# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat May  9 14:33:01 2020
#   Inital geometry file: a 102 line input string
#   Ligand name: 2-(4-methoxyphenyl)sulfanyl-~{N}-(2-methyl-5,6-dihydro-4~{H}-cyclopenta[c]pyrazol-3-yl)ethanamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1ccc(SCC(=O)Nc2n(C)nc3CCCc23)cc1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 JR6  JR6  2-(4-methoxyphenyl)sulfanyl-~{N}-(2-methyl-5,6-dihydro-4~{H}-cyclopenta[c]pyrazol-3-yl)ethanamide  ligand  41  22  .  2021-08-12  2021-08-12  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_JR6
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 JR6  C01  C  CH3   0  -0.438   7.7414   1.5927   0.1446
 JR6  C03  C  CR6   0   0.384   5.6832   0.4384   0.3857
 JR6  C04  C  CR16  0  -0.332   4.8989  -0.4356   1.1456
 JR6  C05  C  CR16  0  -0.214   3.6454  -0.8081   0.7034
 JR6  C06  C  CR6   0  -0.163   3.1358  -0.3080  -0.4958
 JR6  C08  C  CH2   0  -0.689   0.5036   0.2750  -0.0681
 JR6  C09  C  C     0   0.554  -0.9472   0.0012  -0.3901
 JR6  C12  C  CR5   0   0.542  -3.1987   0.5262   0.3114
 JR6  C13  C  CR55  0  -0.086  -4.0079  -0.5674   0.1274
 JR6  C14  C  CH2   0  -0.493  -4.0233  -2.0394  -0.1068
 JR6  C15  C  CH2   0  -0.467  -5.5088  -2.3823   0.1881
 JR6  C16  C  CH2   0  -0.498  -6.3378  -1.0928  -0.0395
 JR6  C17  C  CR55  0   0.220  -5.2988  -0.0393   0.1671
 JR6  C21  C  CR16  0  -0.222   3.9173   0.5604  -1.2448
 JR6  C22  C  CR16  0  -0.376   5.1857   0.9343  -0.8175
 JR6  N11  N  NH1   0  -0.751  -1.8208   0.6752   0.4014
 JR6  N18  N  N     0  -0.318  -5.3192   1.2607   0.3663
 JR6  N19  N  NR5   0  -0.324  -4.0228   1.6007   0.4331
 JR6  O02  O  O2    0  -0.467   6.8921   0.7391   0.8875
 JR6  O10  O  O     0  -0.444  -1.2912  -0.7485  -1.2799
 JR6  S07  S  S2    0   0.015   1.5426  -0.8119  -1.0840
 JR6  H1   H  HCH3  0   0.231   7.9814   1.1740  -0.8357
 JR6  H2   H  HCH3  0   0.231   7.3052   2.5853   0.0088
 JR6  H3   H  HCH3  0   0.262   8.6592   1.6905   0.7188
 JR6  H4   H  HCR6  0   0.268   5.2867  -0.8257   2.0783
 JR6  H5   H  HCR6  0   0.269   3.0549  -1.4951   1.2962
 JR6  H6   H  HCH2  0   0.316   0.7366   1.3220  -0.2756
 JR6  H7   H  HCH2  0   0.309   0.6936   0.0986   0.9924
 JR6  H8   H  HCH2  0   0.240  -3.7538  -2.2749  -1.1394
 JR6  H9   H  HCH2  0   0.240  -3.3434  -2.6023   0.5339
 JR6  H10  H  HCH2  0   0.237  -5.8684  -3.2165  -0.4138
 JR6  H11  H  HCH2  0   0.239  -5.6006  -2.6784   1.2347
 JR6  H12  H  HCH2  0   0.247  -6.7387  -1.0511  -1.0563
 JR6  H13  H  HCH2  0   0.250  -7.1853  -1.0206   0.6432
 JR6  H14  H  HCH3  0   0.257  -2.7582   3.2349   0.1444
 JR6  H15  H  HCH3  0   0.272  -4.4557   3.6142   0.4412
 JR6  H16  H  HCH3  0   0.256  -3.4219   3.1021   1.7840
 JR6  H17  H  HCR6  0   0.270   3.5391   0.9565  -2.1784
 JR6  H18  H  HCR6  0   0.284   5.7622   1.6105  -1.4337
 JR6  H19  H  HNH1  0   0.425  -1.4473   1.2518   1.1419
 JR6  C20  C  CH3   0  -0.538  -3.6370   2.9594   0.7242

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 JR6  O10  C09  double    1.213  0.020  1.213
 JR6  C08  C09  single    1.511  0.020  1.511
 JR6  C08  S07  single    1.815  0.020  1.815
 JR6  C09  N11  single    1.358  0.020  1.358
