# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat May  9 05:26:46 2020
#   Inital geometry file: a 118 line input string
#   Ligand name: (2,4-dinitrophenyl)-[4-[(4-fluorophenyl)methyl]piperazin-1-yl]methanone
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: [O-][N+](=O)c1ccc(C(=O)N2CCN(CC2)Cc3ccc(F)cc3)c(c1)[N+]([O-])=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 JKB  JKB  (2,4-dinitrophenyl)-[4-[(4-fluorophenyl)methyl]piperazin-1-yl]methanone  ligand  45  28  .  2021-08-12  2021-08-12  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_JKB
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 JKB  C01  C  CR16   0  -0.262   5.0322  -1.2831  -0.0145
 JKB  C02  C  CR16   0  -0.397   6.3212  -1.3062   0.4951
 JKB  C03  C  CR6    0   0.073   4.6392  -0.3155  -0.9372
 JKB  C04  C  CR6    0   0.510   7.2187  -0.3441   0.0689
 JKB  C05  C  CR16   0  -0.295   5.5681   0.6388  -1.3344
 JKB  C06  C  CR16   0  -0.398   6.8669   0.6327  -0.8396
 JKB  C07  C  CH2    0  -0.319   3.2448  -0.3272  -1.5079
 JKB  N08  N  NT     0  -0.424   2.2373  -0.5032  -0.4836
 JKB  C09  C  CH2    0  -0.316   1.1899   0.3258   1.5511
 JKB  C10  C  CH2    0  -0.279   2.1393   0.6356   0.4075
 JKB  N11  N  NT     0  -0.438  -0.1087  -0.0716   1.0338
 JKB  C12  C  CH2    0  -0.316  -0.0415  -1.1615   0.0771
 JKB  C13  C  CH2    0  -0.273   0.9401  -0.8333  -1.0363
 JKB  C14  C  C      0   0.538  -1.2114   0.6277   1.3160
 JKB  C15  C  CR6    0  -0.092  -2.5185   0.0759   0.8004
 JKB  C16  C  CR16   0  -0.315  -4.5198   0.2106  -0.5692
 JKB  C17  C  CR6    0   0.281  -3.2536   0.6501  -0.2315
 JKB  C18  C  CR6    0   0.274  -5.0540  -0.8381   0.1535
 JKB  C19  C  CR16   0  -0.235  -4.3620  -1.4354   1.1948
 JKB  C20  C  CR16   0  -0.234  -3.1001  -0.9667   1.5121
 JKB  O22  O  O      0  -0.467  -1.2655   1.6093   2.0388
 JKB  N23  N  N      1   0.332  -6.3826  -1.3267  -0.1989
 JKB  O24  O  O     -1  -0.363  -6.9522  -0.7940  -1.1192
 JKB  O25  O  O      0  -0.362  -6.8343  -2.2361   0.4514
 JKB  N26  N  N      1   0.339  -2.6795   1.7310  -1.0220
 JKB  O28  O  O      0  -0.363  -1.4820   1.8755  -0.9766
 JKB  F21  F  F      0  -0.318   8.4710  -0.3603   0.5581
 JKB  H1   H  HCR6   0   0.256   4.3171  -2.0243   0.3187
 JKB  H2   H  HCR6   0   0.276   6.6232  -2.0608   1.2100
 JKB  H3   H  HCR6   0   0.260   5.2796   1.4087  -2.0401
 JKB  H4   H  HCR6   0   0.277   7.5855   1.3785  -1.1537
 JKB  H5   H  HCH2   0   0.218   3.0874   0.5869  -2.1041
 JKB  H6   H  HCH2   0   0.255   3.1548  -1.1644  -2.2067
 JKB  H8   H  HCH2   0   0.253   1.5937  -0.4973   2.1470
 JKB  H9   H  HCH2   0   0.271   1.0786   1.1896   2.2008
 JKB  H10  H  HCH2   0   0.254   3.1226   0.8581   0.8257
 JKB  H11  H  HCH2   0   0.208   1.7951   1.5418  -0.1184
 JKB  H12  H  HCH2   0   0.256   0.2826  -2.0685   0.5944
 JKB  H13  H  HCH2   0   0.272  -1.0212  -1.3616  -0.3507
 JKB  H14  H  HCH2   0   0.205   0.5275  -0.0194  -1.6528
 JKB  H15  H  HCH2   0   0.251   1.0345  -1.7111  -1.6791
 JKB  H16  H  HCR6   0   0.337  -5.0690   0.6663  -1.3800
 JKB  H17  H  HCR6   0   0.321  -4.7864  -2.2531   1.7588
