C  CH1   0   0.034  -6.0819  -0.3137  -0.1338
 JU7  C23  C  CH1   0  -0.010  -5.6841   1.0809   0.3363
 JU7  O01  O  OH1   0  -0.669  -3.9626   2.7040   0.3461
 JU7  O04  O  O2    0  -0.503  -2.1075   0.6903  -0.4415
 JU7  O17  O  O2    0  -0.496  -3.7536  -0.8571  -0.3852
 JU7  O20  O  OH1   0  -0.670  -4.2444  -3.5692   0.0392
 JU7  O22  O  OH1   0  -0.672  -7.2540  -0.7516   0.5073
 JU7  O24  O  OH1   0  -0.673  -6.6986   1.9675  -0.0717
 JU7  H1   H  HCH1  0   0.220  -4.3872   1.5341  -1.3170
 JU7  H2   H  HCH1  0   0.183  -3.2248   0.3024   1.2330
 JU7  H3   H  HCH2  0   0.210  -1.0033  -1.0324  -0.0791
 JU7  H4   H  HCH2  0   0.206  -0.9851   0.1685   1.2146
 JU7  H5   H  HCH2  0   0.225   0.2795   0.5259  -1.5469
 JU7  H6   H  HCH2  0   0.223   0.2710   1.7363  -0.2737
 JU7  H7   H  HCH2  0   0.214   1.5331   0.1701   1.2189
 JU7  H8   H  HCH2  0   0.215   1.5597  -1.0288  -0.0561
 JU7  H9   H  HCH2  0   0.210   2.8257   0.5616  -1.5203
 JU7  H10  H  HCH2  0   0.209   2.7805   1.7645  -0.2512
 JU7  H11  H  HCH2  0   0.206   4.0629   0.2069   1.2509
 JU7  H12  H  HCH2  0   0.215   4.1391  -0.9612  -0.0491
 JU7  H13  H  HCH2  0   0.203   5.3804   0.7094  -1.4605
 JU7  H14  H  HCH2  0   0.211   5.2465   1.8840  -0.1710
 JU7  H15  H  HCH1  0   0.198   6.5592   0.3424   1.3239
 JU7  H16  H  HCH2  0   0.201   7.8783   1.2868  -1.2512
 JU7  H17  H  HCH2  0   0.220   7.5891   2.2635   0.1760
 JU7  H18  H  HCH2  0   0.223   9.9446   1.4532   0.0950
 JU7  H19  H  HCH2  0   0.206   9.1064   0.8442   1.5096
 JU7  H20  H  HCH2  0   0.205   9.6079  -0.6937  -1.0796
 JU7  H21  H  HCH2  0   0.223  10.3936  -0.9827   0.4609
 JU7  H22  H  HCH2  0   0.223   8.5345  -2.6077   0.0477
 JU7  H23  H  HCH2  0   0.206   8.2501  -1.6443   1.4829
 JU7  H24  H  HCH2  0   0.226   6.1889  -1.7997   0.1380
 JU7  H25  H  HCH2  0   0.201   7.0208  -1.1761  -1.2744
 JU7  H26  H  HCH1  0   0.222  -4.8627  -1.3797   1.2816
 JU7  H27  H  HCH2  0   0.213  -6.2423  -3.0011  -0.0098
 JU7  H28  H  HCH2  0   0.196  -5.3239  -2.6164  -1.4668
 JU7  H29  H  HCH1  0   0.211  -6.2161  -0.2869  -1.2272
 JU7  H30  H  HCH1  0   0.215  -5.6084   1.0547   1.4357
 JU7  H31  H  HOH1  0   0.455  -3.1776   3.0286  -0.1064
 JU7  H32  H  HOH1  0   0.457  -4.4831  -4.4511  -0.2595
 JU7  H33  H  HOH1  0   0.454  -7.9527  -0.1148   0.3232
 JU7  H34  H  HOH1  0   0.457  -6.5584   2.8158   0.3605

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 JU7  O20  C19  single  1.408  0.020  1.408
 JU7  C19  C18  single  1.514  0.020  1.514
 JU7  C18  O17  single  1.412  0.020  1.412
 JU7  C18  C21  single  1.530  0.020  1.530
 JU7  O17  C03  single  1.405  0.020  1.405
 JU7  O22  C21  single  1.406  0.020  1.406
 JU7  C21  C23  single  1.524  0.020  1.524
 JU7  O04  C03  single  1.376  0.020  1.376
 JU7  O04  C05  single  1.420  0.020  1.420
 JU7  C03  C02  single  1.526  0.020  1.526
 JU7  C08  C07  single  1.523  0.020  1.523
 JU7  C08  C09  single  1.523  0.020  1.523
 JU7  C05  C06  single  1.514  0.020  1.514
 JU7  C10  C09  single  1.524  0.020  1.524
 JU7  C10  C11  single  1.528  0.020  1.528
 JU7  C06  C07  single  1.524  0.020  1.524
 JU7  C16  C11  single  1.529  0.020  1.529
 JU7  C16  C15  single  1.526  0.020  1.526
 JU7  C02  C23  single  1.522  0.020  1.522
 JU7  C02  O01  single  1.406  0.020  1.406
 JU7  C23  O24  single  1.408  0.020  1.408
 JU7  C11  C12  single  1.529  0.020  1.529
 JU7  C15  C14  single  1.525  0.020  1.525
 JU7  C12  C13  single  1.525  0.020  1.525
