# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu May  7 20:07:38 2020
#   Inital geometry file: a 91 line input string
#   Ligand name: [(E)-ethene-1,2-diylbis(3-chloro-4,1-phenylene)]diboronic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OB(O)c1ccc(/C=C/c2ccc(cc2Cl)B(O)O)c(Cl)c1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 IWW  IWW  '[(E)-ethene-1,2-diylbis(3-chloro-4,1-phenylene)]diboronic acid'  ligand  34  22  .  2021-08-11  2021-08-11  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_IWW
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 IWW  C01  C   CR6   0  -0.110  -4.7252   0.3277  -0.0009
 IWW  C02  C   CR16  0  -0.295  -3.7839   1.3621  -0.0101
 IWW  C03  C   CR16  0  -0.326  -2.4296   1.1011  -0.0171
 IWW  C04  C   CR6   0   0.223  -1.9231  -0.2057  -0.0149
 IWW  C05  C   CR6   0  -0.098  -2.8750  -1.2331  -0.0065
 IWW  C06  C   CR16  0  -0.265  -4.2367  -0.9758   0.0004
 IWW  C07  C   C1    0  -0.285  -0.4906  -0.4883  -0.0218
 IWW  C08  C   C1    0  -0.283   0.4818   0.4349  -0.0129
 IWW  C09  C   CR6   0   0.222   1.9149   0.1550  -0.0171
 IWW  C10  C   CR6   0  -0.097   2.8652   1.1846  -0.0114
 IWW  C11  C   CR16  0  -0.263   4.2275   0.9321  -0.0115
 IWW  C12  C   CR6   0  -0.096   4.7158  -0.3718  -0.0179
 IWW  C13  C   CR16  0  -0.291   3.7786  -1.4091  -0.0256
 IWW  C14  C   CR16  0  -0.328   2.4230  -1.1510  -0.0251
 IWW  O02  O   OH1   0  -0.633   7.0928   0.4227   0.0033
 IWW  O03  O   OH1   0  -0.629  -7.2263  -0.3295   0.0188
 IWW  O04  O   OH1   0  -0.629  -6.6463   1.9390  -0.0022
 IWW  CL1  CL  CL    0  -0.127  -2.3844  -2.9000  -0.0035
 IWW  CL2  CL  CL    0  -0.132   2.3693   2.8513  -0.0034
 IWW  B01  B   B     0   0.517   6.2622  -0.6529  -0.0138
 IWW  B02  B   B     0   0.522  -6.2682   0.6357   0.0061
 IWW  H1   H   HCR6  0   0.263  -4.1109   2.3936  -0.0120
 IWW  H2   H   HCR6  0   0.263  -1.7442   1.9380  -0.0252
 IWW  H3   H   HCR6  0   0.260  -4.9083  -1.8258   0.0072
 IWW  H4   H   H     0   0.252  -0.2215  -1.5359  -0.0335
 IWW  H5   H   H     0   0.252   0.2118   1.4824   0.0006
 IWW  H6   H   HCR6  0   0.276   4.9110   1.7711  -0.0060
 IWW  H7   H   HCR6  0   0.261   4.1084  -2.4399  -0.0318
 IWW  H8   H   HCR6  0   0.261   1.7387  -1.9890  -0.0299
 IWW  H9   H   HOH1  0   0.486   8.0355   0.2305   0.0042
 IWW  H10  H   HOH1  0   0.487  -6.9034  -1.2338   0.0247
 IWW  H11  H   HOH1  0   0.488  -7.6003   2.0703   0.0010
 IWW  O1   O   OH1   0  -0.632   6.6620  -1.9518  -0.0247
 IWW  H12  H   HOH1  0   0.486   7.6129  -2.1000  -0.0180

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 IWW  O03  B02  single    1.360  0.020  1.360
 IWW  O04  B02  single    1.357  0.020  1.357
 IWW  B02  C01  single    1.573  0.020  1.573
 IWW  C01  C06  aromatic  1.392  0.020  1.392
 IWW  C01  C02  aromatic  1.399  0.020  1.399
 IWW  C06  C05  aromatic  1.386  0.020  1.386
 IWW  C02  C03  aromatic  1.379  0.020  1.379
