# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri May  8 17:59:11 2020
#   Inital geometry file: a 53 line input string
#   Ligand name: trans-1-aminocyclobutane-1,3-dicarboxylic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@@]1(C[C@H](C1)C(O)=O)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 JEG  JEG  'trans-1-aminocyclobutane-1,3-dicarboxylic acid'  ligand  18  11  .  2022-09-22  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_JEG
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 JEG  N01  N  NH2    0  -0.818   1.5673   1.8601   0.1149
 JEG  C02  C  CT     0  -0.029   0.9937   0.5244   0.1041
 JEG  C03  C  C      0   0.407   2.1036  -0.5381   0.1883
 JEG  O04  O  OC    -1  -0.616   3.2383  -0.2041  -0.2160
 JEG  O05  O  O      0  -0.609   1.7767  -1.6690   0.5998
 JEG  C06  C  CH2    0  -0.427  -0.0266   0.2569  -1.0490
 JEG  C07  C  CH1    0  -0.367  -1.1685   0.6213  -0.0903
 JEG  C08  C  C      0   0.392  -2.4661  -0.1796  -0.0812
 JEG  O09  O  O      0  -0.612  -2.6891  -0.9515  -1.0358
 JEG  O10  O  OC    -1  -0.632  -3.2130   0.0142   0.9030
 JEG  C11  C  CH2    0  -0.402  -0.1914   0.4176   1.0870
 JEG  H1   H  HNH2   0   0.327   2.3473   1.8745  -0.5301
 JEG  H2   H  HNH2   0   0.326   0.8932   2.5307  -0.2361
 JEG  H5   H  HCH2   0   0.208   0.1008   0.8625  -1.9501
 JEG  H6   H  HCH2   0   0.209  -0.0734  -0.7937  -1.3388
 JEG  H7   H  HCH1   0   0.222  -1.4271   1.6829  -0.1790
 JEG  H9   H  HCH2   0   0.215  -0.2695  -0.5831   1.5131
 JEG  H10  H  HCH2   0   0.205  -0.2096   1.1500   1.8973

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 JEG  O05  C03  deloc   1.247  0.020  1.247
 JEG  O04  C03  deloc   1.250  0.020  1.250
 JEG  C03  C02  single  1.539  0.020  1.539
 JEG  N01  C02  single  1.454  0.020  1.454
 JEG  C02  C11  single  1.543  0.020  1.543
 JEG  C02  C06  single  1.563  0.020  1.563
 JEG  C11  C07  single  1.543  0.020  1.543
 JEG  C06  C07  single  1.535  0.020  1.535
 JEG  C07  C08  single  1.525  0.020  1.525
 JEG  C08  O09  deloc   1.248  0.020  1.248
 JEG  C08  O10  deloc   1.251  0.020  1.251
 JEG  N01  H1   single  0.890  0.020  1.040
 JEG  N01  H2   single  0.890  0.020  1.040
 JEG  C06  H5   single  0.970  0.020  1.090
 JEG  C06  H6   single  0.970  0.020  1.090
 JEG  C07  H7   single  0.970  0.020  1.090
 JEG  C11  H9   single  0.970  0.020  1.090
 JEG  C11  H10  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 JEG  H2   N01  H1   106.40  3.000
 JEG  H2   N01  C02  110.05  3.000
 JEG  H1   N01  C02  108.20  3.000
 JEG  C11  C02  C06   87.52  3.000
 JEG  C06  C02  C03  113.15  3.000
 JEG  C11  C02  C03  118.11  3.000
 JEG  C06  C02  N01  114.86  3.000
 JEG  C11  C02  N01  111.22  3.000
 JEG  C03  C02  N01  110.45  3.000
 JEG  O05  C03  O04  125.94  3.000
 JEG  O04  C03  C02  116.90  3.000
 JEG  O05  C03  C02  117.08  3.000
 JEG  H6   C06  H5   108.64  3.000
 JEG  H6   C06  C07  111.26  3.000
 JEG  H5   C06  C07  118.04  3.000
 JEG  H6   C06  C02  112.89  3.000
 JEG  H5   C06  C02  115.93  3.000
 JEG  C07  C06  C02   89.09  3.000
 JEG  H7   C07  C11  109.81  3.000
 JEG  H7   C07  C08  107.96  3.000
 JEG  C11  C07  C08  117.69  3.000
 JEG  H7   C07  C06  110.79  3.000
 JEG  C08  C07  C06  120.81  3.000
 JEG  C11  C07  C06   88.52  3.000
 JEG  O10  C08  O09  126.24  3.000
 JEG  O10  C08  C07  115.57  3.000
 JEG  O09  C08  C07  118.19  3.000
 JEG  H10  C11  H9   108.92  3.000
 JEG  H10  C11  C07  117.82  3.000
 JEG  H9   C11  C07  111.95  3.000
 JEG  H10  C11  C02  116.02  3.000
 JEG  H9   C11  C02  111.55  3.000
 JEG  C07  C11  C02   89.49  3.000

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 JEG  chir_01  C02  N01  C11  C06  negativ
 JEG  chir_02  C07  C08  C06  C11  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 JEG  plan-1  C02  0.020
 JEG  plan-1  C03  0.020
 JEG  plan-1  O04  0.020
 JEG  plan-1  O05  0.020
 JEG  plan-2  C07  0.020
 JEG  plan-2  C08  0.020
 JEG  plan-2  O09  0.020
 JEG  plan-2  O10  0.020

