# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri May  8 04:17:18 2020
#   Inital geometry file: a 133 line input string
#   Ligand name: N-{(1S)-2-{4-[(5S)-1,1-dioxido-3-oxoisothiazolidin-5-yl]phenyl}-1-[5-(trifluoromethyl)-1H-benzimidazol-2-yl]ethyl}-2,2,2-trifluoroacetamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: FC(F)(F)C(=O)N[C@@H](Cc1ccc(cc1)[C@@H]2CC(=O)N[S]2(=O)=O)c3[nH]c4ccc(cc4n3)C(F)(F)F
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 IZE  IZE  N-{(1S)-2-{4-[(5S)-1,1-dioxido-3-oxoisothiazolidin-5-yl]phenyl}-1-[5-(trifluoromethyl)-1H-benzimidazol-2-yl]ethyl}-2,2,2-trifluoroacetamide  ligand  52  36  .  2021-08-11  2021-08-11  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_IZE
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 IZE  C1    C  CH1   0  -0.592  -5.7310   0.2527   0.1821
 IZE  C2    C  CH2   0  -0.603  -6.3399  -0.0656   1.5457
 IZE  C3    C  C     0   0.570  -6.7734  -1.5163   1.5651
 IZE  N4    N  NC1   0  -0.783  -6.8993  -1.9785   0.2816
 IZE  S5    S  S     0   1.410  -6.7049  -0.8203  -0.9194
 IZE  O6    O  OS    0  -0.635  -7.9768  -0.1865  -1.2163
 IZE  O7    O  OS    0  -0.620  -5.9473  -1.3994  -2.0095
 IZE  O9    O  O     0  -0.420  -6.9872  -2.1779   2.5504
 IZE  C11   C  CR6   0   0.179  -4.2679  -0.0342   0.0220
 IZE  C12   C  CR16  0  -0.262  -3.5588   0.6434  -0.9646
 IZE  C13   C  CR16  0  -0.303  -2.2048   0.4145  -1.1459
 IZE  C14   C  CR6   0   0.131  -1.5242  -0.5029  -0.3511
 IZE  C15   C  CR16  0  -0.281  -2.2393  -1.1859   0.6284
 IZE  C16   C  CR16  0  -0.293  -3.5938  -0.9577   0.8146
 IZE  C21   C  CH2   0  -0.539  -0.0444  -0.7051  -0.4981
 IZE  C22   C  CH1   0  -0.182   0.7234   0.1051   0.5567
 IZE  N45   N  NH1   0  -0.659   0.3463   1.5068   0.5965
 IZE  C17   C  CR6   0  -0.211   6.5096  -1.0342  -0.1470
 IZE  C19   C  CR16  0  -0.358   5.2474  -1.4828  -0.5104
 IZE  C23   C  CR56  0   0.166   4.1496  -0.7749  -0.0411
 IZE  C4    C  CR56  0   0.347   4.3359   0.3549   0.7742
 IZE  C5    C  CR16  0  -0.289   5.5944   0.8104   1.1391
 IZE  C6    C  CR16  0  -0.306   6.6801   0.0960   0.6664
 IZE  N11   N  N     0  -0.472   2.8072  -0.9914  -0.2444
 IZE  C25   C  CR5   0   0.502   2.2083  -0.0440   0.4149
 IZE  N13   N  NR15  0  -0.701   3.0723   0.7927   1.0483
 IZE  F1    F  F     0  -0.303   8.8571  -1.2293  -0.3234
 IZE  F3    F  F     0  -0.318   7.7258  -3.0478  -0.1211
 IZE  F2    F  F     0  -0.317   7.6772  -1.9580  -1.9686
 IZE  C7    C  C     0   0.366   0.5968   2.3429  -0.4160
 IZE  C8    C  CT    0   0.967   0.0186   3.7574  -0.2212
 IZE  O1    O  O     0  -0.429   1.2294   2.0754  -1.4128
 IZE  F4    F  F     0  -0.303   0.5542   4.3457   0.8510
 IZE  F6    F  F     0  -0.301  -1.3039   3.7109  -0.0423