 IWW  C05  CL1  single    1.738  0.020  1.738
 IWW  C05  C04  aromatic  1.401  0.020  1.401
 IWW  C03  C04  aromatic  1.402  0.020  1.402
 IWW  C04  C07  single    1.460  0.020  1.460
 IWW  C07  C08  double    1.341  0.020  1.341
 IWW  C08  C09  single    1.460  0.020  1.460
 IWW  C09  C14  aromatic  1.401  0.020  1.401
 IWW  C09  C10  aromatic  1.401  0.020  1.401
 IWW  C14  C13  aromatic  1.380  0.020  1.380
 IWW  CL2  C10  single    1.739  0.020  1.739
 IWW  C10  C11  aromatic  1.386  0.020  1.386
 IWW  C13  C12  aromatic  1.398  0.020  1.398
 IWW  C11  C12  aromatic  1.392  0.020  1.392
 IWW  C12  B01  single    1.572  0.020  1.572
 IWW  B01  O02  single    1.359  0.020  1.359
 IWW  C02  H1   single    0.930  0.020  1.080
 IWW  C03  H2   single    0.930  0.020  1.080
 IWW  C06  H3   single    0.930  0.020  1.080
 IWW  C07  H4   single    0.930  0.020  1.080
 IWW  C08  H5   single    0.930  0.020  1.080
 IWW  C11  H6   single    0.930  0.020  1.080
 IWW  C13  H7   single    0.930  0.020  1.080
 IWW  C14  H8   single    0.930  0.020  1.080
 IWW  O02  H9   single    0.850  0.020  0.980
 IWW  O03  H10  single    0.850  0.020  0.980
 IWW  O04  H11  single    0.850  0.020  0.980
 IWW  B01  O1   single    1.359  0.020  1.359
 IWW  O1   H12  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 IWW  B02  C01  C06  121.84  3.000
 IWW  C06  C01  C02  117.15  3.000
 IWW  B02  C01  C02  121.01  3.000
 IWW  H1   C02  C03  118.50  3.000
 IWW  H1   C02  C01  120.11  3.000
 IWW  C03  C02  C01  121.39  3.000
 IWW  H2   C03  C04  119.50  3.000
 IWW  H2   C03  C02  118.40  3.000
 IWW  C04  C03  C02  122.09  3.000
 IWW  C07  C04  C05  121.66  3.000
 IWW  C07  C04  C03  122.34  3.000
 IWW  C05  C04  C03  116.00  3.000
 IWW  CL1  C05  C06  117.10  3.000
 IWW  CL1  C05  C04  120.78  3.000
 IWW  C06  C05  C04  122.12  3.000
 IWW  H3   C06  C05  117.62  3.000
 IWW  H3   C06  C01  121.14  3.000
 IWW  C05  C06  C01  121.25  3.000
 IWW  H4   C07  C08  119.11  3.000
 IWW  H4   C07  C04  115.56  3.000
 IWW  C08  C07  C04  125.33  3.000
 IWW  H5   C08  C09  115.51  3.000
 IWW  H5   C08  C07  119.06  3.000
 IWW  C09  C08  C07  125.43  3.000
 IWW  C14  C09  C10  116.04  3.000
 IWW  C10  C09  C08  121.65  3.000
 IWW  C14  C09  C08  122.31  3.000
 IWW  CL2  C10  C11  117.07  3.000
 IWW  C11  C10  C09  122.21  3.000
 IWW  CL2  C10  C09  120.73  3.000
 IWW  H6   C11  C12  120.30  3.000
 IWW  H6   C11  C10  118.67  3.000
 IWW  C12  C11  C10  121.03  3.000
 IWW  B01  C12  C13  121.79  3.000
 IWW  B01  C12  C11  120.84  3.000
 IWW  C13  C12  C11  117.37  3.000
 IWW  H7   C13  C14  118.52  3.000
 IWW  H7   C13  C12  120.17  3.000
 IWW  C14  C13  C12  121.32  3.000
 IWW  H8   C14  C13  118.45  3.000
 IWW  H8   C14  C09  119.51  3.000
 IWW  C13  C14  C09  122.04  3.000
 IWW  H9   O02  B01  116.16  3.000
 IWW  H10  O03  B02  115.57  3.000
 IWW  H11  O04  B02  114.01  3.000
 IWW  O1   B01  O02  125.22  3.000
