# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat May  9 06:54:03 2020
#   Inital geometry file: a 78 line input string
#   Ligand name: 1-(2-phenoxyphenyl)ethan-1-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(=O)c1ccccc1Oc2ccccc2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 JPG  JPG  1-(2-phenoxyphenyl)ethan-1-one  ligand  28  16  .  2021-08-12  2021-08-12  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_JPG
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 JPG  C13   C  CR16  0  -0.253   3.5018   0.0786   1.2852
 JPG  C15   C  CR16  0  -0.254   3.8232   0.2926  -1.0868
 JPG  C01   C  CH3   0  -0.803  -3.9042   1.6131   0.2596
 JPG  O03   O  O     0  -0.390  -1.7874   2.3009  -0.5425
 JPG  C04   C  CR6   0  -0.114  -1.9687  -0.0234  -0.1239
 JPG  C05   C  CR16  0  -0.283  -2.8738  -1.0814   0.0038
 JPG  C06   C  CR16  0  -0.258  -2.4648  -2.4017   0.0240
 JPG  C07   C  CR16  0  -0.239  -1.1114  -2.6881  -0.0795
 JPG  C08   C  CR16  0  -0.342  -0.1829  -1.6674  -0.1962
 JPG  C09   C  CR6   0   0.368  -0.5990  -0.3384  -0.2185
 JPG  O10   O  O2    0  -0.489   0.2826   0.6794  -0.3286
 JPG  C11   C  CR6   0   0.302   1.6254   0.4448  -0.1541
 JPG  C12   C  CR16  0  -0.296   2.1351   0.2537   1.1227
 JPG  C14   C  CR16  0  -0.256   4.3483   0.0970   0.1833
 JPG  C16   C  CR16  0  -0.308   2.4559   0.4640  -1.2630
 JPG  H131  H  HCR6  0   0.265   3.9056  -0.0697   2.2781
 JPG  H151  H  HCR6  0   0.265   4.4779   0.3097  -1.9480
 JPG  H011  H  HCH3  0   0.265  -4.1145   1.1648   1.2308
 JPG  H012  H  HCH3  0   0.270  -4.0974   2.6821   0.3115
 JPG  H013  H  HCH3  0   0.269  -4.6033   1.1755  -0.4558
 JPG  H051  H  HCR6  0   0.273  -3.9312  -0.8710   0.0824
 JPG  H061  H  HCR6  0   0.264  -3.1921  -3.1960   0.1171
 JPG  H071  H  HCR6  0   0.272  -0.7677  -3.7143  -0.0709
 JPG  H081  H  HCR6  0   0.286   0.8675  -1.9130  -0.2749
 JPG  H121  H  HCR6  0   0.277   1.4715   0.2461   1.9785
 JPG  H141  H  HCR6  0   0.261   5.4139  -0.0347   0.3155
 JPG  H161  H  HCR6  0   0.273   2.0404   0.6182  -2.2506
 JPG  C02   C  C     0   0.372  -2.4767   1.3754  -0.1695

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 JPG  C01  C02   single    1.509  0.020  1.509
 JPG  O03  C02   double    1.213  0.020  1.213
 JPG  C02  C04   single    1.489  0.020  1.489
 JPG  C05  C04   aromatic  1.398  0.020  1.398
 JPG  C05  C06   aromatic  1.382  0.020  1.382
 JPG  C04  C09   aromatic  1.409  0.020  1.409
 JPG  C13  C12   aromatic  1.387  0.020  1.387
 JPG  C13  C14   aromatic  1.390  0.020  1.390
 JPG  C12  C11   aromatic  1.388  0.020  1.388
 JPG  C06  C07   aromatic  1.387  0.020  1.387
 JPG  C09  O10   single    1.351  0.020  1.351
 JPG  C09  C08   aromatic  1.393  0.020  1.393
 JPG  C14  C15   aromatic  1.388  0.020  1.388
 JPG  C07  C08   aromatic  1.385  0.020  1.385
 JPG  C11  O10   single    1.374  0.020  1.374
 JPG  C11  C16   aromatic  1.386  0.020  1.386
 JPG  C15  C16   aromatic  1.389  0.020  1.389
 JPG  C13  H131  single    0.930  0.020  1.080
 JPG  C15  H151  single    0.930  0.020  1.080
 JPG  C01  H011  single    0.970  0.020  1.090
 JPG  C01  H012  single    0.970  0.020  1.090
 JPG  C01  H013  single    0.970  0.020  1.090
 JPG  C05  H051  single    0.930  0.020  1.080
 JPG  C06  H061  single    0.930  0.020  1.080
 JPG  C07  H071  single    0.930  0.020  1.080
 JPG  C08  H081  single    0.930  0.020  1.080
 JPG  C12  H121  single    0.930  0.020  1.080
 JPG  C14  H141  single    0.930  0.020  1.080
 JPG  C16  H161  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 JPG  H131  C13  C14   120.14  3.000
 JPG  H131  C13  C12   119.50  3.000
 JPG  C14   C13  C12   120.37  3.000
 JPG  H151  C15  C16   119.52  3.000
 JPG  H151  C15  C14   120.10  3.000
 JPG  C16   C15  C14   120.38  3.000