 JKB  H18  H  HCR6   0   0.306  -2.5568  -1.4249   2.3273
 JKB  O27  O  O     -1  -0.356  -3.4275   2.4104  -1.6785

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 JKB  C09  N11  single    1.453  0.020  1.453
 JKB  C09  C10  single    1.518  0.020  1.518
 JKB  O22  C14  double    1.220  0.020  1.220
 JKB  C14  N11  single    1.336  0.020  1.336
 JKB  C14  C15  single    1.510  0.020  1.510
 JKB  N11  C12  single    1.452  0.020  1.452
 JKB  C10  N08  single    1.449  0.020  1.449
 JKB  C20  C15  aromatic  1.390  0.020  1.390
 JKB  C20  C19  aromatic  1.383  0.020  1.383
 JKB  N08  C07  single    1.448  0.020  1.448
 JKB  N08  C13  single    1.448  0.020  1.448
 JKB  F21  C04  single    1.345  0.020  1.345
 JKB  C06  C04  aromatic  1.380  0.020  1.380
 JKB  C06  C05  aromatic  1.390  0.020  1.390
 JKB  C04  C02  aromatic  1.383  0.020  1.383
 JKB  C05  C03  aromatic  1.390  0.020  1.390
 JKB  C12  C13  single    1.520  0.020  1.520
 JKB  C15  C17  aromatic  1.391  0.020  1.391
 JKB  C02  C01  aromatic  1.386  0.020  1.386
 JKB  C03  C01  aromatic  1.394  0.020  1.394
 JKB  C03  C07  single    1.507  0.020  1.507
 JKB  C19  C18  aromatic  1.386  0.020  1.386
 JKB  C17  N26  single    1.457  0.020  1.457
 JKB  C17  C16  aromatic  1.382  0.020  1.382
 JKB  C18  C16  aromatic  1.381  0.020  1.381
 JKB  C18  N23  single    1.459  0.020  1.459
 JKB  O28  N26  double    1.207  0.020  1.207
 JKB  O25  N23  double    1.206  0.020  1.206
 JKB  C01  H1   single    0.930  0.020  1.080
 JKB  C02  H2   single    0.930  0.020  1.080
 JKB  C05  H3   single    0.930  0.020  1.080
 JKB  C06  H4   single    0.930  0.020  1.080
 JKB  C07  H5   single    0.970  0.020  1.090
 JKB  C07  H6   single    0.970  0.020  1.090
 JKB  C09  H8   single    0.970  0.020  1.090
 JKB  C09  H9   single    0.970  0.020  1.090
 JKB  C10  H10  single    0.970  0.020  1.090
 JKB  C10  H11  single    0.970  0.020  1.090
 JKB  C12  H12  single    0.970  0.020  1.090
 JKB  C12  H13  single    0.970  0.020  1.090
 JKB  C13  H14  single    0.970  0.020  1.090
 JKB  C13  H15  single    0.970  0.020  1.090
 JKB  C16  H16  single    0.930  0.020  1.080
 JKB  C19  H17  single    0.930  0.020  1.080
 JKB  C20  H18  single    0.930  0.020  1.080
 JKB  N23  O24  single    1.206  0.020  1.206
 JKB  N26  O27  single    1.205  0.020  1.205

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 JKB  H1   C01  C03  119.53  3.000
 JKB  H1   C01  C02  119.33  3.000
 JKB  C03  C01  C02  121.15  3.000
 JKB  H2   C02  C04  120.49  3.000
 JKB  H2   C02  C01  120.92  3.000
 JKB  C04  C02  C01  118.59  3.000
 JKB  C07  C03  C05  121.04  3.000
 JKB  C07  C03  C01  120.42  3.000
 JKB  C05  C03  C01  118.52  3.000
 JKB  F21  C04  C06  119.05  3.000
 JKB  C06  C04  C02  122.01  3.000
 JKB  F21  C04  C02  118.94  3.000
 JKB  H3   C05  C06  118.94  3.000
 JKB  H3   C05  C03  119.75  3.000
 JKB  C06  C05  C03  121.32  3.000
 JKB  H4   C06  C05  120.94  3.000
 JKB  H4   C06  C04  120.64  3.000
 JKB  C05  C06  C04  118.42  3.000
 JKB  H6   C07  H5   106.10  3.000
 JKB  H6   C07  N08  107.56  3.000
 JKB  H5   C07  N08  112.59  3.000