 IZE  F5    F  F     0  -0.286   0.2687   4.5105  -1.2790
 IZE  H1    H  HCH1  0   0.369  -5.9559   1.2734  -0.1314
 IZE  H2C1  H  HCH2  0   0.326  -5.6427   0.1359   2.3574
 IZE  H2C2  H  HCH2  0   0.343  -7.2255   0.5501   1.7200
 IZE  H4    H  HNC1  0   0.451  -7.2583  -2.9021   0.0623
 IZE  H12   H  HCR6  0   0.264  -4.0647   1.3675  -1.5920
 IZE  H13   H  HCR6  0   0.255  -1.6751   0.9513  -1.9238
 IZE  H15   H  HCR6  0   0.260  -1.7334  -1.9074   1.2595
 IZE  H16   H  HCR6  0   0.257  -4.1024  -1.5050   1.5982
 IZE  H211  H  HCH2  0   0.273   0.2866  -0.4288  -1.4986
 IZE  H212  H  HCH2  0   0.281   0.2135  -1.7555  -0.3578
 IZE  H22   H  HCH1  0   0.329   0.4550  -0.2857   1.5423
 IZE  H45   H  HNH1  0   0.430  -0.2317   1.8002   1.3693
 IZE  H19   H  HCR6  0   0.275   5.1056  -2.3539  -1.1379
 IZE  H5    H  HCR6  0   0.278   5.7309   1.6829   1.7632
 IZE  H6    H  HCR6  0   0.271   7.6719   0.4299   0.9353
 IZE  HA    H  HNR5  0   0.421   2.8256   1.5856   1.6202
 IZE  C28   C  CT    0   1.048   7.6925  -1.8068  -0.6347

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 IZE  C1   C2    single    1.527  0.020  1.527
 IZE  C1   S5    single    1.820  0.020  1.820
 IZE  C1   C11   single    1.500  0.020  1.500
 IZE  C1   H1    single    0.970  0.020  1.090
 IZE  C2   C3    single    1.514  0.020  1.514
 IZE  C2   H2C1  single    0.970  0.020  1.090
 IZE  C2   H2C2  single    0.970  0.020  1.090
 IZE  C3   N4    single    1.370  0.020  1.370
 IZE  C3   O9    double    1.206  0.020  1.206
 IZE  N4   S5    single    1.680  0.020  1.680
 IZE  N4   H4    single    0.860  0.020  1.020
 IZE  S5   O6    double    1.452  0.020  1.452
 IZE  S5   O7    double    1.448  0.020  1.448
 IZE  C11  C12   aromatic  1.391  0.020  1.391
 IZE  C11  C16   aromatic  1.391  0.020  1.391
 IZE  C12  C13   aromatic  1.385  0.020  1.385
 IZE  C12  H12   single    0.930  0.020  1.080
 IZE  C13  C14   aromatic  1.392  0.020  1.392
 IZE  C13  H13   single    0.930  0.020  1.080
 IZE  C14  C15   aromatic  1.392  0.020  1.392
 IZE  C14  C21   single    1.501  0.020  1.501
 IZE  C15  C16   aromatic  1.386  0.020  1.386
 IZE  C15  H15   single    0.930  0.020  1.080
 IZE  C16  H16   single    0.930  0.020  1.080
 IZE  C21  C22   single    1.536  0.020  1.536
 IZE  C21  H211  single    0.970  0.020  1.090
 IZE  C21  H212  single    0.970  0.020  1.090
 IZE  C22  N45   single    1.452  0.020  1.452
 IZE  C22  C25   single    1.499  0.020  1.499
 IZE  C22  H22   single    0.970  0.020  1.090
 IZE  N45  C7    single    1.337  0.020  1.337
 IZE  N45  H45   single    0.860  0.020  1.020
 IZE  C17  C19   aromatic  1.388  0.020  1.388
 IZE  C17  C6    aromatic  1.403  0.020  1.403
 IZE  C17  C28   single    1.495  0.020  1.495
 IZE  C19  C23   aromatic  1.388  0.020  1.388