 JR6  C21  C22  aromatic  1.390  0.020  1.390
 JR6  C21  C06  aromatic  1.388  0.020  1.388
 JR6  C22  C03  aromatic  1.393  0.020  1.393
 JR6  S07  C06  single    1.772  0.020  1.772
 JR6  N11  C12  single    1.389  0.020  1.389
 JR6  C06  C05  aromatic  1.396  0.020  1.396
 JR6  C01  O02  single    1.415  0.020  1.415
 JR6  C12  C13  aromatic  1.373  0.020  1.373
 JR6  C12  N19  aromatic  1.360  0.020  1.360
 JR6  C20  N19  single    1.442  0.020  1.442
 JR6  C14  C13  single    1.491  0.020  1.491
 JR6  C14  C15  single    1.553  0.020  1.553
 JR6  C13  C17  aromatic  1.395  0.020  1.395
 JR6  N19  N18  aromatic  1.342  0.020  1.342
 JR6  C03  O02  single    1.343  0.020  1.343
 JR6  C03  C04  aromatic  1.399  0.020  1.399
 JR6  C17  N18  aromatic  1.315  0.020  1.315
 JR6  C17  C16  single    1.494  0.020  1.494
 JR6  C16  C15  single    1.550  0.020  1.550
 JR6  C05  C04  aromatic  1.380  0.020  1.380
 JR6  C01  H1   single    0.970  0.020  1.090
 JR6  C01  H2   single    0.970  0.020  1.090
 JR6  C01  H3   single    0.970  0.020  1.090
 JR6  C04  H4   single    0.930  0.020  1.080
 JR6  C05  H5   single    0.930  0.020  1.080
 JR6  C08  H6   single    0.970  0.020  1.090
 JR6  C08  H7   single    0.970  0.020  1.090
 JR6  C14  H8   single    0.970  0.020  1.090
 JR6  C14  H9   single    0.970  0.020  1.090
 JR6  C15  H10  single    0.970  0.020  1.090
 JR6  C15  H11  single    0.970  0.020  1.090
 JR6  C16  H12  single    0.970  0.020  1.090
 JR6  C16  H13  single    0.970  0.020  1.090
 JR6  C20  H14  single    0.970  0.020  1.090
 JR6  C20  H15  single    0.970  0.020  1.090
 JR6  C20  H16  single    0.970  0.020  1.090
 JR6  C21  H17  single    0.930  0.020  1.080
 JR6  C22  H18  single    0.930  0.020  1.080
 JR6  N11  H19  single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 JR6  H3   C01  H2   108.72  3.000
 JR6  H3   C01  H1   108.84  3.000
 JR6  H2   C01  H1   108.92  3.000
 JR6  H3   C01  O02  106.49  3.000
 JR6  H2   C01  O02  111.94  3.000
 JR6  H1   C01  O02  111.82  3.000
 JR6  O02  C03  C22  124.36  3.000
 JR6  O02  C03  C04  116.21  3.000
 JR6  C22  C03  C04  119.43  3.000
 JR6  H4   C04  C05  120.26  3.000
 JR6  H4   C04  C03  119.49  3.000
 JR6  C05  C04  C03  120.25  3.000
 JR6  H5   C05  C06  119.92  3.000
 JR6  H5   C05  C04  119.42  3.000
 JR6  C06  C05  C04  120.67  3.000
 JR6  S07  C06  C21  120.34  3.000
 JR6  S07  C06  C05  120.78  3.000
 JR6  C21  C06  C05  118.84  3.000
 JR6  H7   C08  H6   107.59  3.000
 JR6  H7   C08  S07  110.33  3.000
 JR6  H6   C08  S07  110.22  3.000
 JR6  H7   C08  C09  110.17  3.000
 JR6  H6   C08  C09  109.75  3.000
 JR6  S07  C08  C09  108.78  3.000
 JR6  O10  C09  N11  123.49  3.000
 JR6  N11  C09  C08  113.80  3.000
 JR6  O10  C09  C08  122.71  3.000
 JR6  N19  C12  N11  120.71  3.000
 JR6  N19  C12  C13  106.51  3.000
 JR6  N11  C12  C13  132.76  3.000
 JR6  C17  C13  C14  111.63  3.000
 JR6  C17  C13  C12  103.89  3.000
 JR6  C14  C13  C12  144.47  3.000
 JR6  H9   C14  H8   106.87  3.000
 JR6  H9   C14  C15  111.76  3.000
 JR6  H8   C14  C15  111.58  3.000
 JR6  H9   C14  C13  114.26  3.000
 JR6  H8   C14  C13  111.02  3.000
 JR6  C15  C14  C13  101.43  3.000
 JR6  H11  C15  H10  107.10  3.000
 JR6  H11  C15  C16  108.76  3.000