 JU7  C14  C13  single  1.525  0.020  1.525
 JU7  C02  H1   single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C03  H2   single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C05  H3   single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C05  H4   single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C06  H5   single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C06  H6   single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C07  H7   single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C07  H8   single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C08  H9   single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C08  H10  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C09  H11  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C09  H12  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C10  H13  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C10  H14  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C11  H15  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C12  H16  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C12  H17  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C13  H18  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C13  H19  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C14  H20  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C14  H21  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C15  H22  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C15  H23  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C16  H24  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C16  H25  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C18  H26  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C19  H27  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C19  H28  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C21  H29  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  C23  H30  single  0.970  0.020  1.090
 JU7  O01  H31  single  0.850  0.020  0.980
 JU7  O20  H32  single  0.850  0.020  0.980
 JU7  O22  H33  single  0.850  0.020  0.980
 JU7  O24  H34  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 JU7  H1   C02  O01  111.36  3.000
 JU7  H1   C02  C23  109.05  3.000
 JU7  O01  C02  C23  107.78  3.000
 JU7  H1   C02  C03  108.17  3.000
 JU7  O01  C02  C03  111.65  3.000
 JU7  C23  C02  C03  108.77  3.000
 JU7  H2   C03  O17  109.58  3.000
 JU7  H2   C03  O04  110.83  3.000
 JU7  O17  C03  O04  108.69  3.000
 JU7  H2   C03  C02  109.37  3.000
 JU7  O04  C03  C02  108.53  3.000
 JU7  O17  C03  C02  109.83  3.000
 JU7  H4   C05  H3   107.16  3.000
 JU7  H4   C05  O04  109.72  3.000
 JU7  H3   C05  O04  110.72  3.000
 JU7  H4   C05  C06  110.13  3.000
 JU7  H3   C05  C06  110.34  3.000
 JU7  O04  C05  C06  108.76  3.000
 JU7  H6   C06  H5   106.78  3.000
 JU7  H6   C06  C07  109.40  3.000
 JU7  H5   C06  C07  109.58  3.000
 JU7  H6   C06  C05  109.19  3.000
 JU7  H5   C06  C05  109.60  3.000
 JU7  C07  C06  C05  112.14  3.000
 JU7  H8   C07  H7   106.08  3.000
 JU7  H8   C07  C08  109.60  3.000
 JU7  H7   C07  C08  109.23  3.000
 JU7  H8   C07  C06  109.82  3.000
 JU7  H7   C07  C06  109.47  3.000
 JU7  C08  C07  C06  112.43  3.000
 JU7  H10  C08  H9   105.93  3.000
 JU7  H10  C08  C09  109.21  3.000
 JU7  H9   C08  C09  109.36  3.000
 JU7  H10  C08  C07  109.10  3.000
 JU7  H9   C08  C07  109.38  3.000
 JU7  C09  C08  C07  113.58  3.000
 JU7  H12  C09  H11  106.00  3.000
 JU7  H12  C09  C10  110.35  3.000