 IZE  C19  H19   single    0.930  0.020  1.080
 IZE  C23  C4    aromatic  1.406  0.020  1.406
 IZE  C23  N11   aromatic  1.375  0.020  1.375
 IZE  C4   C5    aromatic  1.387  0.020  1.387
 IZE  C4   N13   aromatic  1.365  0.020  1.365
 IZE  C5   C6    aromatic  1.383  0.020  1.383
 IZE  C5   H5    single    0.930  0.020  1.080
 IZE  C6   H6    single    0.930  0.020  1.080
 IZE  N11  C25   aromatic  1.300  0.020  1.300
 IZE  C25  N13   aromatic  1.359  0.020  1.359
 IZE  N13  HA    single    0.860  0.020  1.020
 IZE  C28  F1    single    1.337  0.020  1.337
 IZE  C28  F3    single    1.344  0.020  1.344
 IZE  C28  F2    single    1.342  0.020  1.342
 IZE  C7   C8    single    1.540  0.020  1.540
 IZE  C7   O1    double    1.211  0.020  1.211
 IZE  C8   F4    single    1.335  0.020  1.335
 IZE  C8   F6    single    1.335  0.020  1.335
 IZE  C8   F5    single    1.322  0.020  1.322

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 IZE  H1    C1   C11   110.45  3.000
 IZE  H1    C1   S5    105.51  3.000
 IZE  C11   C1   S5    110.16  3.000
 IZE  H1    C1   C2    111.68  3.000
 IZE  C11   C1   C2    116.39  3.000
 IZE  S5    C1   C2    101.78  3.000
 IZE  H2C2  C2   H2C1  107.20  3.000
 IZE  H2C2  C2   C3    107.81  3.000
 IZE  H2C1  C2   C3    110.55  3.000
 IZE  H2C2  C2   C1    110.38  3.000
 IZE  H2C1  C2   C1    111.83  3.000
 IZE  C3    C2   C1    108.99  3.000
 IZE  O9    C3   N4    124.34  3.000
 IZE  O9    C3   C2    125.93  3.000
 IZE  N4    C3   C2    109.72  3.000
 IZE  H4    N4   S5    120.93  3.000
 IZE  H4    N4   C3    122.82  3.000
 IZE  S5    N4   C3    115.25  3.000
 IZE  O7    S5   O6    118.61  3.000
 IZE  O7    S5   N4    108.84  3.000
 IZE  O6    S5   N4    110.23  3.000
 IZE  O7    S5   C1    114.29  3.000
 IZE  O6    S5   C1    109.58  3.000
 IZE  N4    S5   C1     92.05  3.000
 IZE  C16   C11  C12   118.71  3.000
 IZE  C16   C11  C1    122.61  3.000
 IZE  C12   C11  C1    118.68  3.000
 IZE  H12   C12  C13   119.42  3.000
 IZE  H12   C12  C11   119.88  3.000
 IZE  C13   C12  C11   120.70  3.000
 IZE  H13   C13  C14   119.84  3.000
 IZE  H13   C13  C12   119.34  3.000
 IZE  C14   C13  C12   120.82  3.000
 IZE  C21   C14  C15   120.63  3.000
 IZE  C21   C14  C13   121.00  3.000
 IZE  C15   C14  C13   118.30  3.000
 IZE  H15   C15  C16   119.17  3.000
 IZE  H15   C15  C14   119.77  3.000
 IZE  C16   C15  C14   121.05  3.000
 IZE  H16   C16  C15   118.23  3.000
 IZE  H16   C16  C11   121.35  3.000
 IZE  C15   C16  C11   120.41  3.000
 IZE  H212  C21  H211  106.89  3.000
 IZE  H212  C21  C22   107.55  3.000
 IZE  H211  C21  C22   110.19  3.000
 IZE  H212  C21  C14   110.50  3.000
 IZE  H211  C21  C14   110.82  3.000
 IZE  C22   C21  C14   110.77  3.000
 IZE  H22   C22  C25   107.03  3.000
 IZE  H22   C22  N45   104.86  3.000