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 JR6  H11  C15  C14  108.81  3.000
 JR6  H10  C15  C14  112.32  3.000
 JR6  C16  C15  C14  107.46  3.000
 JR6  H13  C16  H12  107.13  3.000
 JR6  H13  C16  C17  114.03  3.000
 JR6  H12  C16  C17  110.89  3.000
 JR6  H13  C16  C15  112.26  3.000
 JR6  H12  C16  C15  111.36  3.000
 JR6  C17  C16  C15  101.21  3.000
 JR6  N18  C17  C16  135.00  3.000
 JR6  C16  C17  C13  111.88  3.000
 JR6  N18  C17  C13  113.12  3.000
 JR6  H17  C21  C22  119.06  3.000
 JR6  H17  C21  C06  119.85  3.000
 JR6  C22  C21  C06  121.09  3.000
 JR6  H18  C22  C21  118.66  3.000
 JR6  H18  C22  C03  121.62  3.000
 JR6  C21  C22  C03  119.72  3.000
 JR6  H19  N11  C12  118.40  3.000
 JR6  H19  N11  C09  118.22  3.000
 JR6  C12  N11  C09  123.18  3.000
 JR6  N19  N18  C17  104.07  3.000
 JR6  N18  N19  C20  120.48  3.000
 JR6  N18  N19  C12  112.38  3.000
 JR6  C20  N19  C12  126.91  3.000
 JR6  C03  O02  C01  118.64  3.000
 JR6  C08  S07  C06   99.13  3.000
 JR6  H16  C20  H15  108.85  3.000
 JR6  H16  C20  H14  108.98  3.000
 JR6  H15  C20  H14  108.50  3.000
 JR6  H16  C20  N19  111.84  3.000
 JR6  H15  C20  N19  108.29  3.000
 JR6  H14  C20  N19  110.31  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 JR6  CONST_01  C06  C21  C22  C03     0.00   0.0  0
 JR6  CONST_02  C06  C05  C04  C03     0.00   0.0  0
 JR6  CONST_03  C21  C22  C03  C04     0.00   0.0  0
 JR6  CONST_04  C21  C06  C05  C04     0.00   0.0  0
 JR6  CONST_05  C22  C21  C06  C05     0.00   0.0  0
 JR6  CONST_06  C22  C03  C04  C05     0.00   0.0  0
 JR6  CONST_07  N18  C17  C13  C12     0.00   0.0  0
 JR6  CONST_08  C17  N18  N19  C12     0.00   0.0  0
 JR6  CONST_09  N18  N19  C12  C13     0.00   0.0  0
 JR6  CONST_10  N19  N18  C17  C13     0.00   0.0  0
 JR6  CONST_11  N19  C12  C13  C17     0.00   0.0  0
 JR6  CONST_12  S07  C06  C05  C04   180.00   0.0  0
 JR6  CONST_13  O02  C03  C04  C05   180.00   0.0  0
 JR6  CONST_14  C20  N19  C12  C13   180.00   0.0  0
 JR6  CONST_15  N11  C12  C13  C14     0.00   0.0  0
 JR6  CONST_16  N11  C12  C13  C17   180.00   0.0  0
 JR6  CONST_17  C20  N19  N18  C17   180.00   0.0  0
 JR6  CONST_18  O02  C03  C22  C21   180.00   0.0  0
 JR6  CONST_19  S07  C06  C21  C22   180.00   0.0  0
 JR6  CONST_20  N18  N19  C12  N11   180.00   0.0  0
 JR6  CONST_21  H17  C21  C22  C03   180.00   0.0  0
 JR6  CONST_22  H5   C05  C04  C03   180.00   0.0  0
 JR6  CONST_23  H18  C22  C03  C04   180.00   0.0  0
 JR6  CONST_24  H4   C04  C05  C06   180.00   0.0  0
 JR6  CONST_28  C12  N11  C09  C08   180.00   0.0  0
 JR6  CONST_29  O10  C09  N11  C12     0.00   0.0  0
 JR6  Var_01    C15  C14  C13  C12   166.18  30.0  1
 JR6  Var_02    C16  C15  C14  C13    24.25  30.0  1
 JR6  Var_03    C15  C16  C17  C13    15.29  30.0  1
 JR6  Var_04    C17  C16  C15  C14   -24.26  30.0  1
 JR6  Var_05    C22  C03  O02  C01    -1.39  30.0  3
 JR6  Var_06    C21  C06  S07  C08  -101.49  30.0  2
 JR6  Var_07    H14  C20  N19  C12    43.33  30.0  2
 JR6  Var_08    C09  C08  S07  C06  -179.13  30.0  2
 JR6  Var_09    H1   C01  O02  C03   -60.48  30.0  3
 JR6  Var_10    S07  C08  C09  N11   174.36  30.0  1

loop_
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