 IWW  O1   B01  C12  117.41  3.000
 IWW  O02  B01  C12  117.37  3.000
 IWW  O04  B02  O03  119.04  3.000
 IWW  O04  B02  C01  117.46  3.000
 IWW  O03  B02  C01  123.50  3.000
 IWW  H12  O1   B01  115.96  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 IWW  CONST_01  C04  C05  C06  C01     0.00   0.0  0
 IWW  CONST_02  C04  C03  C02  C01     0.00   0.0  0
 IWW  CONST_03  C05  C06  C01  C02     0.00   0.0  0
 IWW  CONST_04  C05  C04  C03  C02     0.00   0.0  0
 IWW  CONST_05  C06  C01  C02  C03     0.00   0.0  0
 IWW  CONST_06  C06  C05  C04  C03     0.00   0.0  0
 IWW  CONST_07  C12  C13  C14  C09     0.00   0.0  0
 IWW  CONST_08  C12  C11  C10  C09     0.00   0.0  0
 IWW  CONST_09  C13  C14  C09  C10     0.00   0.0  0
 IWW  CONST_10  C13  C12  C11  C10     0.00   0.0  0
 IWW  CONST_11  C14  C09  C10  C11     0.00   0.0  0
 IWW  CONST_12  C14  C13  C12  C11     0.00   0.0  0
 IWW  CONST_13  CL1  C05  C06  C01   180.00   0.0  0
 IWW  CONST_14  C07  C04  C03  C02   180.00   0.0  0
 IWW  CONST_15  B02  C01  C02  C03   180.00   0.0  0
 IWW  CONST_16  CL1  C05  C04  C03   180.00   0.0  0
 IWW  CONST_17  B02  C01  C06  C05   180.00   0.0  0
 IWW  CONST_18  C07  C04  C05  C06   180.00   0.0  0
 IWW  CONST_19  C13  C14  C09  C08   180.00   0.0  0
 IWW  CONST_20  C11  C10  C09  C08   180.00   0.0  0
 IWW  CONST_21  B01  C12  C11  C10   180.00   0.0  0
 IWW  CONST_22  CL2  C10  C11  C12   180.00   0.0  0
 IWW  CONST_23  CL2  C10  C09  C14   180.00   0.0  0
 IWW  CONST_24  B01  C12  C13  C14   180.00   0.0  0
 IWW  CONST_25  H2   C03  C02  C01   180.00   0.0  0
 IWW  CONST_26  H3   C06  C01  C02   180.00   0.0  0
 IWW  CONST_27  H1   C02  C03  C04   180.00   0.0  0
 IWW  CONST_28  H7   C13  C14  C09   180.00   0.0  0
 IWW  CONST_29  H6   C11  C10  C09   180.00   0.0  0
 IWW  CONST_30  H8   C14  C09  C10   180.00   0.0  0
 IWW  Var_01    C09  C08  C07  C04   179.88   0.0  2
 IWW  Var_02    O03  B02  C01  C02  -179.82  30.0  2
 IWW  Var_03    C08  C07  C04  C03     0.93  30.0  2
 IWW  Var_04    C14  C09  C08  C07    -0.31  30.0  2
 IWW  Var_05    O02  B01  C12  C11     0.34  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 IWW  plan-1  C01  0.020
 IWW  plan-1  C02  0.020
 IWW  plan-1  C03  0.020
 IWW  plan-1  C04  0.020
 IWW  plan-1  C05  0.020
 IWW  plan-1  C06  0.020
 IWW  plan-1  C07  0.020
 IWW  plan-1  CL1  0.020
 IWW  plan-1  B02  0.020
 IWW  plan-1  H1   0.020
 IWW  plan-1  H2   0.020
 IWW  plan-1  H3   0.020
 IWW  plan-2  C08  0.020
 IWW  plan-2  C09  0.020
 IWW  plan-2  C10  0.020
 IWW  plan-2  C11  0.020
 IWW  plan-2  C12  0.020
 IWW  plan-2  C13  0.020
 IWW  plan-2  C14  0.020
 IWW  plan-2  CL2  0.020
 IWW  plan-2  B01  0.020
 IWW  plan-2  H6   0.020
 IWW  plan-2  H7   0.020
 IWW  plan-2  H8   0.020
 IWW  plan-3  C04  0.020
 IWW  plan-3  C07  0.020
 IWW  plan-3  C08  0.020
 IWW  plan-3  C09  0.020
 IWW  plan-3  H4   0.020
 IWW  plan-3  H5   0.020