 IZE  C25   C22  N45   110.85  3.000
 IZE  H22   C22  C21   107.92  3.000
 IZE  C25   C22  C21   112.20  3.000
 IZE  N45   C22  C21   113.46  3.000
 IZE  H45   N45  C7    120.38  3.000
 IZE  H45   N45  C22   116.78  3.000
 IZE  C7    N45  C22   122.30  3.000
 IZE  C28   C17  C6    120.63  3.000
 IZE  C28   C17  C19   117.85  3.000
 IZE  C6    C17  C19   121.52  3.000
 IZE  H19   C19  C23   120.17  3.000
 IZE  H19   C19  C17   122.06  3.000
 IZE  C23   C19  C17   117.77  3.000
 IZE  N11   C23  C4    109.98  3.000
 IZE  N11   C23  C19   129.94  3.000
 IZE  C4    C23  C19   120.08  3.000
 IZE  N13   C4   C5    132.97  3.000
 IZE  N13   C4   C23   104.57  3.000
 IZE  C5    C4   C23   122.46  3.000
 IZE  H5    C5   C6    121.00  3.000
 IZE  H5    C5   C4    122.09  3.000
 IZE  C6    C5   C4    116.91  3.000
 IZE  H6    C6   C5    118.42  3.000
 IZE  H6    C6   C17   120.32  3.000
 IZE  C5    C6   C17   121.26  3.000
 IZE  C25   N11  C23   105.07  3.000
 IZE  N13   C25  N11   113.08  3.000
 IZE  N13   C25  C22   121.62  3.000
 IZE  N11   C25  C22   125.21  3.000
 IZE  HA    N13  C25   126.36  3.000
 IZE  HA    N13  C4    126.34  3.000
 IZE  C25   N13  C4    107.30  3.000
 IZE  O1    C7   C8    120.21  3.000
 IZE  O1    C7   N45   125.69  3.000
 IZE  C8    C7   N45   114.10  3.000
 IZE  F5    C8   F6    108.32  3.000
 IZE  F5    C8   F4    108.40  3.000
 IZE  F6    C8   F4    107.76  3.000
 IZE  F5    C8   C7    110.54  3.000
 IZE  F6    C8   C7    110.89  3.000
 IZE  F4    C8   C7    110.83  3.000
 IZE  F2    C28  F3    106.03  3.000
 IZE  F2    C28  F1    106.86  3.000
 IZE  F3    C28  F1    106.76  3.000
 IZE  F2    C28  C17   111.93  3.000
 IZE  F3    C28  C17   111.86  3.000
 IZE  F1    C28  C17   112.97  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 IZE  CONST_01  C14  C13  C12  C11    0.00   0.0  0
 IZE  CONST_02  C14  C15  C16  C11    0.00   0.0  0
 IZE  CONST_03  C15  C16  C11  C12    0.00   0.0  0
 IZE  CONST_04  C15  C14  C13  C12    0.00   0.0  0
 IZE  CONST_05  C16  C11  C12  C13    0.00   0.0  0
 IZE  CONST_06  C16  C15  C14  C13    0.00   0.0  0
 IZE  CONST_07  C4   C23  C19  C17    0.00   0.0  0
 IZE  CONST_08  N11  C23  C19  C17  180.00   0.0  0
 IZE  CONST_09  C4   C5   C6   C17    0.00   0.0  0
 IZE  CONST_10  C5   C6   C17  C19    0.00   0.0  0
 IZE  CONST_11  C5   C4   C23  C19    0.00   0.0  0
 IZE  CONST_12  N13  C4   C23  C19  180.00   0.0  0
 IZE  CONST_13  C25  N11  C23  C19  180.00   0.0  0
 IZE  CONST_14  C6   C17  C19  C23    0.00   0.0  0
 IZE  CONST_15  C6   C5   C4   C23    0.00   0.0  0
 IZE  CONST_16  C25  N13  C4   C23    0.00   0.0  0
 IZE  CONST_17  N13  C25  N11  C23    0.00   0.0  0
 IZE  CONST_18  C25  N11  C23  C4     0.00   0.0  0
 IZE  CONST_19  N11  C25  N13  C4     0.00   0.0  0