 JU7  H11  C09  C10  109.11  3.000
 JU7  H12  C09  C08  109.30  3.000
 JU7  H11  C09  C08  109.37  3.000
 JU7  C10  C09  C08  112.50  3.000
 JU7  H14  C10  H13  105.81  3.000
 JU7  H14  C10  C11  108.64  3.000
 JU7  H13  C10  C11  109.15  3.000
 JU7  H14  C10  C09  108.43  3.000
 JU7  H13  C10  C09  109.46  3.000
 JU7  C11  C10  C09  114.95  3.000
 JU7  H15  C11  C16  107.88  3.000
 JU7  H15  C11  C12  107.67  3.000
 JU7  C16  C11  C12  109.95  3.000
 JU7  H15  C11  C10  107.81  3.000
 JU7  C12  C11  C10  110.73  3.000
 JU7  C16  C11  C10  112.61  3.000
 JU7  H17  C12  H16  106.30  3.000
 JU7  H17  C12  C13  110.09  3.000
 JU7  H16  C12  C13  109.31  3.000
 JU7  H17  C12  C11  109.73  3.000
 JU7  H16  C12  C11  108.85  3.000
 JU7  C13  C12  C11  112.37  3.000
 JU7  H19  C13  H18  106.45  3.000
 JU7  H19  C13  C14  109.23  3.000
 JU7  H18  C13  C14  110.36  3.000
 JU7  H19  C13  C12  109.15  3.000
 JU7  H18  C13  C12  110.19  3.000
 JU7  C14  C13  C12  111.34  3.000
 JU7  H21  C14  H20  106.46  3.000
 JU7  H21  C14  C15  110.31  3.000
 JU7  H20  C14  C15  109.27  3.000
 JU7  H21  C14  C13  110.36  3.000
 JU7  H20  C14  C13  109.31  3.000
 JU7  C15  C14  C13  111.02  3.000
 JU7  H23  C15  H22  106.34  3.000
 JU7  H23  C15  C16  109.32  3.000
 JU7  H22  C15  C16  109.97  3.000
 JU7  H23  C15  C14  109.21  3.000
 JU7  H22  C15  C14  110.31  3.000
 JU7  C16  C15  C14  111.55  3.000
 JU7  H25  C16  H24  106.37  3.000
 JU7  H25  C16  C15  109.18  3.000
 JU7  H24  C16  C15  109.70  3.000
 JU7  H25  C16  C11  108.69  3.000
 JU7  H24  C16  C11  110.46  3.000
 JU7  C15  C16  C11  112.25  3.000
 JU7  H26  C18  O17  110.16  3.000
 JU7  H26  C18  C21  108.45  3.000
 JU7  O17  C18  C21  109.54  3.000
 JU7  H26  C18  C19  108.93  3.000
 JU7  C21  C18  C19  111.77  3.000
 JU7  O17  C18  C19  107.98  3.000
 JU7  H28  C19  H27  107.11  3.000
 JU7  H28  C19  O20  111.86  3.000
 JU7  H27  C19  O20  111.65  3.000
 JU7  H28  C19  C18  108.80  3.000
 JU7  H27  C19  C18  108.47  3.000
 JU7  O20  C19  C18  108.86  3.000
 JU7  H29  C21  O22  111.00  3.000
 JU7  H29  C21  C23  108.39  3.000
 JU7  O22  C21  C23  111.21  3.000
 JU7  H29  C21  C18  108.19  3.000
 JU7  C23  C21  C18  109.82  3.000
 JU7  O22  C21  C18  108.17  3.000
 JU7  H30  C23  O24  110.70  3.000
 JU7  H30  C23  C21  107.68  3.000
 JU7  O24  C23  C21  107.38  3.000
 JU7  H30  C23  C02  108.02  3.000
 JU7  O24  C23  C02  112.25  3.000
 JU7  C21  C23  C02  110.72  3.000
 JU7  H31  O01  C02  108.39  3.000
 JU7  C05  O04  C03  115.47  3.000
 JU7  C18  O17  C03  113.37  3.000
 JU7  H32  O20  C19  107.89  3.000
 JU7  H33  O22  C21  108.16  3.000
 JU7  H34  O24  C23  108.67  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 JU7  Var_01  C14  C15  C16  C11   -55.26  30.0  1
 JU7  Var_02  C14  C13  C12  C11    55.57  30.0  1
 JU7  Var_03  C15  C14  C13  C12   -54.79  30.0  1
 JU7  Var_04  C16  C15  C14  C13    54.73  30.0  1
 JU7  Var_05  C06  C05  O04  C03  -171.03  30.0  3
 JU7  Var_06  C11  C10  C09  C08   177.73  30.0  1
 JU7  Var_07  C08  C07  C06  C05  -178.79  30.0  3
 JU7  Var_08  C09  C08  C07  C06   178.99  30.0  1
 JU7  Var_09  C10  C09  C08  C07  -177.20  30.0  3
 JU7  Var_10  O04  C05  C06  C07   178.11  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 JU7  chir_01  C02  C03  C23  O01  negativ
 JU7  chir_02  C03  O17  O04  C02  negativ
 JU7  chir_03  C11  C10  C16  C12  negativ
 JU7  chir_04  C18  C19  O17  C21  negativ
 JU7  chir_05  C21  O22  C18  C23  positiv
 JU7  chir_06  C23  O24  C02  C21  positiv

