# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri May  8 11:52:41 2020
#   Inital geometry file: a 53 line input string
#   Ligand name: trans-1-aminocyclobutane-1,3-dicarboxylic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@@]1(C[C@H](C1)C(O)=O)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 JEG  JEG  'trans-1-aminocyclobutane-1,3-dicarboxylic acid'  ligand  20  11  .  2022-09-22  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_JEG
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 JEG  N01  N  NH2   0  -0.803   1.5748   1.8496  -0.0032
 JEG  C02  C  C     0  -0.030   0.9848   0.5314  -0.0039
 JEG  C03  C  C     0   0.562   2.0282  -0.5546   0.1464
 JEG  O04  O  OH1   0  -0.585   3.2528  -0.1546  -0.1564
 JEG  O05  O  O     0  -0.446   1.7653  -1.6886   0.4661
 JEG  C06  C  C     0  -0.411  -0.0356   0.2306  -1.1505
 JEG  C07  C  C     0  -0.395  -1.1627   0.6372  -0.1969
 JEG  C08  C  C     0   0.539  -2.4246  -0.1655  -0.2049
 JEG  O09  O  O     0  -0.440  -2.7559  -0.9314  -1.0754
 JEG  O10  O  OH1   0  -0.592  -3.1542   0.0699   0.8798
 JEG  C11  C  C     0  -0.418  -0.1946   0.4448   0.9898
 JEG  H1   H  HNH2  0   0.351   2.0492   2.0318  -0.8794
 JEG  H2   H  HNH2  0   0.356   0.8514   2.5539   0.0744
 JEG  H4   H  HOH1  0   0.482   3.8690  -0.8994  -0.0846
 JEG  H5   H  H     0   0.260   0.0937   0.8171  -2.0596
 JEG  H6   H  H     0   0.250  -0.0847  -0.8264  -1.4123
 JEG  H7   H  H     0   0.307  -1.4344   1.6903  -0.3136
 JEG  H8   H  HOH1  0   0.482  -3.9674  -0.4565   0.8567
 JEG  H9   H  H     0   0.264  -0.2835  -0.5442   1.4372
 JEG  H10  H  H     0   0.265  -0.2068   1.1955   1.7794

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 JEG  O05  C03  double  1.207  0.020  1.207
 JEG  O04  C03  single  1.323  0.020  1.323
 JEG  C03  C02  single  1.513  0.020  1.513
 JEG  N01  C02  single  1.444  0.020  1.444
 JEG  C02  C11  single  1.545  0.020  1.545
 JEG  C02  C06  single  1.564  0.020  1.564
 JEG  C11  C07  single  1.544  0.020  1.544
 JEG  C06  C07  single  1.531  0.020  1.531
 JEG  C07  C08  single  1.496  0.020  1.496
 JEG  C08  O09  double  1.206  0.020  1.206
 JEG  C08  O10  single  1.328  0.020  1.328
 JEG  N01  H1   single  0.890  0.020  1.040
 JEG  N01  H2   single  0.890  0.020  1.040
 JEG  O04  H4   single  0.850  0.020  0.980
 JEG  C06  H5   single  0.970  0.020  1.090
 JEG  C06  H6   single  0.970  0.020  1.090
 JEG  C07  H7   single  0.970  0.020  1.090
 JEG  O10  H8   single  0.850  0.020  0.980
 JEG  C11  H9   single  0.970  0.020  1.090
 JEG  C11  H10  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 JEG  H2   N01  H1   106.01  3.000
 JEG  H2   N01  C02  110.07  3.000
 JEG  H1   N01  C02  110.80  3.000
 JEG  C11  C02  C06   87.86  3.000
 JEG  C06  C02  C03  112.62  3.000
 JEG  C11  C02  C03  114.98  3.000
 JEG  C06  C02  N01  116.25  3.000
 JEG  C11  C02  N01  111.27  3.000
 JEG  C03  C02  N01  111.92  3.000
 JEG  O05  C03  O04  123.10  3.000
 JEG  O04  C03  C02  113.47  3.000
 JEG  O05  C03  C02  123.38  3.000
 JEG  H4   O04  C03  109.82  3.000
 JEG  H6   C06  H5   109.08  3.000
 JEG  H6   C06  C07  111.95  3.000
 JEG  H5   C06  C07  117.65  3.000
 JEG  H6   C06  C02  113.07  3.000
 JEG  H5   C06  C02  115.51  3.000
 JEG  C07  C06  C02   88.43  3.000
 JEG  H7   C07  C11  110.97  3.000
 JEG  H7   C07  C08  107.86  3.000
 JEG  C11  C07  C08  117.80  3.000
 JEG  H7   C07  C06  111.84  3.000
 JEG  C08  C07  C06  118.37  3.000
 JEG  C11  C07  C06   89.09  3.000
 JEG  O10  C08  O09  123.44  3.000
 JEG  O10  C08  C07  111.34  3.000
 JEG  O09  C08  C07  125.21  3.000
 JEG  H8   O10  C08  110.20  3.000
 JEG  H10  C11  H9   109.09  3.000
 JEG  H10  C11  C07  117.66  3.000
 JEG  H9   C11  C07  112.20  3.000
 JEG  H10  C11  C02  115.86  3.000
 JEG  H9   C11  C02  112.17  3.000
 JEG  C07  C11  C02   88.70  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 JEG  CONST_01  H4  O04  C03  C02  180.00  0.0  0
 JEG  CONST_02  H8  O10  C08  C07  180.00  0.0  0

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 JEG  chir_01  C02  N01  C11  C06  negativ
 JEG  chir_02  C07  C08  C06  C11  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 JEG  plan-1  C02  0.020
 JEG  plan-1  C03  0.020
 JEG  plan-1  O04  0.020
 JEG  plan-1  O05  0.020
 JEG  plan-1  H4   0.020
 JEG  plan-2  C07  0.020
 JEG  plan-2  C08  0.020
 JEG  plan-2  O09  0.020
 JEG  plan-2  O10  0.020
 JEG  plan-2  H8   0.020