 JKB  H6   C07  C03  108.90  3.000
 JKB  H5   C07  C03  109.29  3.000
 JKB  N08  C07  C03  112.15  3.000
 JKB  C13  N08  C10  110.68  3.000
 JKB  C13  N08  C07  112.40  3.000
 JKB  C10  N08  C07  112.75  3.000
 JKB  H9   C09  H8   108.08  3.000
 JKB  H9   C09  N11  109.79  3.000
 JKB  H8   C09  N11  108.55  3.000
 JKB  H9   C09  C10  110.63  3.000
 JKB  H8   C09  C10  109.46  3.000
 JKB  N11  C09  C10  110.27  3.000
 JKB  H11  C10  H10  107.24  3.000
 JKB  H11  C10  C09  109.37  3.000
 JKB  H10  C10  C09  108.44  3.000
 JKB  H11  C10  N08  111.93  3.000
 JKB  H10  C10  N08  109.56  3.000
 JKB  C09  C10  N08  110.19  3.000
 JKB  C14  N11  C12  124.78  3.000
 JKB  C12  N11  C09  113.48  3.000
 JKB  C14  N11  C09  121.28  3.000
 JKB  H13  C12  H12  107.48  3.000
 JKB  H13  C12  C13  109.47  3.000
 JKB  H12  C12  C13  109.53  3.000
 JKB  H13  C12  N11  110.83  3.000
 JKB  H12  C12  N11  108.95  3.000
 JKB  C13  C12  N11  110.52  3.000
 JKB  H15  C13  H14  107.27  3.000
 JKB  H15  C13  C12  108.27  3.000
 JKB  H14  C13  C12  109.13  3.000
 JKB  H15  C13  N08  109.30  3.000
 JKB  H14  C13  N08  112.38  3.000
 JKB  C12  C13  N08  110.37  3.000
 JKB  O22  C14  C15  117.26  3.000
 JKB  C15  C14  N11  116.82  3.000
 JKB  O22  C14  N11  125.65  3.000
 JKB  C20  C15  C17  117.93  3.000
 JKB  C17  C15  C14  124.06  3.000
 JKB  C20  C15  C14  117.50  3.000
 JKB  H16  C16  C18  121.10  3.000
 JKB  H16  C16  C17  121.00  3.000
 JKB  C18  C16  C17  117.90  3.000
 JKB  N26  C17  C16  117.66  3.000
 JKB  C16  C17  C15  122.28  3.000
 JKB  N26  C17  C15  120.03  3.000
 JKB  N23  C18  C19  119.47  3.000
 JKB  N23  C18  C16  118.69  3.000
 JKB  C19  C18  C16  121.83  3.000
 JKB  H17  C19  C20  119.68  3.000
 JKB  H17  C19  C18  121.50  3.000
 JKB  C20  C19  C18  118.82  3.000
 JKB  H18  C20  C19  119.20  3.000
 JKB  H18  C20  C15  119.57  3.000
 JKB  C19  C20  C15  121.24  3.000
 JKB  O25  N23  O24  124.58  3.000
 JKB  O24  N23  C18  117.81  3.000
 JKB  O25  N23  C18  117.61  3.000
 JKB  O27  N26  O28  124.66  3.000
 JKB  O27  N26  C17  117.99  3.000
 JKB  O28  N26  C17  117.34  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 JKB  CONST_01  C06  C04  C02  C01    0.00   0.0  0
 JKB  CONST_02  C06  C05  C03  C01    0.00   0.0  0
 JKB  CONST_03  C05  C06  C04  C02    0.00   0.0  0
 JKB  CONST_04  C05  C03  C01  C02    0.00   0.0  0
 JKB  CONST_05  C04  C06  C05  C03    0.00   0.0  0
 JKB  CONST_06  C04  C02  C01  C03    0.00   0.0  0
 JKB  CONST_07  C18  C19  C20  C15    0.00   0.0  0
 JKB  CONST_08  C18  C16  C17  C15    0.00   0.0  0
 JKB  CONST_09  C20  C15  C17  C16    0.00   0.0  0
 JKB  CONST_10  C20  C19  C18  C16    0.00   0.0  0
 JKB  CONST_11  C19  C20  C15  C17    0.00   0.0  0
 JKB  CONST_12  C19  C18  C16  C17    0.00   0.0  0
 JKB  CONST_13  F21  C04  C02  C01  180.00   0.0  0
 JKB  CONST_14  C07  C03  C01  C02  180.00   0.0  0
 JKB  CONST_15  F21  C04  C06  C05  180.00   0.0  0
 JKB  CONST_16  C07  C03  C05  C06  180.00   0.0  0
 JKB  CONST_17  C19  C20  C15  C14  180.00   0.0  0
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loop_
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