 IZE  CONST_20  N11  C23  C4   C5   180.00   0.0  0
 IZE  CONST_21  C25  N13  C4   C5   180.00   0.0  0
 IZE  CONST_22  N13  C4   C5   C6   180.00   0.0  0
 IZE  CONST_23  N13  C4   C23  N11    0.00   0.0  0
 IZE  CONST_24  C13  C12  C11  C1   180.00   0.0  0
 IZE  CONST_25  C15  C16  C11  C1   180.00   0.0  0
 IZE  CONST_26  S5   N4   C3   C2     0.00   0.0  0
 IZE  CONST_27  C21  C14  C13  C12  180.00   0.0  0
 IZE  CONST_28  C21  C14  C15  C16  180.00   0.0  0
 IZE  CONST_29  C23  N11  C25  C22  180.00   0.0  0
 IZE  CONST_30  C4   N13  C25  C22  180.00   0.0  0
 IZE  CONST_31  C28  C17  C19  C23  180.00   0.0  0
 IZE  CONST_32  C28  C17  C6   C5   180.00   0.0  0
 IZE  CONST_33  O9   C3   N4   S5   180.00   0.0  0
 IZE  CONST_34  H12  C12  C11  C1     0.00   0.0  0
 IZE  CONST_35  H16  C16  C11  C1     0.00   0.0  0
 IZE  CONST_36  H13  C13  C12  C11  180.00   0.0  0
 IZE  CONST_37  H15  C15  C16  C11  180.00   0.0  0
 IZE  CONST_38  H5   C5   C6   C17  180.00   0.0  0
 IZE  CONST_39  H6   C6   C17  C19  180.00   0.0  0
 IZE  CONST_40  HA   N13  C4   C23  180.00   0.0  0
 IZE  CONST_41  H19  C19  C23  C4   180.00   0.0  0
 IZE  CONST_42  H4   N4   C3   C2   180.00   0.0  0
 IZE  CONST_43  C8   C7   N45  C22  180.00   0.0  0
 IZE  CONST_44  O1   C7   N45  C22    0.00   0.0  0
 IZE  CONST_45  H45  N45  C7   C8     0.00   0.0  0
 IZE  Var_01    N4   C3   C2   C1   -19.42  30.0  1
 IZE  Var_02    C3   N4   S5   C1    23.28  30.0  1
 IZE  Var_03    C22  C21  C14  C13   97.63  30.0  2
 IZE  Var_04    F1   C28  C17  C19  174.74  30.0  2
 IZE  Var_05    F4   C8   C7   N45   61.84  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 IZE  chir_01  C1   C2   S5   C11  positiv
 IZE  chir_02  C22  N45  C21  C25  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 IZE  plan-1  C1   0.020
 IZE  plan-1  C11  0.020
 IZE  plan-1  C12  0.020
 IZE  plan-1  C13  0.020
 IZE  plan-1  C14  0.020
 IZE  plan-1  C15  0.020
 IZE  plan-1  C16  0.020
 IZE  plan-1  C21  0.020
 IZE  plan-1  H12  0.020
 IZE  plan-1  H13  0.020
 IZE  plan-1  H15  0.020
 IZE  plan-1  H16  0.020
 IZE  plan-2  C22  0.020
 IZE  plan-2  C17  0.020
 IZE  plan-2  C19  0.020
 IZE  plan-2  C23  0.020
 IZE  plan-2  C4   0.020
 IZE  plan-2  C5   0.020
 IZE  plan-2  C6   0.020
 IZE  plan-2  N11  0.020
 IZE  plan-2  C25  0.020
 IZE  plan-2  N13  0.020
 IZE  plan-2  H19  0.020
 IZE  plan-2  H5   0.020
 IZE  plan-2  H6   0.020
 IZE  plan-2  HA   0.020
 IZE  plan-2  C28  0.020
 IZE  plan-3  C22  0.020
 IZE  plan-3  N45  0.020
 IZE  plan-3  C7   0.020
 IZE  plan-3  C8   0.020
 IZE  plan-3  O1   0.020
 IZE  plan-3  H45  0.020
 IZE  plan-4  C2   0.020
 IZE  plan-4  C3   0.020
 IZE  plan-4  N4   0.020
 IZE  plan-4  S5   0.020
 IZE  plan-4  O9   0.020
 IZE  plan-4  H4   0.020