 JPG  H013  C01  H012  108.15  3.000
 JPG  H013  C01  H011  107.18  3.000
 JPG  H012  C01  H011  109.11  3.000
 JPG  H013  C01  C02   110.87  3.000
 JPG  H012  C01  C02   109.66  3.000
 JPG  H011  C01  C02   111.77  3.000
 JPG  C09   C04  C05   117.80  3.000
 JPG  C09   C04  C02   122.67  3.000
 JPG  C05   C04  C02   119.53  3.000
 JPG  H051  C05  C06   118.31  3.000
 JPG  H051  C05  C04   119.51  3.000
 JPG  C06   C05  C04   122.18  3.000
 JPG  H061  C06  C07   120.74  3.000
 JPG  H061  C06  C05   120.27  3.000
 JPG  C07   C06  C05   118.99  3.000
 JPG  H071  C07  C08   119.12  3.000
 JPG  H071  C07  C06   120.33  3.000
 JPG  C08   C07  C06   120.55  3.000
 JPG  H081  C08  C09   120.37  3.000
 JPG  H081  C08  C07   119.33  3.000
 JPG  C09   C08  C07   120.29  3.000
 JPG  O10   C09  C08   121.68  3.000
 JPG  C08   C09  C04   120.19  3.000
 JPG  O10   C09  C04   118.13  3.000
 JPG  C11   O10  C09   119.91  3.000
 JPG  C16   C11  C12   121.20  3.000
 JPG  C16   C11  O10   118.79  3.000
 JPG  C12   C11  O10   119.95  3.000
 JPG  H121  C12  C11   120.19  3.000
 JPG  H121  C12  C13   120.68  3.000
 JPG  C11   C12  C13   119.14  3.000
 JPG  H141  C14  C15   120.11  3.000
 JPG  H141  C14  C13   120.10  3.000
 JPG  C15   C14  C13   119.80  3.000
 JPG  H161  C16  C11   120.14  3.000
 JPG  H161  C16  C15   120.74  3.000
 JPG  C11   C16  C15   119.12  3.000
 JPG  C04   C02  O03   122.17  3.000
 JPG  C04   C02  C01   117.51  3.000
 JPG  O03   C02  C01   120.32  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 JPG  CONST_01  C16   C11  C12  C13    0.00   0.0  0
 JPG  CONST_02  C16   C15  C14  C13    0.00   0.0  0
 JPG  CONST_03  C12   C13  C14  C15    0.00   0.0  0
 JPG  CONST_04  C12   C11  C16  C15    0.00   0.0  0
 JPG  CONST_05  C07   C06  C05  C04    0.00   0.0  0
 JPG  CONST_06  C07   C08  C09  C04    0.00   0.0  0
 JPG  CONST_07  C08   C09  C04  C05    0.00   0.0  0
 JPG  CONST_08  C08   C07  C06  C05    0.00   0.0  0
 JPG  CONST_09  C09   C04  C05  C06    0.00   0.0  0
 JPG  CONST_10  C09   C08  C07  C06    0.00   0.0  0
 JPG  CONST_11  C14   C13  C12  C11    0.00   0.0  0
 JPG  CONST_12  C14   C15  C16  C11    0.00   0.0  0
 JPG  CONST_13  O10   C11  C12  C13  180.00   0.0  0
 JPG  CONST_14  O10   C11  C16  C15  180.00   0.0  0
 JPG  CONST_15  C06   C05  C04  C02  180.00   0.0  0
 JPG  CONST_16  C08   C09  C04  C02  180.00   0.0  0
 JPG  CONST_17  O10   C09  C04  C05  180.00   0.0  0
 JPG  CONST_18  O10   C09  C08  C07  180.00   0.0  0
 JPG  CONST_19  H151  C15  C14  C13  180.00   0.0  0
 JPG  CONST_20  H131  C13  C14  C15  180.00   0.0  0
 JPG  CONST_21  H061  C06  C05  C04  180.00   0.0  0
 JPG  CONST_22  H081  C08  C09  C04  180.00   0.0  0
 JPG  CONST_23  H071  C07  C06  C05  180.00   0.0  0
 JPG  CONST_24  H051  C05  C06  C07  180.00   0.0  0
 JPG  CONST_25  H141  C14  C13  C12  180.00   0.0  0
 JPG  CONST_26  H161  C16  C11  C12  180.00   0.0  0
 JPG  CONST_27  H121  C12  C13  C14  180.00   0.0  0
 JPG  Var_01    C12   C11  O10  C09  -75.51  30.0  2
 JPG  Var_02    C05   C04  C02  C01   14.64  30.0  2
 JPG  Var_03    H011  C01  C02  C04   50.93  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 JPG  plan-1  C13   0.020
 JPG  plan-1  C15   0.020
 JPG  plan-1  O10   0.020
 JPG  plan-1  C11   0.020
 JPG  plan-1  C12   0.020
 JPG  plan-1  C14   0.020
 JPG  plan-1  C16   0.020
 JPG  plan-1  H131  0.020
 JPG  plan-1  H151  0.020
 JPG  plan-1  H121  0.020
 JPG  plan-1  H141  0.020
 JPG  plan-1  H161  0.020
 JPG  plan-2  C04   0.020
 JPG  plan-2  C05   0.020
 JPG  plan-2  C06   0.020
 JPG  plan-2  C07   0.020
 JPG  plan-2  C08   0.020
 JPG  plan-2  C09   0.020
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 JPG  plan-2  C02   0.020
 JPG  plan-3  C01   0.020
 JPG  plan-3  O03   0.020
 JPG  plan-3  C04   0.020
 JPG  plan-3  C02   0.020

